View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4956_high_1 (Length: 774)

Name: NF4956_high_1
Description: NF4956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4956_high_1
NF4956_high_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (29-755)||(9257746-9258472)
chr2 (29-743)||(9267766-9268480)
chr2 (47-751)||(9237161-9237859)
chr2 (31-751)||(9249697-9250399)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 9258472 - 9257746
Alignment:
Q  29 gtttaccttgaagtgtcattggagttttgtgaattgcttagaagggcacggtgtaagtacgatgatcctctgtatgttttttgccgggatagtttttcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258472 gtttaccttgaagtgtcattggagttttgtgaattgcttagaagggcacggtgtaagtatgatgatcctctgtatgttttttgccgggatagtttttcat 9258373  T
Q  129 ctttgttgacgcttgttggtcgtgttaactttcagaatcctaaaggagaggtcttgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcagatgagtt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258372 ctttgttgacgcttgttggtcgtgttaactttcagaatcctaaaggagaggtcatgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcagatgagtt 9258273  T
Q  229 gttgaggtttttggatctgagtatgaactgtcccatgggtgaggggctttcgttcaacgttgttttggattttgttaaattctctggccatttaaggatg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258272 gttgaggtttttggatctgagtatgaactgtcccacgggtgaggggttttcgttcaactttgttttggattttgttaaattctctggccatttaaggatg 9258173  T
Q  329 ggattggccgagcagcaagcaacatccgatgaatttttgaattgcactattggttacaaagaggaacccttgattgcaggagtagttgatcaacttcatg 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9258172 ggattggccgagcagcaagcaacatccgatgaatttttgaattgcactattggttacgaagaggaacccttgattgcaggagtagttgatcaacttcata 9258073  T
Q  429 ttgtatttattaagttattgagcaaaatggatgagtgccttcaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgacggggccgttat 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9258072 ttgtatttattaagttattgagcaaaatggatgagtgccttcaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgatggggccgttat 9257973  T
Q  529 caataatgggtggtctcattatattataatcctgaaggtattgtatcacatatctaagctctatagcggtgcaaaagagatgttttgggaagttttgttg 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257972 caataatgggtggtctcattatattataatcctgaaggtattgtatcacatatctaagctctatagcggtgcaaaagagatgttttgggaagttttgttg 9257873  T
Q  629 cgtcaaaaaagtatgatatctcatatgattgttcggtactcaaagaatactgatgatcatcggtgggttctcgagaacagaagtgtgaccgattttgaat 728  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257872 cgtcaaaaaagtatgctatctcatatgattgttcggtactcgaagaatactgatgatcatcggtgggttctcgagaacagaagtgtgaccgattttgaat 9257773  T
Q  729 gcaggaggcatttggcgatgatgatgt 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  9257772 gcaggaggcatttggcgatgatgatgt 9257746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 9268480 - 9267766
Alignment:
Q  29 gtttaccttgaagtgtcattggagttttgtgaattgcttagaagggcacggtgtaagtacgatgatcctctgtatgttttttgccgggatagtttttcat 128  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9268480 gtttaccttgaagtgttattggagttttgtgaattgcttagaaggacagggtgtaagtccgatgatcgtctgtatgttttttgccgggatagttttgcat 9268381  T
Q  129 ctttgttgacgcttgttggtcgtgttaactttcagaatcctaaaggagaggtcttgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcagatgagtt 228  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  9268380 ctttgttgacgcttgttggtggtgttagctttcataatcctaaaggaaaggttatgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcatataagtt 9268281  T
