View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4979-Insertion-1 (Length: 973)

Name: NF4979-Insertion-1
Description: NF4979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4979-Insertion-1
NF4979-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-973)||(39325637-39326608)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 910; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 910; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 39326608 - 39325637
Alignment:
Q  8 aaatgaggatttcaagacaaccctttaagttaggtttggcacaaagaatacggtaaaggtcgaatacatatagccgaataggtcatatcatagtacttct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326608 aaatgaggatttcaagacaaccctttaagttaggtttggcacaaagaatacggtaaacgtcgaatacatatagccgaataggtcatatcatagtacttct 39326509  T
Q  108 cgttcgatctggcctattttcaactctgtagcgggtaacatgcaaaatatattgctattgatcttaaatttgaatactagaaaataaaactcgaccaact 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326508 cgttcgatccggcctattttcaactctgtagcgggtaacatgcaaaatatattgctattgatcttaaatttgaatactagaaaataaaactcgaccaact 39326409  T
Q  208 tattattttaccctttaagttaggtgctacgactcacttgaccttgagtaacgagccaattggaaataatgatgtgaaattgatgattaggcacgtaaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326408 tattattttaccctttaagttaggtgctacgactcacttgaccttgagtaacgagccaattggaaataatgatgtgaaattgatgattaggcacgtaaaa 39326309  T
Q  308 gcaaagctctagttccacgagttctcctcaagtaggatgcaaatcaaagagcaatgatttgccattattttccttaccggcaatgtgtatgtgaggtcgc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326308 gcaaagctctagttccacgagttctcctcaagtaggatgcaaatcaaagagcaatgatttgccattattttccttaccggcaatgtgtatgtgaggtcgc 39326209  T
Q  408 aatgtacaactgctttgtaagaaaaacacacacaa--atgaacaaaataatcaccgttaaggatgcatgcttgtgctatccacctaagttacaacatatt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39326208 aatgtacaactgctttgtaagaaaaacacacacaaatatgaacaaaataatcaccgttaaggatgcatgcttgtggtatccacctaagttacaacatatt 39326109  T
Q  506 acttgtaaccacattaaaagtaactcaattatggctttgacttaagtgaaagggcaaaaaggcaatgaagaatatgccccaatttgactagttaccacat 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39326108 acttgtaaccacattaaaagtaactcaattatggctttgacttaagtgaaagggcaaaaaggcaatgaagaatatgccccaatttgactagttacaacat 39326009  T
Q  606 tgactagtcaattcaagtttttacaaatcatagtgtttattttctagtggggcacctacactcctttgtttcacccttagaactgttgctatacatatat 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326008 tgactagtcaattcaagtttttacaaatcatagtgtttattttctagtggggcacctacactcctttgtttcacccttagaactgttgctatacatatat 39325909  T
Q  706 gaagcatatacatcttgctttattaggttagggacatcaaaatgtcatgttttttctttcataatagtcaaatgtagtagaaaaaggctcttataatttg 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39325908 gaagcatatacatcttgctttattaggttagggacatcaaaatgtcatgttttttctttcataatagtcaaatgtagtagaaaaaggctcttataatttg 39325809  T
Q  806 gatgagctagcctatcacaattataaaaacgtttttagaccatatctcatctaatttaatacg-tacacttaacatgctttcatatggtcaagatatgat 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39325808 gatgagctagcctatcacaattataaaaacgtttttagaccatatctcatctaatttaatacgatacacttaacatgctttcatatggttaagatatgat 39325709  T
Q  905 aaatgaagcgtaacttgagtgattca--cagtgactgaacaacttttatattattttag-atttgaattgag 973  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39325708 aaatgaagcgtaacttgagtgattcaacaagtgactgaacaacttttatattattttagaatttgaattgag 39325637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University