View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4970-Insertion-11 (Length: 502)

Name: NF4970-Insertion-11
Description: NF4970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4970-Insertion-11
NF4970-Insertion-11
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (8-502)||(18025992-18026497)
chr3 (16-172)||(27864948-27865103)
chr3 (331-502)||(27392092-27392263)
chr3 (8-172)||(3171520-3171684)
chr3 (8-172)||(38758639-38758803)
chr3 (16-171)||(24107300-24107455)
chr3 (16-168)||(19860526-19860677)
chr3 (19-172)||(54446051-54446199)
chr3 (340-502)||(12146248-12146413)
chr3 (340-497)||(27347643-27347800)
chr3 (372-502)||(27376431-27376564)
chr3 (19-97)||(14812579-14812657)
chr3 (120-169)||(21792251-21792300)
chr3 (119-172)||(27864830-27864883)
chr3 (51-168)||(46685450-46685566)
chr3 (415-502)||(17746113-17746200)
chr3 (415-502)||(19047433-19047520)
chr3 (129-172)||(31596749-31596792)
chr3 (123-172)||(24107182-24107231)
chr3 (386-458)||(26142185-26142257)
chr3 (70-172)||(46684129-46684230)
chr3 (120-172)||(38758860-38758912)
chr3 (133-172)||(16907961-16908000)
chr3 (194-246)||(27376730-27376784)
chr3 (132-165)||(14812465-14812498)
chr3 (194-246)||(12146543-12146595)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (16-172)||(23322129-23322285)
chr5 (8-172)||(5840908-5841072)
chr5 (17-172)||(15933387-15933542)
chr5 (16-168)||(25088939-25089091)
chr5 (16-168)||(25146908-25147060)
chr5 (14-112)||(42793647-42793745)
chr5 (119-172)||(23322350-23322403)
chr5 (117-172)||(43183261-43183316)
chr5 (119-172)||(25088435-25088488)
chr5 (119-172)||(25146404-25146457)
chr5 (132-172)||(5841142-5841182)
chr5 (132-172)||(34634099-34634139)
chr5 (119-172)||(9379961-9380014)
chr5 (119-172)||(9380705-9380758)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (16-167)||(5367451-5367602)
chr6 (16-168)||(3658987-3659139)
chr6 (16-172)||(28944276-28944432)
chr6 (39-172)||(8286819-8286951)
chr6 (119-172)||(5367667-5367720)
chr6 (70-172)||(8287369-8287470)
chr6 (119-172)||(3659204-3659256)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-172)||(30905877-30906031)
chr8 (16-172)||(18202804-18202960)
chr8 (119-172)||(10536031-10536084)
chr8 (132-172)||(10536792-10536832)
chr8 (132-172)||(32539450-32539490)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (16-172)||(49028294-49028450)
chr4 (16-172)||(10468511-10468667)
chr4 (31-172)||(36098776-36098917)
chr4 (18-172)||(10286441-10286595)
chr4 (16-172)||(52677701-52677857)
chr4 (16-172)||(12585189-12585345)
chr4 (16-172)||(16067473-16067629)
chr4 (16-172)||(21038263-21038417)
chr4 (16-172)||(622206-622362)
chr4 (22-120)||(3990758-3990856)
chr4 (8-148)||(9268164-9268304)
chr4 (119-171)||(3990927-3990979)
chr4 (122-172)||(10468735-10468785)
chr4 (122-172)||(52677583-52677633)
chr4 (119-168)||(9268058-9268107)
chr4 (119-172)||(9450910-9450963)
chr4 (132-172)||(4437711-4437751)
chr4 (132-172)||(21325695-21325735)
chr4 (132-172)||(45667262-45667302)
chr4 (119-172)||(12585410-12585463)
chr4 (123-172)||(16067355-16067404)
chr4 (119-168)||(17931323-17931372)
chr4 (119-168)||(49028515-49028564)
chr4 (132-172)||(4439038-4439078)
chr4 (132-172)||(9449746-9449786)
chr4 (132-172)||(10202709-10202749)
chr4 (132-172)||(25225821-25225861)
chr4 (132-172)||(28450781-28450821)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (16-172)||(38694919-38695075)
chr2 (20-172)||(18171233-18171385)
chr2 (27-172)||(42962928-42963073)
chr2 (375-502)||(22391353-22391483)
chr2 (119-172)||(4733335-4733388)
chr2 (119-172)||(14159237-14159290)
chr2 (119-172)||(14160408-14160461)
chr2 (119-172)||(18166664-18166717)
chr2 (119-168)||(38695140-38695189)
chr2 (119-172)||(4734204-4734257)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (16-172)||(93780-93936)
scaffold0006 (119-172)||(93662-93715)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (16-168)||(4265011-4265163)
chr7 (16-172)||(8905788-8905944)
chr7 (133-172)||(25749396-25749435)
chr7 (122-171)||(4265231-4265280)
chr7 (132-172)||(8329046-8329086)
chr7 (132-172)||(8905671-8905711)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (8-172)||(266652-266815)
scaffold0008 (119-172)||(266872-266925)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (16-172)||(20044-20204)
scaffold0069 (119-172)||(19926-19979)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (340-502)||(54589-54754)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (16-125)||(37499250-37499359)
chr1 (19-127)||(30335087-30335188)
chr1 (119-172)||(9114850-9114903)
chr1 (132-172)||(14903837-14903877)
chr1 (134-172)||(9116064-9116102)
chr1 (119-172)||(14904583-14904636)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 502
Target Start/End: Original strand, 18025992 - 18026497
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18025992 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgacag 18026091  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaag----------taattaagccaaaagggtttaatg 197  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||    
T  18026092 aagatggcttaaagggactaaatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaataacttatctttaattaagccaaaagggtttaatg 18026191  T
Q  198 tagagatgaattttaaaagaaaacatccataaatctagtccttggtatgnnnnnnnnn-gtaaatattactgtatgacagtgtgtacctggcaaaaattc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18026192 tagagatgaattttaaaagaaaacatccataaatctagtccttggtatgttttttttttgtaaatattactgtatgacagtgtgtacctggcaaaaattc 18026291  T