Q  229 gttgaggtttttggatctgagtatgaactgtcccatgggtgaggggctttcgttcaacgttgttttggattttgttaaattctctggccatttaaggatg 328  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  9268280 gttgaggtttttggatttgagtatgaactgtcccacgggtgaggggctttcgttcaaggttgttttggattttgttaaattctccgaccatttgaggatg 9268181  T
Q  329 ggattggccgagcagcaagcaacatccgatgaatttttgaattgcactattggttacaaagaggaacccttgattgcaggagtagttgatcaacttcatg 428  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  9268180 ggattggccatgcatcaagcaacatccgatgaatttttgaattgtgctatttgttacacagagggtcccttgtttgcaggagtagttgatcaacttcata 9268081  T
Q  429 ttgtatttattaagttattgagcaaaatggatgagtgccttcaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgacggggccgttat 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  9268080 ttgtatttattaagttattgagcaaaatggataagtgtcttgaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgatggggccgctgt 9267981  T
Q  529 caataatgggtggtctcattatattataatcctgaaggtattgtatcacatatctaagctctatagcggtgcaaaagagatgttttgggaagttttgttg 628  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||| ||  ||||| ||||   |||||||| | |||| |||    
T  9267980 ccataatggatggtctcattatattataatcctgaaggtattgtttcacatctccaagttctacagtagtgcacaagaacagttttggggacttttcttg 9267881  T
Q  629 cgtcaaaaaagtatgatatctcatatgattgttcggtactcaaagaatactgatgatcatcggtgggttctcgagaacagaagtgtgaccgattttgaat 728  Q
    |||| ||||| | || || ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  9267880 cgtcgaaaaaatgtgctacctcatatgattgttcggtacgtgaagaaaactgatgatcatcggtggcttcttgagaacagaattgtgactgattttgaat 9267781  T
Q  729 gcaggaggcatttgg 743  Q
     ||||||||||||||    
T  9267780 ccaggaggcatttgg 9267766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 47 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 9237859 - 9237161
Alignment:
Q  47 ttggagttttgtgaattgcttagaagggcacggtgtaagtacgatgatcctctgtatgttttttgccgggatagtttttcatctttgttgacgcttgttg 146  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| | | | || ||  ||||| ||| ||||||||| ||| |||||| |||||  |  ||||||||| || ||||    
T  9237859 ttggatttttgtgaattgcttagaggggtaggttttacgtgtgatgagcctttgtatgtttcttgtcgggatggttttggaaatttgttgacactcgttg 9237760  T
Q  147 gtcgtgttaactttcagaatcctaa-aggagaggtcttgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcagatgagttgttgaggtttttggatc 245  Q
    || ||||   | || | |||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||     
T  9237759 gtggtgtccccattaacaatcctaatatga-aggttttgcttcggggtgttgttgactgtgttcacgagatcgcagacgagttgttgatgtatttggatt 9237661  T
Q  246 tgagtatgaactgtcccatgggtgaggggctttcgttcaacgttgttttggattttgttaaattctctggccatttaaggatgggattggccgagcagca 345  Q
    |||||||||| ||   ||  |   ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  9237660 tgagtatgaattgggacactgccaaggggatttcgtacaaagttgttttggattttgttaaattctgtggccctttgaggatgggatttgccgaggagca 9237561  T
Q  346 agcaacatccgatgaatttttgaattgcactattggttacaaagaggaacccttgattgcaggagtagttgatcaacttcatgttgtatttattaagtta 445  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    |||| | ||  | ||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9237560 agcaacatccgatgaatctttgaattatgatatttgctatgaggaggatcccttgttttcaggagtacctgatcaacttcatattgtatttattaagtta 9237461  T
Q  446 ttgagcaaaatggatgagtgccttcaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgacggggccgttatcaataatgggtggtctc 545  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||      ||||  |||||| ||||||||||||| |    
T  9237460 ttgagcaaaatggacgagtgccttcaagtcatggaagattgcttggttaacaaggaacaaggaaaa------ggggatgttatccataatgggtggtccc 9237367  T
