View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4956-Insertion-1 (Length: 1016)

Name: NF4956-Insertion-1
Description: NF4956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4956-Insertion-1
NF4956-Insertion-1
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (450-1007)||(33987724-33988280)
chr1 (450-668)||(38175426-38175644)
chr1 (522-672)||(14654309-14654458)
chr1 (522-672)||(14664100-14664249)
chr1 (450-661)||(14652525-14652736)
chr1 (450-661)||(14662316-14662527)
chr1 (453-672)||(14708567-14708786)
chr1 (453-670)||(28366098-28366315)
chr1 (542-672)||(14669698-14669827)
chr1 (542-672)||(14706077-14706206)
chr1 (522-671)||(14674471-14674619)
chr1 (453-672)||(14716280-14716499)
chr1 (522-668)||(14681592-14681737)
chr1 (542-668)||(14683743-14683868)
chr1 (522-671)||(14679849-14679997)
chr1 (481-658)||(11872408-11872585)
chr1 (580-668)||(14676625-14676713)
chr1 (543-664)||(14667101-14667221)
chr1 (594-655)||(37422175-37422236)
chr1 (594-665)||(28698549-28698620)
[»] chr2 (47 HSPs)
chr2 (450-1008)||(9026445-9026997)
chr2 (450-1008)||(9020515-9021058)
chr2 (542-988)||(8988123-8988574)
chr2 (450-776)||(8973196-8973523)
chr2 (594-1008)||(9031712-9032120)
chr2 (450-921)||(9016238-9016704)
chr2 (101-309)||(9027949-9028157)
chr2 (450-664)||(9008018-9008232)
chr2 (101-309)||(9018547-9018755)
chr2 (497-786)||(9030274-9030557)
chr2 (450-765)||(8984588-8984900)
chr2 (107-309)||(8993267-8993470)
chr2 (547-790)||(8992018-8992262)
chr2 (509-790)||(9023319-9023585)
chr2 (681-929)||(8996098-8996339)
chr2 (588-745)||(8979237-8979395)
chr2 (481-668)||(43850042-43850228)
chr2 (793-957)||(9023133-9023294)
chr2 (522-667)||(32918074-32918218)
chr2 (450-664)||(30733985-30734199)
chr2 (481-659)||(19232328-19232504)
chr2 (453-672)||(30731997-30732216)
chr2 (544-736)||(2841008-2841201)
chr2 (825-953)||(8991882-8992013)
chr2 (825-954)||(8973044-8973176)
chr2 (632-895)||(8975456-8975724)
chr2 (478-569)||(8913027-8913118)
chr2 (716-772)||(9007956-9008012)
chr2 (9-58)||(8993519-8993568)
chr2 (553-654)||(10763878-10763978)
chr2 (825-919)||(9030166-9030262)
chr2 (9-58)||(9018799-9018848)
chr2 (9-58)||(9028201-9028250)
chr2 (6-54)||(8987493-8987541)
chr2 (594-659)||(6471749-6471813)
chr2 (107-154)||(9017074-9017121)
chr2 (594-657)||(35701893-35701956)
chr2 (335-393)||(8993147-8993205)
chr2 (330-391)||(9018418-9018479)
chr2 (450-494)||(8992299-8992343)
chr2 (353-393)||(9027821-9027861)
chr2 (525-608)||(8996343-8996426)
chr2 (623-658)||(39814115-39814150)
chr2 (351-393)||(8987384-8987426)
chr2 (24-58)||(9014271-9014305)
chr2 (332-393)||(9018524-9018586)
chr2 (517-630)||(17275862-17275974)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (453-736)||(3461042-3461325)
chr4 (459-736)||(11652298-11652575)
chr4 (510-670)||(50077156-50077315)
chr4 (450-669)||(49106425-49106644)
chr4 (460-668)||(49108539-49108747)
chr4 (457-660)||(26984572-26984773)
chr4 (542-660)||(26998729-26998846)
chr4 (461-633)||(21503706-21503877)
chr4 (599-660)||(48205832-48205893)
chr4 (601-654)||(6431957-6432010)
chr4 (594-659)||(41013586-41013651)
chr4 (615-654)||(26982549-26982588)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (459-736)||(41841058-41841335)
chr8 (481-661)||(40054312-40054491)
chr8 (460-667)||(44878977-44879183)
chr8 (460-667)||(44880738-44880944)
chr8 (522-664)||(10944368-10944509)
chr8 (594-736)||(42555123-42555266)
chr8 (517-659)||(37679757-37679898)
chr8 (508-661)||(37682057-37682209)
chr8 (594-736)||(42220886-42221027)
chr8 (594-737)||(42091944-42092087)
chr8 (460-644)||(44582870-44583053)
chr8 (618-668)||(42872514-42872564)
chr8 (479-569)||(42554588-42554678)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (457-702)||(3643599-3643843)
chr5 (543-736)||(1716441-1716634)
chr5 (459-668)||(7524961-7525170)
chr5 (542-657)||(4103249-4103363)
chr5 (464-659)||(16037861-16038053)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (459-670)||(10795795-10796006)
chr6 (453-670)||(10791551-10791768)
chr6 (481-661)||(30521242-30521421)
chr6 (594-659)||(8875691-8875756)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (480-661)||(27134511-27134691)
chr7 (542-655)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (613-659)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (500-569)||(5487-5556)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 450 - 1007
Target Start/End: Complemental strand, 33988280 - 33987724
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||  |||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33988280 ttgaacttgaatcggtggggtgcgccggcctttgcaatagtgcagagcataagcgacacttgaaaaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccc 33988181  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    || |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33988180 cttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 33988082  T
Q  650 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaata- 747  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  33988081 agaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaacag 33987982  T
Q  748 gcttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacata 847  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  33987981 ggttgcatgttaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaaaacattatcatca----atcagagtagatacatacacata 33987886  T
Q  848 ggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtctta-aggcaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatggg 946  Q
    | |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33987885 gtccatcatgatgaattgccaaaaattaaattaatattcttgtcttacagcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgga 33987786  T
Q  947 ctaaccggctaaggctattatatctttcat-tttgtgttcatttattggttttgagtgccac 1007  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  33987785 ctaaccgggtaaggctattatatctttcatctttgtgttcattcatttgttttgagtgccac 33987724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 450 - 668
Target Start/End: Original strand, 38175426 - 38175644
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccc-atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 548  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  |  ||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| |||||||  ||||||||| |||  |||| ||||||    
T  38175426 ttgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccc 38175525  T
Q  549 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 648  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175526 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 38175624  T
Q  649 gagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  38175625 gagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 522 - 672
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654458
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 522 - 672
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664249
