View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4946-Insertion-2 (Length: 589)

Name: NF4946-Insertion-2
Description: NF4946
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4946-Insertion-2
NF4946-Insertion-2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-589)||(3780223-3780804)
chr8 (360-538)||(4076859-4077037)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (354-536)||(33594436-33594618)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (354-536)||(25955877-25956059)
chr5 (354-534)||(1501287-1501468)
chr5 (359-536)||(38280190-38280367)
chr5 (354-536)||(42250116-42250298)
chr5 (376-530)||(7886377-7886530)
chr5 (360-534)||(38951387-38951570)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (354-536)||(52055065-52055247)
chr4 (360-486)||(1158222-1158348)
chr4 (374-536)||(49866670-49866821)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (354-536)||(2286458-2286640)
chr7 (354-537)||(11765707-11765890)
chr7 (354-536)||(496683-496865)
chr7 (359-536)||(7527181-7527358)
chr7 (361-536)||(23844642-23844817)
chr7 (360-536)||(42535132-42535307)
chr7 (372-534)||(40855070-40855233)
chr7 (354-508)||(25185878-25186032)
chr7 (354-497)||(48057655-48057798)
chr7 (354-470)||(31427243-31427361)
chr7 (489-534)||(31427170-31427215)
chr7 (436-484)||(4649281-4649329)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (354-526)||(47940826-47940998)
chr3 (359-534)||(49786398-49786573)
chr3 (354-536)||(8436813-8436995)
chr3 (376-503)||(8153001-8153128)
chr3 (360-457)||(48778969-48779066)
chr3 (354-454)||(29836769-29836868)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (354-536)||(13922185-13922367)
chr2 (375-538)||(11828978-11829141)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (354-534)||(20186760-20186940)
chr1 (353-536)||(30339635-30339818)
chr1 (354-537)||(51787272-51787454)
chr1 (360-536)||(9672889-9673062)
chr1 (352-467)||(43740393-43740508)
chr1 (492-536)||(43740309-43740352)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 3780804 - 3780223
Alignment:
Q  8 tttccctcgtcctacatattcttaaggatcttatggaattaaagctacatagttctgcttcgttatgagttttggggtattttctcatactgtttgaatg 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  3780804 tttccctcgtcctacgtattcttaaggatcttatggaattaaagctacgtagttctgcttccttatgagttttggggtattttctcttactgtttgagtg 3780705  T
Q  108 aaaggtgtatttatagatgtgacagtcaacctcttttcttatagttaaaggagcctcttttctgacttgattgttccttaagctatattttttccattcc 207  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3780704 aagggtgtatttatagatgtgacagacaacctcttttcttattgttaaaggagcctcttttctgacttgattgttccttaagctatattttttccattcc 3780605  T
Q  208 acagtcacccagacaagagcttcgtaaggacggagtgattaagtttaattctagggagattatctgacttggtcgttccttaatgctatattaatttagt 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3780604 acagtcgcccagacaagagcttcgtaaggacggagtgattaagtttaattctagggagattatctgacttggtcgttccttaatgctatattaatttagt 3780505  T
Q  308 ccagtgttaatacaatatagaaaactcatttgtatccacaccacacgagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccataca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3780504 ccagtgttaatacaatatagaaaactcatttgtatccacaccacacaagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacaca 3780405  T
Q  408 aacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3780404 aacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatga 3780305  T
Q  508 aaatatgagtggtctaccaatcattttcccaccacaccatcatgcactttccatttttaacttttgtccattattttcccgg 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  3780304 aaatatgagtggtctaccaatcattttcccaccacaccatcatgcactttccatttttttctcttgtccattattttcccgg 3780223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 360 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4077037 - 4076859
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 459  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  4077037 tgatacatgcatacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctctcttcctttt 4076938  T
Q  460 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccca 538  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076937 catccatctctctcctctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttccca 4076859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 33594618 - 33594436
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  33594618 gagtagtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctctt 33594519  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33594518 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 33594436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 25956059 - 25955877
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  25956059 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 25955960  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25955959 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 25955877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 354 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 1501468 - 1501287
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  1501468 gagtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctctctt 1501369  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgt-aggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501368 ctctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 1501287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 359 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 38280367 - 38280190
Alignment:
Q  359 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  38280367 gtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 38280268  T
Q  459 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38280267 tcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 38280190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Original strand, 42250116 - 42250298
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||  || |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||||||    
T  42250116 gagtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctctt 42250215  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42250216 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 42250298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 376 - 530
Target Start/End: Original strand, 7886377 - 7886530
Alignment:
Q  376 ataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcct 475  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| | | | |||||||||||||||||||||  |||||| |||     
T  7886377 ataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttccctttcatatatctctctccc 7886476  T
Q  476 ctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatca 530  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7886477 ctcaaatatgta-gggtgtatgggtggtatgaaaatattagtggtctaccaatca 7886530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 360 - 534
Target Start/End: Original strand, 38951387 - 38951570
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 459  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||| | ||| ||| ||| | ||||| |||||| |||| || |||| | || ||||||||| ||| | |||||| |    
T  38951387 tgatacatgcacattcatagatggcatatatacttaaatctcaacacaaatatgtgatatgtggcttaaatttcacaaacactttatcttttttccctat 38951486  T
Q  460 catccatctct-ttcc--------tctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
