View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4974_low_2 (Length: 547)

Name: NF4974_low_2
Description: NF4974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4974_low_2
NF4974_low_2
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (139-542)||(2553494-2553897)
chr6 (139-542)||(24767309-24767707)
chr6 (139-403)||(21168194-21168459)
chr6 (199-542)||(18651174-18651517)
chr6 (284-542)||(12733982-12734240)
chr6 (143-476)||(15958697-15959030)
chr6 (142-477)||(14372874-14373209)
chr6 (140-543)||(20882914-20883317)
chr6 (428-542)||(21168082-21168196)
chr6 (292-543)||(17579114-17579365)
chr6 (148-543)||(21629996-21630393)
chr6 (1-74)||(14843879-14843952)
chr6 (292-543)||(17573688-17573939)
chr6 (457-542)||(5734439-5734524)
chr6 (292-543)||(17606367-17606618)
chr6 (292-374)||(10577282-10577364)
chr6 (433-543)||(11462269-11462378)
chr6 (139-391)||(13937708-13937960)
chr6 (142-189)||(11462617-11462664)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (139-544)||(11277132-11277537)
chr7 (139-544)||(29967830-29968234)
chr7 (139-536)||(47876846-47877243)
chr7 (139-542)||(37919401-37919804)
chr7 (139-542)||(235317-235722)
chr7 (139-542)||(4938008-4938411)
chr7 (139-542)||(17720492-17720895)
chr7 (381-542)||(31177427-31177588)
chr7 (139-543)||(37254614-37255018)
chr7 (292-543)||(25619315-25619566)
chr7 (292-374)||(18532653-18532735)
chr7 (457-543)||(18530366-18530452)
chr7 (140-212)||(25619652-25619724)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (139-542)||(34332695-34333098)
chr3 (139-542)||(40930408-40930811)
chr3 (139-542)||(2364134-2364537)
chr3 (139-541)||(19920109-19920511)
chr3 (139-541)||(7312635-7313036)
chr3 (139-542)||(10323451-10323854)
chr3 (139-467)||(7032250-7032566)
chr3 (199-512)||(26770929-26771242)
chr3 (292-543)||(35214404-35214655)
chr3 (297-543)||(7031055-7031301)
chr3 (292-374)||(29523778-29523860)
chr3 (197-398)||(17097814-17098015)
chr3 (139-391)||(963043-963295)
chr3 (292-374)||(11203844-11203926)
chr3 (293-543)||(33496403-33496653)
chr3 (139-477)||(48569919-48570257)
chr3 (292-543)||(12342259-12342509)
chr3 (196-418)||(2755823-2756045)
chr3 (268-392)||(16178955-16179079)
chr3 (140-344)||(19890733-19890937)
chr3 (1-48)||(31921093-31921140)
chr3 (424-543)||(36801240-36801359)
chr3 (196-353)||(15312629-15312786)
chr3 (1-70)||(31675260-31675329)
chr3 (292-374)||(36801108-36801190)
chr3 (241-314)||(20532031-20532104)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (139-542)||(13396245-13396648)
chr8 (139-544)||(32266419-32266822)
chr8 (139-542)||(41665249-41665652)
chr8 (139-542)||(7924243-7924646)
chr8 (139-542)||(8299660-8300063)
chr8 (139-542)||(171960-172363)
chr8 (139-542)||(9922458-9922861)
chr8 (236-518)||(13200004-13200286)
chr8 (292-543)||(43270306-43270557)
chr8 (148-543)||(2170196-2170593)
chr8 (292-543)||(20824152-20824403)
chr8 (307-476)||(34137011-34137180)
chr8 (431-542)||(20496941-20497052)
chr8 (292-543)||(37433988-37434239)
chr8 (292-542)||(5181527-5181777)
chr8 (139-477)||(13879367-13879705)
chr8 (474-544)||(32567480-32567550)
chr8 (327-476)||(2529809-2529958)
chr8 (292-543)||(17699338-17699589)
chr8 (139-350)||(25090436-25090647)
chr8 (1-60)||(3939544-3939603)
chr8 (141-190)||(42177471-42177520)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (139-542)||(15740078-15740481)
chr4 (139-542)||(1828420-1828823)
chr4 (139-542)||(19755119-19755527)
chr4 (139-542)||(19784279-19784687)
chr4 (139-542)||(47685775-47686178)
chr4 (139-542)||(7403770-7404177)
chr4 (139-542)||(23642471-23642874)
chr4 (140-510)||(47418693-47419063)
chr4 (199-542)||(13270831-13271174)
chr4 (139-390)||(55725566-55725817)
chr4 (292-543)||(12697669-12697920)
chr4 (143-476)||(11587082-11587415)
chr4 (431-542)||(159863-159974)
chr4 (139-374)||(2821917-2822152)
chr4 (292-518)||(20002599-20002832)
chr4 (292-374)||(45472742-45472824)
chr4 (292-543)||(8360956-8361207)
chr4 (139-213)||(48312281-48312355)
chr4 (139-213)||(54483039-54483113)
chr4 (298-392)||(5790131-5790225)
chr4 (480-542)||(20788501-20788563)
chr4 (445-543)||(4548405-4548503)
chr4 (226-350)||(46145724-46145848)
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (139-544)||(23238238-23238644)
chr5 (139-542)||(28535555-28535958)
chr5 (139-542)||(35983671-35984074)
chr5 (139-541)||(12825057-12825459)
chr5 (139-541)||(30732194-30732596)
chr5 (139-542)||(27117041-27117444)
chr5 (139-542)||(42927988-42928391)
chr5 (139-542)||(42513577-42513980)
chr5 (277-544)||(8227881-8228148)
chr5 (292-542)||(19255155-19255406)
chr5 (139-398)||(31641513-31641771)
chr5 (345-541)||(12820035-12820231)
chr5 (292-543)||(25857457-25857708)
chr5 (1-74)||(476538-476611)
chr5 (431-542)||(3418640-3418751)
chr5 (292-543)||(8300215-8300466)
chr5 (292-378)||(27767063-27767149)
chr5 (292-494)||(33385407-33385609)
chr5 (202-393)||(26072898-26073089)
chr5 (139-477)||(27795405-27795743)
chr5 (293-494)||(10776669-10776870)
chr5 (139-391)||(33169666-33169918)
chr5 (139-334)||(24407993-24408188)
chr5 (241-477)||(27165934-27166170)
chr5 (292-518)||(18359125-18359350)
chr5 (499-542)||(25824868-25824911)
chr5 (296-374)||(18089798-18089876)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (139-544)||(3107-3512)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (139-541)||(11908985-11909387)
chr1 (139-542)||(6050460-6050863)
chr1 (139-542)||(35540906-35541309)
chr1 (181-541)||(51052338-51052698)
chr1 (140-476)||(47622958-47623292)
chr1 (458-542)||(6259674-6259758)
chr1 (464-542)||(4842261-4842339)
chr1 (292-543)||(37191243-37191494)
chr1 (292-388)||(16917842-16917938)
chr1 (292-543)||(43388223-43388474)
chr1 (1-74)||(3544843-3544916)
chr1 (433-543)||(16917983-16918093)
chr1 (251-337)||(28351776-28351862)
chr1 (1-33)||(1248327-1248359)
chr1 (301-353)||(22191823-22191875)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (139-542)||(105723-106126)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (139-542)||(41206873-41207276)
chr2 (209-541)||(4552027-4552359)
chr2 (142-477)||(28252642-28252977)
chr2 (139-541)||(12645394-12645796)
chr2 (292-542)||(15917511-15917761)
chr2 (292-476)||(17764995-17765179)
chr2 (294-543)||(14439609-14439857)
chr2 (292-543)||(10999984-11000234)
chr2 (139-477)||(40176591-40176928)
chr2 (292-472)||(38604407-38604587)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (240-542)||(11186-11488)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (1-74)||(34351-34424)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2553897 - 2553494
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553897 ttggtaaaggagtgtagggctttattactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttgattacctaatcatgatggtgggtattctg 2553798  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553797 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 2553698  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553697 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 2553598  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2553597 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtgataggggtcgatt 2553498  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  2553497 ctca 2553494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 24767309 - 24767707
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| ||     ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||| | |||||||||    
T  24767309 ttggtagaggagtgtagggttgtattactaacagtttccttgaag-----agtgacaaatagatggctatggttaccaaatcaggatgataggtattctg 24767403  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  24767404 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccctagttacatcaaaatatggagttaattttgcataaacaggttcctatcaaagtctctat 24767503  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||| |||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||     
T  24767504 ccttgcttgacgacttcttagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaatcgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttttggttgc 24767603  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  24767604 gggaacgttgaagatgttaataatttgtttttgtcttgtccaacttttagtgccttatgaccattggtgcgggcatggctcggagtggtaggggtcgact 24767703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 139 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21168459 - 21168194
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21168459 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 21168360  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21168359 tacgtggagtctatgatatgttgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaataggttcctctcaaagtatctat 21168260  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaa-aaaataatttggcaaaccgtggcattt 403  Q
    ||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  21168259 cctagcttggagacttttgcaagatcgattacctacaaaaaaaaaaattggcaaaccgtggcattt 21168194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 199 - 542
Target Start/End: Original strand, 18651174 - 18651517
Alignment:
Q  199 agatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatgg 298  Q
    |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||    
T  18651174 agatggttgtggttaccaaatcaggatggtgggtattctgtacatggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttagatcaaaatatgg 18651273  T
Q  299 agttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18651274 agttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggaaaaccgtgg 18651373  T
Q  399 cattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtt-tttgtcttgtgtaacttttagtgcattatg 497  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||  ||||||||| || ||||     
T  18651374 gattttacctttggatgcgcggttgtgtgtctctggatgcgggaccgttgaagatgtcaatcacttgttctttgt-gtgtccaacttttagcgccttatt 18651472  T
Q  498 accaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
     ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  18651473 gccattggtgcgagcatggctaggagtggtcggggtcgactctca 18651517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 284 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 12734240 - 12733982
Alignment:
Q  284 tacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataa 383  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||    
T  12734240 tacatcataatatggatttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaa 12734141  T
Q  384 tttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaact 483  Q
    ||||| || |||||||||| || || |||||| || ||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  12734140 tttggtaacccgtggcattctatctctggaggagcggttatgtgtttctagatgtgggaatgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaact 12734041  T
Q  484 tttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    ||| | |||||||| || ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  12734040 tttggagcattatggccgatggtgcaggattggttaggagtggtaggggtcgactctca 12733982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 143 - 476
Target Start/End: Original strand, 15958697 - 15959030
Alignment:
Q  143 tagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacg 242  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| || | || |||||| | ||||||||  |||| | |||||||||||| || ||    
T  15958697 tagaggaatgtagggttttattactgacagtttctttgcaggaatcattgcctgatagatggttgtggttaccggatcaaggtggtgggtattcagttcg 15958796  T
Q  243 tggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcctt 342  Q
     || || | ||| |||||||||||||| || || |  |||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  15958797 cggtgtgtctgacatgctgacatcacaggaacaacttcagttacatccaaatatgaagttaatatggcataaacaggttcctcttaaagtctctattctt 15958896  T
Q  343 gcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtggga 442  Q
    |||||||| |||||||  ||||  |||||||| |||   ||||||||||||| ||| ||  | |||||||||| ||||||||||||  |||  ||||||     
T  15958897 gcttggcggcttttgagggatcatttacctacgaaagcaaatttggcaaaccatggtatcattcctttggaggtgcagttgtgtgtcactgattgtgggc 15958996  T
Q  443 acgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  15958997 acgtggaagatgtgaatcacttgtttttatcttg 15959030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 142 - 477
Target Start/End: Original strand, 14372874 - 14373209
Alignment:
Q  142 gtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtac 241  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  | || |||||| | ||||||||  |||| |  ||||| || || || |    
T  14372874 gtagaggagtgtagggctttattactgacagtttctttgcaggaatctgtttccgatagatggttgtggttaccggatcagggaggtggttactcagtcc 14372973  T
Q  242 gtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcct 341  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||   |  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  14372974 gtggggtgtatgacatgctgacatcccaggaacagcctcagttacattcttctatggatttaatttggcataaacaggtacctctaaaagtatctattct 14373073  T
Q  342 tgcttggcgacttttgaaagatcgg-ttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgg 440  Q
    ||||||||  |||||||  || ||| |||||||| |||   ||||||||||||||||||||| |  || |||||| || |||||||||||| || | |||    
T  14373074 tgcttggcagcttttgag-gaacggcttacctacgaaaggaaatttggcaaaccgtggcattatttctatggaggggcggttgtgtgtttccggttatgg 14373172  T
Q  441 gaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    | | | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14373173 gcatgatgaagatgtaaatcatttgtttttgtcttgt 14373209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 140 - 543
Target Start/End: Original strand, 20882914 - 20883317
Alignment:
Q  140 tggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgt 239  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| | ||||||||  ||||   | | || |||  |||    
T  20882914 tggtagaagggtgtagggatttattactaacagtctctttgcaggaatcagaaacagacaggtggttgtggttaccggatcagattagaggctatattgt 20883013  T
Q  240 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatc 339  Q
     ||||| || ||||| ||| |||||||||| || || || ||  | || || |||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||| ||||||    
T  20883014 tcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaaccacatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaataggttcctttaaaagtttctatc 20883113  T
Q  340 cttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtg 439  Q
    ||||||||||| || ||||  ||| | |||||||| |||   || |||| | | ||||||||| || || ||||||| | ||| |||||  | |||||||    
T  20883114 cttgcttggcggctgttgagggattgtttacctactaaatcgaacttggtagatcgtggcattatatctgtggaggctcggttttgtgtcacgggatgtg 20883213  T
Q  440 ggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattc 539  Q
    || | ||||||||| | |||||| ||||||||||||||  || |||  ||||||| || || ||||||||| ||||||| || || | |||||| |||||    
T  20883214 ggcatgttgaagatatgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatggtgcggacatggcttggtgtcgaaggggtagattc 20883313  T
Q  540 tcat 543  Q
    ||||    
T  20883314 tcat 20883317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 428 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 21168196 - 21168082
Alignment:
Q  428 tttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggt 527  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||| |||||||||||||||||    
T  21168196 tttctgggtgtgggaatgttgaagatgttaatcatatgtttttgtcttgtgtaacttttggtgctttatggccattgatgcgagcatggctaggagtggt 21168097  T
Q  528 aggggtcgattctca 542  Q
     ||||||||||||||    
T  21168096 gggggtcgattctca 21168082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 17579114 - 17579365
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||       
T  17579114 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtgg 17579213  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      || || ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| ||||    
T  17579214 cacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgc 17579313  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
     || || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  17579314 cttgtggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 17579365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 148 - 543
Target Start/End: Original strand, 21629996 - 21630393
Alignment:
Q  148 gagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggag 247  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||  |||||||| ||| | ||||| ||  ||||   |  ||| ||| |||| ||||| |    
T  21629996 gagtgtagggatttattactgacagttactttgcaggaaacagaaacagacaggtggatatggttgccggatcagatttctggttatactgttcgtggtg 21630095  T
Q  248 tctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttg 347  Q
    | |||||  || |||||||||| || || || ||  | || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||| |||    
T  21630096 tatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaccaggttcctttaaaagtttctatccttgtttg 21630195  T
Q  348 gcgacttttgaaagatcggttacctacaaaa--aataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacg 445  Q
    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||  || |||||||   | ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||| ||| | |    
T  21630196 gcgactattgagggatcgtttacctacaaaatcaaaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgtaacgggatgcgggcagg 21630295  T
Q  446 ttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| |||| || || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  21630296 ttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgctttgtggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 21630393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 14843879 - 14843952
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggcatatgtgtttgctct 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  14843879 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaaatgtgtacggtggcagatgtgtttgctct 14843952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 17573688 - 17573939
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||       
T  17573688 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagattctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtgg 17573787  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      || || ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| ||||    
T  17573788 cacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgc 17573887  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
     || || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  17573888 cttgtggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 17573939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 457 - 542
Target Start/End: Original strand, 5734439 - 5734524
Alignment:
Q  457 aatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  5734439 aatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgctttatgatcattggtgcgagcatggcttggagtggtaagggttgactctca 5734524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 17606367 - 17606618
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||| |||   |||||||       
T  17606367 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcatttacctactaaatcaaatttggtgg 17606466  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || ||||    |  || |||||  | ||||  ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  17606467 aacgtggaattatagctgtggaaaatcgattttgtgtaacgggatacgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 17606566  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| ||  |  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  17606567 attgtggtctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 17606618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Original strand, 10577282 - 10577364
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  10577282 aatatagagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctac 10577364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 433 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 11462378 - 11462269
Alignment:
Q  433 ggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtagggg 532  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||  ||||||| || || ||||||||||||||||| || || | |||||    
T  11462378 ggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtg-cctatggtgcgggcatggcttggtgtcgaagggg 11462280  T
Q  533 tcgattctcat 543  Q
    | |||||||||    
T  11462279 tagattctcat 11462269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13937960 - 13937708
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||| |||||||||| ||       ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||| | |    
T  13937960 ttggtagaggagtgtagggaattattacttacagttactttgcaggattcctcttttgacaggtggctttggttaccagatcagactggtgggtatacgg 13937861  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |   ||| || ||||||||| |||| || || || || |||  |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||    
T  13937860 ttaatggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacccatgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtctat 13937761  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
      ||||||||||  |  |||  || ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  13937760 ttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttggcaa 13937708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 142 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 11462664 - 11462617
Alignment:
Q  142 gtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatca 189  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  11462664 gtagaagagtgtagggatttattactaacagtctctttgcaggaatca 11462617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 544
Target Start/End: Original strand, 11277132 - 11277537
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11277132 ttggtagaggagtgtagggctttattgctaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttgggtacctaatcatgatgatgggtactctg 11277231  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11277232 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcaaccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 11277331  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11277332 ccttgcttggcgacttttgagagatcggttacctacgaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 11277431  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  11277432 gggaacgttgaagatgttaatcatttgttttagtcttgtgtaaattttagtgcattatggccaatggtgcgagcatggctaggagtggtgggagtcgatt 11277531  T
Q  539 ctcatt 544  Q
    ||||||    
T  11277532 ctcatt 11277537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 139 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 29968234 - 29967830
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||    
T  29968234 ttggtagaggagtgtagggctttattgctaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttgggtacctaatcatgatgatgg-tactctg 29968136  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29968135 tacgtggagcctatgatatgctgacatcacaggagcaaccccagttacaccatagtatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 29968036  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29968035 ccttgcttgaggacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaaaccatggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 29967936  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||    
T  29967935 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgctttatggccaatggtgcgagcatggctaggagtggtgggagtagatt 29967836  T
Q  539 ctcatt 544  Q
    ||||||    
T  29967835 ctcatt 29967830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 139 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 47877243 - 47876846
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  47877243 ttggtagaggagtgtggggttttattactaacagtttccttgcaggaatcagtgacagacagatgactttggttacctaatcaggatggtgggtattatg 47877144  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47877143 tacgtggagtttatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatagggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 47877044  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  47877043 ccttgcttggcgacttctgagagatcagttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgc 47876944  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcga 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47876943 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgttcaacttttagtgcattatgacaattgatgcgggcatggctaggagtggtaggggtcga 47876846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 37919804 - 37919401
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||||||    
T  37919804 ttggtagaggagtgtagagttttattactaacagtttctttgcaggaatcagtgacaaacatatggctttgattacctaaacaggagggtgggtattctg 37919705  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37919704 tgcgtggagtatatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatgaagttaatttggtataaacaggttcctctcaaagtatctat 37919605  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  37919604 ccttgcttggcgactcctgagagattggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgttgcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctagttgt 37919505  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37919504 gggaacgttgaagatgttaatcatttatttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgaat 37919405  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  37919404 ctca 37919401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 235317 - 235722
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  235317 ttggtagaggagtgtagggttttattactaacagtttccttacaggaatcagtgacagatagatgactttggttaccaaatcaggatggtgggtattctg 235416  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  235417 tacgtggagtctatgacatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcatctcaaagtctctat 235516  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac--aaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggat 436  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  235517 ccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaaaatcatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggtt 235616  T
Q  437 gtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcga 536  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  235617 gcgagaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgttcaacttttagtgccttatggccaatggtgcgggcatggctcggagtggtaggggtcga 235716  T
Q  537 ttctca 542  Q
     |||||    
T  235717 ctctca 235722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 4938008 - 4938411
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4938008 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 4938107  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4938108 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 4938207  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  4938208 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 4938307  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  4938308 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 4938407  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  4938408 ctca 4938411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 17720895 - 17720492
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||| |||| ||||||||| |    
T  17720895 ttggtagaggagtttanggctttattactaacagtttcattgcaggaatcagtgacagatagatggatttggttaccaactcaggatgatgggtattccg 17720796  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  17720795 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 17720696  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  17720695 ccttgcatggcgacttctgagggatcggttacctacaaaagataatttggcaaaccgtggcattttacctctggaggcgcggatgtgtgtttctagttgt 17720596  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||| || |    
T  17720595 gggaatgaagaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttagtgccttatggccattggtgcaagcatggcttggagtggtaggggttgact 17720496  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  17720495 ctca 17720492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 542
Target Start/End: Original strand, 31177427 - 31177588
Alignment:
Q  381 taatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgta 480  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||  | |||||| || ||| |||||| ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  31177427 taatttgacaaatcgtggcattctatatgtggaggagcggttatgtgttgctggatgtgggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgca 31177526  T
Q  481 acttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    |||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  31177527 acttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgactctca 31177588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 37255018 - 37254614
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||   ||||||||||||| ||  |||||||| ||| | ||||||||  ||||   | | || ||| |||    
T  37255018 ttggtagaagagtgtagggatttattactaacaaactctttgcaggaattagaaacagacaggtggttgtggttaccggatcagattagaggctatcctg 37254919  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || || || ||| |||||||||  || || || ||  | || || |||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||| || ||    
T  37254918 ttcgtggtgtatacgacatgttgacatcacgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaggttactttaaaagtttcaat 37254819  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| |||   || |||||| |  |||||||| || || ||||| | | ||| |||||  | | ||||    
T  37254818 ccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagattgtggcattatatctgtggagactcggttttgtgtcacggaatgt 37254719  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||  |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||  ||||||| || || ||||||||||||||||| || || | ||||||  |||    
T  37254718 ggacattttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatggtgcgggcatggcttggtgtcgaaggggtaaatt 37254619  T
Q  539 ctcat 543  Q
    |||||    
T  37254618 ctcat 37254614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 25619566 - 25619315
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||  | ||||  || || |||||||| |||   || ||||||     
T  25619566 aatatggagttaatatggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcggttgttgagggaacgattacctactaaatccaacttggcag 25619467  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | |||||||||  | || ||||||  |  || |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||  ||||    
T  25619466 atcgtggcattgcatctgtggaggaccgattttgtgtcacaggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgc 25619367  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || || | |||||||| |||||| || || | ||| || |||||||||    
T  25619366 attgtggcctaaggtgcgggaatggcttggtgttgaaggtgtagattctcat 25619315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 18532735 - 18532653
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  18532735 aatatggagttaatctcgcataaacaggttcctttaaaagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctac 18532653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 457 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 18530452 - 18530366
Alignment:
Q  457 aatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| || || ||||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  18530452 aatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 18530366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 140 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 25619724 - 25619652
Alignment:
Q  140 tggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggtt 212  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| ||| | |||||    
T  25619724 tggtagaagagtgtaaggatttattactaacagactctttgcaggaatcagaaacagacaggtggatgtggtt 25619652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 34332695 - 34333098