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 450 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14652736 - 14652525
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 548  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14652736 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14652637  T
Q  549 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 648  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652636 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14652538  T
Q  649 gagaaaggtatga 661  Q
    |||||||||||||    
T  14652537 gagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 450 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14662527 - 14662316
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 548  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14662527 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14662428  T
Q  549 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 648  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662427 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14662329  T
Q  649 gagaaaggtatga 661  Q
    |||||||||||||    
T  14662328 gagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 453 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708567
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 551  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| |||  ||||||||  ||| | |||| |  ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  552 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 651  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14708588  T
Q  652 aaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14708587 aaaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 453 - 670
Target Start/End: Original strand, 28366098 - 28366315
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 552  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||  ||||  |||| | ||| | ||| | |||||||||| |  ||| ||||||||||||     
T  28366098 aactttaattggtgggatgcgccagccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccctt 28366197  T
Q  553 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 651  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366198 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 28366296  T
Q  652 aaaggtatgagttgaaaga 670  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28366297 aaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 542 - 672
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669827
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14669827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 542 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706077
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 522 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674471
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14674471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 453 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 14716499 - 14716280
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| |||||| |  ||||     | |||||||||| | || | | ||||||||||    
T  14716499 aacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccct 14716400  T
Q  552 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 651  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716399 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  652 aaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 522 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681592
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaa 14681592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 542 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683743
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 522 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679849
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14679849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 481 - 658
Target Start/End: Original strand, 11872408 - 11872585
Alignment:
Q  481 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggc 579  Q
    ||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  11872408 atgcagtagtgcaacacataagctacacttgaaaagctcaatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgac 11872506  T
Q  580 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 658  Q
    ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872507 ccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 580 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676625
Alignment:
Q  580 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14676625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 543 - 664
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667221
Alignment:
Q  543 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 642  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  643 aaggccgagaaaggtatgagtt 664  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtt 14667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 594 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 655  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 594 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698549
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 665  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 47)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 450 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 9026997 - 9026445
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9026997 ttgaacttgaattggaggggtgtgccagccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccca 9026898  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026897 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9026798  T
Q  650 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 748  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9026797 agaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttcttgaacaaccgatatgggacttttttgaaacag 9026698  T
Q  749 cttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagt--agatacatacacat 846  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    |||| ||    ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    ||||||||  | ||||| ||||||    
T  9026697 cttgcttggtagactttcttcct----ccttttt----ctttgatttctttattcttaaaacattatcatca----atcagagtaaaaatacacacacat 9026610  T
Q  847 aggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggc-aaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgg 945  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9026609 aggccatcgtgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagcaaaatatcatgatcttattcttttcttatcccttgcttttgttgatgg 9026510  T
Q  946 gctaaccggctaaggctattatatctttcat-tttgtgttcattta-ttggttttgagtgccact 1008  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  9026509 gctaacttgctaaggctattatatctttcatctttgtgttcattcatttgtttttgagtgccact 9026445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 450 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 9021058 - 9020515
