View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4982_low_1 (Length: 616)

Name: NF4982_low_1
Description: NF4982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4982_low_1
NF4982_low_1
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-601)||(15609651-15610251)
chr6 (27-351)||(5827361-5827689)
chr6 (6-137)||(3627340-3627471)
chr6 (27-120)||(24177676-24177769)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (14-360)||(10260212-10260558)
chr8 (362-602)||(10259923-10260163)
chr8 (371-605)||(17834555-17834789)
chr8 (1-202)||(17834354-17834555)
chr8 (16-360)||(8783332-8783687)
chr8 (57-268)||(9604983-9605193)
chr8 (364-502)||(16912625-16912763)
chr8 (366-605)||(8783022-8783265)
chr8 (16-137)||(8871847-8871968)
chr8 (362-471)||(9605291-9605400)
chr8 (307-362)||(9605189-9605244)
chr8 (489-554)||(16912838-16912903)
chr8 (38-86)||(4424673-4424721)
chr8 (67-149)||(96070-96152)
chr8 (21-214)||(10543842-10544035)
chr8 (27-120)||(13523149-13523242)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (1-360)||(18579494-18579853)
chr2 (33-360)||(15745565-15745892)
chr2 (6-360)||(5848916-5849270)
chr2 (48-360)||(33170921-33171230)
chr2 (362-605)||(5848624-5848867)
chr2 (17-481)||(19051246-19051701)
chr2 (365-592)||(18579905-18580131)
chr2 (366-605)||(15745945-15746187)
chr2 (24-360)||(36098586-36098919)
chr2 (362-502)||(40492517-40492657)
chr2 (49-281)||(30355318-30355556)
chr2 (367-605)||(33171284-33171521)
chr2 (362-581)||(5509637-5509850)
chr2 (245-360)||(32862943-32863058)
chr2 (27-149)||(26370404-26370526)
chr2 (28-149)||(27635086-27635207)
chr2 (27-121)||(22849489-22849583)
chr2 (102-191)||(10944125-10944214)
chr2 (102-191)||(10949994-10950083)
chr2 (28-121)||(33845691-33845784)
chr2 (38-86)||(29992088-29992136)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-360)||(52585602-52585961)
chr3 (33-360)||(53581068-53581396)
chr3 (1-360)||(20685188-20685553)
chr3 (362-605)||(20684896-20685139)
chr3 (33-322)||(39453067-39453355)
chr3 (57-360)||(4136167-4136477)
chr3 (364-560)||(53580825-53581021)
chr3 (362-511)||(52586010-52586159)
chr3 (60-355)||(8726675-8726965)
chr3 (60-355)||(9078562-9078852)
chr3 (362-605)||(8726382-8726621)
chr3 (362-605)||(9078269-9078508)
chr3 (475-597)||(4135906-4136028)
chr3 (362-458)||(4136022-4136118)
chr3 (46-86)||(17058835-17058875)
chr3 (38-86)||(25537476-25537524)
chr3 (38-83)||(5561712-5561757)
chr3 (27-120)||(13503286-13503379)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (6-334)||(26754687-26755015)
chr7 (27-360)||(23040057-23040391)
chr7 (6-360)||(13596704-13597055)
chr7 (1-357)||(22910959-22911315)
chr7 (6-360)||(48859226-48859579)
chr7 (364-605)||(23040442-23040683)
chr7 (366-605)||(13596412-13596651)
chr7 (362-604)||(48858935-48859177)
chr7 (1-257)||(23586081-23586337)
chr7 (362-605)||(22910665-22910907)
chr7 (367-597)||(26754383-26754613)
chr7 (55-159)||(15026343-15026447)
chr7 (69-360)||(26036852-26037143)
chr7 (106-212)||(3566481-3566590)
chr7 (27-120)||(21504981-21505074)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (6-360)||(48026079-48026435)
chr4 (362-605)||(48026484-48026727)
chr4 (8-175)||(39774826-39774995)
chr4 (56-120)||(18570361-18570425)
chr4 (24-191)||(32663594-32663761)
chr4 (180-259)||(15017250-15017329)
chr4 (28-121)||(46387899-46387992)
[»] scaffold0913 (1 HSPs)
scaffold0913 (1-605)||(3065-3685)
[»] scaffold0898 (1 HSPs)
scaffold0898 (1-605)||(1916-2536)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-360)||(17237414-17237777)
chr5 (1-360)||(32295835-32296189)
chr5 (362-605)||(17237826-17238071)
chr5 (49-274)||(20174432-20174655)
chr5 (362-605)||(32296238-32296473)
chr5 (305-354)||(20174376-20174425)
chr5 (225-281)||(16985178-16985234)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (33-357)||(44021980-44022298)
chr1 (1-283)||(42131897-42132179)
chr1 (27-357)||(30939605-30939935)
chr1 (362-605)||(32922565-32922808)
chr1 (364-605)||(42131577-42131816)
chr1 (57-356)||(43896222-43896525)
chr1 (164-360)||(32922857-32923053)
chr1 (446-605)||(24428082-24428239)
chr1 (362-487)||(44021807-44021928)
chr1 (61-360)||(39220712-39221011)
chr1 (67-130)||(32924064-32924127)
chr1 (362-494)||(43896038-43896170)
chr1 (545-605)||(32109895-32109955)
chr1 (327-360)||(42131854-42131887)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (28-121)||(10997-11090)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (27-120)||(203184-203277)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 15610251 - 15609651
