View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4932_high_4 (Length: 320)

Name: NF4932_high_4
Description: NF4932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4932_high_4
NF4932_high_4
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (127-313)||(36607544-36607719)
chr5 (68-203)||(27631838-27631973)
chr5 (236-278)||(27631976-27632018)
chr5 (42-89)||(36607505-36607553)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (49-314)||(12888482-12888742)
chr4 (1-56)||(4329411-4329466)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (58-310)||(36934480-36934728)
chr7 (180-290)||(5892663-5892772)
chr7 (49-173)||(5888807-5888932)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (56-314)||(22696779-22697031)
chr6 (58-209)||(34501274-34501419)
chr6 (212-314)||(34502714-34502813)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (53-314)||(49358791-49359049)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (66-314)||(36593137-36593378)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (66-314)||(38149108-38149351)
chr8 (66-314)||(32919104-32919344)
chr8 (56-312)||(20519238-20519489)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (165-310)||(32946613-32946756)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 127 - 313
Target Start/End: Original strand, 36607544 - 36607719
Alignment:
127 ggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaaggtcatggtttatgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtg 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
36607544 ggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaaggtcatggtttatgat-----------tttggtggttgttagtgatgggtatcacgagtggtg 36607632  T
227 gtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgat 313  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
36607633 gtgttttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatagtgagttcgggggtgtggtgatgatgatgat 36607719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 203
Target Start/End: Original strand, 27631838 - 27631973
Alignment:
68 gtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaaggtc 167  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||  ||||||  | |||| |  ||| ||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||     
27631838 gttttgaatggaggtggtgcagggagtggtgatgccatcttgggtgatgtccacatggtggtgatgtagtctgcatgtggtgatct-cagatctaaggta 27631936  T
168 atggtttat-gatttgatggtgattttggtggttgtt 203  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
27631937 atgatttattgagttgatggtgattttggtggttgtt 27631973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 278
Target Start/End: Original strand, 27631976 - 27632018
Alignment:
236 tgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgt 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
27631976 tgttgagttgggaggcgaaatgttcattgtctctttcttgtgt 27632018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 89
Target Start/End: Original strand, 36607505 - 36607553
Alignment:
42 agtggtggtgctgttgtttttg-gtaagtttcgaatggaggtgatgcag 89  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
36607505 agtggtggtgctgctgtttttttgtaagttttgaatggaggtgatgcag 36607553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 8e-58; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 49 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 12888742 - 12888482
Alignment:
49 gtgctgttgtttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtgg 147  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | |||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
12888742 gtgctgctgtttttggtgaagtttcaaatggaggtgatgcagggagtggtgttgctgtcttaggtgatgtccaagtggtggtgatgcagtctgcgtgtgg 12888643  T
148 tgatcttcaaatctaaggtcatggttta-tgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgg 246  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| | ||| |||||||||||    
12888642 tgatc-tcaaatctaaggtcatggtttattgagttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcacaggtggtggt-tgttggtgttgagttgg 12888545  T
247 gaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    ||||||||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||    
12888544 gaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtg-tggtgagttca--agtgtggcgatgatgatgatg 12888482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 4329411 - 4329466
Alignment:
1 cttcttcttgctgtgttgtggtgggggtgcagagtagaaaaagtggtggtgctgtt 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
4329411 cttcttcttgctgtgttgtggtgggggtgcagagtagaaaaagtggtggtgttgtt 4329466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 58 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36934728 - 36934480
Alignment:
58 tttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttca 156  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||  | |||| |||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||    
36934728 tttttggtgaagtttcgaagggaggtgatgcagggagtggtgctgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgcagcctgagtgtggtgatcttca 36934629  T
157 aatctaaggtcatggtttatgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaat 256  Q
     ||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
36934628 gatcgaaggtcatggtttat-tgttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtggtg-tttggtgttgagttgggaggcgaaat 36934531  T
257 gttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgat 310  Q
     |||| |||||||   || |||| |||||||||| | ||||||| |||||||||    
36934530 attcactgtctct---tcttgtggtggtgagttcggaggtgtggcgatgatgat 36934480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 180 - 290
Target Start/End: Original strand, 5892663 - 5892772
Alignment:
180 ttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtg 279  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
5892663 ttgatggtgattttggtgttcgttagtgatgggtatcacaagtggtggtg-tttggtgttaagttgggaggcgaaatgttcactgtctctttcttgtgtg 5892761  T
280 atggtgagttc 290  Q
     | ||||||||    
5892762 gttgtgagttc 5892772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 173
Target Start/End: Original strand, 5888807 - 5888932
Alignment:
49 gtgctgttgtttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtgg 147  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||   |||||||||||| ||||||  | |||| |||||| ||||||| ||||| | |||||    
5888807 gtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgctgcatagagtggtgttgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgcatgtgg 5888906  T
148 tgatcttcaaatctaaggtcatggtt 173  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||    
5888907 tgatcttcatatctaaggtcgtggtt 5888932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 56 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22697031 - 22696779
Alignment:
56 tgtttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatctt 154  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
22697031 tgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagcagtgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatc-t 22696933  T
155 caaatctaaggtcatggttta-tgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcga 253  Q
    || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||      |||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | ||| |||| || ||||||||||    
