View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4959-Insertion-4 (Length: 699)

Name: NF4959-Insertion-4
Description: NF4959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4959-Insertion-4
NF4959-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-699)||(45226842-45227545)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 45227545 - 45226842
Alignment:
Q  8 catataaaacaaacgttgttagctatgaagggagcgaagcagatttatgcatgttgctaaattacattctcattattagatattagtaatatgcttaaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45227545 catataaaacaaacgttgttagctatgaagggagcgaagcagatttatgcatgttgctaaattacattctcattattagatattattaatatgcttaaac 45227446  T
Q  108 tacaactgcgtaatttgcagtagtatgttatgttaattaatttaaatcatcaacatggtctctctttcaaatgatagatatttgggtccattaataattt 207  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227445 tacagctgcgtaattagcagtagtatgttatgttaattaatttaaatcatcaacatggtctctctttcaaatgatagatatttgggtccattaataattt 45227346  T
Q  208 aaaagttcgatctctggctaaaaaacatatatatgttgggagatgttaactgcttcaatagatctcggttattcaaagacttcgtttataatattatgca 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227345 aaaagttcgacctctggctaaaaaatatatatgtgttgggagatgttaactgcttcaatagatctcggttattcaaagacttcgtttataatattatgca 45227246  T
Q  308 cggagatatttattttaaaaa------------ttaaaacagagcattaaattgaggtttaattcctgtttggttctgccagcttcttcttgtcttgtct 395  Q
     ||||||||||||||||||||            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227245 tggagatatttattttaaaaaataatttaaaaattaaaacagagcataaaattgaggtttaattcctgtttggttctgccagcttcttcttgtcttgtct 45227146  T
Q  396 tgtgctccactttatgcgtgtgctttgtttggactaatatcactattccattgagaacatggctggctagaaggaaagagcagtggagaatatttattga 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227145 tgtgctccactttatgcgtgtgctttgtttggactaatatcactattccattgagaacatggctggctagaaggaaagagcagtggagaatatttattga 45227046  T
Q  496 gctttaattggatttgtgggatcacatcatgttcgattgatgagatttgtgacacatcctcgttggaaatgctcttccaatttctacaggaactttgtac 595  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227045 gctttaattggatttgtgggctcacatcatgtttgattgatgagatttgtgacacatcctcgttggaaatgctcttccaatttctacaggaactttgtac 45226946  T
Q  596 cacacgcaactgtatggtttacaatttgcaaatggaaaatttgaattacgagaaagagtacattatagaataattaatgtctataattggcatcatgcca 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45226945 cacacgcaactgtatggtttacaatttgcaaatggaaaatttgaattacgagaaagagtacattatagaataattaatgtctataattggcatcatgcca 45226846  T
Q  696 acat 699  Q
    ||||    
T  45226845 acat 45226842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University