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9021058 ttgaacttgaattggtggggtgcaccaacctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcacc 9020959  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020958 ctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9020859  T
Q  650 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 748  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9020858 agaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggacttttttgaaatag 9020759  T
Q  749 cttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacatag 848  Q
    |||||||||||||||              || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    |||| ||||||||||||||||| |    
T  9020758 cttgcttggtaaact--------------tttttcctcctttgttttctttattcttaaaacattatcatca----atcaaagtagatacatacacattg 9020677  T
Q  849 gccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggc-aaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggc 947  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9020676 gcca-catggtgaattgccaaaaattaaattgatattctcgtcttaaagcaaaatatcatgatcggattcttatcttattccttgcttttgttgatgggc 9020578  T
Q  948 taaccggctaaggctattatatctttcat-tttgtgttcattta-ttggttttgagtgccact 1008  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  9020577 taaccggctaagggtattatatctttcatctttgtgttcattcatttgtttttgagtgccact 9020515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 542 - 988
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988123
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttt 740  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattt 8988375  T
Q  741 tgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacaccttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatc-tatcagagtagata 837  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||  |  |||  ||    
T  8988374 tgaaacaacttgcttggtagactcacttcctaaaacactttcttcctcctttgttttccttattcttaaaacattatcatcaatcatagta-cgtaagta 8988276  T
Q  838 catacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggc-aaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttt 936  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8988275 catacacataggccatcatgatgaattgccaaaaataaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttt 8988176  T
Q  937 tgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcat-tttgtgttcatt 988  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8988175 tgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatctttgtgttcatt 8988123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 450 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 8973523 - 8973196
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8973523 ttgaacttgaattggtggggcgcgccagctcatgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccc 8973424  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973423 cttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8973324  T
Q  650 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 748  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| || |||||||| |||||||||||| ||    
T  8973323 agaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttctggaataatcgatgtggaacttttttgaaacag 8973224  T
Q  749 cttgcttggtaaactctcttcctaacac 776  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||    
T  8973223 tttgcttggtagactctcttcctaacac 8973196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 594 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031712
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 693  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  694 atcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctcctttgt 792  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    |||| ||    |||||     
T  9032020 accacatcccttcacttgctttcttgaacaatcgatatgagacttttttgaaacagcttgcttggtagactttcttcct----ccttttt----ctttga 9031929  T
Q  793 tttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagt--agatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgt 890  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||    ||||||||  | ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9031928 tttctttattcttaaaacattatcatca----atcagagtaaaaatacacacacataggccatcgtgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgt 9031833  T
Q  891 cttaaggc-aaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcat-tttgtgttcatt 988  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9031832 cttaaagcaaaatatcatgatcttattcttttcttatcccttgcttttgttgatgggctaacttgctaaggctattatatctttcatctttgtgttcatt 9031733  T
Q  989 ta-ttggttttgagtgccact 1008  Q
     | ||| ||||||||||||||    
T  9031732 catttgtttttgagtgccact 9031712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 450 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 9016704 - 9016238
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||  |||| || || |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9016704 ttgaacttgaattggtggggttcaccaaccaatgtaatagtgtaacacataagcaacac---agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctcccc 9016608  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact---gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 646  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9016607 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaaaagg 9016508  T
Q  647 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 745  Q
     |||  |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||    
T  9016507 tcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttcttgaacaactgatgtgggacatctttgaaa 9016408  T
Q  746 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacaca 845  Q
     ||| |||||||||   |||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||     |||||| |||||||||||    
T  9016407 cagcatgcttggtag--tctcttcctaacactttcgttctactttgttt-ctttattcttaaaacattatcatcaatt----agagtaaatacatacaca 9016315  T
Q  846 taggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtctta-aggcaaatatcatgatctgattcttat 921  Q
    | |||||  ||  ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||    
T  9016314 tgggccacgattatgaattgaaaaaaattaaattgatattcttgtcttatagcaaaatatcatgatctgactcttat 9016238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 101 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 9028157 - 9027949
Alignment:
Q  101 agactacctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 200  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9028157 agactgcctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgctacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 9028058  T
Q  201 acccaataagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaagcgagttgtga 300  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  9028057 acctaataagccaaagggaaataacttctatttgtactccaccacttccgtaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgacgcgagttgtta 9027958  T
Q  301 tgaggctag 309  Q
     ||||||||    