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  34332695 ttggtagaggagtgtagggttttattactaacagtttctttgcaggaatcagtgtcagacagatggctttggttacctaatcaggatggtgggtattatg 34332794  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34332795 tacgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 34332894  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34332895 ccttgcttggcaacttctgagagatcgattacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 34332994  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34332995 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgact 34333094  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  34333095 ctca 34333098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 40930408 - 40930811
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  40930408 ttggtagaggagtgtagggttttattactaacagtttctttgcaagaatcagtgacaaatagatggctttggttaccaaatcaggatggtgtgtattctg 40930507  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || || || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40930508 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcaacctcagttgcatcaaaacatggagttagtttgacataaacaggttcctctcaaagtatctat 40930607  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  40930608 ccttgcttggcgacttttgagggattggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggccttttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggttgt 40930707  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  40930708 gggaacgtcgaagatgtcaatcatttgtttttgtcttgttcaacttttagtgccttatggccaatggtgcgggcatggcttggagtggtaggggtcgact 40930807  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  40930808 ctca 40930811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2364537 - 2364134
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2364537 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 2364438  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2364437 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 2364338  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  2364337 ccttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 2364238  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  2364237 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 2364138  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  2364137 ctca 2364134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Original strand, 19920109 - 19920511
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19920109 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 19920208  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19920209 tacgtggagtctatgacatgttgacatcacaggagaagccccagttacaccatcatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 19920308  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||| ||| || |||||| || || |||||| || ||| |||||||||||||||    
T  19920309 ccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggtaaatcgaggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgt 19920408  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| |    
T  19920409 gggaatgtcgaagatgcttctcatttgtttttgtcttgtgtaacttttggtgcattatggccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgact 19920508  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  19920509 ctc 19920511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 7313036 - 7312635
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7313036 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 7312937  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7312936 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctat 7312837  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |  || |||||| || | | |||||||||||||||    
T  7312836 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctgtctgtggaggagcggctttgtgtttctggatgt 7312737  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| |    
T  7312736 gggattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattaag-ccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgact 7312638  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  7312637 ctc 7312635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 10323451 - 10323854
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| | |||||||||||| | || ||||||||| |    
T  10323451 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggattcagtgttagatagatggctctagttacctaatcaagctgatgggtattcag 10323550  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10323551 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccatagtatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 10323650  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||| || ||  ||| | || ||| || ||| ||||||||    
T  10323651 ccttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaactcgtggcattctatctggggatgagcggttatgcgttgctggatgt 10323750  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  10323751 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 10323850  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  10323851 ctca 10323854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 139 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 7032566 - 7032250
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||   | ||  || |||||||||| ||    
T  7032566 ttggtagaggagtttagggctttattactaacagttacattgcaggaatcggtgatagatagatggctttggttattaattctggacggtgggtattttg 7032467  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||            |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||| | |||||    
T  7032466 ttcgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagcc------------taatttggagttggtttggcacaaacaggttcctctcaaaatttctat 7032379  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||||  ||||||||||||| |||| || |||||| || || ||     
T  7032378 ccttgcatggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaacaatctggcgaattgtggtcttttacctttggatgcgcggtcgtgtgtctcaggttgc 7032279  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtt 467  Q
    |||  ||| |||||||||| |||||||||    
T  7032278 ggggccgtcgaagatgttactcatttgtt 7032250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 199 - 512
Target Start/End: Original strand, 26770929 - 26771242
Alignment:
Q  199 agatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatgg 298  Q
    |||||| | ||||||||  |||| | ||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||| ||| || || ||  ||||||| |  |||||||    
T  26770929 agatggttgtggttaccagatcagggtggcgggtattcagttcgtggtgtgtatgacatgctaacattacaggaacatccttagttacatccaaatatgg 26771028  T
Q  299 agttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgg 398  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||  ||||| |||||||| |||   |||||||||||||||||    
T  26771029 agttaatgtggcataaacaggctcctcttaaagtctctattcttacttggcggcttttgagggatcgtttacctacgaaagcaaatttggcaaaccgtgg 26771128  T
Q  399 cattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatga 498  Q
     ||  | |||||||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||   || ||||||||| |||||     
T  26771129 tatcattcctttggaggtgcagttgtgtgtcactggttgtgggcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttgtcttgcccaatttttagtgccttatgg 26771228  T
Q  499 ccaatggtgcgggc 512  Q
    ||| ||||| ||||    
T  26771229 ccattggtgagggc 26771242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 35214404 - 35214655
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||  | ||||  ||||| || ||||| |||   |||||| ||     
T  35214404 aatatggagttaatctggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgtttggcggatgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgccag 35214503  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| ||  | |||| || ||||| |||||  | |||||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||| ||||    
T  35214504 aacgtgggattctatatgtggaagctcagttttgtgtaacgggatgttggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 35214603  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| || || | |||||| |||||||||    
T  35214604 attgtggcctatggtgcgggcatggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 35214655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 297 - 543
Target Start/End: Original strand, 7031055 - 7031301
Alignment:
Q  297 ggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgt 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||     ||     
T  7031055 ggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaactttctatccttgcttggcgtctgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacga 7031154  T
Q  397 ggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattat 496  Q
    || |||||| || ||||    | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| |||| || |    
T  7031155 gggattttagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgt 7031254  T
Q  497 gaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    | ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  7031255 ggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 7031301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Original strand, 29523778 - 29523860
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  29523778 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctac 29523860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 398
Target Start/End: Original strand, 17097814 - 17098015
Alignment:
Q  197 acagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatat 296  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||   |||||||||  | || ||||| || |||||  || ||||||| || || || ||||| ||||| || ||| |    
T  17097814 acaggtggctttggttacctgatcagactggtgggtacacggtccgtggtgtgtatgacttgttgacatcgcatgaacaaccccatttacatcaaaatgt 17097913  T
Q  297 ggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgt 396  Q
    |||||||||||||||||||||||    | | ||||| |||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  17097914 ggagttaatttggcataaacaggcatatgtgaaagtctctatctttgcttagcgactgttgatggatcggttacctactaaagaaaatttggcaaaccgt 17098013  T
Q  397 gg 398  Q
    ||    
T  17098014 gg 17098015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 391
Target Start/End: Original strand, 963043 - 963295
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||| |||||||||| ||     | ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||| | |    
T  963043 ttggtagaggagtgtagggaattattacttacagttactttgcaggattcctcttctgacaggtggctttggttaccagatcagactggtgggtatacgg 963142  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||||||||||| || || || || |||  |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||    
T  963143 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgcaggaacaacccatgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtctat 963242  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
      ||||||||||  |  |||  || ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  963243 ttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttggcaa 963295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 11203926 - 11203844
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  11203926 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatacttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctac 11203844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 293 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 33496653 - 33496403
Alignment:
Q  293 atatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaa 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||   |||||||   |    
T  33496653 atatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatcattgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtgga 33496554  T
Q  393 ccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgca 492  Q
     ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||    ||||| ||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| |||||    
T  33496553 acgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgtaatgggatgcggacaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgca 33496454  T
Q  493 ttatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    || || ||  |||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  33496453 ttgtggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 33496403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 477
Target Start/End: Original strand, 48569919 - 48570257
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||||| | ||||||||  |||    |||||| ||| |||    
T  48569919 ttggtagaggagtgtagggctttactactaacagtctctttgcaggaatccgatactgacagatgggtgtggttaccggatccgattggtggctatactg 48570018  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||  || |||||||||| || || || ||  | || || |||||||||||||| | ||| |||||| | ||||| ||||| ||  |    
T  48570019 ttcgtggggtatatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctagcacaaacagatacctctaaaagtttcagt 48570118  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||| |||  | ||||  ||||| |||||||| |||  |||| || |||| || |||||||||||  |||||||   | | |||||  | ||||||    
T  48570119 ccttgcttagcggttgttgagggatcgtttacctactaaagctaatctgacaaatcgcggcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgt 48570218  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    ||| | |||||||||||   |||| |||||||| |||||    
T  48570219 gggcatgttgaagatgtgtctcatatgtttttgacttgt 48570257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 12342259 - 12342509
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||   |||||||       
T  12342259 aatatggagttaatttggcataaacaggtt-ctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtgg 12342357  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||| ||| | ||||||||||| |||||||| || || ||||||  || |||| ||||    
T  12342358 aacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttattcttctcttgtccaatttttggtgc 12342457  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || ||  |||||||||| ||||| || || | || |||||||||||||    
T  12342458 attgtggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaagaggtcgattctcat 12342509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2756045 - 2755823
Alignment:
Q  196 gacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataata 295  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||| |  | ||||| || ||||||||| ||||||| || || || |||  |||||| || ||||    
T  2756045 gacaggtggctttggttaccggatcagactggtgggtatacgattcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacccatgttacatcaaaata 2755946  T
Q  296 tggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccg 395  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||  ||||||||||  |  |||  || ||||||||||| ||| | ||||||||||  ||    
T  2755945 tggagttgatttggcacaaacaggtacctttgaaagtgtctatatttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaataaaatttggcaagtcg 2755846  T
Q  396 tggcattttacctttggaggcgc 418  Q
    |||  | ||| ||||||||||||    
T  2755845 tggggtcttatctttggaggcgc 2755823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 268 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 16179079 - 16178955
Alignment:
Q  268 caagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggt 367  Q
    ||||| |||||||| ||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| ||||| ||  |||| |||||      
T  16179079 caagaacagccccatttacgtcaaaatttagagttaatttggcataaacaggtacctcttaaagtatctatttttgcgtggcgcctgatgaaggatcgtc 16178980  T
Q  368 tacctacaaaaaataatttggcaaa 392  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||    
T  16178979 tacctactaaagagaatttggcaaa 16178955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 140 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 19890937 - 19890733
Alignment:
Q  140 tggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgt 239  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||| ||| | |||||| |  ||||   | | || ||| ||||    
T  19890937 tggtagaagagtgtggggatttattactaacagtctctttgcaggaattagaaacagacaggtggatgtggttatcggatcagattagaggttatactgt 19890838  T
Q  240 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatc 339  Q
     ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||  | || ||  | || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| || |||    
T  19890837 tcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaataacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaggttcctttaaaagtttccatc 19890738  T
