View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4934-Insertion-2 (Length: 862)

Name: NF4934-Insertion-2
Description: NF4934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4934-Insertion-2
NF4934-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (24-860)||(43551952-43552785)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 43552785 - 43551952
Alignment:
Q  24 caacctagtacctttatttatagcattcaactgagaga----actgagcatcctaaatataaacaatatatgcacattattgaatggtgactactcgtga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   |||||    
T  43552785 caacctagtacctttatttatagcattcaactgagagagagaactgaacatcctaaatataaacaatatatgcacattattgaataatgact---cgtga 43552689  T
Q  120 ctagaaacgctaggaaatttccctttcatattgcagcatat----ttaaacttctgctactattacatgaaaccttaaagcaagaaaaatggatttcaac 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43552688 ctagaaacgctaggaaatttccctttcatattgcagcatatatatttaaatttctgcttctgttacatgaaaccttaaagcaagaaaaatggatttcaat 43552589  T
Q  216 agtaacatatatatgtgctgtagaaaaataatatgatataatgcactatatttcttggttgattttgacccttcttaattcttattatattttattggat 315  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43552588 agtaacatatatattggctgtagaaaaataatatgatataatgcattatacttcttagttgattttgacccttcttaattcttattatattttattggat 43552489  T
Q  316 gtaagaagatagtgggggctcccaatatttttatcagttctctgaatttagaaagctacaaaaatttgatagtgtatgtttgtttgagaggaagagagag 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43552488 gtaagaagatagtgggggctcccaatatttttatcagttctctgaatttagaaaactacaaaaatttgatagtgtatgtttgtttgagaggaagagagag 43552389  T
Q  416 atttagggaaatttgattttcgaaatgtgagatattggaggtggaggacaaaggtattattgtcaccttttccctgttcctatctaaatggattttatta 515  Q
    | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43552388 aattagggaaaattgattttctaaatgtgagatattggaggtggaggacaaaggtattattgtcaccttttccctgtttctatctaaatggattttatta 43552289  T
Q  516 atcaactttggcaacatgctcgtgtcttcctcaactagtccggttgttacaagacaacatcataggttttttcaagtattatttggcttcactaacaagt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43552288 atcaactttggcaacatgctcgtgtcttcctcaactagtccggttgttacaagacaacatcataggttttttcaagtattatttggcttcactaacaagt 43552189  T
Q  616 tgagtcttaatgagtcctattcttcacttccccaaaaataaaattaagggtacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccttttattacatatttgaattt 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                     | |||||||||||||||||||||||    
T  43552188 tgagtcttaatgagtcctattcttcactcccccaaaaataaaattaagggtacg---------taataataataactccttttattacatatttgaattt 43552098  T
Q  716 cgtaaaatttgtcatgcattttaaatttcaaccgtttgatcttaaattaacaattaaaatt-gttgaatatgattttgttattgtttaatttgagctgtt 814  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43552097 ggtaaaatttgtcatgcattttaaatttcaaccgtgtgatctcaaattaacaattaaaattaattgaatctgattttgttattgtttaatttgaggtgtt 43551998  T
Q  815 taatatcatatgaatattcaagatagcctacaaactatgaatcacg 860  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  43551997 taatatcatatgaatatacgagataacctacaacctatgaagcacg 43551952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University