View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4939_low_1 (Length: 730)

Name: NF4939_low_1
Description: NF4939
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4939_low_1
NF4939_low_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (16-721)||(20829828-20830533)
chr3 (75-568)||(51506687-51507184)
chr3 (616-691)||(51506559-51506634)
[»] scaffold0148 (1 HSPs)
scaffold0148 (16-721)||(31721-32426)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-721)||(44930641-44931346)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-721)||(47057186-47057891)
[»] scaffold0177 (2 HSPs)
scaffold0177 (119-501)||(23947-24332)
scaffold0177 (616-691)||(23748-23823)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 20830533 - 20829828
Alignment:
Q  16 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20830533 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 20830434  T
Q  116 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  20830433 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggtttttttgtaagtgacaatgggatgaagtatg 20830334  T
Q  216 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtcnnnnnnngagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20830333 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtctttttttgagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactgctggaga 20830234  T
Q  316 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20830233 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 20830134  T
Q  416 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20830133 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 20830034  T
Q  516 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20830033 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacag 20829934  T
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20829933 tgaagaagagagggacttggggttagatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 20829834  T
Q  716 gatgat 721  Q
    ||||||    
T  20829833 gatgat 20829828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 51507184 - 51506687
Alignment:
Q  75 tcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtgttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttca 174  Q
    |||| ||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||      
T  51507184 tcaattgtgttttcttttttaccctaaaatcatattgtgtgtgtgaacttaccattttgccctttgttttggcaggtatggcttttacagctgtattttt 51507085  T
Q  175 tgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatgtgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtc-nnnnnnnga 273  Q
    ||| |||||       |||||||| ||||| |||||||||| |||||| | ||||| || |||||| ||||| ||  | |||||||||||        ||    
T  51507084 tgtgaagggcttttttgtaagtgaaaatggaatgaagtatgagggtggtgttactcgtgtaatggagggtctggatgatgataggtggtcttttttttga 51506985  T
Q  274 gattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggagaatttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggtt 373  Q
    |||| |||| | | |||| ||||| |||| |  |  ||||   | || |||||||||||| ||| |||| || ||| ||||| |||| ||| ||||| ||    
T  51506984 gattgaaggtattatgaaggagttagacaaagatcatggaagctctagaatgtggtggaagcctgcaacaatttcattagatgctggattgatcaagatt 51506885  T
Q  374 ggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctactgatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatg 473  Q
    ||||||||||||||||||  ||  ||  | |||||||||  ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| | ||    
T  51506884 ggtgatgatgaagatgctggcatcattgctaagtatgctgttgaacacaatgctagagttgagatatatgtggagtatataactgaagttaatgctactg 51506785  T
Q  474 caagttatcctgtgtgtttggacaatgaca---gtgtgagaaaagacaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgat 568  Q
    ||  ||||| ||| ||| ||||| |||| |    ||||| | |  | ||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||| ||||    
T  51506784 catattatcatgtttgtatggaccatgaaaagtctgtgaaagataaaaaaggcaagggtgtggcaattccaacatatgaatctggttctgatgctgat 51506687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 51506634 - 51506559
Alignment:
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttct 691  Q
    |||||| |||| || |||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  51506634 tgaagaggagaaggtcttggggttggatgatgggtttgaagaagagctagttgaatttgctggtgaaggaacttct 51506559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0148 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0148
Description:

Target: scaffold0148; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 32426 - 31721
Alignment:
Q  16 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32426 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 32327  T
Q  116 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  32326 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggtttttttgtaagtgacaatgggatgaagtatg 32227  T
Q  216 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtcnnnnnnngagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32226 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtctttttttgagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactgctggaga 32127  T
Q  316 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32126 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 32027  T
Q  416 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 515  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32026 gatcacaatgctccaattgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 31927  T