Q  340 cttgc 344  Q
    |||||    
T  19890737 cttgc 19890733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 31921093 - 31921140
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactg 48  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31921093 cttcggacaaggtttagtcgtttatttgacttagcgaataacaaactg 31921140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 424 - 543
Target Start/End: Original strand, 36801240 - 36801359
Alignment:
Q  424 tgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggag 523  Q
    ||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||||| || ||  |||||||||| ||||| || |    
T  36801240 tgtgtatcgggatgtgggcaggttgaagatgtaaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctttggtgcgggcttggcttggtg 36801339  T
Q  524 tggtaggggtcgattctcat 543  Q
    | | |||||| |||||||||    
T  36801340 tcgaaggggtagattctcat 36801359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 15312786 - 15312629
Alignment:
Q  196 gacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataata 295  Q
    ||||| ||||||| ||||||  ||||  |||||||||| || ||| |||| || |||||  | |||||||| || || ||  |||| ||||| || |||     
T  15312786 gacaggtggctttagttaccagatcagaatggtgggtactcggtatgtggtgtgtatgacttactgacatcgcaggaacatacccatttacatcaaaatt 15312687  T
Q  296 tggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgact 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||  |||||||| ||||    
T  15312686 tggagttaatttggcataaacaggtacctctaaaagtctatatatttgcttggtgact 15312629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 31675329 - 31675260
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggcatatgtgtttg 70  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||    
T  31675329 cttcggacaaggtttagtcgtttatttgacttagtgaataacaaactgagtatggtggcagatttgtttg 31675260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Original strand, 36801108 - 36801190
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||  | ||||| | |||||||||||||| |||  |||  ||||| ||||||||    
T  36801108 aatatggagttaatttagcataaataggttcccttaaaagtttatatccttgcttggcaactgctgagggatcgtttacctac 36801190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 314
Target Start/End: Original strand, 20532031 - 20532104
Alignment:
Q  241 cgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataa 314  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  20532031 cgtggtgtttatgacatgctgacatcccatgagcatcctcatttacatcaaaatatggaattaatttggcataa 20532104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 13396648 - 13396245
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13396648 ttggtagaggagtgtagggttttattactaacaatttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcaggagggtgggtattctg 13396549  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13396548 tacgtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaagttcctctcaaagtatctat 13396449  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13396448 ccttgcttggcgactcctgagagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 13396349  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13396348 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgaat 13396249  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  13396248 ctca 13396245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 139 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 32266822 - 32266419
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  32266822 ttggtagaggagtgtagggctttattgctaacagtttctttgcaggaatcagtgtcagacagatggctttgggtacctaatcatgatgatgggtattctg 32266723  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32266722 tacgtggagcctatgat--gctgacttcacaagagcaaccacagttacaccataatttggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 32266625  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32266624 ccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 32266525  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  32266524 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattgtggccaatggtgcgagcatggctaggagtggtgggagtcgatt 32266425  T
Q  539 ctcatt 544  Q
    ||||||    
T  32266424 ctcatt 32266419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 41665249 - 41665652
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  41665249 ttggtagaggagtgtagggttttattactaacagtttctttacaggaatcagtgacagacagatgactttggttacctaattaggagggtgggtattctg 41665348  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41665349 tatgtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 41665448  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||||| |  | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41665449 ccttgcttggcgattcctaagagatcagttacctacaaaaaataatttggcaaaccatgacattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 41665548  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  41665549 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggttgaat 41665648  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  41665649 ctca 41665652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7924646 - 7924243
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7924646 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 7924547  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7924546 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 7924447  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  7924446 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 7924347  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7924346 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 7924247  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  7924246 ctca 7924243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 8300063 - 8299660
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8300063 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 8299964  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8299963 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagtagccccaattacaccataatttggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 8299864  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| ||  || |||||| ||||||||    
T  8299863 ccttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcgattatgtgttgctggatgt 8299764  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  8299763 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcctgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 8299664  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  8299663 ctca 8299660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 172363 - 171960
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  172363 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaatagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctatggttacctaataatgatgatgggtattctg 172264  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172263 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagaaccagttacaccataaaatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 172164  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||  || |||||||| ||||||  |||||||| |||||||| |||| || || |||||| || ||| ||||||||||| |||    
T  172163 ccttgcttggcgacttctgagggaccggttacccacaaaacttaatttggtaaaccgtgacattctatctatggaggagcggttatgtgtttctggctgt 172064  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    || || || |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |    
T  172063 ggtaatgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttgacgcattatggccgatggtgcgggattggttaggagtggtaggggtcgact 171964  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  171963 ctca 171960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 9922861 - 9922458
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||| |||| ||||| ||| |    
T  9922861 ttggtagaggagtctagggctttattactaacagtttcattgcaggaatcagtgacagatagatggatttggttaccaactcaggatgatgggttttccg 9922762  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9922761 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 9922662  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||| || |||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||    
T  9922661 ccttgcatgacgacttctgagggatcggttacctacaaaagataatttggcaaaccgtggcattttacctctggaggcgcggatgtgtgtttctggttgt 9922562  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| || |    
T  9922561 gggaatgtagaagatgtcaatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttagtgccttatggccattggtgcgagcatggcttggagtggtaggggttgact 9922462  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  9922461 ctca 9922458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 236 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 13200286 - 13200004
Alignment:
Q  236 ctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatc 335  Q
    |||| ||||| || ||||||||| |||||||||| || || || ||  | || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13200286 ctgttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttagtttggcataaacaggttcctctaaaagtttc 13200187  T
Q  336 tatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctgga 435  Q
     |||||||||||||  || ||||  ||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||  | ||| ||||| ||||||| | ||| |||||| ||||     
T  13200186 aatccttgcttggcagctattgagggatcgtttacctacaaaatacaatttggcagagcgcagaattctacctatggaggctcggttttgtgttactggg 13200087  T
Q  436 tgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggct 518  Q
    |||||| | ||||||||||| | |||| |||||||||||||   || |||| | ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  13200086 tgtgggcatgttgaagatgtgactcatatgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatggtgcgggcttggct 13200004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 43270557 - 43270306
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||| |     
T  43270557 aatatggagttcatctggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttacttggcgactgttgaaggatcgtttgcctactaaaacaaatttggtag 43270458  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||  ||| || || |||| || | ||| |||||  | || |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||||    
T  43270457 aacgtgagattctatctgtggaagctcggttttgtgtaacgggttgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgc 43270358  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| ||  | ||||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  43270357 attgtggtctatggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 43270306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 148 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 2170593 - 2170196
Alignment:
Q  148 gagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggag 247  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||  |||||||  ||| | ||||| ||  ||||   |  ||| ||| |||| ||||| |    
T  2170593 gagtgtagggatttattactaacagtctctttgtaggaaacagaaacagacatgtggttgtggttgccggatcagattactggttatactgtccgtggtg 2170494  T
Q  248 tctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttg 347  Q
    | ||||| ||| |||||||||| || || || ||  | || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  2170493 tatatgacatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttg 2170394  T
Q  348 gcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttgg--aggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacg 445  Q
    |||||  ||||  ||||| |||||||| |||   ||||||| | | ||||| ||| || || |||  |  ||  ||| |||||  | || |||||| | |    
T  2170393 gcgaccgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaacgtgggattctatctgtggaaaatcggtgttttgtgtaacggggtgtgggcagg 2170294  T
Q  446 ttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| || || ||||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  2170293 ttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 2170196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 20824403 - 20824152
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||       
T  20824403 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtgg 20824304  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      || || ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| ||||    
T  20824303 cacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgc 20824204  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
     || || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  20824203 tttgtggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 20824152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 307 - 476
Target Start/End: Original strand, 34137011 - 34137180
Alignment:
Q  307 tggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttac 406  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||  ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| || ||  | |    
T  34137011 tggcataaacaggtacctctcaaagtctctattcttgcttggcggcttatgatggatcgtttacctacgaaagaaaatttggcaaaccgcggtatcattc 34137110  T
Q  407 ctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    || |||||| || |||||||| | |||| ||||||  |||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  34137111 ctgtggaggggcggttgtgtgctactggttgtgggtgcgttcaaaatgtgaatcacttgtttttgtcttg 34137180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 431 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 20497052 - 20496941
Alignment:
Q  431 ctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtagg 530  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| |||||||||||||    
T  20497052 ctggatgtgggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtagg 20496953  T
Q  531 ggtcgattctca 542  Q
     ||||| |||||    
T  20496952 tgtcgactctca 20496941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 37434239 - 37433988
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||   |||||||       
T  37434239 aatatggagttaatttggcataaacatgttcctttaaaagtctctattcttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtgg 37434140  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  37434139 aacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 37434040  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || ||  |||||||||| |||||  | || | ||||||||||||||||    
T  37434039 attgtggcctttggtgcgggcttggctttgtgtcgaaggggtcgattctcat 37433988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 5181777 - 5181527
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||| |||||| |   |||  ||||  ||||| |||||| ||||||||  ||    
T  5181777 aatatggagataatttggcataaacaggtgcctctaaaagtctatattcttgtttggcggcggctgagggatcatttaccaacaaaagataatttgataa 5181678  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    ||||| |  |  | ||||||||||||| ||||||| |  || |||| ||| | ||||||||||  |||||| |||||||||||||   ||||||| ||||    
T  5181677 accgtcgagtcattcctttggaggcgcggttgtgtatcactagatgcgggcaagttgaagatgagaatcatatgtttttgtcttgcccaacttttggtgc 5181578  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
     || || ||| |||||  ||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  5181577 cttgtggccattggtgtaggcatggctcggtgtggtaggggtcgactctca 5181527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 139 - 477
Target Start/End: Original strand, 13879367 - 13879705
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||| | ||||||    | |    |||||| |||||||    
T  13879367 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtctctttgcaggaatccgttactgatagatgggtgtggttattggacccgattggtggctattctg 13879466  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||  |  ||||||| || || || || ||| | || || | |||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||||||  |  |    
T  13879467 ttcgtggggtatatgacttattgacatcgcatgaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaataggtacctctcaaagttacagt 13879566  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    | ||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   | | |||||  | ||||||    
