View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4974_low_1 (Length: 803)

Name: NF4974_low_1
Description: NF4974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4974_low_1
NF4974_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-786)||(15733206-15733977)
chr2 (262-786)||(15727434-15727958)
chr2 (254-786)||(18056832-18057364)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 786
Target Start/End: Original strand, 15733206 - 15733977
Alignment:
Q  13 aatatcacaatgaaagaaaatacatagaaagagaaaataataagtagagacatcgatcacatgt-tgacaagcatcaatccctgatatgtagatgttcaa 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15733206 aatatcgcaatgaaagaaaatacatagaaagagaaaataa---gtagagacatcgatcacatgtatgacaagcatcaatccctgatatgtagatattcaa 15733302  T
Q  112 ttattagtaccatggtcgannnnnnnactgacatcgtcgaacactgtatagtgaggagggtcacgaaatggaattataatcaaacttcttatcactgaac 211  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733303 ttattagtaccatggtcgatttttttactgacatcgtcgaatactgtatagtgaggagggtcacgaaatggaattataatcaaacttcttatcactgaac 15733402  T
Q  212 tgaactttgctttctccagttttgtggccgcatctgcgaatccacaaattgcttgtatgaatgtaaaataaagagccaaaagagcacctaatgtagaaag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15733403 tgaactttgctttctccagttttgtggccgcatctgcgaaaccacaaattgcttgtatgaatgtaaaataaagtgccaaaagagcacctaatgtagaaag 15733502  T
Q  312 tcccacagcccagcttgttaaatagttatgaacaagcgaagctctgaatctcgcacgccaacaacccaaatactcattcgcatcattcaccactttgtac 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  15733503 tcccacagcccaacttgttaaatagttatgaacaagcgaagctctgaatctcgcacgccaacaacccaaatactcattcgcctcattcaccacgttgtac 15733602  T
Q  412 aaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgatcaattccgcgacatgtttatcacttcctaaagaatgatcaattacccctt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  15733603 aaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgatcaattccgcgacatgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctt 15733702  T
Q  512 tataatgaagagtagaaacatcattagctgaatttatgagtctgtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttc 611  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733703 tataatgaagagcagaaacatcattagctgaatttatgagtctgtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttc 15733802  T
Q  612 aaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccnnnnnnnnccaaag 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  15733803 aaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccatttttttccaaag 15733902  T
Q  712 cttatatccattaactctctactctcgcaggctttaattttcacacccccttcttttagttctgttattgaatga 786  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733903 cttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttcacacccccttcttttagttctgttattgaatga 15733977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 262 - 786
Target Start/End: Original strand, 15727434 - 15727958
Alignment:
Q  262 gcttgtatgaatgtaaaataaagagccaaaagagcacctaatgtagaaagtcccacagcccagcttgttaaatagttatgaacaagcgaagctctgaatc 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15727434 gcttgtatgaatgtaaaataaagagccaaaagagcacctattgtagaaagtcccacagcccaacttgttaaatagttatgaacaagcgaagctctgaatc 15727533  T
Q  362 tcgcacgccaacaacccaaatactcattcgcatcattcaccactttgtacaaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgat 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15727534 tcgcacgccaacaacccaaatactcattcgcctcattcaccactttgtacaaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgat 15727633  T
Q  462 caattccgcgacatgtttatcacttcctaaagaatgatcaattacccctttataatgaagagtagaaacatcattagctgaatttatgagtctgtttaag 561  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15727634 caattccgcgacatgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgagtttatgagtctgtttaag 15727733  T
Q  562 aaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtaca 661  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15727734 aaaaacatgtaagttgtcatgtctagattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtaca 15727833  T
Q  662 aaggtggaatagttagttcctttaccataattccccnnnnnnnnccaaagcttatatccattaactctctactctcgcaggctttaattttcacaccccc 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  15727834 aaggtggaatagttagttcctttaccataattccccatttttttccaaagcttatatccatcaattctctactctcacatgctttagttttcacaccccc 15727933  T
Q  762 ttcttttagttctgttattgaatga 786  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  15727934 tttttttagttctgttattgaatga 15727958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 254 - 786
Target Start/End: Original strand, 18056832 - 18057364
Alignment:
Q  254 cacaaattgcttgtatgaatgtaaaataaagagccaaaagagcacctaatgtagaaagtcccacagcccagcttgttaaatagttatgaacaagcgaagc 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  | | |    
T  18056832 cacaaattgcttgtatgaatgtaaagtaaagagccaaaaaagccccaaaggttgaaagtcccacagcccagctagttaaatagttgtgcacaattgcaac 18056931  T
Q  354 tctgaatctcgcacgccaacaacccaaatactcattcgcatcattcaccactttgtacaaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatg 453  Q
    ||| ||||  ||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  18056932 tctcaatcctgcacgccaagaactcaaataatcatttgcatcattcacaactttgtataaatatgactcattcatatcaggaactatatctttagttatg 18057031  T
Q  454 ttgttgatcaattccgcgacatgtttatcacttcctaaagaatgatcaattacccctttataatgaagagtagaaacatcattagctgaatttatgagtc 553  Q
    |||||||| | |||  | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||||||| || |  || ||||||||||    
T  18057032 ttgttgattagttcttccacatgttcatcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgttggtcgagtttatgagtc 18057131  T
Q  554 tgtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcacc 653  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  18057132 cgtttaagaaaaacatgtaatttgtcatgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcacc 18057231  T
Q  654 aatgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccnnnnnnnnccaaagcttatatccattaactctctactctcgcaggctttaattttc 753  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| |||||        ||||||||||||||||  || |||||| |||| || ||||||||||||    
T  18057232 aatgtacaatggaggaatagttagttgctttatcataactccccatttttttccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttc 18057331  T
Q  754 acacccccttcttttagttctgttattgaatga 786  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18057332 acacccccttcttttagttcggttattgaatga 18057364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University