View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4932-Insertion-6 (Length: 333)

Name: NF4932-Insertion-6
Description: NF4932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4932-Insertion-6
NF4932-Insertion-6
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (16-333)||(22880567-22880884)
chr8 (14-333)||(25379677-25379996)
chr8 (21-333)||(25710849-25711161)
chr8 (21-333)||(25730672-25730984)
chr8 (78-333)||(24890277-24890532)
chr8 (21-269)||(25738158-25738406)
chr8 (22-333)||(24916992-24917302)
chr8 (78-333)||(25428341-25428596)
chr8 (22-333)||(25469842-25470153)
chr8 (78-333)||(25501080-25501335)
chr8 (22-333)||(25688211-25688522)
chr8 (44-330)||(25331087-25331373)
chr8 (25-333)||(25407758-25408066)
chr8 (16-330)||(25599244-25599558)
chr8 (144-333)||(23262082-23262271)
chr8 (78-333)||(25825767-25826022)
chr8 (145-333)||(25485997-25486185)
chr8 (161-333)||(25635438-25635610)
chr8 (21-242)||(25433440-25433661)
chr8 (16-116)||(25687136-25687236)
chr8 (143-227)||(25330503-25330587)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (21-331)||(25453-25763)
scaffold0070 (73-333)||(41143-41403)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (24-333)||(23394214-23394523)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (73-321)||(10332023-10332271)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 22880884 - 22880567
Alignment:
Q  16 cgaaagttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaattt 115  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22880884 cgaaggttaccaatagattggggaatagaaccattaaaattgttaattccaagacgtaaatattgaagttgcgataattcccccaacgctgcaggaattt 22880785  T
Q  116 ctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtc 215  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22880784 ctccaacaaacttgttcatgctaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatttgaccaccaaagctattgttgtggaggtc 22880685  T
Q  216 aagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22880684 aagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattgtgtcgttca 22880585  T
Q  316 tcacaagttacaccaacc 333  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22880584 tcacaagttacaccaacc 22880567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Original strand, 25379677 - 25379996
Alignment:
Q  14 accgaaagttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaat 113  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||   ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25379677 accgaaggttgccaatagattcggggataaaaccagtaaaattgttagcgccaagatacaaatattgaagttgtgataagtcccacaacgctgcaggaat 25379776  T
Q  114 ttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagagg 213  Q
      | ||  |||||| |||   | | | | |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||  |||| | ||||||||| |||||||| || |  |||    
T  25379777 ccccccttcaaactcgttgtagctgatatgaagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctccgtaggaaactgaccaccgaagctattattttttagg 25379876  T
Q  214 tcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgtt 313  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| | | | |||||||  |||||||||||  ||||||||  |||  |||||| || ||||||||| ||||| |    
T  25379877 tcaagtataacaagaaaggacagattccccaagtttggggaaacggtacctctaagactcatgttttggaggatcaaactatggactctattgtgtcgct 25379976  T
Q  314 catcacaagttacaccaacc 333  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  25379977 catcacaagttacaccaacc 25379996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 333
Target Start/End: Original strand, 25710849 - 25711161
Alignment:
Q  21 gttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctcca 120  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||   ||||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||     
T  25710849 gttaccaatagattggggaataaaaccactgaaattgttaacgccaagatacaaatattcaagttgtgataagtcccctaacgctgcaggaatcccccct 25710948  T
Q  121 acaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagta 220  Q
     |||||| |||   | | | | |||||| |||||| |||||||||| | ||| |||| |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  25710949 tcaaactcgttatagctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgatataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagta 25711048  T
Q  221 taacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcaca 320  Q
    |||||||||| |||| |||||| | | | |||||||  |||||||||||  |||| |||  |||| ||||||  | |||||||   || || || |||||    
T  25711049 taacaagaaaggacagattccccaagtttggggaaacggtacctctaagactcatattttggagaatcaaactttggactctaccgtgacgctcgtcaca 25711148  T
Q  321 agttacaccaacc 333  Q
    |||||||||||||    
T  25711149 agttacaccaacc 25711161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 333
Target Start/End: Original strand, 25730672 - 25730984
Alignment:
Q  21 gttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctcca 120  Q
    |||||||||||||| || |||  ||||| | |||||||||   ||||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||     
T  25730672 gttaccaatagattgggaaataaaaccactgaaattgttaacgccaagatacaaatattcaagttgtgataagtcccctaacgctgcaggaatcccccct 25730771  T
Q  121 acaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagta 220  Q