T  13879567 ctttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctttgtgtcacgggatgt 13879666  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    ||| | |||||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  13879667 gggcatgttgaagatgtgtctcatctgtttttgtcttgt 13879705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 474 - 544
Target Start/End: Original strand, 32567480 - 32567550
Alignment:
Q  474 ttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcatt 544  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32567480 ttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgccagcatggctaggagtggtgggagtcgattctcatt 32567550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 327 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 2529958 - 2529809
Alignment:
Q  327 caaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgt 426  Q
    |||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||| | ||||||| | | ||||| ||| ||| ||||||||| | ||| |||    
T  2529958 caaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggtagatcgtggaattctacttttggaggctcggttttgt 2529859  T
Q  427 gtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    ||| | || |||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2529858 gttacagggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttg 2529809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 17699589 - 17699338
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||| |||||||| | |   |||||||       
T  17699589 aatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaaaagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactatatcaaatttggtgg 17699490  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      | ||| ||| || || ||||    |  || ||||| || |||||| || | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  17699489 cacatgggattatatctgtggaaaatcgattttgtgtatcgggatgtaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 17699390  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| |||||  |||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  17699389 attgtgacctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 17699338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 25090647 - 25090436
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||||| | ||||||||  |||    |||||| |||| ||    
T  25090647 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtctctttgcaggaatctgatactgacagatgggtgtggttaccggatccgattggtggctattatg 25090548  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||  |  |||||||||| || ||  | ||  | || || |||||||||||| | | ||| |||||||| ||||| ||||| || ||    
T  25090547 ttcgtggggtatatgacttattgacatcacatgaacactctcatcttcatcacaatatggagttagtctagcacaaacaggtacctctaaaagtttcaat 25090448  T
Q  339 ccttgcttggcg 350  Q
    ||||||||||||    
T  25090447 ccttgcttggcg 25090436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 3939603 - 3939544
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggca 60  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||| |||||    
T  3939603 cttcggacaagatttagtcgtttatttgacttagcgactaacaagctgagtacggtggca 3939544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 190
Target Start/End: Original strand, 42177471 - 42177520
Alignment:
Q  141 ggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcag 190  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  42177471 ggtagaagagtgtagggatttattactaatagtctctttgcaggaatcag 42177520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 15740481 - 15740078
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740481 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 15740382  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740381 tacgtggagtctatgatatgttgacatcataggagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 15740282  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  15740281 ccttgcttggagacttttgcgagatcggttacctacaaaaaataatttgacaagccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgggtgt 15740182  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740181 gggaatgttaaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtctaacttttggtgccttatggccattggtgcgagcatggctaggagtggtaggggtcgatt 15740082  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  15740081 ctca 15740078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 1828420 - 1828823
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1828420 ttggtagaggagtggagggctttattactaacagtttctttgcaggattcagtgactgacaaatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattccg 1828519  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1828520 tacgtggagcctatgatatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 1828619  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  1828620 ccttgcttggagactattgcgagataggttacctacaaaaactaatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgggtgt 1828719  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1828720 gggaatgttgaagatgttgatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgctttatgaccattggtgcgagcatggctaggagtggtaggggtcgatt 1828819  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  1828820 ctca 1828823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 19755527 - 19755119
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19755527 ttggtagaggagtgtagggttttattactaatagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcaggagggtgggtattctg 19755428  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755427 tacgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 19755328  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcatt---ttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctgga 435  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19755327 ccttgcttggcgactcctgagagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgacattttattacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgga 19755228  T
Q  436 tgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtgg--taggggt 533  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  19755227 tgtgggagcgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggtcaatggtgcgggcatggctaggagtggtataggggt 19755128  T
Q  534 cgattctca 542  Q
    ||| |||||    
T  19755127 cgaatctca 19755119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 19784279 - 19784687
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19784279 ttggtagaggagtgtagggttttattactaatagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcaggagggtgggtattctg 19784378  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19784379 tacgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 19784478  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcatt---ttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctgga 435  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19784479 ccttgcttggcgactcctgagagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgacattttattacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgga 19784578  T
Q  436 tgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtgg--taggggt 533  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  19784579 tgtgggagcgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggtcaatggtgcgggcatggctaggagtggtataggggt 19784678  T
Q  534 cgattctca 542  Q
    ||| |||||    
T  19784679 cgaatctca 19784687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 47685775 - 47686178
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47685775 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcggtgatagacagatggctttggttacctaatcatgatgatgggtattctg 47685874  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47685875 ttcgtggagtctacgacatgctgacatcacaagagcagcccaagttacaccataatctggacttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctat 47685974  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||| |||||||||||||||    
T  47685975 ccttgcttggcgacttttgagagatcggttacctacaaaacataatttggcaaaccgtggcattttatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgt 47686074  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || |||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |    
T  47686075 gggaatgtcgaagatgtttctcgtttgtttttgtcttgtgcaacttttagtgcattatggccgatggtgcgggattggttaggagtggtaggggtcgact 47686174  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  47686175 ctca 47686178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7404177 - 7403770
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatg----gtgggtat 234  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||| ||||| ||||    ||||||||    
T  7404177 ttggtagagaagtgtagggttttattacttacagtttccttgcaagaatcagtgacaaatagatggttatggttaccaaatcaggatgcatggtgggtat 7404078  T
Q  235 tctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtat 334  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |    
T  7404077 tctgtacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatgaagttaatttggcataaacaagttcatttcaaagtct 7403978  T
Q  335 ctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctgg 434  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7403977 ctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaagaatttggcaaaccgtggcattttacgtttggaggcgcggttgtgtgtctctgg 7403878  T
Q  435 atgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtc 534  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  7403877 atgcgggaacgttgaagatgtcaatcatttgtttttgtcttgtccaacttttagtgccttatggccattggtgtgggcatggctcggagtggtaggggtc 7403778  T
Q  535 gattctca 542  Q
    || |||||    
T  7403777 gactctca 7403770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 23642471 - 23642874
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23642471 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 23642570  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  23642571 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 23642670  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  23642671 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 23642770  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  23642771 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 23642870  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  23642871 ctca 23642874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 140 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 47419063 - 47418693
Alignment:
Q  140 tggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgt 239  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| | || ||||||||| ||    
T  47419063 tggtagaggagtgtagggctttgttactaacaatttctttgcaggattcagtgttagatagatggctctggttacctaatcaagctgatgggtattcagt 47418964  T
Q  240 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47418963 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccatagtatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctatc 47418864  T
Q  340 cttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtg 439  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||| || ||  ||||| || ||| || ||| | |||||||    
T  47418863 cttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaactcgtggcattctatctggggaggagcggttatgcgttgcaggatgtg 47418764  T
Q  440 ggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgg 510  Q
    |||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  47418763 ggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcgg 47418693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 199 - 542
Target Start/End: Original strand, 13270831 - 13271174
Alignment:
Q  199 agatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatgg 298  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  13270831 agatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctgtacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtgg 13270930  T
Q  299 agttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgg 398  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  13270931 acttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctatccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtgg 13271030  T
Q  399 cattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatga 498  Q
    |||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||||||  || |||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  13271031 cattctatctgtggaggagcggttatgagttactggatgtgggattgtcgaagatgttactaatttatttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatgg 13271130  T
Q  499 ccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  13271131 ccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgactctca 13271174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 139 - 390
Target Start/End: Original strand, 55725566 - 55725817
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||||||| |||  || ||||| ||| | ||||||||  ||||   ||| || ||| |||    
T  55725566 ttggtagaggagtgtagcgatttattactaacaatctctttgcaggaaacagaaactgacaggtggttgtggttaccggatcagactggaggatatactg 55725665  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | | ||| || ||||||||| |||||||||| || || || ||  |  | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||    
T  55725666 ttcatggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaacaagttcctctaaaagtttcaat 55725765  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggca 390  Q
    |||||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  55725766 ccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggca 55725817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12697920 - 12697669
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||   |||||||       
T  12697920 aatatgaaattaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtgg 12697821  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  12697820 aacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 12697721  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    |||||| ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  12697720 attatggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 12697669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 476
Target Start/End: Original strand, 11587082 - 11587415
Alignment:
Q  143 tagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacg 242  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||     || | || |||||| | ||||||||   ||| |  || || ||||| ||  |    
T  11587082 tagaggaatgtagggctttattactgacagtttctttgcaggatgatttgcctgatagatggttgtggttaccgggtcagggaggcggatattcagtctg 11587181  T
Q  243 tggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttaca-ccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcct 341  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||| ||    
T  11587182 tggtgtgtatgacatgctgacatcacaggaacagcctcagttgcatccatc-tatggagttaatttggcataaatagatacctatcaaagtatctattct 11587280  T
Q  342 tgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtggg 441  Q
    ||||||||| ||| |||   |||| |||||||| ||| | ||||||||||||||  | |   | ||| |||||| || |||||||  | |||| || | |    
T  11587281 tgcttggcggcttctgaggaatcgtttacctacgaaagaaaatttggcaaaccgcagtaacattcctatggaggggcggttgtgtactactggttgcgag 11587380  T
Q  442 aacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
     |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  11587381 cacgttgaaaatgtgaatcacttgtttttgtcttg 11587415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 431 - 542
Target Start/End: Original strand, 159863 - 159974
Alignment:
Q  431 ctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtagg 530  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||| |||||||||    
T  159863 ctggatgtgggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttagaagtggtagg 159962  T
Q  531 ggtcgattctca 542  Q
     ||||| |||||    
T  159963 tgtcgactctca 159974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 374
Target Start/End: Original strand, 2821917 - 2822152
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||| | ||||||||  |||    |||||| ||| |||    
T  2821917 ttggtagaggagtgtagggctttaatactaacagtctctttgcaggaatctgttactgacagatgggtgtggttaccggatccgattggtggctatactg 2822016  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | | ||| || |||||  || |||||||| | || || || ||  | || || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |    