T  9027957 cgaggctag 9027949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 450 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 9008232 - 9008018
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9008232 ttgaactagaattggtggggtgtgccagcgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctcccc 9008133  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008132 ctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9008033  T
Q  650 agaaaggtatgagtt 664  Q
    |||||||||||||||    
T  9008032 agaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 101 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 9018755 - 9018547
Alignment:
Q  101 agactacctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 200  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9018755 agactgcctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtaaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgatg 9018656  T
Q  201 acccaataagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaagcgagttgtga 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9018655 acccaataagccaaagggaaataatttctatttgtactccaccacttccgtagttgactttcacgacaggcagctccttagtgcgcgatgcgagttgtga 9018556  T
Q  301 tgaggctag 309  Q
      |||||||    
T  9018555 caaggctag 9018547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 497 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 9030557 - 9030274
Alignment:
Q  497 cataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatc 596  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||    
T  9030557 cataggcgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctc 9030463  T
Q  597 aaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatc 696  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||    
T  9030462 aaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatc 9030363  T
Q  697 acatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctc 786  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||    
T  9030362 acatcccttcacttgcattcttgaacagtcgatgtgggactttcttgaaacagcttgcttggtaga--ctcttcctaacactttcttcctc 9030274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 450 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 8984900 - 8984588
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 549  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |||| ||     | || || ||| |||||||||||||||||  ||| ||     
T  8984900 ttgaacttgaattggtggggtgtgccacccaatgcaatagtgtaacacagaggcaaca----aaaagccaaatcgcaagctattgaaatggcatctacct 8984805  T
Q  550 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 649  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984804 ctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8984705  T
Q  650 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 748  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984704 agaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 8984605  T
Q  749 cttgcttggtaaactct 765  Q
    |||| |||||| |||||    
T  8984604 cttgtttggtagactct 8984588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 107 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 8993470 - 8993267
Alignment:
Q  107 cctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgataacccaa 206  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8993470 cctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacacgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgataacccaa 8993371  T
Q  207 taagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaa-gcgagttgtgatgagg 305  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||  |||    
T  8993370 taagccagagggaaataatttctatttgtactccaccacttccgtatctgactttcacgacaggcagctccttagtgcgggaacgtgagttgtgacaagg 8993271  T
Q  306 ctag 309  Q
    ||||    
T  8993270 ctag 8993267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 547 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992018
Alignment:
Q  547 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 646  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  647 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 745  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttcttgaataaccaatgtgggacttttttgaaa 8992063  T
Q  746 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacaccttcttcctccttt 790  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  8992062 cagtttgcttggtagactctcttcctaacactctctttctccttt 8992018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 509 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 9023585 - 9023319
Alignment:
Q  509 ttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 608  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9023585 ttgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaact 9023500  T
Q  609 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatc-cctcac 707  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  9023499 aataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcac 9023400  T
Q  708 ttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacaccttcttcctccttt 790  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  9023399 ttgatttcttgaacaaccgatgtgggactttttttgaa----ttgcttggtagactctcttcctaaaacactttcttcctccttt 9023319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 681 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 8996339 - 8996098
Alignment:
Q  681 tatggttttatatatcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaa--cacc 777  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||  |||     
T  8996339 tatgcttttatatatcacatcccttcagttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattttgaaacaacttgcttggtagactctcttcctaaaacact 8996240  T
Q  778 ttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaa 877  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8996239 ttcttcctcctttgttttctttattcttaaaacattatcatcaatc----atagtagatacataaacataggccatcatggtgaattgccaaaaattaaa 8996144  T
Q  878 ttgatattcttgtcttaaggcaaatatcatgatctgattcttatcttatccc 929  Q
    || ||||||      ||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8996143 ttaatattc------taagcaaaatattatgatctgattcgtatcttatccc 8996098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 588 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979237
Alignment:
Q  588 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggtt 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  688 ttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 745  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8979295 ttatatatcaagtcccttcacttgattccttgaacaaccaatgtgggacttttttgaaa 8979237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 481 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 43850228 - 43850042
Alignment:
Q  481 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 580  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |     
T  43850228 atgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgact 43850130  T
Q  581 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850129 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 793 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 9023294 - 9023133