     |||||| |||   | | | | |||||| |||||| |||||||||| | ||| |||| |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  25730772 tcaaactcgttatagctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgaaataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagta 25730871  T
Q  221 taacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcaca 320  Q
    |||||||||| |||| |||||| | | | |||||||  |||||||||||   ||| |||  |||| ||||||  | |||||||   ||||| ||||||||    
T  25730872 taacaagaaaggacagattccccaagtttggggaaacggtacctctaagacacatatttaggagaatcaaactgtggactctaccgtgtcgctcatcaca 25730971  T
Q  321 agttacaccaacc 333  Q
    |||||||||||||    
T  25730972 agttacaccaacc 25730984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 78 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 24890532 - 24890277
Alignment:
Q  78 ttgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctct 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || | ||  | |  || || ||| || ||  |||||||| ||||||||    
T  24890532 ttgaagttgtgataagtcccccaacgcttcaggaattcctccaacaaactcattaaaggcgatagaaataaccttcaatcgatgcaaccaatatatctct 24890433  T
Q  178 ttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgt 277  Q
    ||||  | |||||||   ||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  24890432 ttagaaaactgaccattgaagctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactcatgt 24890333  T
Q  278 ttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    |   ||||||||||| || |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  24890332 tatggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacc 24890277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 269
Target Start/End: Original strand, 25738158 - 25738406
Alignment:
Q  21 gttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctcca 120  Q
    |||||||||||||| || |||  ||||| | |||||||||   ||||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||     
T  25738158 gttaccaatagattgggaaataaaaccactgaaattgttaacgccaagatacaaatattcaagttgtgataagtcccctaacgctgcaggaatcccccct 25738257  T
Q  121 acaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagta 220  Q
     |||||| |||   | | | | |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  25738258 tcaaactcgttatagctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgacataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagta 25738357  T
Q  221 taacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaag 269  Q
    |||||||||| |||| |||||| | | | |||||||  |||||||||||    
T  25738358 taacaagaaaggacagattccccaagtttggggaaacggtacctctaag 25738406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 24917302 - 24916992
Alignment:
Q  22 ttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaa 121  Q
    |||||||||||||  ||||   ||||| |||||||||||   ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||||    
T  24917302 ttaccaatagattgtggaagaaaaccactaaaattgttagcaccaagatataaatactgaagttgtgataagtcccccaatgcgttaggaattcctccaa 24917203  T
Q  122 caaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtat 221  Q
    |||||| |||   | | |||  |||||  ||||| || | ||| | ||||| |||| |||| | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  24917202 caaactcgttatagctgaaatcaagaacttttaatcgacacaagctacataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtat 24917103  T
Q  222 aacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaa 321  Q
    |||||| || |||| |||||| | | | |||||||  |||||||||| | |||||| |  |||| |||||| ||| ||||||   ||||| |||||||||    
T  24917102 aacaaggaaggacaaattccccaagtttggggaaacggtacctctaa-gatcatgtgtcggagaatcaaactataaactctaccgtgtcgctcatcacaa 24917004  T
Q  322 gttacaccaacc 333  Q
    ||||||||||||    
T  24917003 gttacaccaacc 24916992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 333
Target Start/End: Original strand, 25428341 - 25428596
Alignment:
Q  78 ttgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctct 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||  || | ||| | |  || || ||| || ||  |||||| | ||||||||    
T  25428341 ttgaagttgtgataagtcccccaacgcttcaggaattccaccaacaaactcattaaaggtgatagaaataaccttcaatcgatgcaaccgatatatctct 25428440  T
Q  178 ttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgt 277  Q
    ||||| | ||||||||  |||||||||  | |||| | |||||||||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| ||||||||||||  ||||||    
T  25428441 ttaggaaactgaccactgaagctattgcgggagagattaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacagtacctctaagactcatgt 25428540  T
Q  278 ttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    ||  |||| |||||| || |||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  25428541 ttcggagaatcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcgcaagtgacaccaacc 25428596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 333
Target Start/End: Original strand, 25469842 - 25470153
Alignment:
Q  22 ttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaa 121  Q
    ||||||||||||| ||| |  |||||| |||||||||||    |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||      
T  25469842 ttaccaatagattgggggacagaaccactaaaattgttagcagcaagatacaaatattgaagttgtgataagtcctccaacgctgcaggaatcccccctt 25469941  T
Q  122 caaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtat 221  Q
