View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4934_low_5 (Length: 505)

Name: NF4934_low_5
Description: NF4934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4934_low_5
NF4934_low_5
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (24-505)||(14584402-14584885)
chr1 (232-433)||(35320975-35321176)
chr1 (76-467)||(45275422-45275813)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (24-496)||(328763-329235)
chr6 (232-433)||(13998502-13998703)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (24-485)||(16936959-16937420)
chr3 (17-207)||(48538823-48539013)
chr3 (253-467)||(30469995-30470209)
chr3 (80-169)||(25736419-25736508)
chr3 (379-431)||(25736157-25736209)
[»] scaffold0570 (1 HSPs)
scaffold0570 (24-496)||(5959-6431)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (24-496)||(36481883-36482355)
chr4 (376-458)||(33038532-33038614)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (24-290)||(48206289-48206555)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (232-458)||(33306268-33306494)
chr5 (253-353)||(22698912-22699012)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (76-458)||(12995871-12996253)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 24 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 14584885 - 14584402
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| || ||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |      
T  14584885 tgtttcatcatcaaagacataatgaatgaaattgtcattccataccttttgatttggcttgaataaatgagcaacattaagagcatcccacataacttgc 14584786  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| | || || | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||||     
T  14584785 acttctatgttttgttgaaggcatataggatcttttagccaaggttcattccaaacagaaatggattctcccgtgcctatgctccattttaacccgcact 14584686  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccat--gaggatagtatttagct 321  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||  |||||||||||||| | |||||||||| ||  | ||||| |||||||||    
T  14584685 taataaaacctctagcattccaaagacttcgccaaacgtaacttgaattatgtcctatggaagcattaaaataatcactatatgtggataatatttagct 14584586  T
Q  322 ttgagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaacccca 421  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||    
T  14584585 ttgagtaatctagtgattagtgcatccgggttagcgaccatcttccatgcctgctttccgatcatagccaaattgaaagctctaagactcttgaaaccca 14584486  T
Q  422 ttcctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataaccagtgtaaacctctagagttggtagaattatatacccacc 505  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||| | ||||||    
T  14584485 tacctccaaagatcttagggacagagagatgttcccatgataaccagtgtaaaactttagagttagtagagttatgtccccacc 14584402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 232 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 35321176 - 35320975
Alignment:
Q  232 tctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatc 331  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||    
T  35321176 tctctagcattccataaacttctccatacataactaggattatggcctatggaagcactaaagtaatcaccatttggataatatctagctttgagtaatc 35321077  T
Q  332 tagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaa 431  Q
    |||||| ||| | ||| || | ||| ||||  || || || |||||||||||||| |||||||| || |||| ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  35321076 tagtgaggagtgaatcaggatgagtaaccagtttccaagcttgttttccaatcatggccaaattgaaagctcgaaggctcttgaaacccattcctccaaa 35320977  T
Q  432 ga 433  Q
    ||    
T  35320976 ga 35320975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 467
Target Start/End: Original strand, 45275422 - 45275813
Alignment:
Q  76 tttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctatacttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttcc 175  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||| | ||  |||| |||    |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||  ||||    
T  45275422 tttggcttgaaaagatgaccaacagtaagagcatcccacatgatctgcacttctgtaacaggctgaagacaaagcggatcttttaaccacggttgattcc 45275521  T
Q  176 aaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcacataataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattggg 275  Q
    | || || |||  ||||||||| || || ||||| |||||| |   | ||| |  ||||||| ||  ||| |  || ||||| ||||||||||| ||| |    
T  45275522 acactgagatggtttctcccgttccaatactccactttaaaccatgcttaagataatctctaacagaccacaagcttctccagacataacttgggttgtg 45275621  T