Alignment:
Q  793 tttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtct 892  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||    | |||| |||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9023294 tttctttattcttaaaacattatgatcaatc----atagtaaatacatacacctaggccatcacgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgact 9023199  T
Q  893 taaggcaaa-tatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggcta 957  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9023198 taaagcaaagtatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggcta 9023133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 522 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918074
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 450 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 30734199 - 30733985
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 548  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  ||  |||||| || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  30734199 ttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 30734100  T
Q  549 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 648  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734099 cctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 30734001  T
Q  649 gagaaaggtatgagtt 664  Q
    ||||||||||| ||||    
T  30734000 gagaaaggtataagtt 30733985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 481 - 659
Target Start/End: Original strand, 19232328 - 19232504
Alignment:
Q  481 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 580  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  19232328 atgcaatagtgcaacgcataagtgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacc 19232426  T
Q  581 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232427 caatgggtcacatatcag-tattaaactgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 453 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 30732216 - 30731997
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| | | || |  ||||| || | ||||||||||   || ||| ||| ||||||    
T  30732216 aacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcctccccccct 30732117  T
Q  552 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 651  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732116 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 30732018  T
Q  652 aaaggtatgagttgaaagatg 672  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30732017 aaaggtatgagttgaaagatg 30731997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 544 - 736
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841201
Alignment:
Q  544 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  644 aggccgagaaaggtatgag-ttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| | |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaaaggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggact 2841201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 825 - 953
Target Start/End: Complemental strand, 8992013 - 8991882
Alignment:
Q  825 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgc--caaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaa-tatcatgatctgattcttat 921  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8992013 atcagagtaaatacatacacataggccatcattatgaattgaagcaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagcaaaatatcatgatctgattcttat 8991914  T
Q  922 cttatcccttgcttttgttgatgggctaaccg 953  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8991913 cttatcccttgcttttgttgataggctaaccg 8991882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 825 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 8973176 - 8973044
Alignment:
Q  825 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgc--caaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaa-tatcatgatctgattcttat 921  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||  ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8973176 atcagagtaaatacttacacataggccaccattatgaattgaagcaaaaattaaattgatattcttgtcttgaagcaaaatatcatgatctgattcttat 8973077  T
Q  922 cttatcccttgcttttgttgatgggctaaccgg 954  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8973076 cttatcccttgcttttgttgataggctaaccgg 8973044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 632 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975456
Alignment:
Q  632 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgt 730  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||     
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttcttaaacagttgatgg 8975625  T
Q  731 gggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacaccttcttcctcctttgt------tttctttattcttaatacattgtcatcaat 822  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||     | |||     || ||| |      |||| |||||||||| ||||| ||||||      
T  8975624 gggacttttttgaaacaacttgcttggtaaactctcttcctcctttatctttgatttcttttcttacaaatttcgttattcttaaaacattatcatca-- 8975527  T
Q  823 ctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaa 895  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8975526 --atcagagtaaatacatacacataggccatcatgatgaattgccaacaattaaattgatattctagtcttaa 8975456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 478 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 8913118 - 8913027
Alignment:
Q  478 cccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 569  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913118 cccatgcaatagtgcaatgcataggcgacaaatgaggaaaccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 716 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 9008012 - 9007956
Alignment:
Q  716 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008012 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 9007956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 8993568 - 8993519
Alignment:
Q  9 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataagggagagaactccaacactg 58  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8993568 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataagggagagaactccaacactg 8993519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 553 - 654
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  553 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 652  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  653 aa 654  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 825 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 9030262 - 9030166
Alignment:
Q  825 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaa-ttaaattgatattcttgtctt-aaggcaaatatcatgatctgattctt 919  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9030262 atcagagtaaatagacacacataggccatcatgatgaattgtcaaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagccaaatatcacgatctgattctt 9030166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 9018848 - 9018799
Alignment:
Q  9 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataagggagagaactccaacactg 58  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9018848 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataaaggagagaactccaacactg 9018799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 9028250 - 9028201
Alignment:
Q  9 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataagggagagaactccaacactg 58  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9028250 tttgcgaaaatgaagagagttttgaaataaaggagagaactccaacactg 9028201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 8987541 - 8987493
Alignment:
Q  6 cagtttgcgaaaatgaagagagttttgaaataagggagagaactccaac 54  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  8987541 cagtttgcgaaaatgaagagaattttgaaacaagggagagaactccaac 8987493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 594 - 659
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9017121 - 9017074
Alignment:
Q  107 cctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatc 154  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  9017121 cctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaatatcccagagtgaaatc 9017074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 594 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 657  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 335 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 8993205 - 8993147
Alignment:
Q  335 gctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 393  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8993205 gctccttagtgcgcgcgcaagttgtgacaaggctagacattataaaattctttcaatgg 8993147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 9018479 - 9018418
Alignment:
Q  330 acgcagctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaat 391  Q
    |||| ||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9018479 acgccgctccttagtgcgagcgcaagttgtgacaaggctagacattatgaaattctttcaat 9018418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 450 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8992343 - 8992299
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaa 494  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8992343 ttgaacttgaattggaggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaa 8992299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 353 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 9027861 - 9027821
Alignment:
Q  353 aagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 393  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9027861 aagttgtgacaaggctagacattgtgaaattctttcaatgg 9027821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  525 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 608  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 623 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  623 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 658  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 351 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 8987426 - 8987384
Alignment:
Q  351 gcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 393  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8987426 gcaagttgtgataaggctggacattatgaaattctttcaatgg 8987384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 9014305 - 9014271
Alignment:
Q  24 agagttttgaaataagggagagaactccaacactg 58  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9014305 agagttttgaaagaagggagagaactccaacactg 9014271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 332 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 9018586 - 9018524
Alignment:
Q  332 gcagctccttagtgcact-tgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 393  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9018586 gcagctccttagtgcgcgatgcgagttgtgacaaggctagacattctgaaattccttcaatgg 9018524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 517 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  517 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 616  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  617 cagatactacactt 630  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 9e-76; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 453 - 736
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461325
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 552  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccagcctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccctt 3461141  T
Q  553 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 652  Q
    |||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461142 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  653 aaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttcttccacaagcgatgtgggact 3461325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 459 - 736
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652575
Alignment:
Q  459 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 558  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaa 11652397  T
Q  559 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 658  Q
     ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652398 ataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  659 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    |||||| |||||||   | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 11652575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 510 - 670
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077315
Alignment:
Q  510 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 609  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  610 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 450 - 669
Target Start/End: Original strand, 49106425 - 49106644
Alignment:
Q  450 ttgaacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 548  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||| ||| |||||||||| | |  ||   ||||||    
T  49106425 ttgaactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccc 49106524  T
Q  549 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 648  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106525 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 49106623  T
Q  649 gagaaaggtatgagttgaaag 669  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  49106624 gagaaaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 460 - 668
Target Start/End: Original strand, 49108539 - 49108747
Alignment:
Q  460 attggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 558  Q
    ||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||  |||||||||||||| ||  |||   ||||||||||||||||    
T  49108539 attggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaa 49108638  T
Q  559 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 658  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108639 gtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 49108737  T
Q  659 tgagttgaaa 668  Q
    ||||||||||    