    ||||||||||| ||||        ||||  |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38951487 catccatctctcttccgtctctcttctctcatagctaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctatcaatcatttt 38951570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 52055247 - 52055065
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  52055247 gagtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 52055148  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52055147 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 52055065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 360 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 1158348 - 1158222
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 459  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | | ||||| ||||||||||||||||||    
T  1158348 tgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttcccttt 1158249  T
Q  460 catccatctctttcctctcaaatatgt 486  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  1158248 cattcatctctctcctctcaaatatgt 1158222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 374 - 536
Target Start/End: Original strand, 49866670 - 49866821
Alignment:
Q  374 ccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttc 473  Q
    |||||||||| |||||| || |||||| || ||||| |||||||||||  | || ||  || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  49866670 ccataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctc 49866769  T
Q  474 ctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    |||||| |           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49866770 ctctcata-----------gtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 49866821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Original strand, 2286458 - 2286640
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  2286458 gagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 2286557  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2286558 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 2286640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 354 - 537
Target Start/End: Original strand, 11765707 - 11765890
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  11765707 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctctt 11765806  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 537  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11765807 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 11765890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Original strand, 496683 - 496865
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  496683 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 496782  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  496783 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 496865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 359 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 7527358 - 7527181
Alignment:
Q  359 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 458  Q
    |||||||||| | || ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||   ||    
T  7527358 gtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctcttttttttt 7527259  T
Q  459 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7527258 tcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 7527181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 361 - 536
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844817
Alignment:
Q  361 gatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttc 460  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||| ||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  461 atccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaaatatgagtggtttatcaatcattttcc 23844817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 360 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 42535307 - 42535132
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 459  Q
    ||||| |||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  | || |  ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  42535307 tgatatatgtacactcataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttctcttt 42535208  T
Q  460 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42535207 catccatctctctcctctagaatatgt-ggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 42535132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 372 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 40855233 - 40855070
Alignment:
Q  372 atccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagc-ctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctct 470  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| |  ||| ||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  40855233 atccatatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctcttttccctttcattcatctct 40855134  T
Q  471 ttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  40855133 ctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaacaatcatttt 40855070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 354 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 25186032 - 25185878
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| ||||| |||| |||  |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||| ||||||||    
T  25186032 gagtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctctt 25185933  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaa 508  Q
    || |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  25185932 ccttttcatccatctctctcctcacaaatatgtgggggtatatgaatggtatgaa 25185878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 354 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 48057798 - 48057655
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||| |||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  48057798 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 48057699  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatg 497  Q
    | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  48057698 ctctttcatccatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatg 48057655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 354 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 31427361 - 31427243
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtg--gcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctc 451  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||| | | ||||||||  | ||| ||||||||||| |  || |||||| ||||||||||||||||    
T  31427361 gagtggtgatacatgcacatccataggtgtggcatacataattaaacctccgcataaatatgtgacatgtggtttagactccacaaacactttgtctctc 31427262  T
Q  452 ttccctttcatccatctct 470  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  31427261 ttccctctcatccatctct 31427243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 489 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 31427215 - 31427170
Alignment:
Q  489 gggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31427215 gggtgtttgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 31427170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 436 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 4649329 - 4649281
Alignment:
Q  436 aaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcctctcaaatat 484  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  4649329 aaacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatat 4649281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 354 - 526
Target Start/End: Original strand, 47940826 - 47940998
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  47940826 gagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 47940925  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctacca 526  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  47940926 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 47940998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 359 - 534
Target Start/End: Original strand, 49786398 - 49786573
Alignment:
Q  359 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 458  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  49786398 gtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 49786497  T
Q  459 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786498 tcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 49786573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 8436995 - 8436813
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | | ||| || ||||| ||  | || || ||| ||||||||||||||||||    
T  8436995 gagtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctctt 8436896  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8436895 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 8436813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 376 - 503
Target Start/End: Original strand, 8153001 - 8153128
Alignment:
Q  376 ataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcct 475  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  8153001 ataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctcttctcttttatccatctctctcct 8153100  T
Q  476 ctcaaatatgtaggggtgtatggatggt 503  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8153101 ctcaaatatgtggaggtgtatgggtggt 8153128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 360 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 48779066 - 48778969
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccct 457  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||| || | |||| |||| | ||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  48779066 tgatacatgcacacctataggtggcatactcatttaaacatccacataaatatgtgacatgtggtctagactccataaacactttatctctcttccct 48778969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 354 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 29836868 - 29836769
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |  |||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  29836868 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtaacatatgacctacaccccacaaa-actttgtctctctt 29836770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 354 - 536
Target Start/End: Original strand, 13922185 - 13922367
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  13922185 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 13922284  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13922285 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 13922367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 375 - 538
Target Start/End: Original strand, 11828978 - 11829141
Alignment:
Q  375 cataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcc 474  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||  |||| || ||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||    
T  11828978 cataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctctttcatccatctctctcc 11829077  T
Q  475 tctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccca 538  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11829078 tctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaccaatcattttccca 11829141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 9e-50; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 354 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 20186940 - 20186760
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| |  ||| ||||||||||||||||||    
T  20186940 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctctt 20186841  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 534  Q
    | |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20186840 ctctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcatttt 20186760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 353 - 536
Target Start/End: Original strand, 30339635 - 30339818
Alignment:
Q  353 cgagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctct 452  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||| ||  |||| || ||| |||||||||||||||||    
T  30339635 cgagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctct 30339734  T
Q  453 tccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    || ||||||||||||||| ||||||  |||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339735 tctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtataaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 30339818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 354 - 537
Target Start/End: Original strand, 51787272 - 51787454
Alignment:
Q  354 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 453  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||| ||   ||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  51787272 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctctt 51787371  T
Q  454 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 537  Q
    | ||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51787372 ctctttcatgcatctctctcctctagaatatgt-ggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 51787454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 360 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 9673062 - 9672889
Alignment:
Q  360 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 459  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| | |||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  9673062 tgatacatgtacacctataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctaga-tccacaaacact--gtctctcttctcttt 9672966  T
Q  460 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9672965 catccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 9672889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 352 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 43740508 - 43740393
Alignment:
Q  352 acgagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctc 451  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||| |  ||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||||||||    
T  43740508 acgagtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctc 43740409  T
Q  452 ttccctttcatccatc 467  Q
    |||| | |||||||||    
T  43740408 ttccttatcatccatc 43740393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 492 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 43740352 - 43740309
Alignment:
Q  492 tgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 536  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  43740352 tgtatgggtggtatgaaaatat-agtagtctaccaatcattttcc 43740309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University