View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4957-Insertion-3 (Length: 972)

Name: NF4957-Insertion-3
Description: NF4957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4957-Insertion-3
NF4957-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-940)||(25989083-25990015)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 25990015 - 25989083
Alignment:
Q  8 actttgctccaagttttgaagttacacgcgtaagaaccgccatatatgctatcagaaacaagcgtagaagtgaaataactgcactggctcttcaagattc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25990015 actttgctccaagttttgaagttacacgcgtaagaaccgccatatatgctatcagaaacaagcgtagaagtgaaataactgcactggctcttcaagattc 25989916  T
Q  108 acctcctcagtgaatgacatacaatatat--caacaagtttggactgacagaatggaatatcttttatgaaaaattgctctagccttcaagtttgttctg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989915 acctcctcagtgaatgacatacaatatatatcaacaattttcaactgacagaatggaatatcttttatgaaaaattgctctagccttcaagtttgttctg 25989816  T
Q  206 ctgatcactcttccagtggctttgtccttgtacctgatacgatagatcgcacctagggtaaagtagactggacgagtcaccctgaaaaatgtaaggaagg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25989815 ctgatcactcttccagtggctttgtccttgtatctgatacgatagatcgcacctagggtaaagtagactggacgagtcaccctaaaaaatgtaaggaagg 25989716  T
Q  306 actgaatgatataagtatcatgaaacataagagttgagcaaaatattatatttgtttaagaatgcctaagcatatataacaggagaagaaggggaaaata 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989715 actgaatgatataagtatcatgaaacataagagttgaacaaaatattatatttgtttaagaaagcctaagcatatataacaggagaagaaggggaaaata 25989616  T
Q  406 tttgtcaaatatataagcacctaacaaatgagaactgaaaatgtatcattgcttataataaagggtacaacataatttaactccaaaaggatcaaagagt 505  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989615 tttgtcaaatatatcagcacctaacaaatgaaaactgaaaatgtatcattgcttataataaagggtacaacataatttaactccaaaaggatcaaagagt 25989516  T
Q  506 gaataaattttgttcggtattcttaagaaaaccatcattttcacgatattatgtactatgcaaggctattgaaattcagaggaatgatgtcagagttatc 605  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989515 gaataaattttgtttggtattcttaagaaaaccatcattttcacgatattatgtactatgcaaggctattgcaattcagaggaatgatgtcagagttatc 25989416  T
Q  606 atttttattctgctgggttaaaatcattcaaatgcttggacattggcacatggggatcagagtattgtgcaacatgtgtcagagttgtattgaaattaga 705  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25989415 atttttattctgctgagttaaaatcattcaattg-tttgacattggcacat-gagatcagagtattgtgcaacatgtgtcagagttgtattgaaattgga 25989318  T
Q  706 atcactacctcaaaattcaaaagggatttccagtagtaagaatcaaacagcattgctatcatgaatcaagataatactaccatttactggattattagga 805  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989317 atcattacctcaaaattcaaaagggatttccagtagtaagaatcaaacagcattgctatcatgaatcaagataatactaccatttactggattattagga 25989218  T
Q  806 acatgaaattaacatctcttccacatcctaaagacatgcaacaacaataaaaaccaccaaagtccttttccattaaaaggggtgaacttttatatcctaa 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  25989217 acatgaaattaacatctcttccacatcctaaagacatgcaacaacaataaaaaccaccaaagtccttttccattaagtggggtgaacttttatatcctaa 25989118  T
Q  906 agacatgatagactagaatgtggatttcactgcca 940  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989117 agaaatgatagactagaatgtggatttcactgcca 25989083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University