    ||||||||||   | | | | |||||| |||||| |||||||||| ||||| |||| || | | ||||||||| |||||||| || |  |||||||||||    
T  25469942 caaacttgttatagctgatatgaagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctctgtaagaaactgaccaccgaagctattattttttaggtcaagtat 25470041  T
Q  222 aacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaa 321  Q
    ||||||||| |||| |||||| | | | || ||||  |||||| ||||  ||||||||  |||| |||||| |  ||||||    ||||| |||||||||    
T  25470042 aacaagaaatgacagattccccaagtttggagaaacggtacctttaagactcatgtttcggagaatcaaactacggactcttccgtgtcgctcatcacaa 25470141  T
Q  322 gttacaccaacc 333  Q
    ||||||||||||    
T  25470142 gttacaccaacc 25470153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 333
Target Start/End: Original strand, 25501080 - 25501335
Alignment:
Q  78 ttgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctct 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||   ||  | |  || || ||| || ||  |||||||| ||||||||    
T  25501080 ttgaagttgtgataagtcccccaacgcttcaggaattcctccaacaaactcattataggcgatagaaataaccttcaatcgatgcaaccaatatatctct 25501179  T
Q  178 ttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgt 277  Q
    ||||  | |||||||   ||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  25501180 ttagaaaactgaccattgaagctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactcatgt 25501279  T
Q  278 ttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    |   ||||||||||| || |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  25501280 tatggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacc 25501335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 333
Target Start/End: Original strand, 25688211 - 25688522
Alignment:
Q  22 ttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaa 121  Q
    ||||||||||||| ||| |   ||||| |||||||||||   ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||      
T  25688211 ttaccaatagattggggtacaaaaccactaaaattgttagcaccaagatacaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatcccccctt 25688310  T
Q  122 caaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtat 221  Q
    ||||||||||   | | | | |||||| | ||||   | ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||    
T  25688311 caaacttgttatagctgatatgaagaacccttaatttgtgcaaccggcataactctttaggaaactgaccactgaagctattgtttttgaggtcaagtat 25688410  T
Q  222 aacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaa 321  Q
    ||| || || ||||||||||| | | | ||||||| | ||||||||||  ||||||||  |||| | |||| || ||||||    ||||| |||||||||    
T  25688411 aactaggaaggacatattccccaagtttggggaaacaatacctctaagactcatgttttggagaattaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaa 25688510  T
Q  322 gttacaccaacc 333  Q
    ||||||||||||    
T  25688511 gttacaccaacc 25688522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 44 - 330
Target Start/End: Original strand, 25331087 - 25331373
Alignment:
Q  44 aaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacg 143  Q
    ||||| |||||||||||   ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||  |||||| |||   | | | | |    
T  25331087 aaccactaaaattgttagcaccaagatacaaatactgaagttgtgataagtcccccaacgatgcaggaatccccccttcaaactcgttgtagctgatatg 25331186  T
Q  144 aagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattccca 243  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||||| |||||||| || |  |||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  25331187 aagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctctgtaggaaactgaccaccgaagctattattttttaggtcaagtataacaagaaaggacagattcccc 25331286  T
Q  244 atgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacacca 330  Q
    | | | |||||||  || ||||||||  ||||||||  |||| ||||||  | |||||||  ||| || ||||||||||||||||||    
T  25331287 aagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgttttggagaatcaaactgtggactctaccatgccgctcatcacaagttacacca 25331373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 333
Target Start/End: Original strand, 25407758 - 25408066
Alignment:
Q  25 ccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaa 124  Q
    |||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||   ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||  |||    
T  25407758 ccaatagattcggggataaaaccagtaaaattgttagcaccaagatacaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatccccccttcaa 25407857  T
Q  125 acttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataac 224  Q
    |||||||   | | | | |||||| |||||| ||||| || | ||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| || |  | ||||||||||||    
T  25407858 acttgttatagctgatatgaagaacctttaatcggcgtaatcgacatacctctataggaaactgaccaccaaagctattattttttatgtcaagtataac 25407957  T
Q  225 aagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagtt 324  Q
    || ||| |||| |||||| | | | |||||||   ||||| ||||  ||||||||  |||| |||||| || ||||||    ||||| |||||||||||     
T  25407958 aaaaaaggacaaattccctaagtttggggaaacgatacctttaagactcatgtttcggagaatcaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaagtg 25408057  T
Q  325 acaccaacc 333  Q
    |||||||||    
T  25408058 acaccaacc 25408066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 25599244 - 25599558
Alignment:
Q  16 cgaaagttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaattt 115  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||   |||    |||||   |||||||||||| |||||||||||||  | | |||||||||||    
T  25599244 cgaaggttaccaatagattggggaataaaaccattaaaaaatttagcgtcaagatacaaatattgaagtcgtgataagtccccttatgttgcaggaattt 25599343  T
Q  116 ctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtc 215  Q
    | ||||||||||||||   | |     |||||| |||||| |||||||| | ||||| |||| || | | ||||||||| |||||||| || |  |||||    
T  25599344 ccccaacaaacttgttatagctggtttgaagaatctttaatcggcgcaagcgacataactctctaagaaactgaccaccgaagctattatttttaaggtc 25599443  T
Q  216 aagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttca 315  Q
    ||| |||||||| || |||| |||||| ||| | |||||||  |||||||||||  |||||| |  |||| |||||| || |||||||  |||||| |||    
T  25599444 aagcataacaaggaatgacaaattccctatgtttggggaaacggtacctctaagactcatgtctcggagaatcaaactatggactctaccatgtcgctca 25599543  T
Q  316 tcacaagttacacca 330  Q
    |||||||||||||||    
T  25599544 tcacaagttacacca 25599558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 144 - 333
Target Start/End: Original strand, 23262082 - 23262271
Alignment:
Q  144 aagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattccca 243  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | | ||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||||| || || | ||||||     
T  23262082 aagaaactttaatcgacgcaaccgacatatctctttaggaaacggaccaacaaaggtattgtaggagaggtcaagtttaacaaggaaagatagattcccc 23262181  T
Q  244 atgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    | | | ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||  |  ||||||   ||||| || ||||||||||||||||||    
T  23262182 aagtttggggaaacagtacctctaagacccatgtttgtgagattcaaactgtgaactctaccgtgtcggtcgtcacaagttacaccaacc 23262271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 78 - 333
Target Start/End: Original strand, 25825767 - 25826022
Alignment:
Q  78 ttgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctct 177  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||  || | ||  | |  || || ||| || ||  |||||| | ||||||||    
T  25825767 ttgaagttgtgataactcccccaacgtttcaggaattcctccaacaaactcattaaaggcgatagaaataaccttcaatcgatgcaaccgatatatctct 25825866  T
Q  178 ttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgt 277  Q
    ||||| | |||||||   || |||||| || |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  25825867 ttaggaaactgaccattgaatctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactcatgt 25825966  T
Q  278 ttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    ||  ||||||||||| || |||||| || ||||| ||||||||||  |||||||||    
T  25825967 tttggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagcgacaccaacc 25826022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 333
Target Start/End: Original strand, 25485997 - 25486185
Alignment:
Q  145 agaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaa 244  Q
    |||| |||||| || ||||||| ||||| ||||| ||| |  |||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  25485997 agaacctttaatcgacgcaaccgacataactcttgaggaaattgaccaccgaaactattgtttttgaggtcaagtataacaagaaaggacatattcccta 25486096  T
Q  245 tgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
       | ||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||| |||||| ||| |||||    || || ||||||||||| |||||||||    
T  25486097 aatttggggaaacagtacctctaagactcatgtttcggagaatcaaactatatactcttccgtgacgctcatcacaagtgacaccaacc 25486185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 161 - 333
Target Start/End: Original strand, 25635438 - 25635610
Alignment:
Q  161 gcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagt 260  Q
    |||||| | ||||||||||||| | ||||||||  || ||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | | | || ||||||||    
T  25635438 gcaaccgatatatctctttaggaaactgaccactgaaactattgtgggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggagaaatagt 25635537  T
Q  261 acctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
     |||| |||  |||||||||  |  |||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  25635538 gcctccaagtctcatgtttgatattttcaaactgttgactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacc 25635610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 242
Target Start/End: Original strand, 25433440 - 25433661
Alignment:
Q  21 gttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctcca 120  Q
    |||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||   || |||   |||||||||||||||||||||| ||   | |||| ||||||  | ||     
T  25433440 gttaccgatagattggggaataaaaccattaaaattgttagcgccgagatacaaatattgaagttgtgataagttcctttatgctggaggaatcccccct 25433539  T
Q  121 acaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagta 220  Q
     |||||| |||   | | | | |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||| || |||||||| |  ||||||||||    
T  25433540 tcaaactcgttgtagctgatatgaagaacctttaatcggcgcaacgaacataactctttaggaaactgaccaccgaatctattgttttttaggtcaagta 25433639  T
Q  221 taacaagaaacgacatattccc 242  Q
    ||||||| || |||| ||||||    
T  25433640 taacaaggaaggacagattccc 25433661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Original strand, 25687136 - 25687236
Alignment:
Q  16 cgaaagttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaattt 115  Q
