View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4962-Insertion-2 (Length: 851)

Name: NF4962-Insertion-2
Description: NF4962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4962-Insertion-2
NF4962-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-851)||(33775821-33776665)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 841; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 841; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 33776665 - 33775821
Alignment:
Q  7 actgacttcaaaatgcagctttattgagcacataaataaacacaactcctacgactttcattgaggtgcacctaaactcaacctcaagaaacacaaccag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776665 actgacttcaaaatgcagctttattgagcacataaataaacacaactcctacgactttcattgaggtgcacctaaactcaacctcaagaaacacaaccag 33776566  T
Q  107 aacaggattcaaacatgtctcatggattgagtcatcatggccacaaactcgttcatgtcaaccatgccatctccatcagtgtccactgctctcaccattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776565 aacaggattcaaacatgtctcatggattgagtcatcatggccacaaactcgttcatgtcaaccatgccatctccatcagtgtccactgctctcaccattc 33776466  T
Q  207 gcctgcagtcctcaaggctgcacctttcttccagcttccacaacatttctttaatttcttcagcacttattttcccatcaccattcttatcaaatgttcg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776465 gcctgcagtcctcaaggctgcacctttcttccagcttccacaacatttctttaatttcttcagcacttattttcccatcaccattcttatcaaatgttcg 33776366  T
Q  307 aaacgcagtctgtatatccaatgacctaatcccgccacccttcttctgtgcctccataaattcttcgaaattgatgaatccatctccatccaagtcaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776365 aaacgcagtctgtatatccaatgacctaatcccgccacccttcttctgtgcctccataaattcttcgaaattgatgaatccatctccatccaagtcaacc 33776266  T
Q  407 acccgaaaaatatttggcacttcattcaccgatttctccatgcctagagatttcagggtagctttgtactcctgttgagatattttcccatctttattgg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776265 acccgaaaaatatttggcacttcattcaccgatttctccatgcctagagatttcagggtagctttgtactcctgttgagatattttcccatctttattgg 33776166  T
Q  507 aatcaaatttgtcaaacaccatcttcatctcatcaaggctaggctgaaaaatatattttagcccagagttttgtctgttctttgagaacatagttacccc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33776165 aatcaaatttgtcaaacaccatcttcatctcatcaaggctaggctgaaaaatatattttagcccagagttttgtctgttctttgagaacatagttacacc 33776066  T
Q  607 agagttctgtttgtcctttgagaagagtcgtgacggcttcctcaggtactttctctttgagaggttgtattggaaatcaaggaaacttgtccttgacatt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33776065 agagttctgtttgtcctttgagaagagtcgtgacggcttcctcaggtactttctctttgagaggttgtattggaaatcaaggaaacttgtccttgacatt 33775966  T
Q  707 ttatatgagagcctgatcagtttacaattgacatgaaaaaagagcaccttattttatttatattaatgagagatggaaaaggtagtgatatctcacatca 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33775965 ttatatgagagcctgatcagtttacaattgacatgaaaaaagagcaccttattttatttatattaatgagagatggaaaaggtagtgatatctcacatca 33775866  T
Q  807 tatgccaatcttaagctatcagttattccttatcaatttctggat 851  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33775865 tatgccaatcttaagctatcagttattccttatcaatttctggat 33775821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University