Q  297 ccaaataagatagccaagtacgtcatattctctcattgctgatgtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatga 396  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18026292 ccaaataagagagccaagtacgtcatattctctcattgctgatgtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatga 18026391  T
Q  397 attctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcct 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18026392 attctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcct 18026491  T
Q  497 ctagct 502  Q
    ||||||    
T  18026492 ctagct 18026497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 27864948 - 27865103
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| |    
T  27864948 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagtcattgggttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacggaagatgac 27865047  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27865048 ttaaa-ggaccaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 27865103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 331 - 502
Target Start/End: Original strand, 27392092 - 27392263
Alignment:
Q  331 attgctgatgtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttga 430  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||| | || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27392092 attgctgaagtcagagagagttctcgacaactttgtataaaacgatatggtgctgcttgaaaatgaattccttgggtctggctgaggcttggtaggttga 27392191  T
Q  431 gaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27392192 caaatgctacaaatttcagatttggaatattgactttctcatcaacttcgcatacaaatatttcctctagct 27392263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 3171684 - 3171520
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||  |    
T  3171684 aaataagcacatgtgaacaatgacgtgacaacttgcagtgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggggatgtatttggttgacgg 3171585  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3171584 aagataacttaaagggaccaaattgtaacattaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 3171520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38758803 - 38758639
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||  |    
T  38758803 aaataggaacatgtgaacggcgatgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattgggttaacggttttgacagtggaaatttatttggtagaggg 38758704  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||  ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38758703 aagataacttaaagggactaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 38758639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 171
Target Start/End: Original strand, 24107300 - 24107455
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| || |  ||||||| |    
T  24107300 acatgtgaacggcgaagtgacaacttgcaatgtgtatcctccttagacattggcttaacggttttgacggtgggaatttatttggttaacggaagatgac 24107399  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaa 171  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24107400 ttaacgggaccaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaa 24107455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 19860677 - 19860526
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  |    
T  19860677 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcgatgtgtatccaatttagacattggcttaacggttttgacggtggagaattatttggttgacggaagatcac 19860578  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19860577 ttaaa-ggaccaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 19860526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 54446199 - 54446051
Alignment:
Q  19 tgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggctta 118  Q
    ||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||  ||||||| ||||    
T  54446199 tgtgaacggtgacgtgacaac-----atgtgtatccaccttagacattggcttaacggttttgacggtgagaatttatttgtttgacggaagatgactta 54446105  T
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  54446104 aagggaccaaattgtaacgttaataacttataggattaaaatgtaatcaacaaa 54446051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 340 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 12146413 - 12146248
Alignment:
Q  340 gtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgcta 439  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  12146413 gtcagagagagttcttgacaattttggataatacgattttgtacagcctgaaaatgaattccttgagtctggcagagacttggtaggttgacaaatgcta 12146314  T
Q  440 catatctcagatttggaatattgacttcctgatca---acttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
    || ||  ||| |||||||||||||||| || ||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12146313 caaattccagttttggaatattgactttctcatcaccttcttcacatacaaatatttcctctagct 12146248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 340 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 27347800 - 27347643
Alignment:
Q  340 gtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgcta 439  Q
    |||||||||||||||||||||  | | | |  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||     
T  27347800 gtcagagagagttcttgacaattttggacaatacgattttgtacagcctgaaaatgaattccttgggtctggtagaggcttggaaggttgacaaatgctg 27347701  T
Q  440 catatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcctc 497  Q
    || || |||| |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27347700 caaatttcagttttggaatattgactttctcatcacctttacatacaaatatttcctc 27347643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 372 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 27376564 - 27376431
Alignment:
Q  372 acgattttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctga 471  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||| || |    
