View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4957-Insertion-6 (Length: 679)

Name: NF4957-Insertion-6
Description: NF4957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4957-Insertion-6
NF4957-Insertion-6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-679)||(13233883-13234554)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 679
Target Start/End: Original strand, 13233883 - 13234554
Alignment:
Q  8 actaacatggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaattagatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233883 actaacatggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaattagatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtg 13233982  T
Q  108 tgatgtgcagccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacaccaacaccacatagcagcgactacgtagtcgacgagaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13233983 tgatgtgcagccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacaccaacaccacatagcagtgactacgtagtcgacgagaa 13234082  T
Q  208 tgactaccttacaccaaccaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctacatagcagagacatggatcctaatgcgccgcaacttc 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234083 tgactaccttacaccaacaaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctacataggagagacatggatcctaatgcgccgcaacttc 13234182  T
Q  308 accaacatacggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagttatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaata 407  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234183 acaaacatacggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagttatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaata 13234282  T
Q  408 ccttacaaggaatcacaaatcgtcccagtttcttcattttcacagtgtgtctgtttttcttctcttcaaatgatgcggaccctgccttcatccaagagag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13234283 ccttacaaggaatcacaaatcgtctcagtttcttcattttcacagtgtgtctgtttttcttctcttcaaatgatgccgtccctgccttcatccaagagag 13234382  T
Q  508 gttcatcttcatccgcgaaacttctcataatgcctatagagcttcttgttacaccatagctagcctaatcactcacatgccgtttcttgcgctccaagct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234383 gttcatcttcatccgcgaaacttctcataatgcctatagagcttcttgttacaccatagctagcctaatcactcacatgccgtttcttgcgctccaagct 13234482  T
Q  608 ttagcctatgctgccattgtttggtttgctttagaacttagaggcccatttatatacttcttccttgttctc 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234483 ttagcctatgctgccattgtttggtttgctttagaacttagaggcccatttatatacttcttccttgttctc 13234554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University