View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4945-Insertion-2 (Length: 728)

Name: NF4945-Insertion-2
Description: NF4945
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4945-Insertion-2
NF4945-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (35-728)||(31444300-31444985)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 728
Target Start/End: Original strand, 31444300 - 31444985
Alignment:
Q  35 tcccacttaagaaagtctcaaatagtcacgtattaagtaattgtcttttcaactataaaatagagatgaaaaacaaaacttaaaaccaaaatcaatgaac 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  31444300 tcccacttaagaaagtctcatatagtcacgtattaagtaattgtcttttcaactataaaatagagatgaaaaacaaaattcaaaaccaaaatcaatgaac 31444399  T
Q  135 ttatttagtattgtaacacgtgttttttagagcaacttggttttttcttagttgcctatcaaaactgtgtaatttattcatcaatcaataaaaattagtc 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31444400 ttatttagtattgtaacacgtgttttttagagcaacttggttttttcttagttgcctatgaaaactgtgtaatttattcatcaatcaataaaaattagtc 31444499  T
Q  235 acataagtgaatacgtaaatagggtaaaaattaatttgtgaagactacttgtattggttaa-ttttatcgacagttaaataaatcaccttcaattcatca 333  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31444500 acataagtaaatacataaatagggtaaaaactagtttatgaagactacttgtattggttaatttttatcgacggttaaataaatcaccttcaattcatca 31444599  T
Q  334 aggcaacctagacttcacctcgtaactttttaaactacccaaaattcgattcttttatgaattatgcaaggtaggttaagatggttggaaatcacattca 433  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  31444600 aggcaacctagacttcaccttgtaactttttaaactacccaaaattctatac-tttatgaattatgcaaggtaggttaagatggttggaaatcaca---a 31444695  T
Q  434 tcgatcccacc-nnnnnnngtgggctaaataggtcaacccacatgtccaactcactttgtcagaaaaattcttacataaaatcacttttaaatggatgct 532  Q
       ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  31444696 ctcatcccaccaaaaaaaagtgggctaaataggtcaacccacatgtccaactcactttgccagaaaaatccctacataaaatcatttttaaatggatgct 31444795  T
Q  533 acatccgcacatctaaggacggaggtagaaattaagcttaggggaccaaaattgagtgtataacttagtaaagaaaaggtaacttttacttaggtaaaat 632  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31444796 acatccacacatctaaggacggaggtagaaattaagtttaggggaccaaaattgagtgtataacttagtaaagaaaaggtaacttttacttaggtaaaat 31444895  T
Q  633 tgataacaaattnnnnnnnnnnnnnntcataagatatattcaaaatgaatattgccaaacaaaaagaactaacttttacttctgaagttatatttg 728  Q
      ||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31444896 --ataacaaatt----aaaaaaaaaatcataagatatattcaaaatgaatattgccaaacaaaaagaactaacttttacttctgaagttatatttg 31444985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University