T  49108738 tgagttgaaa 49108747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 457 - 660
Target Start/End: Original strand, 26984572 - 26984773
Alignment:
Q  457 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 556  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||  || |  ||||||||| | |    | ||||| ||||  |||    
T  26984572 tgaattggtgggatgcgccagcccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacacttgagagcccaagcagcaagctact-aggcagactctctccctttaaa 26984670  T
Q  557 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 656  Q
    |||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984671 aagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 26984769  T
Q  657 tatg 660  Q
    ||||    
T  26984770 tatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 542 - 660
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatg 660  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 461 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 21503877 - 21503706
Alignment:
Q  461 ttggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagt 560  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| |    
T  21503877 ttggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacacttgagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaat 21503778  T
Q  561 aatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgat 633  Q
    |||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21503777 aatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 599 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  599 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 660  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 601 - 654
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  601 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 654  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 594 - 659
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  615 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 654  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 8e-70; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 459 - 736
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841335
Alignment:
Q  459 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 558  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaa 41841157  T
Q  559 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 658  Q
    |||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841158 gtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  659 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    ||||||||||||||   | |||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 41841335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 481 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 40054491 - 40054312
Alignment:
Q  481 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 580  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||    
T  40054491 atgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacc 40054393  T
Q  581 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 661  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054392 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 460 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 44879183 - 44878977
Alignment:
Q  460 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 559  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44879183 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44879084  T
Q  560 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879083 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44878985  T
Q  660 gagttgaa 667  Q
    ||||||||    
T  44878984 gagttgaa 44878977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 460 - 667
Target Start/End: Original strand, 44880738 - 44880944
Alignment:
Q  460 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 559  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44880738 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44880837  T
Q  560 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880838 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44880936  T
Q  660 gagttgaa 667  Q
    ||||||||    
T  44880937 gagttgaa 44880944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 522 - 664
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944509
Alignment:
Q  522 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 621  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  622 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtt 10944509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 594 - 736
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555266
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 693  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  ||  |||  ||||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  694 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggact 42555266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 517 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  517 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 616  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  617 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 508 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 37682209 - 37682057
Alignment:
Q  508 cttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaac 607  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    ||| |||||  ||| ||||||  ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  37682209 cttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaacaaatttaata-tcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaac 37682111  T
Q  608 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682110 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 594 - 736
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42221027
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 693  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | || ||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  694 atcacatccctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
     ||| ||||  ||||| |||||  |||| | ||||||||||||    
T  42220985 ctcatatccaccacttactttctagaactagcgatgtgggact 42221027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 594 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091944
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 693  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  694 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggactt 737  Q
     |||  ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggactt 42091944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 460 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 44583053 - 44582870
Alignment:
Q  460 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 559  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||| ||| |||  ||||| |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||  |||   |||| ||||||||||||    