Q  276 tcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgt 375  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||  | | ||  || || || ||     
T  45275622 tcctatagaagcactaaaatagtcactatgcggaaaatatttagctttgagtaatttagtgatcaaagaatccgggttgcttatcaacttccaggcctgc 45275721  T
Q  376 tttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataacca 467  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  45275722 tttccgatcatggccaaattaaaagctcggagacttttgaaacccatacctccaaaagttttaggaacagagaggcgttcccaagataacca 45275813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 24 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 329235 - 328763
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  329235 tgtttcatcatcaaaaacatagtgaataaagttttcattccataccttttgatttggcttgaataagtgagcaacagtaagcgcgtcccacataacttgt 329136  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| ||||   || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||  ||| |     
T  329135 acttctgtgaacggttgaaggcagataggatcatttaaccaaggttcattccaaacagaaatggtttctcccgtacctatactccattttaacccgcgct 329036  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagcttt 323  Q
    | | || |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  329035 tgagaaaatctctcgcgttccaaagacttctccaaacgtaacttggattatgtcctaaggaagcattaaaataatcaccatgtggataatatttaacttt 328936  T
Q  324 gagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccatt 423  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||  |||||| || || ||||||    
T  328935 gagtagtctagtgataagtgcatccgggttagtgaccaacttccatgcttgctttccgatcatcgccaagttgaaagcttgaagactcttaaaacccatt 328836  T
Q  424 cctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataaccagtgtaaacctctagagttggtagaattat 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  328835 cctccaaagatcttagggacaaagagacgctcccatgataaccaatgtaatcctcttgaattggtagaattat 328763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 232 - 433
Target Start/End: Original strand, 13998502 - 13998703
Alignment:
Q  232 tctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatc 331  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  13998502 tctctagcattccataaacttctccatacataactaggattatgtcctatggaagcactaaagtaatcactatgtggataatatctagctttgagtaatc 13998601  T
Q  332 tagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaa 431  Q
    |||||| ||| | ||| || | ||| ||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13998602 tagtgaggagtgaatcaggatgagtaaccagttttcaagcctgttttccaatcatggctaaattgaaagctcgaagactcttgaaacccattcctccaaa 13998701  T
Q  432 ga 433  Q
    ||    
T  13998702 ga 13998703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 24 - 485
Target Start/End: Original strand, 16936959 - 16937420
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||| || ||||  || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||      
T  16936959 tgtttcatcattaaagacataatgaatgaaattgtcattccatgccttttgatttggcttgaataaatgagcaaccgtaagagcatcccacatagcctgc 16937058  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| |||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||  ||| |     
T  16937059 acttctgtatttggttgaaggcatataggattttttaaccaaggtttgttccaaacagaaatggattctcctgtgcctatgctccactttaacccgcgct 16937158  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagcttt 323  Q
    | |||| |  |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  16937159 tgataaaacatctagcattccaaagacttcgccaaacatagcttggattatgtcctatgaaagcattaaaataatcactatgtggataatatttagcttt 16937258  T
Q  324 gagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccatt 423  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||     
T  16937259 gagtaatctagtgattagtgcgtctgggttagtgaccatcttccatgtctgttttccgatcatagccaaattgaaagctctaagactcttgaaacccata 16937358  T
Q  424 cctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataaccagtgtaaacctctagagtt 485  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16937359 cctccaaagctcttagggacagagagacgttcccatgataaccagtgtaaacctttagagtt 16937420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 207
Target Start/End: Original strand, 48538823 - 48539013
Alignment:
Q  17 ggtttgatgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48538823 ggtttgatgttccatcatcaaagacatagtgaataaaattgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaataagcaacagtaagagcgtcccacat 48538922  T
Q  117 aacctatacttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctc 207  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48538923 aacctgtacttctgtggttggctgaagacaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatggattctcccgtacctatgctc 48539013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 253 - 467