T  27376564 acgattttgtacagcctgaaaatgaattccttgagtctggcagagacttggtaggttgacaaatgctacaagttttagatttggcatattgactttctca 27376465  T
Q  472 tca---acttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27376464 tcaccttcttcacatacaaatatttcctctagct 27376431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Original strand, 14812579 - 14812657
Alignment:
Q  19 tgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatt 97  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14812579 tgtgaacggtgacgtgacaacttacaatgtgtatctaccttagacattggcctaacggttttgacggtggagatttatt 14812657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 21792300 - 21792251
Alignment:
Q  120 agggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaac 169  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792300 agggaccaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaac 21792251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 27864883 - 27864830
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27864883 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 27864830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 168
Target Start/End: Original strand, 46685450 - 46685566
Alignment:
Q  51 atccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatg 150  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  ||||||  ||| ||||||| | |  |||| | ||||||||||||    
T  46685450 atccaccttagacattgtgttaacggtttcgacggtgtggatttatttggttgacggaagataactt-aagggactataacgtaatgataataacttatg 46685548  T
Q  151 ggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    |||| |||||||||||||    
T  46685549 ggaccaaaatgtaaccaa 46685566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 502
Target Start/End: Original strand, 17746113 - 17746200
Alignment:
Q  415 aggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||  | |||| || ||||||||||||| || |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  17746113 aggcttggtaggttgacaaatgccacaactttcagtttcggaatattgactttctcatcaccttcacttccaaatatttcctctagct 17746200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 502
Target Start/End: Original strand, 19047433 - 19047520
Alignment:
Q  415 aggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatcaacttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||  | |||| || ||||||||||||| || |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  19047433 aggcttggtaggttgacaaatgccacaactttcagtttcggaatattgactttctcatcaccttcacttccaaatatttcctctagct 19047520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 172
Target Start/End: Original strand, 31596749 - 31596792
Alignment:
Q  129 atggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31596749 atggtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 31596792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 24107231 - 24107182
Alignment:
Q  123 gaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24107231 gaccaaattgtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 24107182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 386 - 458
Target Start/End: Original strand, 26142185 - 26142257
Alignment:
Q  386 cctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaat 458  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  26142185 cctgaaaatgaattccctgggcatggcagagccttggtaggttgacaaatgctacaactctcagatttggaat 26142257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 46684230 - 46684129
Alignment:
Q  70 ttaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaac 169  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||  |||  ||||||  ||||| ||||||| |  |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  46684230 ttaacagttctgacggtggcgatttatttggctgacggaagataacttaa-gggaccaaaacgtaatgttaataacttatgggatcaaaatgtaaccaac 46684132  T
Q  170 aaa 172  Q
    |||    
T  46684131 aaa 46684129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 172
Target Start/End: Original strand, 38758860 - 38758912
Alignment:
Q  120 agggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38758860 agggaccaaattataacgttgataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 38758912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 16908000 - 16907961
Alignment:
Q  133 taacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  16908000 taacgttaataacttatgggaccaaaacgtaaccaacaaa 16907961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 27376784 - 27376730
Alignment:
Q  194 aatgtagagatgaattttaaaag--aaaacatccataaatctagtccttggtatg 246  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  27376784 aatgtagagattaattttaaaagaaaaaaaatccataaatctactccttggtatg 27376730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14812498 - 14812465
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaac 165  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14812498 gtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaac 14812465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 12146595 - 12146543
Alignment:
Q  194 aatgtagagatgaattttaaaagaaaacatccataaatctagtccttggtatg 246  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||    
T  12146595 aatgtagatattaattttaaaagaaaaaatccattaatctactccttagtatg 12146543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23322285 - 23322129
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |    
T  23322285 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaacatgtatccaccttagacattggcttaacggttttgacggtggagatttatttgcttgacggaagatgac 23322186  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23322185 ttaaagggaccaaattgtaacattaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 23322129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 5841072 - 5840908