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15610251 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttagctaatctatgggctacctcatttgtttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 15610152  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  15610151 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttcgcatcaagctcaaa 15610052  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15610051 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctgataacaatccaagatcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtaaatcattca 15609952  T
Q  301 gtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactctaatcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15609951 gtttttgccaaaacaaaagtgcatgtatcatcccttatacaaactcatattcccactctaatcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgc 15609852  T
Q  401 ggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacct 500  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15609851 ggttgtgcacaagatgtattaaaaatccaacgtgcatcttgccaatcatgaagcataacttttactctctcgacaacataaacttgagcatcaactacct 15609752  T
Q  501 cattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacat 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15609751 cattccacactttgttgtttctctatttccagatactctacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacat 15609652  T
Q  601 a 601  Q
    |    
T  15609651 a 15609651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 27 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 5827689 - 5827361
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggata 126  Q
    ||||| |||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5827689 cttagctaatgtatgagctgcctcatttgcttgtctccttacaaactcaacactagagttgatataatattgttcaaagatagttttacaattatggata 5827590  T
Q  127 atcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaac----tatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaag 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    |||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| || |||||     
T  5827589 atcatcccaaattttgtaacatcctgacgtgcaaatgaaaaactatatatccatcacttttttggcatcaaactcaaaatcgataggtcccaaatgtaat 5827490  T
Q  223 tgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgc 322  Q
    |||||||| | ||| | |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||     
T  5827489 tgatgaaccctttccatagctgataacaatccaagagctttgccaacatgtaccttacagactggagtaaaccattcagtttttgccaaaacaaaagtgt 5827390  T
Q  323 ttgtatcatcccttatacaaactcatatt 351  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5827389 ctgtatcatcccttatacagactcctatt 5827361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 6 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 3627471 - 3627340
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    ||||| ||| ||||||| |  ||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||  |||| |||||||||||| | ||||| ||| | |||||||  ||     
T  3627471 actagctgaagatgtggccaccttagctaaactatggtctacctcattttcttgcttccttacaaactcaacattggagttaacaaaatattgtttgaaa 3627372  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaa 137  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  3627371 atagctatacagttatggataatcatcccaaa 3627340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24177769 - 24177676
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   ||||| |||||||||||||    
T  24177769 cttagctaaactatgggcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagttttcataaaattgactaaagagagttttacaatta 24177676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 14 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 10260558 - 10260212
Alignment:
Q  14 aggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagtttt 113  Q
    ||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10260558 aggatgtggccgccttagcaaatctatgggctacctcatttgcttgtctcttcagaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagtttt 10260459  T
Q  114 acaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcct 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10260458 acaattatgaataatcatcccaaattatgtaacatcatgatgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttagcatcaagctcaaaatcgataggtcct 10260359  T
Q  214 aagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaa 313  Q
    || | |||||||||||| ||||||||||||   || | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  10260358 aattataagtgatgaacccattctaaagctggaaatagtccaagagcttcgccaacatgtacctcacaaactggagtaaaccattcagtttttaccaaaa 10260259  T
Q  314 caaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10260258 caaaagtgcatgtatcatcccttatacaaactcctattcccactcta 10260212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 362 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 10260163 - 10259923
