View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4965_low_3 (Length: 563)

Name: NF4965_low_3
Description: NF4965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4965_low_3
NF4965_low_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-548)||(10254710-10255248)
chr5 (10-548)||(10230577-10231115)
chr5 (10-548)||(10239357-10239895)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Original strand, 10254710 - 10255248
Alignment:
Q  10 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254710 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 10254809  T
Q  110 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 209  Q
    ||||||||||  || |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254810 caacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 10254909  T
Q  210 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 309  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254910 ccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 10255009  T
Q  310 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255010 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 10255109  T
Q  410 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255110 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 10255209  T
Q  510 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaac 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255210 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaac 10255248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 10231115 - 10230577
Alignment:
Q  10 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10231115 gacattatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtcctagacgaactccctc 10231016  T
Q  110 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 209  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231015 caacacaatgtgtaatcatcaaaggtacactcccgccgtcactttacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 10230916  T
Q  210 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 309  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||||     
T  10230915 ccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctcaaacgggaaagccacactatgtagccgttatgtaaaaacctacaagtacaaaatt 10230816  T
Q  310 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 409  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || ||    | |||||| ||      
T  10230815 gaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattgctttagcggcacgtggatccgtggttgtagcacgggtgt 10230716  T
Q  410 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 509  Q
    || | || || || || || |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10230715 taaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaacacaagtttagctctgtttggtaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttcc 10230616  T
Q  510 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaac 548  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  10230615 ttatgaagtcaaactaacaccaaacggtgacatccaaac 10230577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 10239895 - 10239357
Alignment:
Q  10 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239895 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 10239796  T
Q  110 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 209  Q
    ||||||||||  || |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  10239795 caacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggacctta 10239696  T
Q  210 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 309  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  10239695 ccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatc 10239596  T
Q  310 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 409  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||||| || ||  | | |||||||||      
T  10239595 gaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgt 10239496  T
Q  410 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 509  Q
    || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239495 taactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttcc 10239396  T
Q  510 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaac 548  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  10239395 ttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaac 10239357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University