View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4971-Insertion-2 (Length: 975)

Name: NF4971-Insertion-2
Description: NF4971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4971-Insertion-2
NF4971-Insertion-2
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (17-956)||(35940498-35941442)
chr7 (485-525)||(29869630-29869670)
chr7 (486-600)||(35928677-35928791)
chr7 (500-559)||(35968056-35968115)
chr7 (500-559)||(35989468-35989527)
chr7 (500-559)||(43584664-43584723)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-956)||(20332001-20332944)
chr5 (485-547)||(17795231-17795293)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-956)||(25429840-25430782)
chr4 (494-561)||(16940843-16940910)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (17-296)||(49212404-49212683)
chr1 (485-525)||(20784639-20784679)
chr1 (485-525)||(29471379-29471419)
chr1 (486-600)||(45996889-45997003)
chr1 (404-600)||(9793516-9793712)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (485-558)||(18012973-18013046)
chr8 (485-525)||(19967134-19967174)
chr8 (485-525)||(21025820-21025860)
chr8 (486-600)||(26765663-26765777)
chr8 (500-559)||(43443348-43443407)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (471-528)||(22133283-22133340)
chr3 (404-600)||(26710755-26710951)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (500-559)||(26255813-26255872)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 956
Target Start/End: Original strand, 35940498 - 35941442
Alignment:
Q  17 acaactgatctttggcacaaacggctagtacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940498 acaattgatctttggcacaaacggctaggacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 35940597  T
Q  117 aaaagttagctgaatatgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtaccttgaaggcgagccagaagctccaacttattca 216  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940598 aaaaattatctgaatgtgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtacctggaaggcgagccagaagctccaacttattca 35940697  T
Q  217 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940698 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 35940797  T
Q  317 cttaaacacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagctcgtgttgaaaatcaaagcaattgccgtattcaaattatgaggtcagataatg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  35940798 cttaaacacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagctcatgttgaaaatcaaagcaattgccgcattcaaattcttaggtcagataatg 35940897  T
Q  417 gaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtaatgaagcagggatcgaacatcagttaactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940898 gaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtgatgaagcagggatcgaacatcagttgactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgag 35940997  T
Q  517 tgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaagaaattatgggctgaagccgcaagtaccgctgtt 616  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940998 tgaaaggaaaaatcgatcgatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaggaattgccaaagaaattatgggctgaagccgcaagtaccgctgtt 35941097  T
Q  617 ttcatacaaaatagactccctacatgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcctggtttggtttcaaaccttctctggannnnnnnaaagtgtttg 716  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||    
T  35941098 ttcatacaaaatagactccctacacgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcctggtttggttttaaaccttctctggatttttttaaagtgtttg 35941197  T
Q  717 gttgcttatgctactcacatgtacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggttgaacctggaatatttattggctacaacacagtctctaaagc 816  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35941198 gttgcttatgctactaacatgtacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggctgaacctggaatatttattggctacagcacagtctctaaagc 35941297  T
Q  817 ttattaaaattttcaacctc-aagtggaaattttttggtaagtagagatgtgcacctcatggaagatg-aaagtggtgctggagtggtcc-aataagaat 913  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35941298 ttataaaatttttcaacctcaaagtggaatttttttggtaagtagagatgtgcacttcatggaagatgaaaagtggtgctggagtggtccaaataagaat 35941397  T
Q  914 cataatgttgtattggaccttga--gaacagtagatgatccacca 956  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  35941398 cataatgttgtattggaccttgaagaaacagtagatgatccacca 35941442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 525
Target Start/End: Original strand, 29869630 - 29869670
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 525  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29869630 gctccttacacccctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 29869670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 35928791 - 35928677
Alignment:
Q  486 ctccttacactcctcaacaaaatggagtgagt-gaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaaga 584  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||| ||||||   | |||||||    
T  35928791 ctccttacactccacagcaaaacggagt-agtcgagaggaagaatagaacaataatggagatggctagatgtatgatgcatgaaaaaggccttccaaaga 35928693  T
Q  585 aattatgggctgaagc 600  Q
    |||| |||||||||||    
T  35928692 aattctgggctgaagc 35928677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 35968115 - 35968056
Alignment:
Q  500 caacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatg 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| ||||||    
T  35968115 caacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatgtatg 35968056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 35989527 - 35989468
Alignment:
Q  500 caacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatg 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| ||||||    
T  35989527 caacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatgtatg 35989468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 559
Target Start/End: Original strand, 43584664 - 43584723
Alignment:
Q  500 caacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatg 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| ||||||    
T  43584664 caacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatgtatg 43584723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 20332944 - 20332001
Alignment:
Q  17 acaactgatctttggcacaaacggctagtacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20332944 acaactgatctttggcacaaacggctaggacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 20332845  T