    |||| ||| |||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||    |||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  25687136 cgaaggttgccaatagattgggggataaaaccactaaaattgttagcgtcaagatacaaatattgaagtcgtgataagtcccccaacgttacaggaattt 25687235  T
Q  116 c 116  Q
    |    
T  25687236 c 25687236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 227
Target Start/End: Original strand, 25330503 - 25330587
Alignment:
Q  143 gaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaag 227  Q
    |||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| | || |||| | ||||||||||| |  |||||||| ||||||||    
T  25330503 gaagaacctttaatcggcgtaaccgacataactctttaggaaactaaccatcgaagctattgtttttcaggtcaagcataacaag 25330587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25763 - 25453
Alignment:
Q  21 gttaccaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctcca 120  Q
    |||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||| | || |||   |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  | ||     
T  25763 gttacccatagattggggaataaaaccattaaaattgttagtgccgagatacaaatattgaagttgtgataagttccccaatgctggaggaatcccccct 25664  T
Q  121 acaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagta 220  Q
     |||||| |||   | | | | |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  25663 tcaaactcgttgtagctgatatgaagaacctttaatcggcgcaacgaacataactctttaggaaactgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagta 25564  T
Q  221 taacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcaca 320  Q
    ||||||| || ||||||||||| |   | |||||||  |||||||||||  ||||||||  |||| ||||||  | |||||||   || || ||||||||    
T  25563 taacaaggaaggacatattccccaaatttggggaaacggtacctctaagactcatgtttcggagaatcaaactgtggactctaccgtgccgctcatcaca 25464  T
Q  321 agttacaccaa 331  Q
    |||||||||||    
T  25463 agttacaccaa 25453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 41403 - 41143
Alignment:
Q  73 aaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacata 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||   ||| | |  || || ||||||  |  |||||| |||||    
T  41403 aaatattgaagttgtgataagtcccccaacgcttcaggaatttctccaaaaaactcattgtaggtgatagaaataagctttaattgatgcaaccgacata 41304  T
Q  173 tctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggtt 272  Q
    ||||||| || | ||| ||||| |||||||||| | ||| ||| ||||||| ||| ||||| | |||||| | |   ||| ||| ||||||| |||| ||    
T  41303 tctctttgggaaactggccaccgaagctattgtgggagatgtctagtataataaggaacgaaagattccccaagtcagggaaaacagtacctataagatt 41204  T
Q  273 catgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagttacaccaacc 333  Q
    |||||||  |||| |||||| || ||||||    ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  41203 catgtttcagagaatcaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacc 41143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 23394523 - 23394214
Alignment:
Q  24 accaatagatttgggaatggaaccattaaaattgttatttccaagacgtaaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaaca 123  Q
    ||||||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||    ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23394523 accaatagattgggggataaaaccactaaaattgtttacaccaagatacaaatattgaagtcgtgataagtcccccaacgcttcaggaattcctccaaca 23394424  T
Q  124 aacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacatatctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataa 223  Q
    |||  |||   | | |||  |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| || | |||||||| |||| ||||     ||| |||||||||||    
T  23394423 aaccagttatagtttaaatcaagagactttaatcggcgcaaccgacatatctctttgggaaactgaccactaaagttattacgagagatgtcaagtataa 23394324  T
Q  224 caagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaagt 323  Q
    |||| || |||| |||||| |   | || ||||| ||||| |||||  ||||||||  |||| |||| |  | ||||||||  ||||  |||||||||||    
T  23394323 caaggaaagacagattccccaactttggagaaattgtaccactaagactcatgtttcggagagtcaagctgtggactctatggtgtctctcatcacaagt 23394224  T
Q  324 tacaccaacc 333  Q
     |||||||||    
T  23394223 gacaccaacc 23394214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 57; Significance: 9e-24; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 321
Target Start/End: Original strand, 10332023 - 10332271
Alignment:
Q  73 aaatattgaagttgtgataagtcccccaacgctgcaggaatttctccaacaaacttgttcatggtaaaacgaagaaactttaaccggcgcaaccaacata 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||| | ||  |||||| |||     | | | ||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  10332023 aaatattgaagttgtgataagtcccccaagacaacaggaattccaccttcaaactcgttataacttatatgaagaaactttaatcggcgcaaccgaaata 10332122  T
Q  173 tctctttaggcatctgaccaccaaagctattgttgtagaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaaggtt 272  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||| || |  ||||||||| |||||||||| ||||  ||||| | | | ||||||||  | ||||||||  |    
T  10332123 actctttaggtaactgaccaccaaagctattatttttaaggtcaagtgtaacaagaaaggacaagttccccaagtttggggaaatgttgcctctaagcct 10332222  T
Q  273 catgtttgtgagattcaaaccatagactctattatgtcgttcatcacaa 321  Q
    |||||||  |||| ||||||  |||||||||  |||||| |||||||||    
T  10332223 catgttttggagaatcaaactgtagactctaccatgtcgctcatcacaa 10332271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University