T  44583053 attggtgggttgcaccagcctatgcaacagtacaacgcatagacgacactcaaaaaatccaatagcaaactattgtgatgacttctctccctcaaaaaag 44582954  T
Q  560 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 644  Q
    ||||||||||   | |   || |||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582953 taatttaatatcatagaatcc-attgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 618 - 668
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  618 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 668  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 479 - 569
Target Start/End: Original strand, 42554588 - 42554678
Alignment:
Q  479 ccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 569  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | ||  ||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42554588 ccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacatttgagaagctcagaagcaaactactgagatggcttctccccctcaaaaaaataatttaata 42554678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 3e-57; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 457 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643599
Alignment:
Q  457 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 556  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccagccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaa 3643744  T
Q  557 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 656  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643743 aagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  657 tatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc 702  Q
    ||||| || ||||    |||||||| || ||||||||  |||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatcc 3643599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 543 - 736
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716634
Alignment:
Q  543 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  642 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 736  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 1716634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 459 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 7525170 - 7524961
Alignment:
Q  459 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 557  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||| | |||| | |||||||||||  ||||||||| | |   || ||||||||||||||||    
T  7525170 aattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcctctccccctcaaaaa 7525071  T
Q  558 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 657  Q
    ||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525070 agtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 7524972  T
Q  658 atgagttgaaa 668  Q
    |||| ||||||    
T  7524971 atgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 542 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  642 aaaggccgagaaaggt 657  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 464 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 16038053 - 16037861
Alignment:
Q  464 gtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaat 563  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||   | | ||| |||||||||||||    
T  16038053 gtggggtgcgccaaccgatgcaatagtgcaacacataagcgacacacgagaagcccattagcaagctcttgtgatgactttttcccttcaaaaaagtaat 16037954  T
Q  564 ttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    ||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  16037953 ttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgagaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 1e-56; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 459 - 670
Target Start/End: Original strand, 10795795 - 10796006
Alignment:
Q  459 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 557  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  || | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  10795795 aattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacaagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaa 10795894  T
Q  558 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 657  Q
    ||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795895 agtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 10795993  T
Q  658 atgagttgaaaga 670  Q
    |||||||||||||    
T  10795994 atgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 453 - 670
Target Start/End: Original strand, 10791551 - 10791768
Alignment:
Q  453 aacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 551  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  10791551 aactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccct 10791650  T
Q  552 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 651  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791651 caaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 10791749  T
Q  652 aaaggtatgagttgaaaga 670  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10791750 aaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 481 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 30521421 - 30521242
Alignment:
Q  481 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 580  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||       
T  30521421 atgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgagg 30521323  T
Q  581 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 661  Q
    |  ||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521322 cgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 594 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  594 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 480 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 27134691 - 27134511
Alignment:
Q  480 catgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggc 579  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  27134691 catgcaatagtgcaacgcatgagcgacacatgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgac 27134593  T
Q  580 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 661  Q
     |||| | ||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134592 tcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 542 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  542 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 641  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  642 aaaggccgagaaag 655  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 613 - 659
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  613 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 659  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 500 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 5556 - 5487
Alignment:
Q  500 aggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 569  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5556 aggcgacacttgagagacccaatagcaagctattgtggtggactctccacctcaaaaaataaatttaata 5487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University