T  2822017 ttcatggggtatatgacttgttgacatcataggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctggcacaaacaggtacctctaaaagtttcagt 2822116  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    || |||||||||| | ||||  ||||| ||||||||    
T  2822117 ccatgcttggcgattgttgagggatcgcttacctac 2822152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 20002832 - 20002599
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||| |||||||||| || ||||  ||||| |||||||| |||   || ||||||     
T  20002832 aatatggagttaatttggcataaacaggttcttttaaaagtttctatcattgcttggcggctgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcag 20002733  T
Q  392 accgtggcatt-------ttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaactt 484  Q
    |||||||||||       |   || ||||||| | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |  ||    
T  20002732 accgtggcattacatctgtggactgtggaggctcggttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccatttt 20002633  T
Q  485 ttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggct 518  Q
    |  ||||||| || || |||||||||||||||||    
T  20002632 tcggtgcattgtggcctatggtgcgggcatggct 20002599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 374
Target Start/End: Original strand, 45472742 - 45472824
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  45472742 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgtttacctac 45472824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8361207 - 8360956
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||| |||||||||  |||   |||| |||||||  |||   |||||||       
T  8361207 aatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaaaagtttctatccttgtttggcgactgctgaggaatcgtttacctagtaaatcaaatttggtgg 8361108  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      ||||| ||| || || | ||    | ||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  8361107 cacgtggaattatatctgttgaaaatcggttttgtgtatcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 8361008  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || ||  |||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  8361007 attgtggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 8360956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 48312355 - 48312281
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggtta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||  || || ||||||||| | ||||||    
T  48312355 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtctatttgcaggaattcgttactgacagatgggtgtggtta 48312281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 213
Target Start/End: Original strand, 54483039 - 54483113
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggtta 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||| | ||||||    
T  54483039 ttggtagaggagtgtaggggtttattactaacagtctctttgcaggaatccgttactgatagatgggtgtggtta 54483113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 392
Target Start/End: Original strand, 5790131 - 5790225
Alignment:
Q  298 gagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaa 392  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||  |||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||    
T  5790131 gagttaatttggcataaacaagtacctcttaaagtatctatttttgcgtggtgcctgatgaaggatcgtttacctactaaagagaatttggcaaa 5790225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 542
Target Start/End: Original strand, 20788501 - 20788563
Alignment:
Q  480 aacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    ||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  20788501 aacttttagcgccttatggccattggtgcgagcatggctaggagtggtcggggtcgactctca 20788563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 543
Target Start/End: Original strand, 4548405 - 4548503
Alignment:
Q  445 gttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||   || |||| ||||||| || ||  ||||| |||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  4548405 gttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgcccaatttttggtgcattgtggcctctggtgtgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 4548503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 226 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 46145848 - 46145724
Alignment:
Q  226 ggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctc 325  Q
    ||||||||| | || ||||| || ||||||||| |||| || || || || |||  |||||| || ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||     
T  46145848 ggtgggtatacggttcgtggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacccatgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaataggtgcctt 46145749  T
Q  326 tcaaagtatctatccttgcttggcg 350  Q
    | ||||| |||||  ||||||||||    
T  46145748 tgaaagtgtctatttttgcttggcg 46145724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 23238644 - 23238238
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  23238644 ttggtagaggagtgtagggctttattgctaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttgggtacctaatcatgatgatgggtactctg 23238545  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  23238544 tacgtggagtctatgatatgctaacatcacaggagcaaccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaataggttcctctcaaagtttctat 23238445  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23238444 ccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaaaccgtggcattttagctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 23238345  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggg-gtcgat 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23238344 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgagcatggctaggagtggtggggagtcgat 23238245  T
Q  538 tctcatt 544  Q
    |||||||    
T  23238244 tctcatt 23238238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 28535555 - 28535958
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||| |||| ||||    
T  28535555 ttggtagaggagtttagggctttattactaacagtttcattgcaggaatcaatgacagatagatggctttggttaccaactcaggatggtaggtactctg 28535654  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  28535655 tacatggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 28535754  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  28535755 ccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagatgtgtgtttctggttgt 28535854  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  28535855 gggaatgtagaagatgtcgatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttagtgccttatggccaatggtgcgggcatggcttggagtggtaggggttgact 28535954  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  28535955 ctca 28535958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 35983671 - 35984074
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  35983671 ttggtagaggagtttagggctttattactaacagtttcattacaggaatcagtgacagatagatagctttggttaccaaatcaggatggtgggtactctg 35983770  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  35983771 tacgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcttacacaggttcctctcaaagtatctat 35983870  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  35983871 ccttgcttggcgacttctgaggaatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccatgacattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttttggttgt 35983970  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  35983971 gggaatgtagaagttgtcaatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttagtgccttatggccaatggtgcgggcatgacttggagtggtaggggtcgact 35984070  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  35984071 ctca 35984074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 12825459 - 12825057
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12825459 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 12825360  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  12825359 cacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaagttcctctcaaagtatgtat 12825260  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| |||||||||||||||    
T  12825259 ccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgt 12825160  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| |    
T  12825159 gggattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgact 12825060  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  12825059 ctc 12825057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Original strand, 30732194 - 30732596
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30732194 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 30732293  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732294 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 30732393  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    | |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| |||||||||||||||    
T  30732394 ctttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgt 30732493  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| |    
T  30732494 gggattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtacaacttttggtgcattatagccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgact 30732593  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  30732594 ctc 30732596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 27117041 - 27117444
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  27117041 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctatggttacctaataatgatgatgggtattctg 27117140  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117141 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagatccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 27117240  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||| |||  || |||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||| || || |||||| || ||| ||||||||||| |||    
T  27117241 ccttgcttggcgacttctgagggaccggttacccacaaaacttaatttggtaaaccgtggcattctatctatggaggagcggttatgtgtttctggctgt 27117340  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| || |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| |    
T  27117341 gggaatgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggagcattatggccgatggtgtgggattggttaggagtggtaggggtcgact 27117440  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  27117441 ctca 27117444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 42928391 - 42927988
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  42928391 ttggtagaggagtgtagggttttattacttaccgtttttttacaggaatcagtgacagatagatggttgtggttaccaaatcaggatggtgggtattctg 42928292  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  42928291 tacgtggagtctatgacatgctgacatcgcaggaacagccccagttacatccaaatatggagttaatttggtataaacaggttcctctcaaagtctctat 42928192  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||| |||||| ||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||     
T  42928191 ccttgtttggcggcttctgagggatcggttaactacaaaaaataatttgacaaactgtggcattttacccttggaggtgcggttgtgtgtctctggatgc 42928092  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  42928091 gggaacgttgaagatgtcaatcatttgttcttgtcatgtccaacttttagtgccttatgaccattggtgcgggcatggctcggagtggtaggggtcgact 42927992  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  42927991 ctca 42927988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 42513980 - 42513577
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42513980 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 42513881  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  42513880 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 42513781  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  42513780 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtgacattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 42513681  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  42513680 gggattgtcgaagatgttactcatttttttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 42513581  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  42513580 ctca 42513577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 277 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 8228148 - 8227881
Alignment:
Q  277 ccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaa 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  8228148 ccccagttacaccataatatggagttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacga 8228049  T
Q  377 aaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8228048 aaagtaatttggcaaaccgtgacattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgagaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 8227949  T
Q  477 tgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcatt 544  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  8227948 tgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgagcatggctaggagtggtgggagtcgattctcatt 8227881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 292 - 542
Target Start/End: Original strand, 19255155 - 19255406
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19255155 aatatggagttaatttggcataaacagatttctctcaaagtatctatccttgcttggcggtttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 19255254  T
Q  392 accgtggcattttacctttggag-gcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtg 490  Q
    |  |||||||| | || |||||| |||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| |||    
T  19255255 attgtggcattattcccttggagcgcgcggttgtgtgtcactggatgcgggcacgttgaagatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggtg 19255354  T
Q  491 cattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    | |||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19255355 ccttatggacattggtgcgggcatggctcggagtggtaggggtcgattctca 19255406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 139 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31641771 - 31641513
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||| |||| ||| ||||| |    
T  31641771 ttggtagaggagtttagggctttattactaacagtttcattgcaggaatcagtgacagatagatggatttggttaccaactcaggatgatggatattccg 31641672  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  31641671 ttcgtggagcatatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctct-aaagtttctat 31641573  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgg 398  Q
    |||||| ||| ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641572 ccttgcatggagactactgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtgg 31641513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 345 - 541
Target Start/End: Original strand, 12820035 - 12820231
Alignment:
Q  345 ttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaac 444  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| |||||||||||||||||||      
T  12820035 ttggcgacttatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgtgggatt 12820134  T
Q  445 gttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctc 541  Q
    || ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  12820135 gtcgaagatgtctctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgactctc 12820231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 25857457 - 25857708
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||       
T  25857457 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtgg 25857556  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      || || ||| || || ||||    |  || |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||| ||||    
T  25857557 cacgagggattatagctgtggaaaaccgattttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtttgacttttggtgc 25857656  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
     || || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  25857657 cttgtggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 25857708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 476611 - 476538
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggcatatgtgtttgctct 74  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  476611 cttcgaacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacggtggcagatgtgtttgctct 476538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 431 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 3418751 - 3418640