Q  516 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31926 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacag 31827  T
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31826 tgaagaagagagggacttggggttagatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 31727  T
Q  716 gatgat 721  Q
    ||||||    
T  31726 gatgat 31721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 721
Target Start/End: Original strand, 44930641 - 44931346
Alignment:
Q  16 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44930641 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 44930740  T
Q  116 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  44930741 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggtttttttgtaagtgacaatgggatgaagtatg 44930840  T
Q  216 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtcnnnnnnngagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44930841 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtctttttttgagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactgctggaga 44930940  T
Q  316 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44930941 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 44931040  T
Q  416 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44931041 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 44931140  T
Q  516 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44931141 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacag 44931240  T
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 715  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44931241 tgaagaagagagggacttagggttagatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 44931340  T
Q  716 gatgat 721  Q
    ||||||    
T  44931341 gatgat 44931346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 47057891 - 47057186
Alignment:
Q  16 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47057891 gtattgaatacatgtggggtagagcagtaatgttgggtttgaaatctttatgtttggaatcaactgtattttcgtttttgccttaaaatcagattgtgtg 47057792  T
Q  116 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  47057791 ttggaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggtttttttgtaagtgacaatgggatgaagtatg 47057692  T
Q  216 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtcnnnnnnngagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47057691 tgggtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtctttttttgagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactgctggaga 47057592  T
Q  316 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47057591 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 47057492  T
Q  416 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacagtgtgagaaaag 515  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47057491 gatcacaatgctccaattgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatgacggtgtgagaaaag 47057392  T
Q  516 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  47057391 acaaaggcaagggtgtggctattcctactgatgagtctggttctgatgatgattattgtgaaagtgagcattcagatttggatgtaagcattgaagacag 47057292  T
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47057291 tgaagaagagagggacttggggttagatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttctcaagttagacaacctaatgatgtt 47057192  T
Q  716 gatgat 721  Q
    ||||||    
T  47057191 gatgat 47057186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 119 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 24332 - 23947
Alignment:
Q  119 gaacttaccattttgccctttgttttggtaggtatggcttttacaagtatatttcatgttaagggnnnnnnngtaagtgacaatgggatgaagtatgtgg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||| |||||       | |||||| ||||| |||||||||| ||    
T  24332 gaacttaccattttgccctttgttttggcaggtatggcttttacaactgtattttttgtgaagggcttttttgcaagtgaaaatggaatgaagtatgagg 24233  T
Q  219 gtggcgctactcatgcaatggatggtctagacaaagataggtggtc---nnnnnnngagattcaaggaactgtgaaagagttggacacaactactggaga 315  Q
    |||| | |||||||| |||||| ||||| ||  | |||||||||||           ||||| |||| | |||||| ||||| |||| |  | |||||      
T  24232 gtggtgttactcatgtaatggagggtctggatgatgataggtggtctttttttttttagattgaaggtattgtgaaggagttagacaaagatcctggaag 24133  T
Q  316 atttaaaatgtggtggaaacctacaactatatcactagattctggtttgttcaaggttggtgatgatgaagatgcttccaaaatatcaaagtatgctact 415  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| || ||| |  || |||| ||| ||||| |||| |||||| ||||||||  ||  ||    ||||||| |  |    
T  24132 ctttagaatgtggtggaagcctacaacaatttcattgtatgctggattgatcaagattggcgatgataaagatgctagcatcattagtaagtatgttgtt 24033  T
Q  416 gatcacaatgctccagttgaaatatatgtggagtatgtaaatgaagctaatgcaaatgcaagttatcctgtgtgtttggacaatga 501  Q
    || |||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||| || | ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||    
T  24032 gaacacaatgctagagttgagatatatgtggagtatataactgaagttaaggctactgcaaattatcatgtttgtttggaccatga 23947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 616 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 23823 - 23748
Alignment:
Q  616 tgaagaagagagggacttggggttaaatgatggatttgaagaagagctggttgagtttgctggtgaaggaacttct 691  Q
    |||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  23823 tgaagaggagagggtcttggggttggatgatggatttgaagaagagctagttgaatttgctggtgaaggaacttct 23748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University