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |    
T  5841072 aaataggaacatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgcatatccaccttagacattggcttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacgg 5840973  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5840972 aagatgacttaaagggatcaaattgtaacgttaataacttatggcactaaaatataaccaacaaa 5840908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 15933542 - 15933387
Alignment:
Q  17 catgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggct 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| |||    
T  15933542 catgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtttatccaccttaaacattgggttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacggaagatagct 15933443  T
Q  117 taaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  15933442 taaagggactaaattgtaacgttaataacttatgagactaaaatataaccaacaaa 15933387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Original strand, 25088939 - 25089091
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  25088939 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaacgtgtattcaccttagacattggcttaaccgttttgacggtggaaatttatttggttgatagaagatgac 25089038  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || || ||| | |||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  25089039 ttaaagggatcaaattgtagcattaataacttatgacactaaaatataaccaa 25089091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Original strand, 25146908 - 25147060
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  25146908 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaacgtgtattcaccttagacattggcttaaccgttttgacggtggaaatttatttggttgatagaagatgac 25147007  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || || ||| | |||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  25147008 ttaaagggatcaaattgtagcattaataacttatgacactaaaatataaccaa 25147060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 112
Target Start/End: Original strand, 42793647 - 42793745
Alignment:
Q  14 gaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagat 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||    
T  42793647 gaacatgtgaacggtgatgtgacaacttgcaatgtgtatccatcttagacattggattaacgattttgactgtgaaaatttatttggttgacagaagat 42793745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 23322350 - 23322403
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23322350 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatggaaccaaaatgtaaccaacaaa 23322403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 43183316 - 43183261
Alignment:
Q  117 taaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  43183316 taaagggaccaaattgtaatgttaataatttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 43183261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 25088488 - 25088435
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  25088488 aagggaccaaattgtaacgttaataatttatgcgaccaaaatgtaaccaacaaa 25088435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 25146457 - 25146404
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  25146457 aagggaccaaattgtaacgttaataatttatgcgaccaaaatgtaaccaacaaa 25146404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 5841142 - 5841182
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5841142 gtaacgttaataatttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 5841182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 34634139 - 34634099
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  34634139 gtaacgttaataacttatgggaccaaattgtaaccaacaaa 34634099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 9380014 - 9379961
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  9380014 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttgtggaaccaaaatgtaaccaacaaa 9379961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 9380705 - 9380758
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9380705 aagggaccaaaacgtaacattaataacttatgggatcaaaatgtaaccaacaaa 9380758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5367602 - 5367451
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  5367602 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattgggttaacggttttgacggtggagatttatttggttgacagaagatgac 5367503  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaacca 167  Q
    |||||| ||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5367502 ttaaagagaccaaattgtaatgttaataacttatgagactaaaatgtaacca 5367451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 3659139 - 3658987
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||  ||||||| |    
T  3659139 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattgggttaacggttttaacggtggagatttatctggttgacggaagatgac 3659040  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3659039 ttaaagggatcaaattgtaactttaataacttatgggactaaactgtaaccaa 3658987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 28944432 - 28944276
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||  |    
T  28944432 acatgtgaacagtgacgttacaacttgcaatgtgtattcaccttagacattagattaacggttttgacggtggagatttatttggttgacgaaagataac 28944333  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    | ||| | |||| || ||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  28944332 tgaaaagaaccaaattgtaacattaataacttacgagattaaaatgtaaccaacaaa 28944276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 8286951 - 8286819
Alignment:
Q  39 cttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggaccacatggtaacgt 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | ||||||| |||||||||| |||| |||||||  ||| |||| || | |  |||||||    
T  8286951 cttgcaatgtgtatccaccttagacattttgttaacggttctaacggtggggatttatttggttgacagaagataactt-aaggaactaaaatgtaacgt 8286853  T
Q  139 taataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8286852 taattacttaagggaccaaaatgtaaccaacaaa 8286819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 5367667 - 5367720
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  5367667 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatggaaccaaaatgtaaccaacaaa 5367720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 172
Target Start/End: Original strand, 8287369 - 8287470
Alignment:
Q  70 ttaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaac 169  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||  ||| ||||||||| |  |||||||| |  | |||  |||||||||||||||||||    
T  8287369 ttaacagttttgacgatggagatttatttggttgacggaagataactt-aagggaccaaaatgtaacgttgaatagttaaaggactaaaatgtaaccaac 8287467  T
Q  170 aaa 172  Q
    |||    
T  8287468 aaa 8287470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 3659204 - 3659256
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  3659204 aagggaccaaattgtaa-gttaataacttatgggaccaaaatgtaactaacaaa 3659256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 172
Target Start/End: Original strand, 30905877 - 30906031
Alignment:
Q  18 atgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggctt 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||||| |||    
T  30905877 atgtgaacggtgacatgacaacttgcaatgtgtacccaccttagacattggcttaacggttttgacggtgatgatttatttggttgacggaagatgactt 30905976  T
Q  118 aaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30905977 aaagggaccaaattgtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 30906031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 18202960 - 18202804
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |    
T  18202960 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaacgtgtatccaccttagacattgacttaacggttttgacggtggagatttatttgcttgatggaagattac 18202861  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| ||| || || ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  18202860 ttaaaaggatcaaattgtaacattaataacttatgagacgaaaatgtaatcaacaaa 18202804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10536084 - 10536031
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10536084 aagggaccaaaacgtaatgttaatatcttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 10536031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 10536792 - 10536832
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  10536792 gtaacattaataacttatgggatcaaaatgtaaccaacaaa 10536832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 32539450 - 32539490
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  32539450 gtaatgttaataacttatgagattaaaatgtaaccaacaaa 32539490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 49028450 - 49028294
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||    
T  49028450 acatgtgaacagtgatgtgacaacttacaatgtgtatccactttagacattgagttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacggaagatagc 49028351  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49028350 ttaaagggaccaaatggtaacgttaataatttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 49028294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10468667 - 10468511
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||| |    
T  10468667 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagatattgggttaacggttttgacggtgggaatttatttggttgacggaagatgac 10468568  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||| || |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  10468567 ttaaagggaccaaattgtaacgttaaaaacttagatgactaaaatgtaaccaacaaa 10468511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 36098917 - 36098776
Alignment:
Q  31 cgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggaccacat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||| ||    
T  36098917 cgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagatattggattaacggttttgacggtggagatttatttagttgacggaagatagcttaaagggaccaaat 36098818  T
Q  131 ggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
      |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||    
T  36098817 tataacgttaataatttatggaactaaaatataaccaacaaa 36098776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10286595 - 10286441
Alignment:
Q  18 atgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggctt 117  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||| |||    
T  10286595 atgtgaacagtgacgtgacaacttgcaatgtttattcaccttagacattgatttaacggttttgacggtggaaaattatttggttgaaggaagatgactt 10286496  T
Q  118 aaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10286495 aaagggatcaaattgtaacgttaataactaatgggactaaaatgtaaccaacaaa 10286441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 52677701 - 52677857
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||   |||||  |    
T  52677701 acatgtgaactgttacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtgagaatttatttggttgacgtaagataac 52677800  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52677801 ttaaagggaccaaattataacattaataacttatgagactaaaatgtaaccaacaaa 52677857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 12585345 - 12585189
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||  ||||   |||||| |    
