View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4959-Insertion-3 (Length: 702)

Name: NF4959-Insertion-3
Description: NF4959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4959-Insertion-3
NF4959-Insertion-3
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (7-702)||(340828-341523)
chr6 (7-694)||(336798-337485)
chr6 (7-326)||(332912-333231)
chr6 (363-493)||(332085-332215)
chr6 (189-453)||(347412-347676)
chr6 (204-453)||(356086-356335)
chr6 (308-453)||(376820-376965)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 659; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 341523 - 340828
Alignment:
Q  7 atgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgnnnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  341523 atgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgtttttttcttctctaatcaatgccgttaacatatcaacatgatgagc 341424  T
Q  107 atcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttcgcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341423 atcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttcgcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttg 341324  T
Q  207 catgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccg 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341323 catgcctcagtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccg 341224  T
Q  307 cttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  341223 cttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcgaatgtgaa 341124  T
Q  407 tcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgattcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341123 tcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgattcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatc 341024  T
Q  507 ttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341023 ttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaac 340924  T
Q  607 caaaaggttcaaacatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagctcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatcagttgtga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340923 caaaaggttcaaacatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagctcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatcagttgtga 340828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 337485 - 336798
Alignment:
Q  7 atgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgnnnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||       |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  337485 atgcagcatctcttagaaacttgttaccaattgattcactttcactacccttgctattttcttctctaattaatgccgttagcaaatcaacatgatgagc 337386  T
Q  107 atcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttcgcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttg 206  Q
    ||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  337385 atcattactttgaccattaatttcatttttgttaccgtttttctttagctcttcgcattttgaagctatacacgaatataggaattgatcaaatactttg 337286  T
Q  207 catgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccg 306  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  337285 catgcttcagtcatttttttctcttcaccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaagccggcacagtgtgtctgtagaagatggattcttcag 337186  T
Q  307 cttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaa 406  Q
    |||||||||||||||||||  |   |||||| ||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  337185 cttggttaaaagccttctcgcacacaacttcagggaaatcaatggaaagacaattagggtcatgtccaagaattattgaacaaatgttatcaaatgtgaa 337086  T
Q  407 tcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgattcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatc 506  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  337085 gcgattgaacacgtcttgtaaatcgaccaccgacccattttgttgttgaacatgattcaataaaggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaatgatt 336986  T
Q  507 ttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  336985 ttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccattgatgtgaatctgtagtgaaaattcctaaac 336886  T
Q  607 caaaaggttcaaacatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagctcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatc 694  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||   ||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  336885 caaaaggttggaacgtttcacgaaacctttcacctttctcaaaattgtcaaacctcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatc 336798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 7 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 333231 - 332912
Alignment:
Q  7 atgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgnnnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||   || || ||||||||||||| ||||        ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  333231 atgcagcatctcttagaaacttgtcgataattgattcactttcactatccttatttttttcttctctaatcaacgtcgtaagcaaatcaacatgatgagc 333132  T
Q  107 atcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttcgcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttg 206  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  333131 atcgtcactttcaacattgatttcatttttgttacaattttgctttagctcttcgcgctttgaagctatacacgaaaataggaatttatcaaatactttg 333032  T
Q  207 catgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccg 306  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||| |||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||| |    
T  333031 catgcctcggtcatttttttctcttccccaatttgaagccatttttgcatcttctaaacacaaacgggcacgatgtgtctatagaagatgcattcttcag 332932  T
Q  307 cttggttaaaagccttctca 326  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  332931 cttggttaaaagccttctca 332912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 363 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 332215 - 332085
Alignment:
Q  363 ggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgat 462  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  332215 ggatcatgtccaagaattatcaagcaaatgttatcgaatgtgaagcgattgaatacatcttgtaaatcgaccatcgaccctttttgttgttgaacatgtt 332116  T
Q  463 tcaatattggaatcaatgatttctcaacttt 493  Q
    ||||||  ||||  |||||||||||||||||    
T  332115 tcaataaaggaaataatgatttctcaacttt 332085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 189 - 453
Target Start/End: Original strand, 347412 - 347676
Alignment:
Q  189 aattgatcaaataccttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctat 288  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||   | |||||  | |||||||    
T  347412 aattgatcaaatactttgcatgctttggtcatttttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttttaggcactatatgtctat 347511  T
Q  289 agaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaaca 388  Q
    |||| ||| |||||||   |||||||||||| |||||| | |  || ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||  |||||||| ||   ||||    
T  347512 agaatatgcactcttcaatttggttaaaagctttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatcgaaagacaattgggatcacatccaagaactacggaaca 347611  T
Q  389 aatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 453  Q
    |||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  347612 aatgttgttgaatgtgaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgacccttgttgttgta 347676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 204 - 453
Target Start/End: Original strand, 356086 - 356335
Alignment:
Q  204 ttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactctt 303  Q
    ||||||||||  ||||| || |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||   | |||||  | ||||||||||| |||  |||||    
T  356086 ttgcatgccttggtcatatttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttttaggcactttatgtctatagaatatgccctctt 356185  T
Q  304 ccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgt 403  Q
    |   |||||| |||||||||||| | |  || ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||  ||||||||  |   |||||||||| || |||||    
T  356186 cgatttggttgaaagccttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatggaaagacaattaggatcacatccaagaaccacggaacaaatgttgtcgaatgt 356285  T
Q  404 gaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 453  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  356286 gaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgagccttgttgttgta 356335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 308 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 376965 - 376820
Alignment:
Q  308 ttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaat 407  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||| || ||||| ||  | |||||||| || |||||   |||||||| ||   ||||||||||||||||||||||     
T  376965 ttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaagtcaatggaaagacagttaggatcgcatccaagaactacagaacaaatgttatcaaatgtgaag 376866  T
Q  408 cgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 453  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  376865 cgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgta 376820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University