View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4936-Insertion-2 (Length: 879)

Name: NF4936-Insertion-2
Description: NF4936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4936-Insertion-2
NF4936-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-875)||(53108760-53109631)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (361-875)||(43921967-43922483)
chr7 (8-360)||(43922507-43922854)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 756; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 53109631 - 53108760
Alignment:
Q  8 gtttattgtataaagccttatgtgtaagatgtttctacaattagatggggaataaaggcaaactctgcacaagttctgaataatttgttattgtaagtta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53109631 gtttattgtataaagccttatgtgtaagatgtttctacaattagatggggaataaaggcaaactccgcacaagttctgaataatttgttattgtaagtta 53109532  T
Q  108 tcttggagaaattagaaaaatatgctgaaatcaccatataggtatataatgagctatttttaatgagttttgcatttccagccttatatatttattattg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  53109531 tcttggagaaattagaaaaatatgctgaaatcaccatatagttatataatgagctatttttaatgagttttgcatttctagccttatatatttattattg 53109432  T
Q  208 ttatacaaatctaaataagctcttccaatccacccctttaaacaagctttaaaaattgaaagcagaatatctttctaatgcacttgatctggtgcaggaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53109431 ttatacaaatctaaataagctctttcaatccacccctttaaacaagctttaaaaattgaaagcagaatatctttctaatgcacttgatctggtgcaggaa 53109332  T
Q  308 actccaaattcttaaaagatgtgaaacgtccatccacaaccaaattatgcccgtgcaaggtaaagtgaggcattagcaatatcaccgggttcataattcg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53109331 actccaaattcttaaaagatgtgaaacctccatccacaaccaaattatgcccgtgcaaggaaaagtgcagcattagcaatatcaccgggttcacaattcg 53109232  T
Q  408 ctcctttcaggacaca------ttacgaacactttctacaagttgctgcgaatcaagatgtggatatatctgttccatttcgctcatgacaaaagtagta 501  Q
    ||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53109231 ctcctttcaggacacaccaacattacgaacaatttctacaagtcgctgcgaatcaagatgtggatatatctgttccatttcgctcatgacaaaaggagta 53109132  T
Q  502 ggaatagcaaaaggcgatatacaattgactcggatttcatgcctgtatagctctgaagccatggatttaacaatgcctataaccacaaacttggatacag 601  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53109131 ggaatagcaaaaggcggtatacaattgactcggattccatgcctgtatagctctgaagccatggatttaacaatgcctataaccacaaacttggatacag 53109032  T
Q  602 agtatgtatgctgtgccatccctccaatcacaccagtgacactggcggtgcatagaatggatccagttccacgcaggatcattacacgcgctgcatgctt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53109031 agtatgtatgctgtgccatccctccaatcacaccagtgacactggcggtgcatagaatggatcctgttccacgcaggatcattacacgcgctgcatgctt 53108932  T
Q  702 gatgcttgccagccataacgccacgaaca-ttattttcatgactttgtcaaacgattctagatcgaggtcaacaacgtttggaggagttttgcagggtat 800  Q
    ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53108931 ga----tgccagccataacgccacgaacatttattttcatgactttgtcaaacgattctagatcgaggtcaacaatgtttggaggagttttgcagggtat 53108836  T
Q  801 ccctgcattgttatacatgatatcaagttgtttgtattcagaaac-gcgaaatcaactgcatctgatatgtctgat 875  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53108835 ccctgcattgttatacatgatatcaagttgtttgtattcagaaacggcgaaatcaactgcatctgatatgtctgat 53108760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 361 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 43922483 - 43921967
Alignment:
Q  361 tgcaaggtaaagtgaggcattagcaatatcaccgggttcataattcgctcctttcaggacac----attacgaacactttctacaagttgctgcgaatca 456  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  43922483 tgcaaggtaaagcgccgcattagcaatatcattcggttcacaattcgctcctttcaggacaccaacattacgaacaatttctacaagtcgctgtgaatca 43922384  T
Q  457 agatgtggatatatctgttccatttcgctcatgacaaaagtagtaggaatagcaaaaggcgatatacaattgactcggatttcatgcctgtatagctctg 556  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||    
T  43922383 agatgcggatatatctgatccatttcgttcatgacaaaaggagtaggaatggcaaaaggcgatatacaattgactctgattccatgcccggatagctctg 43922284  T
Q  557 aagccatggatttaacaatgcctataaccacaaacttggatacagagtatgtatgctgtgccatccctccaatcacaccagtgacactggcggtgcatag 656  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43922283 aagccagagattttacaatgcctataaccgcaaactttgataccgagtatgtatgctgtgccatccctccaatcactccagtgacactggcagtgcatag 43922184  T
Q  657 aatggatccagttccacgcaggatcattacacgcgctgcatgcttgatgcttgccagccataacgccacgaacatt-attttcatgactttgtcaaacga 755  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||| | |||||||||||    |||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  43922183 aatggatccagtcccacgagggatcattacacgtgttgcatgcttga----tgccagccataacgccgcggacattaatttccatgactttgtcaaacaa 43922088  T
Q  756 ttctagatcgaggtcaacaacgtttggaggagttttgcagggtatccctgcattgttatacatgatatcaagttgtttgtattcagaaac-gcgaaatca 854  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  43922087 ttctagatcgaggttaacaatgcttggtggagttttacagggtattcctgcattgttatacatgatatcgagttgtttgtattcagaaacggaaaaatca 43921988  T
Q  855 actgcatctgatatgtctgat 875  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  43921987 actgcgtctgatatgtctgat 43921967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 43922854 - 43922507
Alignment:
Q  8 gtttattgtataaagccttatgtgtaagatgtttctacaattagatggggaataaaggcaaactctgcacaagttctgaataatttgttattgtaagtta 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||    
T  43922854 gtttattgtataaagcgttatgtgtaagatgtttctacaatcagatagggtagaaaggtaaactccgcacaagttctgaataatttctttttataaggta 43922755  T
Q  108 tcttggagaaattagaaaaatatgctgaaatcaccatataggtatataatgagctatttttaatgagttttgcatttccagccttatatatttattattg 207  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||   | |||||||||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||    ||      
T  43922754 tcttggagaaattagaaaaataagctgaattcaccatataacaa-ataatgagctattttttataagctttgcttttccaaccttatatatt----atca 43922660  T
Q  208 ttatacaaatctaaataagctcttccaatccacccctttaaacaagctttaaaaa-ttgaaagcagaatatctttctaatgcacttgatctggtgcagga 306  Q
    ||| |||| |||| | |||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  43922659 ttagacaagtctagacaagctctttcaatcgcctcctttaaacaagcattaaaaaattgaaagcagaagctctt-ctactgcgcttgatctggtgcagga 43922561  T
Q  307 aactccaaattcttaaaagatgtgaaacgtccatccacaaccaaattatgcccg 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43922560 aactccaaattcttaaaagatgtgaaacctccatccacaaccaaattatgcccg 43922507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University