Alignment:
Q  431 ctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtagg 530  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| |||||||||||||    
T  3418751 ctggatgtgggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtagg 3418652  T
Q  531 ggtcgattctca 542  Q
     ||||| |||||    
T  3418651 tgtcgactctca 3418640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 8300215 - 8300466
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||       
T  8300215 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtgg 8300314  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      || || ||| || || ||||    | ||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| ||||    
T  8300315 cacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgc 8300414  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
     || || ||  || ||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  8300415 cttgtggcctctgatgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 8300466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 27767149 - 27767063
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaa 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||    
T  27767149 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctacaaaa 27767063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 494
Target Start/End: Original strand, 33385407 - 33385609
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||   |||||||       
T  33385407 aatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtgg 33385506  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
      ||||| ||| || || ||||    | ||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  33385507 cacgtggaattatatctgtggaaaatcggttttgtgtatcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 33385606  T
Q  492 att 494  Q
    |||    
T  33385607 att 33385609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 202 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 26073089 - 26072898
Alignment:
Q  202 tggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagt 301  Q
    |||||||||||||| |||||  ||| ||||||| | || ||||| || |||||  |||||||||| || || |||||||| || || || ||| ||||||    
T  26073089 tggctttggttaccgaatcagaatgttgggtatacggtccgtggtgtgtatgacttgctgacatcgcaggaacagccccatttgcatcaaaatttggagt 26072990  T
Q  302 taatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaac 393  Q
    |||||||||||||| | |||||| | |||||  ||||| ||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||| | || |||||||||    
T  26072989 taatttggcataaatatgttcctttgaaagtccctatctttgtttggcgactgttgagggatcgattacctactaaagagaaattggcaaac 26072898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 27795743 - 27795405
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || || |||||| | ||||||    | |    |||||| |||||||    
T  27795743 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtttctttggaggaatccgttactgatagatgggtgtggttattggacccgattggtggctattctg 27795644  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||  |  ||||||| || || || || ||| | || |  | |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  |  |    
T  27795643 ttcgtggggtatatgacttattgacatcgcatgaacaacctcagattcatccaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctcaaagttacagt 27795544  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    | ||||||||||  | ||||  ||||| || ||||| |||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   | | |||||  | || |||    
T  27795543 ctttgcttggcggttgttgagggatcgtttgcctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctatgtgtcacgggctgt 27795444  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    ||| | |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  27795443 gggcatgttgaagatgtgtctcatttgtttttgtcttgt 27795405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 293 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 10776870 - 10776669
Alignment:
Q  293 atatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaa 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||| |||||||| |||   |||||||        
T  10776870 atatggagttaatttggcataaacaggttcccttaaaagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggc 10776771  T
Q  393 ccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgca 492  Q
     ||||| ||| || || ||||    | ||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| |||||    
T  10776770 acgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgtatcgggatgtgggcaagttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgca 10776671  T
Q  493 tt 494  Q
    ||    
T  10776670 tt 10776669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33169918 - 33169666
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||| |||||||||| ||     | ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||| | |    
T  33169918 ttggtagaggagtgtagggaattattacttacagttactttgcaggattcctcttctgacaggtggctttggttaccagatcagactggtgggtatacgg 33169819  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || |||||||||||||| ||  | ||  | |||  |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||    
T  33169818 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgtaggaaaaacccatgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtctat 33169719  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
      ||||||||||  |  |||  || ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  33169718 ttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttggcaa 33169666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 24408188 - 24407993
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    |||||||||||||||||||   ||| ||| |||||| |||||||||| ||     | ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||| | |    
T  24408188 ttggtagaggagtgtagggaactattacttacagttactttgcaggattcctcttctgacaggtggctttggttaccggatcagattggtgggtatacgg 24408089  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtat 334  Q
    | ||||| || ||||||||| ||||||| || || || |||  |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  24408088 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacccatgttacatcaaagtatggagttgatttggcataaacaggtacctttgaaagtat 24407993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 477
Target Start/End: Original strand, 27165934 - 27166170
Alignment:
Q  241 cgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 340  Q
    ||||| || ||||| ||| || ||||||| || || ||| | ||||| || |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||     
T  27165934 cgtggtgtttatgacatgttggcatcacaggaacaacccaatttacatcaaaatatggaattaatttggcaccaacaggtacctctaaaagtctctatct 27166033  T
Q  341 ttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgg 440  Q
    | | |||||||    |||| ||||| ||||||| ||||   ||||||||||  ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||  |||| | |||    
T  27166034 tcgtttggcgaacgctgaaggatcgtttacctataaaagcaaatttggcaagtcgtggaattcttcctttggaagcgcagttgtgtgtggctggttatgg 27166133  T
Q  441 gaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    | | ||||| |||   | |||||||||| ||||||||    
T  27166134 gcatgttgaggattcgactcatttgtttctgtcttgt 27166170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 292 - 518
Target Start/End: Original strand, 18359125 - 18359350
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| |||   || ||||||     
T  18359125 aatatggagttaatctagcataaacaggttcctttaaaagtttcaatccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcag 18359224  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||| ||||| ||  | ||||||  | ||| |||||  | |||| |||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||   | |||  ||||    
T  18359225 atcgt-gcattatatatgtggaggatcggttttgtgtcacgggatctgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccgattttcggtgc 18359323  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggct 518  Q
    ||| || || |||| ||||||||||||    
T  18359324 attgtggcctatggggcgggcatggct 18359350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 499 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 25824911 - 25824868
Alignment:
Q  499 ccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25824911 ccaatggtgcgggcatggcttggagtggtaggggtcgactctca 25824868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 374
Target Start/End: Original strand, 18089798 - 18089876
Alignment:
Q  296 tggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctac 374  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||  | ||||| |||||| ||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||    
T  18089798 tggagttaatttggcacaaacaggtaccgttgaaagtctctatctttgcttgacgactattgagagatcgtttacctac 18089876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 139 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3512 - 3107
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || |    
T  3512 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtttctttacaggaatcagtgacagacagatggctttgggtacctaaccatgatgatgggtactcag 3413  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3412 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcaaccctagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctcttaaagtttctat 3313  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3312 ccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagcaatttggcaaaccatggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgt 3213  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |    
T  3212 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggccaatggtgcgagcatggttaggagtggtgggagtcgact 3113  T
Q  539 ctcatt 544  Q
    ||||||    
T  3112 ctcatt 3107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Original strand, 11908985 - 11909387
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  11908985 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattcta 11909084  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909085 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 11909184  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    | |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || | | |||||||||||||||    
T  11909185 cattgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggctatgtgtttctggatgt 11909284  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| |    
T  11909285 gggattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcaggattggttaggcgtggtaggtgtcgact 11909384  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  11909385 ctc 11909387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 6050863 - 6050460
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6050863 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 6050764  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  6050763 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 6050664  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  6050663 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaattgtggcattctatctgtggaggagcggttctgcgttgctggatgt 6050564  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  6050563 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 6050464  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  6050463 ctca 6050460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 35541309 - 35540906
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35541309 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttttttgcaggaatcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 35541210  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35541209 ttcgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 35541110  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || || ||||||  |  || || ||| ||||||||    
T  35541109 ccttgcttggcgactactgagggatcggttacccacaaaacataatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggaacgattatgcgttgctggatgt 35541010  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  35541009 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 35540910  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  35540909 ctca 35540906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 181 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 51052698 - 51052338
Alignment:
Q  181 caggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagcccc 280  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  51052698 caggaatcagtgatagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctgtacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagcccc 51052599  T
Q  281 agttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaa 380  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||      
T  51052598 agttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaact 51052499  T
Q  381 taatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgta 480  Q
    |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| |||||||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  51052498 taatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgtgggattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgca 51052399  T
Q  481 acttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctc 541  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  51052398 acttttggtgcattatggccgatggtgcgggattggttaggcgtggtaggtgtcgactctc 51052338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 140 - 476
Target Start/End: Original strand, 47622958 - 47623292
Alignment:
Q  140 tggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgt 239  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||||||  || |||| || ||| | |||||| |  |||| |  || |||||||| ||    
T  47622958 tggtagaggagtgtaaggctttattactgacagcttttttgcaggaatctttgtcagataggtggttgtggttatcggatcagggaggcgggtattcagt 47623057  T
Q  240 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacac-cataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
     | ||| || ||||| |||||||||||||| || || || ||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47623058 ccatggggtgtatgacatgctgacatcacaggaacaacctcagttacattcata-tatggaattaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctat 47623156  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
     ||||||||||| |||||||  || || |||||||| ||    |||||||||||||||| |||| | ||| |||||| || ||  ||||||||||| |||    
T  47623157 tcttgcttggcggcttttgagggaccgcttacctacgaagggaaatttggcaaaccgtgacattattcctatggaggggcggt--tgtgtttctggttgt 47623254  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    ||| | | ||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  47623255 gggcatgatgaagatgtgaatcacttgtttctgtcttg 47623292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 458 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 6259758 - 6259674
Alignment:
Q  458 atcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6259758 atcatttgtttttgtcttgtgtaacttttggtgctttatggccattggtgcgagcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 6259674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 464 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 4842339 - 4842261
Alignment:
Q  464 tgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4842339 tgtttttgtcttgtgtaacttttaatgcattatggcctatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgaatctca 4842261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 37191243 - 37191494
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| | | ||||| | ||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||| |||   || ||||||     
T  37191243 aatatggagttaatctggcataaactggttcatttaaaagtttatatccttgcttggcggctgttgagagatcgattacctactaaatccaacttggcag 37191342  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | |||||||||  | || ||||||  |  || |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||  ||||    
T  37191343 atcgtggcattacatctgtggaggatcgattttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgc 37191442  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| || ||   |||||| |||||||||    
