View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4940-Insertion-2 (Length: 748)

Name: NF4940-Insertion-2
Description: NF4940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4940-Insertion-2
NF4940-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-745)||(20488155-20488889)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 688; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 688; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 745
Target Start/End: Original strand, 20488155 - 20488889
Alignment:
Q  8 tctcctccttctcctaccaccaggactctcatcttcatctttcatggattgtgaacttgattttgatttcttcttcttcgatgttgattgattgaagaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  20488155 tctcctccttctcctaccaccaggactctcatcttcatctttcatggattgtgaacttgattttgatttct---tcttcgatgttgattgattgaagaga 20488251  T
Q  108 gaattcaagaaacttgcaagtctaccacctggtgagctaggttgtttgttgggtttcttctctttcatttgtttctgatcaattcctccatgaaattgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20488252 gaattcaagaaacttgcaagtctaccacctggtgagctaggttgtttgttgtgtttcttctctttcatttgtttctgatcaattccaccatgaaattgtt 20488351  T
Q  208 gtggaagtaagcttctcattggcatgtctaagcttattctacctttgtatccattcctttcttctctcataatcttttgtgtgaaagttgagctattatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20488352 gtggaagtaagcttctcattggcatgtctaagcttattctacctttgtatccattcctttcttctctcataatcttttgtgtgaaagttgagctattatt 20488451  T
Q  308 gtatccaattacttcattgtatcctgagaagtatcttgatgcttcaaacacatcaagctcaccagaatcatttcttctgtggaaggatttcttattgtgg 407  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20488452 gtatccaataacttcattgtatcctgagaagtatcttgatgcttcgaacacatcaagctcaccagaatcatttcttctgtggaaggatttcttattgtgg 20488551  T
Q  408 ttcatttcttggtctataataagtcctgctagggacatggtgtaataatctctgatgtttttgcaaatttagaatgtttgaaaagtatggttaggaatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20488552 ttcatttcttggtctataataagtcctgctagggacatggtgtaataatctctgatgtttttgcaaatttagaatgtttgaaaagtatggttaggaatat 20488651  T
Q  508 gtaacaagaggatgaggctatatcaaggatggtaagatgatatcaaaggggtttgaaatgattgagagtagtgtgggatggtcagtttagaataatcaac 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20488652 gtaacaagaggatgaggctatatcaaggatggtaagatgatatcaaagggttttgaaatgattgagagtagtgtgggatggtcagtttagaataatcaac 20488751  T
Q  608 aactctagccatgattttatatgatgaggaggagtttttgtgtaggaccagcatgatgtgaatatatgcattaagtacttacacttcacatcgaaggagt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20488752 aactctagccatgattttatatgatgaggaggagtttttgtgtaggaccagaatgatgtgaatatatgcattaagtacttacacttcacatcgaaggtgt 20488851  T
Q  708 gtctagtgtccgacacataggagtgtccaatacgcaca 745  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  20488852 gtctagtgtccgacacataagagtgtccaatacccaca 20488889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University