Q  117 aaaagttagctgaatatgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtaccttgaaggcgagccagaagctccaacttattca 216  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20332844 aaaagttatctgaatgtgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtacctggaaggcgagccagaagctccaacttattca 20332745  T
Q  217 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20332744 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 20332645  T
Q  317 cttaaacacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagctcgtgttgaaaatcaaagcaattgccgtattcaaattatgaggtcagataatg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  20332644 cttaaacacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagttcatgttgaaaatcaaagcaattgccgtattcaaattcagaggtcagataatg 20332545  T
Q  417 gaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtaatgaagcagggatcgaacatcagttaactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20332544 gaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtgatgaagtagggatcgaacatcagttgactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgag 20332445  T
Q  517 tgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaagaaattatgggctgaagccgcaagtaccgctgtt 616  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20332444 tgaaaggaaaaatcgatcaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaggaattgccaaagaaattatgggctgaagccgcaagtaccgctgtt 20332345  T
Q  617 ttcatacaaaatagactccctacatgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcctggtttggtttcaaaccttctctggannnnnnnaaagtgtttg 716  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||    
T  20332344 ttcatacaaaatagactccctacacgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcttggtttggttttaaaccttctctgga-ttttttaaagtgtttg 20332246  T
Q  717 gttgcttatgctactcacatgtacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggttgaacctggaatatttattggctacaacacagtctctaaagc 816  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20332245 gttgcttatggtactcacatttacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggctgaacctggaatatttattggctacagcacagtctctaaagc 20332146  T
Q  817 ttattaaaattttcaacctc-aagtggaaattttttggtaagtagagatgtgcacctcatggaagatg-aaagtggtgctggagtggtcc-aataagaat 913  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20332145 ttataaaatttttcaacctcaaagtggaaaatttttggtaagtagagatgtgcacttcatggaagatgaaaagtggtgctggagtggtccaaataagaat 20332046  T
Q  914 cataatgttgtattggaccttga--gaacagtagatgatccacca 956  Q
    ||||||||| |||||||||||||   || ||||||||||||||||    
T  20332045 cataatgttttattggaccttgaagaaatagtagatgatccacca 20332001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 485 - 547
Target Start/End: Original strand, 17795231 - 17795293
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatg 547  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  17795231 gctccctacactccacaacaaaatggagttagtgaaagaagaaatagatacataatggagatg 17795293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 754; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 754; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 956
Target Start/End: Original strand, 25429840 - 25430782
Alignment:
Q  17 acaactgatctttggcacaaacggctagtacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25429840 acaactgatctttggcacaaacggctaggacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 25429939  T
Q  117 aaaagttagctgaatatgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtaccttgaaggcgagccagaagctccaacttattca 216  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25429940 aaaagttagttgaatgtgaagcttgccaattcgggaagcaaac--ggaagccatttcctacaagtacctggaaggcgagccagaagctccaacttattca 25430037  T
Q  217 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25430038 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaaccagaatgtgctggatttatttt 25430137  T
Q  317 cttaaacacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagctcgtgttgaaaatcaaagcaattgccgtattcaaattatgaggtcagataatg 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25430138 cttaaaaacaaatcagaagtagctgcagtgttttggaaattcaaagctcatgttgaaaatcaaagcaattgccgtattcaaattctgaggtcagataatg 25430237  T
Q  417 gaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtaatgaagcagggatcgaacatcagttaactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgag 516  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  25430238 gaaaagagtatttgtcaaatcagtttcaacaattttgtgatgaagcagggatcgaacatcagttgactgctccttacactcctcaacaaaatgcaatgag 25430337  T
Q  517 tgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaagaaattatgggctgaagccgcaagtaccgctgtt 616  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25430338 tgaaaggaaaaatagatcaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaggaattgccaaataaattatgggctgaagccgcaagtactgctgtt 25430437  T
Q  617 ttcatacaaaatagactccctacatgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcctggtttggtttcaaaccttctctggannnnnnnaaagtgtttg 716  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||    
T  25430438 ttcttacaaaatagactccctacacgagctttgcaaaatcaaactccatttgaggcctggtttggttttaaaccttctctggatttttttaaagtgtttg 25430537  T
Q  717 gttgcttatgctactcacatgtacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggttgaacctggaatatttattggctacaacacagtctctaaagc 816  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25430538 gttgcttatgatactaacatgtacctcaggttaagcgtgacaagcttgacaaaagggctgaaactggaatatttattggctacagcacagtctctaaagc 25430637  T
Q  817 ttattaaaattttcaacctc-aagtggaaattttttggtaagtagagatgtgcacctcatggaagatg-aaagtggtgctggagtggtcc-aataagaat 913  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25430638 ttataaaatttttcaacctcaaagtggaaaatttttggtaagtagagatgtgcacttcatggaagatgaaaagtggtgctggagtggtccaaataagaat 25430737  T
Q  914 cataatgttgtattggaccttga--gaacagtagatgatccacca 956  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  25430738 cataatgttgtattggaccttgaagaaacagtagatgatccacca 25430782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 561
Target Start/End: Original strand, 16940843 - 16940910
Alignment:
Q  494 actcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgct 561  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| | ||||||    
T  16940843 actccacaacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatatatgct 16940910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 296
Target Start/End: Original strand, 49212404 - 49212683