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  10260163 tcagctggtttgatcaatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaagatgtattacaaatcctacgtgcatcttgccaatcataaagcataactt 10260064  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  10260063 ttgctctctcgacaacataaactggaggatcaattacctcattccacactttgttgtttctttgtttccatatactccacaacacagaacaaaataaagt 10259964  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataa 602  Q
       |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  10259963 tacatcgtccttagataaatcatgtaatgcattgaagataa 10259923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 371 - 605
Target Start/End: Original strand, 17834555 - 17834789
Alignment:
Q  371 ttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgctctct 470  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17834555 ttgatcaatttcacatttccttcttgtcgcggatgtgcacaagatgtattacaaatcctatgtgcatcttgccaatcatgaagcataacttttactctct 17834654  T
Q  471 cgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtc 570  Q
    ||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  17834655 cgacaacatacactggagcatcaattacctcattccacactctcttgtttctttgtttccatatactccacaacacacaacaaaataaagctgcatcgtc 17834754  T
Q  571 cttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  17834755 cttagataaatcctgtgatgctttgaagataatat 17834789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 17834354 - 17834555
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17834354 tggaaactagctgaggatgtggccgccttagctaatctatgggttgtctcatttgtttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattatt 17834453  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  17834454 caaagatagctatacaattatgaataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttagcatcaagctcaaa 17834553  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  17834554 at 17834555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 8783687 - 8783332
Alignment:
Q  16 gatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttac 115  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| | || |||||| ||||||||||    
T  8783687 gatgtggtcgccttagctaatctatgggctgcctcgtttccttgtctcgtcacaaactcaacactagagtcaacataatgtttttcaaatatagttttac 8783588  T
Q  116 aattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaac---------acttttttcgcatcatgctcaaaatcgat 206  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||| |           |||||| ||||||  ||||||||  ||    
T  8783587 aattatgtataatcaccccaaattttgtaacatcctgatatgaagatgaaaaactatccaccgtttttttttttttttttgcatcaaactcaaaattcat 8783488  T
Q  207 aggtcctaagtgtaagtgatgaactc--attctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagttt 304  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |  ||| ||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||  | ||| ||| ||||| | | ||||||||    
T  8783487 aggtcccaagtgtaattgatgaacccatattataaagttgataacaatccaagagtttggccaacatgtacattacatactagagtaaaccgttcagttt 8783388  T
Q  305 ttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8783387 ttgtcaaaataaaagtgcttgtatcgtcccttctacaaactcatattcccactcta 8783332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 57 - 268
Target Start/End: Original strand, 9604983 - 9605193
Alignment:
Q  57 ttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgt 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||    
T  9604983 ttgtctcctcacaaactcaacactagagttgatataatattgtttaaagataattttacaattatgaataatcatcacaaactctataacatcttgatgt 9605082  T
Q  157 gcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaa 256  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||  |||||||| || |||||| || ||||| | |||||  |||| ||||||| ||||||||||||    
T  9605083 gcaaatgaaaaactatccaccac-tttttggcgtcaaactcaaaattgacaggtcccaaatgtaattaatgaaaccattttaaagctgataacaatccaa 9605181  T
Q  257 gagcttcaccaa 268  Q
    ||||||| ||||    
T  9605182 gagcttcgccaa 9605193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 364 - 502
Target Start/End: Original strand, 16912625 - 16912763
Alignment:
Q  364 agctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||| || ||||| |   ||||||||||||||| |||||    
T  16912625 agctgatttgatccatttcacatttccttcttgttgcggatgtgcacaaaacgtattacaaatcctacatgcattttgtcaatcatgaagcatagctttt 16912724  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctca 502  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16912725 gctctctccataacataaacttgagcatcaattacctca 16912763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 366 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 8783265 - 8783022