T  12585345 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattggtttaacagttttgacagtgaggatttattttgttgacgaaagatgac 12585246  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || || |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12585245 ttaaagggatcaaattgtaatgttaataacttatgagactaaaatgtaatcaacaaa 12585189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 16067473 - 16067629
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||| ||    ||||||| |    
T  16067473 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcgatgtgtatccatcttagacattggcttaacggttttgacagtgagaatttatttggttagcggaagatgac 16067572  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16067573 ttaaggggaccaaattgtaacgttaataacttatgagactaaaatgtaaccaacaaa 16067629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 21038263 - 21038417
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    ||||| |||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |    
T  21038263 acatgagaacagtgacgcgacaacttgcaatgtatatccaccatagacattggcttaacggttttgacggtggagatttatttggttgacggaagatgac 21038362  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| |||| | ||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  21038363 ttaaatggactaaattataacgttaataactta--ggactaaaatgtaaccagcaaa 21038417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 622206 - 622362
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||| |||||  || ||| |    
T  622206 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaattagaatccatcttagacattggcttaacggtgttgacagaggggatttatttggttgatgaaaaatgac 622305  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||  || || || ||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||    
T  622306 ttaaaaagatcaaatcgtaacattaataacatataggtctaaaatgtaaccaacaaa 622362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3990856 - 3990758
Alignment:
Q  22 gaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaa 120  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||| ||||||    
T  3990856 gaaccgtgatgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattggcttaacggttttgacggtgggaatttatttggttgacggaagatgacttaaa 3990758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 148
Target Start/End: Original strand, 9268164 - 9268304
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| | |    
T  9268164 aaataaggacatgtgaacggtggcgtgacaacttgcaatatatatccaccttagacgttggcttaacggttttgatggtggggatttattcggttgctgg 9268263  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataactta 148  Q
    |||||  | |||||| |  | || |||||||||||||||||    
T  9268264 aagataacctaaaggaattaaattgtaacgttaataactta 9268304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 171
Target Start/End: Original strand, 3990927 - 3990979
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaa 171  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3990927 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaa 3990979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 172
Target Start/End: Original strand, 10468735 - 10468785
Alignment:
Q  122 ggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10468735 ggaccaaattgtaacgttaataacttatgagaccaaaatgtaaccaacaaa 10468785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 52677633 - 52677583
Alignment:
Q  122 ggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  52677633 ggaccaaattgtaacgttaataacttatgggaccaaattgtaaccaacaaa 52677583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 9268107 - 9268058
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9268107 aagggaccaaattgtaactttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaa 9268058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 9450910 - 9450963
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  9450910 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttatgggaccaaaacgtaaccaacaaa 9450963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 4437751 - 4437711
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4437751 gtaacgttaataacttatgggaccaaattgtaaccaacaaa 4437711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 21325695 - 21325735
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21325695 gtaacgttaataactaatgtgactaaaatgtaaccaacaaa 21325735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 45667302 - 45667262
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  45667302 gtaacgttaataacttatgagaccaaaatgtaaccaacaaa 45667262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 12585410 - 12585463
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  12585410 aagggaccaaattgtaatgttaataacttatgagatcaaaatgtaaccaacaaa 12585463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 16067404 - 16067355
Alignment:
Q  123 gaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  16067404 gaccaaattgtaacgttaataatttatagaactaaaatgtaaccaacaaa 16067355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 17931372 - 17931323
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  17931372 aagggaccattttgtaacgttaataacttatgggaccaaattgtaaccaa 17931323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Original strand, 49028515 - 49028564
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  49028515 aagggaccaaattgtaacattaataatttatgggaccaaaatgtaaccaa 49028564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 4439038 - 4439078
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  4439038 gtaacgttaataacttatgagaccaaattgtaaccaacaaa 4439078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 9449786 - 9449746
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  9449786 gtaacgttaataacttatgagaccaaaacgtaaccaacaaa 9449746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10202749 - 10202709
