View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4950-Insertion-1 (Length: 987)

Name: NF4950-Insertion-1
Description: NF4950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4950-Insertion-1
NF4950-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-987)||(54178855-54179834)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 936; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 936; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 54179834 - 54178855
Alignment:
Q  8 gaaggagctgataatataatatacagctagaagaaatcacaatcattaagaggatcccttgacttttaatggtgtatgtattgaatgtaatacaagtact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179834 gaaggagctgataatataatatacagctagaagaaatcacaatcattaagaggatcccttgacttttaatggtgtatgtattgaatgtaatacaagtact 54179735  T
Q  108 aacatgttcttagagataactcccaattgtttttcttgtaaatgagtaacgttccctaacaaacttccagatatatatcgtgtaagagtaatgttatcac 207  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179734 aacatgtacttggagataactcccaattgtttttcttgtaaatgagtaacgttccctaacaaacttccagatatatatcgtgtaagagtaatgttatcac 54179635  T
Q  208 tagaatcatttacaatgctctaaaatttgggatttgtacacaaatagcacaacggctaaaatcaataaatattcaacaacatcaaagggtcaattgtttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179634 tagaatcatttacaatgctctaaaatttgggatttgtacaaaaatagcacaacggctaaaatcaataaatattcaacaacatcaaagggtcaattgtttg 54179535  T
Q  308 atttgaattgaactatgctgccattactctttgtatcctcttcggttgccttcccagttgatcttcaggtgatatttcatctccattcctctttcttctt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179534 atttgaattgaactatgctgccattactctttgtatcctcttcggttgccttcccagttgatcttcaggtgatatttcatctccattcctctttcttctt 54179435  T
Q  408 tcactcctcgatggacctttcttctcgtcgatgagtgaaagaaacctttgaagtgggccaacattagaaggagattcgggaggagcggaatgtcgtacca 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54179434 tcactcctcgatggacctttcttctcgtcgatgagtgaaagaaatctttgaagtgggccaacattagaaggagattcgggaggagtggaatgtcgtacca 54179335  T
Q  508 gtaacataatctgcaaaaaatatatgacgagagcaataaagcaagccgccccgcaaatgatgaagagaccccagaaacttttgagctgaagacgatctga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179334 gtaacataatctgcaaaaaatatatgacgagagcaataaagcaagccgccccgcaaatgatgaagagaccccagaaacttttgagctgaagacgatctga 54179235  T
Q  608 ttcaatttcagtattatctaaactacatgtgcttcgcgtcatccacttatcatgaatccgttgcagatccccagtttcagaaagttgtaggatggcagtt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54179234 ttcaatttcagtattatctaaactacaggtgcttcgcgtcatccacttatcatgaatccgttgcagatccccagtttcagaaagttgtaggatggcagtt 54179135  T
Q  708 gacaaatccaccgccaaaggggagtctcgagggaatgcctgtcataagatgattatctaaacaatgagtattgtgattataacactgacaacacaaattc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  54179134 gacaaatccaccgccaaaggggagtctcgagggaatgcctgtcataagatgattatctaaacaatgagtgttgtgattataacactgacaacacaaattt 54179035  T
Q  808 tggatgatgaataagtcagacacatatattaacaacccaaaatggtaagcaaagtgaagtggagacaaagaacacaaaaacaaggaaatatgcagttgat 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54179034 tggatgatgaataagtcagacacatatattaacaacccacaatggtaagcaaagtgaagtggagacaaagaacacaaaagcaaggaaatatgcagttgat 54178935  T
Q  908 gtcatagatgattcagttttcccattcaagatatttgaaagatagtctaatcacagaataaaaataaaacgagtcttatg 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54178934 gtcatagatgattcagttttcccattcaagatatttgaaagatagtctaatcacagaataaaaacaaaacgagtcttatg 54178855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University