Alignment:
Q  366 ctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgt--attaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||  ||||| |||| ||||  |||| |||||  || |||||||  ||| |||||||||||| |||||    
T  8783265 ctggtttgatccatttcacaattccttcttcttgcaattgtgtacaagatgtgtattacaaatcgtacatgcatcttgccattcatgaagcatagctttt 8783166  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacaca--acaaaataaagt 561  Q
     ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| ||||||  | |||||||||     
T  8783165 tctctctccacaacataaacttgagcatcaattacctctttccacactctgttgtttctttgtttctagatactccacagcacacagcaaaaaataaagc 8783066  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |  ||| |||||  ||||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  8783065 ctcatcttccttgaataaatcttttaatgcttagaagataatat 8783022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 137
Target Start/End: Original strand, 8871847 - 8871968
Alignment:
Q  16 gatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttac 115  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||     
T  8871847 gatgtggtcgccttagctaatttatgggctacctcatttgcttgtatcctcacaaactcaacactaaagttaacataatattgttcaaaaataattttat 8871946  T
Q  116 aattatggataatcatcccaaa 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  8871947 aattatgaataatcatcccaaa 8871968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 362 - 471
Target Start/End: Original strand, 9605291 - 9605400
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||  |||||  ||||||||||| |||| |||    
T  9605291 tcagctggtttgatcaatttcacattttcttcttgtcccggttgtgcacaagatgtattataaatcctacgaacatcttgccaatcatgaatcatagctt 9605390  T
Q  462 ttgctctctc 471  Q
    ||||||||||    
T  9605391 ttgctctctc 9605400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 307 - 362
Target Start/End: Original strand, 9605189 - 9605244
Alignment:
Q  307 gccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactctaat 362  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9605189 gccaaaacaaaagtgtttgtatcatcccttatacaaactcttattcccactctaat 9605244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 489 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 16912903 - 16912838
Alignment:
Q  489 catcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaa 554  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||| || |||||||||| ||||    
T  16912903 catcaattacctcattccacactatgttgtttatttgtttccagatactctacaacacacagcaaa 16912838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 86
Target Start/End: Original strand, 4424673 - 4424721
Alignment:
Q  38 tatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagtt 86  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4424673 tatgggcaacctcatttgcttgtctccgtacaaactcaacactagagtt 4424721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 67 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 96152 - 96070
Alignment:
Q  67 acaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatc 149  Q
    |||||||||||| | |||||  |||| || || | ||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  96152 acaaactcaacaattgagttttcataatactgcttaaagagagttttacaattttggataatgataccaaattcagtaacatc 96070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 10544035 - 10543842
Alignment:
Q  21 ggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||||| |||| ||||  | |||||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||  |||| || ||   ||||| |||||||||||      
T  10544035 ggtcgccttagctaatttatgaacaacctcatttgcttgtctccgtacaaactcaacagtcgagttttcataataatgcataaagagagttttacaatat 10543936  T
Q  121 tggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtccta 214  Q
    |||||||| || ||||||||  ||||||| |   | | | || |||||||||| | |||| | ||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  10543935 tggataatgataccaaattcaataacatcatatcgagaagataaaaaactatcaaccactctcttcgcatccatctcaaaatcaataggtccta 10543842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Original strand, 13523149 - 13523242
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||| |||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||||||||||| |||||| |||||  ||||   ||||| |||||||||||||    
T  13523149 cttagctaaactatgggcaacatcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagtttacataaaattgactaaagagagttttacaatta 13523242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 18579494 - 18579853