22696932 cagatctaaggtcatggattattgagttgatggtga------tggttgttggtgatcggtatcacaagtggtggt-tgttggtgtttagctgggaggcga 22696840  T
254 aatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||| |||||| ||||||    
22696839 aatgttcactgtctctttcttgtgtggtggtgagtttgggggtgtggcgatgatcatgatg 22696779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 58 - 209
Target Start/End: Original strand, 34501274 - 34501419
Alignment:
58 tttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttca 156  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||  | |||| ||||||  |||||||||||| |||||||||           
34501274 tttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgttgggagtggtgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggtagtgatgcagtctgcgtgtggtg------- 34501366  T
157 aatctaaggtcatggttta-tgatttgatggtgattttggtggttgttagtgat 209  Q
     || |||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
34501367 -atataaggtcatggtatattgagttgatggtgattttagtggttgttggtgat 34501419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 314
Target Start/End: Original strand, 34502714 - 34502813
Alignment:
212 gtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatg 311  Q
    ||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||  |||| |||||||||   |||||||| ||||||||||    
34502714 gtatcacaagtggtggt-tgttgctgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttctgtggtggtgagtttgagggtgtggagatgatgatg 34502810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 53 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 49359049 - 49358791
Alignment:
53 tgttgtttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgat 151  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| | |||| || |||||||||  | |||| ||||||   ||||||||| | |||||||||||    
49359049 tgttgtttttggtgaagtttcgaatgaaggtgatgtagggaatggtcttcctgtcttgggtgatgtccaagtgg---tgatgcagtttgcgtgtggtgat 49358953  T
152 cttcaaatctaaggtcatggtttatgat-ttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggagg 250  Q
     | || ||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| |||    
49358952 at-cagatctaaggttatggtttattaagttcatggtgattttggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtggt-ttttggtgttgaggtggaagg 49358855  T
251 cgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
49358854 cgaaatgttcactgtctctttcttgtgtggcggtgagttcaggggtgtggcgatgatgatgatg 49358791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 66 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 36593378 - 36593137
Alignment:
66 aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaagg 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||| |||||  || |||||||| ||| ||||||||    
36593378 aagtttcgaatggaggtgatgcagggagtggtgttgctgttttggatgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgtgtttggtgatc-tcagatctaagg 36593280  T
166 tcatggttta-tgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatg 264  Q
    |||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    ||| |||||||||||||||||||  ||| | ||    
36593279 tcatggattattgagttgatggttattttggtggttgtttgtgatgggtatcacaagtggtgg----ttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactg 36593186  T
265 tctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    ||||||||| ||| | ||| |||||| |||||| || |||||||||||||    
36593185 tctctttcttgtg-ggtggggagttcgggggtggggcgatgatgatgatg 36593137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 314
Target Start/End: Original strand, 38149108 - 38149351
Alignment:
66 aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaagg 165  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||| | |||   ||||| |||||||||||||  || |||||||| ||| ||||||||    
38149108 aagttttgaatggaggtgatgcagggagtggtgcttctgttttggatgatgtgacagtggtggtgatgcagtctgtgtttggtgatc-tcagatctaagg 38149206  T
166 tcatggttta-tgatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatg 264  Q
    |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||    ||| |||||||||||||||||||  ||| | ||    
38149207 tcatggtttattgagttgatggttattttggtggttgttggtgatgagtatcacaagtggtgg----ttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttattg 38149300  T
265 tctctttctcgtgtgatggtgagttc-aggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
38149301 tctctttcttgtgtggtggtgagttcggggggtgtggcgatgatgatgatg 38149351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 314
Target Start/End: Original strand, 32919104 - 32919344
Alignment:
66 aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatcttcaaatctaagg 165  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| ||||| | |||  |||||| |||||||||||||  || ||||||||| || ||||||||    
32919104 aagtttcgaatggaggtgatgcaaggagtg-tgctgctgttttggatgatgttcaagtggtggtgatgcagtctgtgtttggtgatct-catatctaagg 32919201  T
166 tcatggtttat-gatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaatg 264  Q
    ||||  ||||| || |||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    ||| |||||||||||||||||||  ||||| |     
32919202 tcataatttattgagttgatggttattt-ggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtgg----ttggtgttgagttgggaggcgaa--gttcacta 32919294  T
265 tctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatgatg 314  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||||||||    
32919295 tctctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggcaatgatgatgatg 32919344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 20519489 - 20519238
Alignment:
56 tgtttttggt-aagtttcgaatggaggtgatgcaggaagtggtgttgctgtcttggacggtgtctaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatctt 154  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||| || |  | |||| |||||| ||||||  ||||| ||| | |||||||     
20519489 tgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagtagtgttgctgttttaggtgatgtccaagtggtggtgattgagtctgcgttttgtgatct- 20519391  T
155 caaatctaaggtcatggtttatgat-ttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcga 253  Q
    || ||||||| |||||||| ||  | ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||    || ||||||||||||||||||    
20519390 cagatctaagatcatggttgattgtgttgatggagattttggtggttgttggtgatgggtatcataagtggtggt----tggtgttgagttgggaggcga 20519295  T
254 aatgttcaatgtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgatga 312  Q
    |  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
20519294 a--gtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcgggggtatggcgatgatgatga 20519238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 165 - 310
Target Start/End: Original strand, 32946613 - 32946756
Alignment:
165 gtcatggtttat-gatttgatggtgattttggtggttgttagtgataggtatcacgagtggtggtgttttgatgttgagttgggaggcgaaatgttcaat 263  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||      
32946613 gtcatggtttattgagttaatggtaattttggtggttgttggtgatatgtatcacaagtggtggt-tgttgatgttgatttgggaggcgaaatgttcacc 32946711  T
264 gtctctttctcgtgtgatggtgagttcaggggtgtggtgatgatgat 310  Q
    |  ||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||    
32946712 g--tctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggtgacgatgat 32946756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University