View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4946_high_4 (Length: 550)

Name: NF4946_high_4
Description: NF4946
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4946_high_4
NF4946_high_4
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-538)||(11445126-11445646)
chr4 (18-538)||(11547444-11547964)
chr4 (18-538)||(11507213-11507733)
chr4 (18-538)||(11468116-11468618)
chr4 (18-538)||(11522843-11523345)
chr4 (18-538)||(34775804-34776327)
chr4 (18-538)||(34784025-34784539)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (18-538)||(1870-2390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 11445646 - 11445126
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11445646 ctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 11445547  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11445546 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 11445447  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
11445446 catccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttggg 11445347  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11445346 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 11445247  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11445246 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 11445147  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
11445146 gtatttgatcaaccacaggtt 11445126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 11547444 - 11547964
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11547444 ctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 11547543  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11547544 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 11547643  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
11547644 catccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttggg 11547743  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11547744 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 11547843  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11547844 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 11547943  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
11547944 gtatttgatcaaccacaggtt 11547964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 11507213 - 11507733
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
11507213 ctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaa 11507312  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||    
11507313 agaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggtt 11507412  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11507413 catccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaactcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 11507512  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11507513 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 11507612  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11507613 tcatgtgtttgaaggtttgaagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 11507712  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
11507713 gtatttgatcaaccacaggtt 11507733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 11468618 - 11468116
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||              
11468618 ctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga---------- 11468529  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
            ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | |||    
11468528 --------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattctt 11468437  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| |||   || | ||| || ||||  || ||||||||||       
11468436 catccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacatttttta 11468337  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||     
11468336 actttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatggcagctgattcacaaatgtttaagcttgctctcaaggactgcag 11468237  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
     ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| | |||||| |  |||| | |  |||||||||| |||||||  |||||  || |||||||||||    
11468236 ccatgtgtttgagggtttggaatctttggttgatgtggcaggtgggactggagttgtgtcaaaactcattcatgaagaatttccacacatcaaatgcaca 11468137  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    || || |||||||||||||||    
11468136 gttttagatcaaccacaggtt 11468116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 11522843 - 11523345
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||              
11522843 ctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga---------- 11522932  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
            ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | |||    
11522933 --------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattctt 11523024  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| |||   || | ||| || ||||  || ||||||||||       
11523025 catccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacatttttta 11523124  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||     
11523125 actttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatggcagctgattcacaaatgtttaagcttgctctcaaggactgcag 11523224  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
     ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| | |||||| |  |||| | |  |||||||||| |||||||  |||||  || |||||||||||    
11523225 ccatgtgtttgagggtttggaatctttggttgatgtggcaggtgggactggagttgtgtcaaaactcattcatgaagaatttccacacatcaaatgcaca 11523324  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    || || |||||||||||||||    
11523325 gttttagatcaaccacaggtt 11523345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 34775804 - 34776327
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| | ||  |||| ||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||   | |||||    
34775804 ctttgaaacttcacccttctaaagttaatatacttcaccgattcttacgccttttaacacataatggtttctttgcaaaaacaatagtga---aaggcaa 34775900  T
118 agaaggaga------agaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcgga 211  Q
    |||||||||      |||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  || ||||||  |||    
34775901 agaaggagatgaagaagaagaaatagcatattctctcacacctccttcaaagcttctcataagtggaaaaccaacatgtttatcttcaattgttaaagga 34776000  T
212 gtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacat 311  Q
    |  ||||||||| ||  | |  ||||||||   ||||| ||||||||| ||| ||| || |||||||  |   | |||||| | |||| ||| ||||  |    
34776001 gcacttcatccaagttctttagacatgtggagttcctcaaagaaatggttcaatgaagataaggaacaaacattgtttgagtgtgcaacaggggagagtt 34776100  T
312 tttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaaga 411  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||  |    |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  ||| || || |||| |||  ||||    
34776101 tttgggattttcttaacaaagattctgaatctagtactttgagtatgtttcaagatgctatggcatctgattctagaatgtttaagcttgttctccaaga 34776200  T
412 gtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaa 511  Q
    |   || |  || || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| |  || ||| | ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||    
34776201 gaataaacgcgttttcgagggtttggagtctcttgttgatgttggaggtggtactggtggtgttacaaaactcattcatgaaatttttcctcaccttaaa 34776300  T
512 tgcacagtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    || || || ||||||||||||||||||    
34776301 tgtactgtttttgatcaaccacaggtt 34776327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 34784025 - 34784539
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||   |||| |||||  |||| ||| |  ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |   ||    
34784025 ctttaaaactccacccttctaaagttaacatcctctatcgattcttacgccttttaacacacaatggcttctttacaaaaacaacagtgaaaagt---aa 34784121  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
     ||||   ||||||||||| |||||  ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |  || ||   |||| ||||    
34784122 tgaag---aagaagaaacagcatatggtcttacaccatcttcaaagcttctcataagtggaaaatcgacatgtttatcaacgcttattgaaggagcgctt 34784218  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    ||| || ||  | |  |||||||| | || || ||||||||| ||| |||||| |||||||  |  || |||||| | |||| ||||||||  | |||||    
34784219 catgcaagttctatagacatgtggaagtcttcaaagaaatggttcaatgaggataaggaacaaactctttttgagtgtgcaacaggagagaactattggg 34784318  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    | | ||||||||||||| ||||||||| |    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| || || ||||||||  | |||  |||    
34784319 attttcttaacaaagattctgaatctggtactttgagtttgtttcaagatgctatggctgctgattctagaatgtttaagcttgctcttcatgagaacaa 34784418  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
      |||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |  |||||||  || | | ||||||| || || |||||||| |||||| |  ||||||||||     
34784419 gaatgtgtttgagggtttggaatctcttgttgatgtcgcgggtggaaccggtgctgtcacaaagcttattcatgaagcatttcctcagatcaaatgcact 34784518  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    || ||||||||||||||||||    
34784519 gtttttgatcaaccacaggtt 34784539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 1870 - 2390
Alignment:
18 ctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaa 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
1870 ctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaa 1969  T
118 agaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgctt 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||    
1970 agaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggtt 2069  T
218 catccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2070 catccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaactcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttggg 2169  T
318 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2170 actatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaa 2269  T
418 tcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 517  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2270 tcatgtgtttgaaggtttggggtctatagttgatgttggaggtggaagaggaggtttcacaaaactcatccatgaagcttttcctgacctcaaatgcaca 2369  T
518 gtatttgatcaaccacaggtt 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
2370 gtatttgatcaaccacaggtt 2390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University