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18579494 tggaaactagctgaagatgtggcctacttagctaatctatgggctgcctcatttgtttgtctcctcacaaactcaacactaaagttgacataatattgtt 18579593  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  18579594 ctaagatagttttacaattatagattatcatcccaaattctgtaacaacctgacgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttggcatcaagctcaaa 18579693  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattca 300  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||| | ||||||    
T  18579694 atcgataggtcccaagtgtaattgatgaactcattccaaagctgataacaatccaagagcttcgcaaacatgtacctcacagactggagtaaaccattca 18579793  T
Q  301 gtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18579794 gtttttgccaaaacaaaagtgcctgtatcatcccttatacaaactcctattcccactcta 18579853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 33 - 360
Target Start/End: Original strand, 15745565 - 15745892
Alignment:
Q  33 taatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatc 132  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15745565 taatctatgggctgtctcatttgcttgtctccttacaaattcaacataagagttgacataatattgttcaaatatagttttacaattatggataatcatc 15745664  T
Q  133 ccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactc 232  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |    
T  15745665 ccaaattctgtaacatcctaacgtgcagatgaaaaactatccaccacgtttttggcatcaagctcaaaatcgatagatcccaagtgtaattgatgaaccc 15745764  T
Q  233 attctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatc 332  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | |||| | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  15745765 attccaaagctgataacaatctaagagcttcgccaacatgcacctcatagactggagtaagccattcagtttttaccaaaacaaaagtacctgtatcatc 15745864  T
Q  333 ccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
     |||||||| |||| |||||||||||||    
T  15745865 tcttatacagactcctattcccactcta 15745892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 6 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5849270 - 5848916
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    |||||||||||||||||  | || || ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  5849270 actagttgaggatgtggctgcctcagctaatctatgagctgcctcatttgtttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacataacattgttcaaag 5849171  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcga 205  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| || ||||||   ||||||||||    
T  5849170 atagttttataattataaataatcatcccacattatgtaacatcctgatgtgtagatgaaaaattatccaccactttcttagcatcaaattcaaaatcga 5849071  T
Q  206 taggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttt 305  Q
    || ||||||| |||||||||||||  |||| ||||| |  ||| | |||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||| | ||||  | |||    
T  5849070 tatgtcctaattgtaagtgatgaatccattttaaagttgttaatagtccaagagcttcgctaacatgtacctcacagactggagtaaaccattatgcttt 5848971  T
Q  306 tgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5848970 tgtcaaaacaaaagtgcatgtatcatctcttatacaaactcctattcccactcta 5848916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 48 - 360
Target Start/End: Original strand, 33170921 - 33171230
Alignment:
Q  48 ctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaaca 147  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  33170921 ctcatttgcttgtctcctcaagaactcaaaactagagttgacataatattgttcaaagatagttttacaattatgaataatcatcc-aaactctgtaaca 33171019  T
Q  148 tcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaata 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||| || |||    
T  33171020 tcctgatgtgcagatgaaaaactatccatcttttttttggcatcaagctcaaaatcgataggaaccaagtgtaattgataaactcattctaaatctgata 33171119  T
Q  248 acaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactca 347  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| | | | ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||     
T  33171120 acaatccaagagcttcgccaacatgtacctcagagattagagtaaaccattcagttttagccaaaacaaaagtg--tatgtcatcccttatacaaactcc 33171217  T
Q  348 tattcccactcta 360  Q
    |||| ||||||||    
T  33171218 tattaccactcta 33171230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 5848867 - 5848624
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  5848867 tcagctagtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcaaatgtgcacaagatgtattacaaatcctatgtgcatcttgccaatcatgaagcataactt 5848768  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5848767 ttgctctctcgacaacataaactggagcatcaattacctcatttcacactctgttgtttctttgtttccatatactccacaacacacaacaaaataaaga 5848668  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5848667 tgcatcgtcattagataaatcatgtaatgctttgaagataatat 5848624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 19051701 - 19051246
Alignment:
Q  17 atgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttaca 116  Q
