View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4942-Insertion-2 (Length: 814)

Name: NF4942-Insertion-2
Description: NF4942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4942-Insertion-2
NF4942-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (5-814)||(31776847-31777658)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 31777658 - 31776847
Alignment:
Q  5 acactaatgatatcttcaatctgcaatatctttgtaactataaa----gttatgttgtgattttgacattagcttaatttcctcttcatgttacatatta 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  31777658 acactaatgatatctacaatctgcaatatctttgtaactatatatatagttatgttgtgattttgacattagcttaatttcctcctcgtgttacatatta 31777559  T
Q  101 gtgatattgagttaatgattctcatttgctaaatatatgtgatatttattgtatagtaatagtatatcatcaattaaagttttctattataatcccatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  31777558 gtgatattgagttaatgattctcatttgctaaatatatgtgatatt-attgtatagtaatagtatatcatcaattaaagttttctatcataatcccataa 31777460  T
Q  201 aattatgacgttatggtggtagatacttagacttcttaactatatagtcaatgtcgatgggacttggcaggagagcaggtagatctgccacccaaagtcc 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31777459 aattatgacgttatagtggtagatatttagacttcttaactatatagtcaatgtcgatgggacttagcaggagagcaggtagatctgccacccaaagtcc 31777360  T
Q  301 cccaagtctccgtccccgttcttcgtcacggggagacttcttcacgtgtcgccgaaccggtagattccttgggttcttgcgggaacctgtagaagtttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31777359 cccaagtctccgtccccgttcttcgtcacagggagacttcttcacgtgtcgccgaacctgtagattccttgggttcttgcgggaacctgtagaagtttgg 31777260  T
Q  401 agtgaaagccactctttttaacttaaaatatgaaaagaaagcaatagtatattacacatatgtttgtttctttggtacagcgtagtaaactcacgtttgg 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31777259 agggaaagccactctttttaacttaaaatatgaaaagaaagcaatagtatattacacatatgtttgtttctttggtacagcgtagtaaactcacgtttgg 31777160  T
Q  501 agagaagacactctttttagctaatttcctcttagacgttaaaccaaacaaatactacaatgtgcttaaagacataatattttgtgaaaagtgtagatgg 600  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31777159 tgagaagatactctttttagctaatttcctcttagacgttaaaccaaacaaatactacaatgtgcctaaagacataatattttgtgaaaagtgtagatgg 31777060  T
Q  601 atcttactctttttaaaaatgtatttcaatgtttaaatcaaccataaagttcaagaaggatcaaaaggacaataatattataaaacattagttcaataat 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31777059 atcttactctttttaaaaatgtatttcaatgtttaaatcaaccataaagttcaagaaggatcaaaaggactataatattagaacacattagttcaataat 31776960  T
Q  701 tttcaatagttaatgagacttaacaacaagaaacaaaaatcaagttttttcccattaagtgggtcaatcaggcttnnnnnnnngttttaatatatgtttc 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||    
T  31776959 tttcaatagttaatgagacttaacaacaag-aacaaaaatcaagttttttcccattaagtgggtcaatcaggcttaaaaaaaagttttaatatatgtttc 31776861  T
Q  801 ctaaaatttcaata 814  Q
    ||||||||||||||    
T  31776860 ctaaaatttcaata 31776847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University