Target Start/End: Original strand, 30469995 - 30470209
Alignment:
Q  253 ctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatctagtgatgagagcatccgggt 352  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||    
T  30469995 ctccagacataacttgggttgtgtcctatagaagcactaaaatagtcactatgcggaaaatatttagctttgagtaatttagtgatcaaagaatccgggt 30470094  T
Q  353 tagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaagatcttagggacaaagaggca 452  Q
    |  | | ||  || || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||| ||| ||||||     
T  30470095 tgcttatcaacttccaggcctgctttccgatcatggccaaattaaaagctcggagacttttgaaacccatacctccaaaagttttaggaacagagaggcg 30470194  T
Q  453 ttcccatgataacca 467  Q
    |||||| ||||||||    
T  30470195 ttcccaagataacca 30470209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 25736508 - 25736419
Alignment:
Q  80 gcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctatacttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggtt 169  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||||||||  |||| ||||   |||| |||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  25736508 gcttgaacaaatgattaacagtaagggcatcccacataacctgcacttctgtgacaggctaaaggcaaatagattcttttagccaaggtt 25736419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 379 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 25736209 - 25736157
Alignment:
Q  379 ccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaa 431  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||||||||    
T  25736209 ccaatcatacccaaattaaaggccctaaggttcttgaaacccattcctccaaa 25736157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 24 - 496
Target Start/End: Original strand, 5959 - 6431
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |    
T  5959 tgttccatcatcaaaaatatagtgaataaagttttcattccataccttttgatttggcttaaataagtgagcaacagtaagcgagtcccacataacttgt 6058  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| |||| | || ||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| ||| | |||||  ||| |     
T  6059 acttctgtgatcggttgaaggcaaataggatcgtgcaaccaaggttcattccaaactgagatggtttctcccgtacctatactcaactttaacccgcgct 6158  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagcttt 323  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| || ||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  6159 tgataaaatctctcgcattccaaagacttctccaaacataacttggattatgtcctagagaagcactaaagtaatcactatgttgataatatttagcttt 6258  T
Q  324 gagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccatt 423  Q
    ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||  | ||||| ||||||    
T  6259 gagtagtctagtgattaatgcattcgggttagtgaccaacttccatgcttgctttccgatcattgccaaattgaaggctcggaggttcttgaagcccatt 6358  T
Q  424 cctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataaccagtgtaaacctctagagttggtagaattat 496  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||||    
T  6359 cctccaaagatcttagggacagagagacgctcccatgataaccaatgtaagcctcgtgaattggtagaattat 6431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 24 - 496
Target Start/End: Original strand, 36481883 - 36482355
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |    
T  36481883 tgttccatcatcaaaaatatagtgaataaagttttcattccataccttttgatttggcttaaataagtgagcaacagtaagcgtgtcccacataacttgt 36481982  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| |||| | || ||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| ||| | |||||  ||| |     
T  36481983 acttctgtgatcggttgaaggcaaataggatcgtgcaaccaaggttcattccaaactgagatggtttctcccgtacctatactctactttaacccgcgct 36482082  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagcttt 323  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| || ||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  36482083 tgataaaatctctcgcattccaaagacttctccaaacataacttggattatgtcctagagaagcactaaagtaatcactatgttgataatatttagcttt 36482182  T
Q  324 gagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccatt 423  Q
    ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||  | ||||| ||||||    
T  36482183 gagtagtctagtgattaatgcattcgggttagtgaccaacttccatgcttgctttccgatcattgccaaattgaaggctcggaggttcttgaagcccatt 36482282  T
Q  424 cctccaaagatcttagggacaaagaggcattcccatgataaccagtgtaaacctctagagttggtagaattat 496  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||||    