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  10202749 gtaacgttaataatttatgggaccaaaatgtaaccagcaaa 10202709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 25225861 - 25225821
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  25225861 gtaacgttaataacttatgagaccaaaatataaccaacaaa 25225821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 28450821 - 28450781
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  28450821 gtaacattaataacttatgggatcaaaatgtaaccaacaaa 28450781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38695075 - 38694919
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| || ||    
T  38695075 acatgtgaacggtgatgtgacaacttacaatgtgtatccactttagacattgagttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacggaaaatagc 38694976  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38694975 ttaaagggaccaaatggtaacgttaataatttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 38694919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 172
Target Start/End: Original strand, 18171233 - 18171385
Alignment:
Q  20 gtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaa 119  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||| ||| |    
T  18171233 gtgaacggtgacatgacaacttgcaatgtgtgtccaccttagacattggtttaacggttttgacggtgggaatttatttggttgacggaagatgacttga 18171332  T
Q  120 agggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    | |||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18171333 aaggaccaaattgtaattttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 18171385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 27 - 172
Target Start/End: Original strand, 42962928 - 42963073
Alignment:
Q  27 gtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggcttaaagggacc 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||  ||||||| ||| |||| |||    
T  42962928 gtgacgtgacaacttgcaatgtgtgtccaccttagacattggtttaacggttttgacggtgggaatttatttagttgacggaagatgacttgaaggcacc 42963027  T
Q  127 acatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42963028 aaattgtaacgttaataacttatgagactaaaatgtaaccaacaaa 42963073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 375 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 22391483 - 22391353
Alignment:
Q  375 attttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgctacatatctcagatttggaatattgacttcctgatca 474  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||  | | |||||||| |||||||||| |||||||    
T  22391483 attttgtacagcctgaaaatgaatttcttgggtctgatagaggcttggtaggttgacaaatgatacaacttttagatttggcatattgactttctgatca 22391384  T
Q  475 ---acttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
        |||||||||||||||||||||||||||    
T  22391383 ccttcttcacatacaaatatttcctctagct 22391353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 4733388 - 4733335
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4733388 aagggaccaaaacgtaatgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 4733335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 14159290 - 14159237
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  14159290 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttatgggaccaaaacgtaaccaacaaa 14159237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 14160408 - 14160461
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  14160408 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttatgggaccaaaacgtaaccaacaaa 14160461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 18166717 - 18166664
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  18166717 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatgagatcaaaatgtaaccaacaaa 18166664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Original strand, 38695140 - 38695189
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  38695140 aagggaccaaattgtaacgttaataatttatgggaccaaaatgtaaccaa 38695189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 4734204 - 4734257
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  4734204 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttataggatcaaaatgtaaccaacaaa 4734257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 93780 - 93936
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |  |||||| ||    
T  93780 acatgtgaacggtgacgtaacaacttgcaacgtatatctaccttagacattggattaacggttttgacggtggggatttatttggttaacggaagatagc 93879  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| ||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  93880 ttaaaaggatcaaattgtaacgttaataatttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 93936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 93715 - 93662
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||| | || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  93715 aagggactaaattgtaacgttaataatttatgggaccaaaatgtaactaacaaa 93662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 4265163 - 4265011
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| || ||    
T  4265163 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccactttagacattgggttaacggttttgacggtggggatttatttggttgacggaaaatagc 4265064  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaa 168  Q
    |||||| ||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4265063 ttaaagagaccaaattgtaatgttaataacttatgagactaaaatgtcaccaa 4265011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 8905788 - 8905944
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||  ||||||| |    
T  8905788 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacattgacttaacggttttgacggtaggaatttatttggttgacggaagatgac 8905887  T