T  37191443 attatggcctatggtgcgggaatggcttggtgtcaaaggggtagattctcat 37191494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 292 - 388
Target Start/End: Original strand, 16917842 - 16917938
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttgg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||  ||||||||    
T  16917842 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttgg 16917938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 43388474 - 43388223
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||||| |||||||| |||   || ||||       
T  43388474 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgattgttgagggatcgtttacctactaaatcaaaattggtgg 43388375  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || ||||    | ||| |||||  | |||||  || | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |||| ||||    
T  43388374 aacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgtaacgggatgcaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgc 43388275  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || ||  |||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||    
T  43388274 attgtggcctttggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtcgattctcat 43388223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 3544843 - 3544916
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggcatatgtgtttgctct 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||    
T  3544843 cttcggacaaggtttagacgtttatttaacttaacgaataacaaaatatgtacggtggcagatgtgtttgctct 3544916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 433 - 543
Target Start/End: Original strand, 16917983 - 16918093
Alignment:
Q  433 ggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtagggg 532  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||| |||| || || ||  |||||||||| ||||| || || | |||||    
T  16917983 ggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgtggcctctggtgcgggcttggcttggtgtcgaagggg 16918082  T
Q  533 tcgattctcat 543  Q
    |||||||||||    
T  16918083 tcgattctcat 16918093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 251 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 28351862 - 28351776
Alignment:
Q  251 atgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatcta 337  Q
    |||| ||| |||||||||  ||| | ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  28351862 atgacatgttgacatcactggagtatccccattcacatcaaaatatggagttaatttggcataaaccggtccctctgaaagtctcta 28351776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Original strand, 1248327 - 1248359
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgactta 33  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1248327 cttcggacaaggtttagtcgtttatttgactta 1248359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 301 - 353
Target Start/End: Original strand, 22191823 - 22191875
Alignment:
Q  301 ttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgact 353  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||| ||||    
T  22191823 ttaatttggcataaacaggttcctttgaaggtttctattcttgcttggagact 22191875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Original strand, 105723 - 106126
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  105723 ttggtagaggagtgtagggctttgttactaacagtttctttgcaggactcagtgttagacagatggctctggttacctaatcatgatgatgggtattctg 105822  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  105823 tacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatgtggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtctctat 105922  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || || |||||| || ||| || ||| ||||||||    
T  105923 ccttgcttggcgactaatgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgt 106022  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  106023 gggattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggccgatggtgcggcattggttaggagtggtaggtgtcgact 106122  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  106123 ctca 106126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 139 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 41207276 - 41206873
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||  |||| |||||||||||||| |    
T  41207276 ttggtagaggagtgtagggttttattatttacagtttccttgcaggaatcagtggcagatagatggttgtggttaccagatcaggatggtgggtattcag 41207177  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||||| || || || || |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41207176 tatgtggagtttatgacatgctgacatcgcaggaacatcctcagttacatccaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctat 41207077  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||| |||||||||  |||||||     
T  41207076 ccttgcttggcggcttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaatcgtggcattattcccttggaggcgcggttgtgtgtcactggatgc 41206977  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  41206976 gggcacgttgaagatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggtgccttatggccattgatgcgggcatggctcggagtggtaggggttgact 41206877  T
Q  539 ctca 542  Q
    ||||    
T  41206876 ctca 41206873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 209 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 4552359 - 4552027
Alignment:
Q  209 ggttacctaatcatgatggtgggtattctgtacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttg 308  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4552359 ggttacctaatcatgatgatgggtattctgtacgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttg 4552260  T
Q  309 gcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacct 408  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || ||    
T  4552259 gcataaataggttcctcttaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatct 4552160  T
Q  409 ttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgc 508  Q
     |||||| || ||| |||||||||||||||||||  || ||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  4552159 gtggaggagcggttatgtgtttctggatgtgggattgtcgaaaatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatgaccgatggtgc 4552060  T
Q  509 gggcatggctaggagtggtaggggtcgattctc 541  Q
    |||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  4552059 gggattggttaggcgtggtaggtgtcgactctc 4552027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 142 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 28252977 - 28252642
Alignment:
Q  142 gtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctgtac 241  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||  |||| |||||| | ||| ||||  |||| |  || || ||||| || |    
T  28252977 gtagaggagtgtagggctttattactgacagtttttttgcaggaatctgtttcagatagatggttgtggctaccggatcagggaggcggttattcagtcc 28252878  T
Q  242 gtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacac-cataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 340  Q
    || | || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  28252877 gtagggtgtatgacatgctgacatcacaggaacagcctcagttacattcatc-tatggaattaatttggcataaacaggtacctctaaaagtatctattc 28252779  T
Q  341 ttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgg 440  Q
    |||||||||| |||||||  ||||| |||||||| ||    ||||||||||||| ||||||| | | | |||||| || ||| |||||||| || |||||    
T  28252778 ttgcttggcggcttttgagggatcgcttacctacgaagggaaatttggcaaaccatggcattattcatatggaggggcggttatgtgtttccggttgtgg 28252679  T
Q  441 gaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
      | | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28252678 tcatgatgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgt 28252642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 139 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 12645796 - 12645394
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||| |||  || ||||| ||| | |||||||   ||||   ||| || ||| |||    
T  12645796 ttggtagaggagtgtagggatttattactaacaatctctttgcaggaaacagaaactgacaggtggttgtggttactggatcagactggaggatatactg 12645697  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | ||||| || ||||||||| |||||||||| ||  | || ||  |  | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||    
T  12645696 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaaaaccctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggtttctctaaaagtttcaat 12645597  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    |||||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||| | |||||| || | ||  | ||| ||||||||||||| | ||| |||||| | || |||    
T  12645596 ccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttgacagatcgcagaattctacctttggaggctcggttttgtgttacagggtgt 12645497  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgatt 538  Q
    ||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||   || |||| | ||||| || || ||||||||||| ||||| || || | |||||| ||||    
T  12645496 gggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagatt 12645397  T
Q  539 ctc 541  Q
    |||    
T  12645396 ctc 12645394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 292 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 15917761 - 15917511
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||  |||  ||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  15917761 aatattgagttaatttcgcataaataggttcctctgaaagtctgtatccttgcttggggactgctgagggatcgtttacctacaaaagttaatttggcaa 15917662  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| | |||||||| | || |||||||||  |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||    
T  15917661 atcgtggtattattcctttggaagtgcggttgtgtgtcactggttgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaacttttggcgc 15917562  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctca 542  Q
     || || ||| |||||| |||||||||  | || |||||||||| ||||||    
T  15917561 gttgtggccattggtgcaggcatggctcagtgttgtaggggtcggttctca 15917511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 292 - 476
Target Start/End: Original strand, 17764995 - 17765179
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||  ||||  |||||||| |||   ||||||||||    
T  17764995 aatatggagttaatatggcataaacaggctcctcttaaagtctctattcttgcttggcggctattgagggatcatttacctacgaaagcaaatttggcaa 17765094  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttg 476  Q
    ||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||  |||| |||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17765095 accgtggtatcattcctttggaggcgcggttgtgtgtcactggttgtggtcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttgtcttg 17765179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 294 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 14439857 - 14439609
Alignment:
Q  294 tatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaac 393  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| |||   ||||||| | |     
T  14439857 tatggagttaatctggcataaacaggttcctttaaaagtttctatcttggcttgacgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaa 14439758  T
Q  394 cgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcat 493  Q
    ||||| ||| || || |||| || | ||| | |||  | ||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||  |||||    
T  14439757 cgtgggattctatctgtggaagctcggttttatgtaacgggatgtgggtaggttgaagatgtgaatcatttg-ttttgtcttgtccaatttttgatgcat 14439659  T
Q  494 tatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    | || || ||||||||||| ||||| || || | |||||| |||||||||    
T  14439658 tgtggcctatggtgcgggcttggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 14439609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 543
Target Start/End: Original strand, 10999984 - 11000234
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||| | || || |  ||||| || ||||| |||   |||||||||     
T  10999984 aatatggagttaatctgccataaacaggtttctttaaaagtttctatccttgcttggtggctgtt-agggatcgtttgcctactaaatcaaatttggcag 11000082  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 491  Q
    | ||||| ||| || || |||| || | ||| |||||  | | ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||  || |||| ||||    
T  11000083 aacgtgggattctatctgtggaagctcggttttgtgtaacggaatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttatcttgtccaatttttggtgc 11000182  T
Q  492 attatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattctcat 543  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| || || | |||||| |||||||||    
T  11000183 attgtggcctatggtgcgggcatggcttggtgtcgaaggggtagattctcat 11000234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 139 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 40176928 - 40176591
Alignment:
Q  139 ttggtagaggagtgtagggctttataactaacagtttctttgcaggaatcagtgacagacagatggctttggttacctaatcatgatggtgggtattctg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||||| |  |||||||  |||    | |||| |||||||    
T  40176928 ttggtagaggagtgtagggctttattactaacagtctctttgcaggaatctgatactgacagatgggtgcggttaccggatccgatttgtggctattctg 40176829  T
Q  239 tacgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctat 338  Q
    | | ||| || |||||  |  |||||||||| || || || ||  | || || |||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |    
T  40176828 ttcatggggtatatgacttattgacatcacaggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagtttcagt 40176729  T
Q  339 ccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgt 438  Q
    ||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| |||   |||||| |||| || ||| |||||||  |||||||   | | |||||  | ||||||    
T  40176728 ccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaagtcaatttgacaaatcgcggc-ttttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgt 40176630  T
Q  439 gggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgt 477  Q
    ||| | |||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  40176629 gggcatgttgaagatgtgtctcatttgtttttgttttgt 40176591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 292 - 472
Target Start/End: Original strand, 38604407 - 38604587
Alignment:
Q  292 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaa 391  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||  || || | |||||| |||||||||| |   |||||||||     
T  38604407 aatatggagttaatctggcataaacaagtacctctaaaagtttcaatccttgcatggctgctgttaagagatcgtttacctacaatagtcaatttggcat 38604506  T
Q  392 accgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgt 472  Q
    | ||||||||  | |   ||||||| | ||| ||||| || || |||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  38604507 atcgtggcatccttctcatggaggctcggttatgtgtctcaggctgtgggcatgttgaagatgtaaatcatgtgtttttgt 38604587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 240 - 542
Target Start/End: Original strand, 11186 - 11488
Alignment:
Q  240 acgtggagtctatgatatgctgacatcacaagagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatc 339  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11186 acgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagacccagctacaccataatctggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatc 11285  T
Q  340 cttgcttggcgacttttgaaagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcagttgtgtgtttctggatgtg 439  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  11286 cttgcttggcgacttctcagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaaccgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgtg 11385  T
Q  440 ggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatgaccaatggtgcgggcatggctaggagtggtaggggtcgattc 539  Q
    |||| || ||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  11386 ggaatgtcgaaaatgtttttcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggagcattatggccgatggtgcgggattggttaggagtggtaggggtcgactc 11485  T
Q  540 tca 542  Q
    |||    
T  11486 tca 11488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 34351 - 34424
Alignment:
Q  1 cttcggacaaggtttagacgtttatttgacttaacgaataacaaactgtgtacgatggcatatgtgtttgctct 74  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  34351 cttcggacaaggtttagaagtttatttcacttaacgaataacaaactatgtacggtggcagatgtgtttgctct 34424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University