View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4932-Insertion-3 (Length: 658)
Name: NF4932-Insertion-3
Description: NF4932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4932-Insertion-3 |
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| [»] chr2 (4 HSPs) |
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| [»] chr5 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 350 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 13888419 - 13888111
Alignment:
| Q |
350 |
tgattaggttattgtgatggtgtaaagagtgttgtcaatggatctggtttaaataattcagttgcagggataagggaagaattctttgtttatttgaatg |
449 |
Q |
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| T |
13888419 |
tgattaggttattgtgatggtgtaaagagtgttgtcaatggatctggtttaaataattcagttgcagggataagggaagaattctttgtttatttgaatg |
13888320 |
T |
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| Q |
450 |
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549 |
Q |
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| T |
13888319 |
acatgtatcaatatccttctcccgttgaagaaggcatacttcaagtacagatcttaagagataatgactcctacagtgtttcgccgatcatatatcccat |
13888220 |
T |
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| Q |
550 |
gttaaacaaaactggtattgcaaaggataaactcatttttattacattctcttctacatttgataattgtattttgcttgttataatacattggtattga |
649 |
Q |
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| T |
13888219 |
gttaaacaaaactggtattgcaaaggataaactcatttttattacattctcttctacatttgataattgtattttgcttgttataatacattggtattga |
13888120 |
T |
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| Q |
650 |
tagtaggga |
658 |
Q |
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| T |
13888119 |
tagtaggga |
13888111 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 350 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 14028544 - 14028236
Alignment:
| Q |
350 |
tgattaggttattgtgatggtgtaaagagtgttgtcaatggatctggtttaaataattcagttgcagggataagggaagaattctttgtttatttgaatg |
449 |
Q |
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| T |
14028544 |
tgattaggttattgtgatggtgtaaagagtgttgtcaatggatctggtttaaataattcagttgcagggataagggaagaattctttgtttatttgaatg |
14028445 |
T |
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| Q |
450 |
acatgtatcaatatccttctcctgttgaagaaggcatacttcaagtgcagatcttaagagataatgactcctacagtgtttcgccgatcatatatcccat |
549 |
Q |
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| T |
14028444 |
acatgtatcaatatccttctcccgttgaagaaggcatacttcaagtacagatcttaagagataatgactcctacagtgtttcgccgatcatatatcccat |
14028345 |
T |
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| Q |
550 |
gttaaacaaaactggtattgcaaaggataaactcatttttattacattctcttctacatttgataattgtattttgcttgttataatacattggtattga |
649 |
Q |
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| T |
14028344 |
gttaaacaaaactggtattgcaaaggataaactcatttttattacattctcttctacatttgataattgtattttgcttgttataatacattggtattga |
14028245 |
T |
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| Q |
650 |
tagtaggga |
658 |
Q |
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| T |
14028244 |
tagtaggga |
14028236 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 8 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 13888761 - 13888486
Alignment:
| Q |
8 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgtttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
107 |
Q |
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| T |
13888761 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgtttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
13888662 |
T |
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| Q |
108 |
gacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaattcagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaata |
207 |
Q |
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| T |
13888661 |
gacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaattcagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaata |
13888562 |
T |
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| Q |
208 |
tatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttatactgtttttataggtaaagttacatatt |
283 |
Q |
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| T |
13888561 |
tatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttatactgtttttataggtaaagttacatatt |
13888486 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 8 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 14028886 - 14028611
Alignment:
| Q |
8 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgtttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
107 |
Q |
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| T |
14028886 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgtttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
14028787 |
T |
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| Q |
108 |
gacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaattcagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaata |
207 |
Q |
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| T |
14028786 |
gacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaattcagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaata |
14028687 |
T |
|
| Q |
208 |
tatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttatactgtttttataggtaaagttacatatt |
283 |
Q |
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| T |
14028686 |
tatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttatactgtttttataggtaaagttacatatt |
14028611 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 355 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 7689277 - 7688972
Alignment:
| Q |
355 |
aggttattgtgatggtgtaaagagtgttgtcaatggatctggtttaaataattcagttgcagggataagggaagaattctttgtttatttgaatgacatg |
454 |
Q |
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| T |
7689277 |
aggttattgtgacggtgtaaaaagtgttgtcaatggatctggtttaaacgattcagttgttgggataagagcacaattctcggtttatttgaatgacatg |
7689178 |
T |
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| Q |
455 |
tatcaatatccttctcctgttgaagaaggcatacttcaagtgcagatcttaagagataatgactcctacagtgtttcgccgatcatatatcccatgttaa |
554 |
Q |
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| T |
7689177 |
tatcaatatccttctcctgttgaagaaggcatacttcaagtacaaatcttaagagatgatgactcctacagtgtttcgccgatcatatatcccatgttaa |
7689078 |
T |
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| Q |
555 |
acaaaactggtattgcaaaggataaactcatttttattacattctcttctacatttgataattgtattttgcttgttata--atacattggtattgatag |
652 |
Q |
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| T |
7689077 |
acaaaactggtatttcaaaggataaactctttttgattacattcctttctacatttgataattgtattttgcttgttataatatacattggtattgatat |
7688978 |
T |
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| Q |
653 |
taggga |
658 |
Q |
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| T |
7688977 |
taggga |
7688972 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 8 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 7689706 - 7689438
Alignment:
| Q |
8 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaatcttgtttctggactgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
107 |
Q |
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| T |
7689706 |
caaagatggaaatctttatacatcagttggatcaatatggaaacctggtttctggattgtatccatttgatgttgaagttgttgaaagagacacaaattt |
7689607 |
T |
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| Q |
108 |
gacaataccaatagcagatcttcattttgaagaagtggaagctggaattcagttgttttcctttggcaattgggaaccggggaactttatgttaacaata |
207 |
Q |
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| T |
7689606 |
gacaataccaatagctgatctacattttgaggaagtggatactggaattcagttgttttcctttggaaattgggaaccagggaactttatattaacaata |
7689507 |
T |
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| Q |
208 |
tatgatgctaaacataataaaagcatttccaatatgccatatgtttatactgtttttataggtaaagtt |
276 |
Q |
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| T |
7689506 |
tatgatgctaaacatagtaaaagcatttccaatatgtcatatgtttatactgtttttgtaggtaaagtt |
7689438 |
T |
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