Q  116 ttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||| |  || || ||||| ||||||| |||||  | |||||| |||||||||||    
T  8905888 ttaaagtggtcaaattgtaaccttaataatttatgaaagtaaaatataaccaacaaa 8905944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 172
Target Start/End: Original strand, 25749396 - 25749435
Alignment:
Q  133 taacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  25749396 taacgttaataacttatgagactaaattgtaaccaacaaa 25749435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 171
Target Start/End: Original strand, 4265231 - 4265280
Alignment:
Q  122 ggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaa 171  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  4265231 ggaccaaattgtaacgttaataacttatgggatcaaaatgtaaccgacaa 4265280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 8329046 - 8329086
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  8329046 gtaacgttaataacttttgagaccaaaatgtaaccaacaaa 8329086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 8905711 - 8905671
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8905711 gtaacattaataacttatgagaccaaaatgtaaccaacaaa 8905671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 266815 - 266652
Alignment:
Q  8 aaataagaacatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatag 107  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||       
T  266815 aaataggaacatgtgaatggtgacgtgacaacttgtaatgtgtattcaccttagacattgggttaacggttttgac-gtgggaatttatttggttgacgt 266717  T
Q  108 aagatggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    |||||   |||||||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  266716 aagataatttaaagggaccaaattataacattaataacttatcggactaaaatgtaaccaacaaa 266652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 266872 - 266925
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| ||  ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  266872 aagggaccaaattataaggttaataacttatgtgaccaaaatgtaaccaacaaa 266925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 20044 - 20204
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttt----tgacggtggagatttatttgattgatagaaga 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||    ||||||||| |||||||||  ||||| |||||    
T  20044 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaacgtgtatctaccttagacattaggttaacggttttgagtgacggtggggatttatttagttgatggaaga 20143  T
Q  112 tggcttaaagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    | | |||||||||||| || ||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||    
T  20144 tagtttaaagggaccaaattgtaacgttaataaattatggaattaaaatataaccaacaaa 20204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 19979 - 19926
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  19979 aagggaccaaattgtaacgttaataacttatgcgaccaaaatgtaaccaacaaa 19926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 340 - 502
Target Start/End: Original strand, 54589 - 54754
Alignment:
Q  340 gtcagagagagttcttgacaacgtagtatagaacgattttgtactgcctgaaaatgaattctttgggtctggctgaggcttggtaggttgagaaatgcta 439  Q
    |||||||||||||||||||||  | | | | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||  ||||||||    
T  54589 gtcagagagagttcttgacaattttggacaaaacgattttgtacagcctgaaaatgaattccttgggtctggtagaggcttggaaggttggtaaatgcta 54688  T
Q  440 catatctcagatttggaatattgacttcctgatca---acttcacatacaaatatttcctctagct 502  Q
    ||  | |||||||||||| |||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  54689 caactttcagatttggaagattgactttctgatcaccttcttcacatacaaatatttcctctagct 54754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 37499359 - 37499250
Alignment:
Q  16 acatgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| | ||||||||| || | |||||||| |    
T  37499359 acatgtgaacggtgacgtgacaacttgcaatgtgtatccaccttagacactgacttaacggttttgacggtgaaaatttatttggttaacagaagatgac 37499260  T
Q  116 ttaaagggac 125  Q
    ||||||||||    
T  37499259 ttaaagggac 37499250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 127
Target Start/End: Original strand, 30335087 - 30335188
Alignment:
Q  19 tgtgaacggtgacgtgacagcttgcaatgtgtatccaccttagacattggattaacggttttgacggtggagatttatttgattgatagaagatggctta 118  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||       ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||| ||||    
T  30335087 tgtgaacgatgacgtgacaatttgcaatgcgtatccac-------attggcttaacggttttgacggtggaaatttatttggttgatcaaagatgactta 30335179  T
Q  119 aagggacca 127  Q
    |||| ||||    
T  30335180 aaggaacca 30335188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 9114903 - 9114850
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9114903 aagggaccaaaacgtaacgttaataacttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 9114850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 14903877 - 14903837
Alignment:
Q  132 gtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14903877 gtaacgttaataacttatgggatcaaaatgtaaccaacaaa 14903837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 172
Target Start/End: Original strand, 9116064 - 9116102
Alignment:
Q  134 aacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9116064 aacgttaataacttatgagaccaaaatgtaaccaacaaa 9116102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 172
Target Start/End: Original strand, 14904583 - 14904636
Alignment:
Q  119 aagggaccacatggtaacgttaataacttatgggactaaaatgtaaccaacaaa 172  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  14904583 aagggaccaaaacgtaatgttaatatcttatgggaccaaaatgtaaccaacaaa 14904636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University