View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4959-Insertion-9 (Length: 476)

Name: NF4959-Insertion-9
Description: NF4959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4959-Insertion-9
NF4959-Insertion-9
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-476)||(12096013-12096481)
chr7 (8-476)||(12079373-12079841)
chr7 (8-384)||(1248785-1249161)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 12096481 - 12096013
Alignment:
Q  8 ttctcaacctggatcccaaacacagactgttgcaaatggcgtatagtctcatgcaagaaaatcccaaaaacaaccatccatcgtgtcaacttccttgaga 107  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12096481 ttctcaacctggatcccacacacagactgttgcaaatggcgtatagtctcatgcaagaaaatcccaaaaacaaccatccatcgtgtcaacttccttgaga 12096382  T
Q  108 tagatggcgctgatgatcttgtcggtacaatcccgcccctcatcgctgatctaccttacctcgagaccctcattttccgcctccttcctaacctcactgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||    
T  12096381 tagatggcgctgatgatcttgtcggtacaatcccgccactcatcgccgatctaccttacctcgagaccctcatttttcgcctcctccctaacctaacagg 12096282  T
Q  208 tcctattcctcaagccattgctagacttcctcaccttaaatttgtccttcttaattggaacagcctaaccggtcctatccctgattactttagcaaactc 307  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  12096281 tcctattcctcaagccattgcaagactgcctcaccttaaatttgtcctccttaattggaacaacctaactggtcctatccctgattactttagcaaactt 12096182  T
Q  308 cccaatttagccaccttagggcttaataacaaccatttaaccggtccaattcccgcttacctcggccaccttcctaaactccaaggactagacttgtacg 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12096181 accaatttagccaccttagggcttaataacaaccaattaaccggtccaattcctgcttacctcggccgccttcctaaactccaaggactagacttgtacg 12096082  T
Q  408 acaaccatttaaccggcccaataccggacagcttcggatcattcaaggctggttctcaggtcaccttgt 476  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12096081 acaaccatttaaccggtccaataccggacagcttcggatcattcaaggccggttctcaggtcactttgt 12096013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 12079841 - 12079373
Alignment:
Q  8 ttctcaacctggatcccaaacacagactgttgcaaatggcgtatagtctcatgcaagaaaatcccaaaaacaaccatccatcgtgtcaacttccttgaga 107  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12079841 ttctcaacctggatcccacacacagactgttgcaaatggcgtatagtctcatgcaagaaaatcccaaaaacaaccatccatcgtgtcaacttccttgaga 12079742  T
Q  108 tagatggcgctgatgatcttgtcggtacaatcccgcccctcatcgctgatctaccttacctcgagaccctcattttccgcctccttcctaacctcactgg 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||    
T  12079741 tagatggtgctgatgatcttgtcggtacaataccgccactcatcgccgatctaccttacctcgagaccctcattttacgcctcctacctaacctaacagg 12079642  T
Q  208 tcctattcctcaagccattgctagacttcctcaccttaaatttgtccttcttaattggaacagcctaaccggtcctatccctgattactttagcaaactc 307  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  12079641 tcctattcctcaagccattgcaagactgcctcaccttaaatttgtcctccttaattggaacaacctaactggtcctatccctgattactttagcaaacta 12079542  T
Q  308 cccaatttagccaccttagggcttaataacaaccatttaaccggtccaattcccgcttacctcggccaccttcctaaactccaaggactagacttgtacg 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  12079541 accaatttagccaccttagggcttaataacaaccaattaaccggtccaattccagcttacctcggccgccttcctaaactacaaggactaaacttgtacg 12079442  T
Q  408 acaaccatttaaccggcccaataccggacagcttcggatcattcaaggctggttctcaggtcaccttgt 476  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12079441 acaaccatttaaccggtccaataccggacagcttcggatcattcaaggccggttctcaggtcactttgt 12079373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 8 - 384
Target Start/End: Original strand, 1248785 - 1249161
Alignment:
Q  8 ttctcaacctggatcccaaacacagactgttgcaaatggcgtatagtctcatgcaagaaaatcccaaaaacaaccatccatcgtgtcaacttccttgaga 107  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  1248785 ttctcaacctggactccaaaaacagattgttgcaaatggcgcatagtcttatgcaagaaaatcccaaaaacaacaatctaccgtgtcaacttcctcgaga 1248884  T
Q  108 tagatggcgctgatgatcttgtcggtacaatcccgcccctcatcgctgatctaccttacctcgagaccctcattttccgcctccttcctaacctcactgg 207  Q
    | || || |||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||    
T  1248885 tcgacggtgctgatgacctcgtcggtacgatccccccactcattgctgacctaccatacctggagaccctcatattccgcaacctccctaacctcaccgg 1248984  T
Q  208 tcctattcctcaagccattgctagacttcctcaccttaaatttgtccttcttaattggaacagcctaaccggtcctatccctgattactttagcaaactc 307  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1248985 tcctatccctcaagccattgcgaaacttcctcaccttaactttgtcctccttaactggaacagcctaaccggtcctatccctgattactttagcaagctc 1249084  T
Q  308 cccaatttagccaccttagggcttaataacaaccatttaaccggtccaattcccgcttacctcggccaccttcctaa 384  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  1249085 accaatttagccactttagggcttaataacaaccatttaaccggtcgggttccggcttacctcggccgccttcctaa 1249161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University