View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4974-Insertion-4 (Length: 937)

Name: NF4974-Insertion-4
Description: NF4974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4974-Insertion-4
NF4974-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-918)||(5328575-5329486)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 5329486 - 5328575
Alignment:
Q  8 aatataacataatttgatggtctaaaagatcatgtagtagaaagaaaatatgagaagcatgtttagaaatgatttataannnnnnnattaaccgatgtga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  5329486 aatataacataatttgatggtctaaaagatcatgtagtagaaagaaaatatgagaagcatgtttagaaatgatttataatttttttattaaccgatgtga 5329387  T
Q  108 aacatggaaaatgcaacgattattgtgggatgcatggagtaatacttgggaaatagagatttggatttggaaagtaactcacagctaagtaatgtttgtt 207  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5329386 aacatggaaaatgcaacaattattatgggacgcatggagtaatatttgggaaatagagatttggatttggaaagtaactcacagctaagtaatgtttgtt 5329287  T
Q  208 tcgaacatcgaactctccattgtagtctttgaaatgtcgtaaaggatcgggtctcttgaaggtctttccatgaattgaagactctgctgaagctaaacat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5329286 tcgaacatcgaactctccattgtagtctttgaaatgtcgtaaaggatcgggtctcttgaaggtctttccatgaattgaagactctgctgaagctaaacat 5329187  T
Q  308 ttgtgttgaaaagatggaactgaaatcaagaacaagagaaacaaaagaaacaacaaacggtagttggttgagtagagcatggcagagtctgctgtgttgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5329186 ttgtgttgaaaagatggaactgaaatcaagaacaagagaaacaaaagaaacaacaaacggtagttggttgagtagagcatggcagagtctgctgtgttgt 5329087  T
Q  408 ggttattgagcaaagaa-aaaagacaacatttggttttgtctaaaaataaaaatggtgacaactttttgaggaagggaatttacgtgtaactcattgagc 506  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5329086 ggttattgagcaaagaaaaaaagacaacatttggttttgtctaaaaataaaaatggtgacaactttttgaggaagggaatttacgtgtaactcattgagc 5328987  T
Q  507 aaggtaagaatagcttgtggcatggttttgtgggaattaatgnnnnnnngttaatgtcaaggaaggacaaatggttatgttaagagatggaagtaacgaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5328986 aaggtaagaatagcttgtggcatggttttgtgggaattaatgtttttttgttaatgtcaaggaaggacaaatggttatgttaagagatggaagtaacgaa 5328887  T
Q  607 tcataagccgaaattgttggtttgtctaatccaagtaattgacca--nnnnnnnnnnnnnnnnnnacttcatgcctttgtatatgtgtctttcttcttaa 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5328886 tcataagccgaaattgttggtttgtctaatccaagtaattgaccatttttattttttttatttttacttcatgcctttgtatatgtgtctttcttcttaa 5328787  T
Q  705 gcttatataatatatcctttcgtacatttttcttcccaccttttctgctattgctagtttctcttgtcttgnnnnnnnnnnnnnncatattggcttttga 804  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||    
T  5328786 gcttatataatatatgctttcgtacatttttcttcccaccttttctgctattgctagtttctcttgtcttg------ttttttttcatattggcttttga 5328693  T
Q  805 gtttaccacttgaaaatatacgtaacgtggaatgaac--aaaagaactactttgtataagagcgtctttaatggagaactctatcaaag--tattttgtg 900  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||  ||| |||||  |||||||||||||  |||||||||    
T  5328692 gtttcccacttgaaaatatacgtaacgtggaatgaacaaaaaaaaactactttgtataaaagcaccttcaatggttaactctatcaaaggttattttgtg 5328593  T
Q  901 gttatcattatgccacat 918  Q
     || ||||||| ||||||    
T  5328592 attctcattataccacat 5328575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University