Alignment:
Q  17 acaactgatctttggcacaaacggctagtacatttccatcatttgggaatggaatacatgttgaaaaatcaattagttcgtggagttccatctttaacag 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49212404 acaactgatcattggcacaaacggctaggacatttccatcatttgggaatggaatacatgctgaaaaatcaattagttcgtagagttccatctttaacag 49212503  T
Q  117 aaaagttagctgaatatgaagcttgtcaattcgggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtaccttgaaggcgagccagaagctccaacttattca 216  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49212504 aaaagttagttgaatgtgaagcttgtcaattcaggaagcaaacaaggaagccatttcctacaagtacctggaaggcgagccagaagctccaacttattca 49212603  T
Q  217 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaacca 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49212604 cactgatctttgtggaccacaaagaactccatcactaaatggaagtctttattatattgcttttattgacgacttaacca 49212683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 20784679 - 20784639
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 525  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20784679 gctccttacacccctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 20784639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 525
Target Start/End: Original strand, 29471379 - 29471419
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 525  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29471379 gctccttacacccctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 29471419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 486 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 45997003 - 45996889
Alignment:
Q  486 ctccttacactcctcaacaaaatggagtgagt-gaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaaga 584  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||| ||||||   | |||||||    
T  45997003 ctccttacactccacagcaaaatggagt-agtcgagaggaagaatagaacaataatggagatggctagatgtatgatgcatgaaaaaggccttccaaaga 45996905  T
Q  585 aattatgggctgaagc 600  Q
    |||| |||||||||||    
T  45996904 aattctgggctgaagc 45996889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 9793712 - 9793516
Alignment:
Q  404 aggtcagataatggaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtaatgaagcagggatcgaacatcagttaactgctccttacactcctcaac 503  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||| |||| ||| |    |||||| | || || || || ||||| ||| | ||| ||||||||||||| || |    
T  9793712 aggtctgacaatggaaaggagtatgtatcagatcaatttaattctttttgtgaagaggcgggaattgaacaccagcttactactccttacactccacagc 9793613  T
Q  504 aaaatggagtgagt-gaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaagaaattatgggctgaagc 600  Q
    |||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||| ||||||   | ||||||||||| |||||||||||    
T  9793612 aaaacggagt-agtcgagaggaagaatagaacaataatggagatggctagatgtatgatgcatgaaaaaggccttccaaagaaattctgggctgaagc 9793516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 558
Target Start/End: Original strand, 18012973 - 18013046
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtat 558  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | | |||||||||||||| |||||    
T  18012973 gctccttacactcccgaacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatcagtaatggagatggctagatgtat 18013046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 525
Target Start/End: Original strand, 19967134 - 19967174
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 525  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19967134 gctccttacacccctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 19967174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 21025860 - 21025820
Alignment:
Q  485 gctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 525  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21025860 gctccttacacccctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaa 21025820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 600
Target Start/End: Original strand, 26765663 - 26765777
Alignment:
Q  486 ctccttacactcctcaacaaaatggagtgagt-gaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaaga 584  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||| ||||||   | |||||||    
T  26765663 ctccttacactccacagcaaaacggagt-agtcgagaggaagaatagaacaataatggagatggctagatgtatgatgcatgaaaaaggccttccaaaga 26765761  T
Q  585 aattatgggctgaagc 600  Q
    |||| |||||||||||    
T  26765762 aattctgggctgaagc 26765777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 559
Target Start/End: Original strand, 43443348 - 43443407
Alignment:
Q  500 caacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatg 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| ||||||    
T  43443348 caacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatgtatg 43443407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 471 - 528
Target Start/End: Original strand, 22133283 - 22133340
Alignment:
Q  471 aacatcagttaactgctccttacactcctcaacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaa 528  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22133283 aacatcagttgacagctccttatactcctcaacaaaatagagtgagtgaaaggaaaaa 22133340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 26710951 - 26710755
Alignment:
Q  404 aggtcagataatggaaaagagtatgtatcaaatcagtttcaacaattttgtaatgaagcagggatcgaacatcagttaactgctccttacactcctcaac 503  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||| |||| ||| |    |||||| | || || || || ||||| ||| | ||| ||||||||||||| || |    
T  26710951 aggtctgacaatggaaaggagtatgtatcagatcaatttaattctttttgtgaagaggcgggaattgaacaccagcttactactccttacactccacagc 26710852  T
Q  504 aaaatggagtgagt-gaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatgcttcatcaaaaagaattgccaaagaaattatgggctgaagc 600  Q
    |||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||| ||||||   | ||||||||||| |||||||||||    
T  26710851 aaaacggagt-agtcgagaggaagaatagaacaataatggagatggctagatgtatgatgcatgaaaaaggccttccaaagaaattctgggctgaagc 26710755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 559
Target Start/End: Original strand, 26255813 - 26255872
Alignment:
Q  500 caacaaaatggagtgagtgaaaggaaaaatagattaatcatggagatggctaggtgtatg 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   | |||||||||||||| ||||||    
T  26255813 caacaaaatggagttagtgaaaggagaaatagatatgtaatggagatggctagatgtatg 26255872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University