Q  546 attatattataatcctgaaggtattgtatcacatatctaagctctatagcggtgcaaaagagatgttttgggaagttttgttgcgtcaaaaaagtatgat 645  Q
    ||||| |||| || || |||| ||||| |||||| || ||| |||||||||||||| |||| | |||||||| | |||| |||| || ||||| | || |    
T  9237366 attatcttattattcttaaggaattgtttcacatctccaagttctatagcggtgcacaagaaaagttttggggacttttattgcatcgaaaaaatgtgct 9237267  T
Q  646 atctcatatgattgttcggtactcaaagaatactgatgatcatcggtgggttctcgagaacagaagtgtgaccgattttgaatgcaggaggcatttggcg 745  Q
    | ||||||||||||||||||||   ||||| || ||||||||||  ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9237266 acctcatatgattgttcggtacgtgaagaaaaccgatgatcatcaatggcttcttgagaacaaaattgtgaccgattttgaatccaggaggcatttggcg 9237167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 31 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 9250399 - 9249697
Alignment:
Q  31 ttaccttgaagtgtcattggagttttgtgaattgcttagaagggcacggtgtaagtacgatgatcctctgtatgttttttgccgggatagtttttcatct 130  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||| |||||| |||||          
T  9250399 ttacctagaagtgttgttggagttttgtgaattgcttagaggggtagggtgtaagtgtgatcatcctttgtatgtttgttgtcgggatggttttgtggaa 9250300  T
Q  131 ttgttgacgcttgttggtcgtgttaactttcagaatcctaaaggagaggtcttgcttcggggtgtttttgactgtgttcacgagatcgcagatgagttgt 230  Q
    |||||||  ||||||||  |||||  | |  |||||||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||    
T  9250299 ttgttgattcttgttggcggtgttctcatcaagaatcctaaaatgaaggttttgcttcggggtgtttttgactgtgttcgagagatcacagatgagctgt 9250200  T
Q  231 tgaggtttttggatctgagtatgaactgtcccatgggtgaggggctttcgttcaacgttgttttggattttgttaaattctctggccatttaaggatggg 330  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||       ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||    
T  9250199 tgaggtttttggatttgagtatgaattttcccactaaaagggggctttcgtacaaagttgtttttgattttgttaaattctgttgccctttgaggatggg 9250100  T
Q  331 attggccgagcagcaagcaacatccgatgaatttttgaattgcactattggttacaaagaggaacccttgattgcaggagtagttgatcaacttcatgtt 430  Q
    ||| ||| || |||||||||||||         |||||||||   |||| | ||  | ||||| |||||| ||  ||||||   ||||||||||||| ||    
T  9250099 attcgccaaggagcaagcaacatc---------tttgaattgtgatatttgctatgaggaggatcccttgtttttaggagtgcctgatcaacttcatatt 9250009  T
Q  431 gtatttattaagttattgagcaaaatggatgagtgccttcaagtcatggaggattgcttggttaacaagaaacatggaaaaggtgacggggccgttatca 530  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||   ||  ||| ||     
T  9250008 gtatttattaagtcattgagcaaaatggacgagtgccttcaagtcatggaagattgcttggttaacaagaaacgtggaaaaggcgaattggatgttctcc 9249909  T
Q  531 ataatgggtggtctcattatattataatcctgaaggtattgtatcacatatctaagctctatagcggtgcaaaagagatgttttgggaagttttgttgcg 630  Q
    ||||| |         |||| |||| || || |||| ||||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||||   |||||||| | |||| |||||    
T  9249908 ataattg---------ttatcttattattcttaaggaattgtttcacatctccaagttctatagcggtgcacaagaacagttttggggacttttcttgcg 9249818  T
Q  631 tcaaaaaagtatgatatctcatatgattgttcggtactcaaagaatactgatgatcatcggtgggttctcgagaacagaagtgtgaccgattttgaatgc 730  Q
    || ||||| | || || ||||||||||||||||||||   |||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  9249817 tcgaaaaaatgtgctacctcatatgattgttcggtacgtgaagaaacctgatgatcattggtggcttcttgagaacagaattgtgactgattttgaatcc 9249718  T
Q  731 aggaggcatttggcgatgatg 751  Q
    |||| |||||||| |||||||    
T  9249717 aggaagcatttggtgatgatg 9249697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University