View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4951-Insertion-1 (Length: 935)

Name: NF4951-Insertion-1
Description: NF4951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4951-Insertion-1
NF4951-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-935)||(40205062-40205984)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 803; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 803; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 40205984 - 40205062
Alignment:
Q  8 aaatatactatagaggatggaggctgcaaaattgaacgttggcatagatgggaagtcccatccatgatcagcacatcacatcctgaaattaataagatag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40205984 aaatatactatagaggatggaggctgcaaaattgaacgttggcatagatgggaagtcccatccatgatcagcacatcacatcctgaaattaataagatag 40205885  T
Q  108 ttgctatacaacatgacccaataaaaccaaccccaccagcttcagcccccttcttctctccatgcaagtcactaaccgctggttctcaatctggtacatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40205884 ttgctatacaacatgacccaataaaaccaaccccaccagcttcagcccccttcttctctccatgcaagtcactaaccgctggttttcaatctggtacatg 40205785  T
Q  208 gatttaatgattgcttatagtaattaattgtttttgggcattgtcatcttttttccaagagagtgagaatttcattgccaacacagtcagtttctgatgc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40205784 gatttaatgattgcttatagtaatt----gtttttgggcattgtcatcttttttccaagagagtgagaatttcattgccaacacagtcagtttctgatgc 40205689  T
Q  308 aagttttagaggagtgttgccttctttgtcagctacatgtggattggcccccctgtaaaaatgattgacaactcagtaaatttttccaagtataccagaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40205688 aagttttagaggagtgttgccttctttgtcagctacatgtggattggcccccctgtaaaaatgattgacaactcagtaaatttttccaagtataccagaa 40205589  T
Q  408 aaaataaaccatgaaacagtttatgagataatgtatgaacgaggaaaatttccatgacatgtttaatatctaaatgcatcatttatcgtggtattgtgat 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40205588 aaaataaaccatgaaacagcttatgagataatgtatgaatgaggaaaatttccatgacatgtttaatatctaaatgcaacatttatcgtggtattgtgat 40205489  T
Q  508 aaagcaaattcattcacggtcaattataaacctcattaactggaagatgtttcaatccactagtgtacaacgtgacaataatgaactacagacacactct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40205488 aaagcaaattcattcacggtcaattataaacctcattaactggaagatgtttcaatccactagtgtacaacgtgacaataatgaactacagccacactct 40205389  T
Q  608 ctctacttccataataaaacaagnnnnnnnnngggaaaacacattgcaacagcaaactacaaaaatagtatatcattacccaatgaaatgacagtagaag 707  Q
    |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40205388 ctctacttccataataaaacaag-aaaaaaaagggaaaacacattgcaacagcaaactacaaaaatagtatatcattacccaatgaaatgacagtagaag 40205290  T
Q  708 ttcagaaatgacataaacagaattaaatcattgaaaaattgtttttcagcataaacgtatttatcatttttaatgtgtatttggaagaatgctactgttc 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40205289 ttcagaaatgacataaacagaattaaatcattgaaaaattgtttttcagcataaacgtatttatcatttttaatgtgtatttggaagaatgccactgttc 40205190  T
Q  808 caagcaagttgggagtactactatttccaatacgtggaaatga--gaaagagtagtaataaatgtatttaatcattttaatgtgtatttagaaagaatgc 905  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40205189 caagcaagttggaagtactacta-ttccaatacgtggaaatgaagaaaagagtagtaataaatgtattt-atcattttaatgtgtatttag-aagaatgc 40205093  T
Q  906 attaa-agttcaaattttataaagttcttca 935  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40205092 attaacagttcaaattttacaaagttcttca 40205062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University