T  36482283 cctccaaagatcttagggacagagagacgctcccatgataaccaatgtaagcctcgtgaattggtagaattat 36482355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 376 - 458
Target Start/End: Original strand, 33038532 - 33038614
Alignment:
Q  376 tttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaagatcttagggacaaagaggcattccca 458  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||| | ||||||||||||  ||||||| ||| |||| | ||||||    
T  33038532 tttccaatcatggccaaattaaaagctctgatactcttgaatctcattcctccaaatgtcttaggaacagagagacgttccca 33038614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 48206555 - 48206289
Alignment:
Q  24 tgttccatcatcaaagacatagtgaataaagttgttgtttcataccttctgatttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctat 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  48206555 tgttccatcatcaaatacatagtgaataaagttttcattccataccttttgatttggcttgaataagtgagcaacagtaagcgcgtcccacataacttgt 48206456  T
Q  124 acttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttccaaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcaca 223  Q
    |||| | || | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||    | |     
T  48206455 acttatatgatcggttgaaggcaaataggatcatttaaccaaggttcattccaaacagagatggtttctcccgtacctatattccattttaaccaacgct 48206356  T
Q  224 taataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcact 290  Q
    | |||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||  ||||||||    
T  48206355 tgataaaatctctcacgttccaaagacttctccaaacataatttggattatgtcctaaagaagcact 48206289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 232 - 458
Target Start/End: Original strand, 33306268 - 33306494
Alignment:
Q  232 tctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatc 331  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  33306268 tctctagcattccataaacttctccatacataactaggattatggcctatggaagcactaaagtaatcaccatgtggataatatctagctttgagtaatc 33306367  T
Q  332 tagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgttttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaa 431  Q
    |||||| ||| | ||| || | ||| ||||  || || || |||||||||||||| |||||||| || |||| ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  33306368 tagtgaggagtgaatcaggatgagtaaccagtttccaagcttgttttccaatcatggccaaattgaaagctcgaaggctcttgaaacccattcctccaaa 33306467  T
Q  432 gatcttagggacaaagaggcattccca 458  Q
    ||  ||||| ||  |||| ||||||||    
T  33306468 gactttaggaactgagagacattccca 33306494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 253 - 353
Target Start/End: Original strand, 22698912 - 22699012
Alignment:
Q  253 ctccaaacataacttggattgggtcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatctagtgatgagagcatccgggt 352  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||    
T  22698912 ctccagacataacttgggttgtgtcctaaagaagcactaaaataatcactatgtggaaaatatttagctttgagtaatttagtgatcaaagaatccgggt 22699011  T
Q  353 t 353  Q
    |    
T  22699012 t 22699012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 9e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 12996253 - 12995871
Alignment:
Q  76 tttggcttgaataaatgagcaacagtaagagcgtcccacataacctatacttttgtggttggctgaaggcaaataggatcttttaaccaaggttcgttcc 175  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||| | ||  |||| |||    |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||  ||||    
T  12996253 tttggcttgaaaagatgaccaacagtaagagcatcccacatgatctgcacttctgtaacaggctgaagacaaagcggatcttttaaccacggttgattcc 12996154  T
Q  176 aaacagaaatgaattctcccgtacctatgctccattttaaatcgcacataataacatctctagcattccaaagactcctccaaacataacttggattggg 275  Q
    | || || |||  ||||||| | || || ||||| |||||| |   | ||| |  ||||||| ||  ||| |  || ||||| ||||||||||| ||| |    
T  12996153 acactgagatggtttctcccattccaatactccactttaaaccatgcttaagataatctctaacagaccacaagcttctccagacataacttgggttgtg 12996054  T
Q  276 tcctatggaagcactgaaataatcaccatgaggatagtatttagctttgagtaatctagtgatgagagcatccgggttagtgaccatgtttcatgcatgt 375  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||  | | ||  || || || ||     
T  12996053 tcctatagaagcactaaaatagtcactatgcggaaaatatttagctttgagtaatttagtgatcaaagaatccgggttgcttatcaacttccaggcctgc 12995954  T
Q  376 tttccaatcatagccaaattaaaggctctaagacttttgaaccccattcctccaaagatcttagggacaaagaggcattccca 458  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||| ||| |||||| ||||||    
T  12995953 tttccgatcatggccaaattaaaagctcggagacttttgaaacccatacctccaaaagttttaggaacagagaggcgttccca 12995871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University