    |||||||||  |||| |||||||| |||| | |||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||| |||||||||||    
T  19051701 atgtggtcgctttagctaatctattggctgcttcattttcttgtctcttcacaaactcaacattatagttgtcgtaatattgttcaaatatagttttaca 19051602  T
Q  117 attatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcg-----catcatgctcaaaatcgataggtc 211  Q
     ||||| ||||||||||| || | |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||       ||| | |||||||| | ||||||     
T  19051601 cttatgaataatcatcccgaactatgtaacattctgatgtgcagatgaaaa-ctatcga-catttttttttttttacattaagctcaaaaacaataggtt 19051504  T
Q  212 ctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaa 311  Q
    | ||||||||   ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19051503 ccaagtgtaatcaatgaactcattctaaaattgatatcaatccaagagtttcgctaacatgta-ctcgcagactggagtagatcattcagttttttccaa 19051405  T
Q  312 aacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactctaatcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcaca 411  Q
    ||||||| ||  ||||| |||| ||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || | |||    
T  19051404 aacaaaattgtctgtattatcctttatacaaactcatattc-----------agctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcacgactgcgaaca 19051316  T
Q  412 aaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgctctctcgataacataa 481  Q
    | |||||||| |||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  19051315 agatgtattacaaatcctacgagcatcttgtcaatcatgaagcataacttttgctctctcaacaacataa 19051246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 365 - 592
Target Start/End: Original strand, 18579905 - 18580131
Alignment:
Q  365 gctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtat-taaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||| ||  || || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  18579905 gctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcgactgtgaacaagatgtatatacgaaacctacgtgcatcttgccaatcatgaagcataactttt 18580004  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcg 563  Q
    |  |||   | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| |||| | ||| || ||| ||||||||||| |||||||||||| |     
T  18580005 gtgctcc--acaacataaacttgagtatcaattacctcactccacactttgttgattctttgtttgcatatactccacaacacataacaaaataaagcca 18580102  T
Q  564 tatcgtccttagataaatcttgtaatgct 592  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18580103 catcttccttagataaatcttgtaatgct 18580131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 366 - 605
Target Start/End: Original strand, 15745945 - 15746187
Alignment:
Q  366 ctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgc 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | ||||||  || || ||||||||||  |||| |||||| ||||  ||||||    
T  15745945 ctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcaactgtgcacaagaagtattacgaaacctacgtgcatcttgccaagcatgaaacatagtttttgc 15746044  T
Q  466 tctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgta 565  Q
    |||||| | ||||||  ||| |  ||||| |||||||||| ||||  |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |    
T  15746045 tctctcaacaacataggctttaatatcaattacctcattctacacgttgttgtttctttgtttccatatattccacaacacacaacaaaataaagttgca 15746144  T
Q  566 tcgtccttagata---aatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    || || |||||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  15746145 tcttcattagataaataatcatgtactgctttgaaaataatat 15746187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 24 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 36098919 - 36098586
Alignment:
Q  24 cgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatgg 123  Q
    |||||||  ||||||||| | | | ||||| |||||||| |||| ||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||     
T  36098919 cgtcttaactaatctatgagttgcatcatttgcttgtcttctcataaactcaacactttagttaacataatattgttcaaaaatagttttccaatcatga 36098820  T
Q  124 ataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagt 223  Q
    ||||| || | | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||||  |||| | | || ||||  |    
T  36098819 ataataatgcaatactctataacatcctgatgtgcatatgaaaaactatctaccactttttaggcatcaagctcaaaataaatagattcaaaatgtagat 36098720  T
Q  224 gatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgct 323  Q
    |||| || |||||||||| | | ||||||  || || ||| |||||||||| ||  || ||||||||| |   |||| ||||| ||||||||||| ||      
T  36098719 gatg-acccattctaaagttgacaacaatttaacagtttccccaacatgtacct--catactggagtaaactcttcaatttttaccaaaacaaaaatgtg 36098623  T
Q  324 tgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  36098622 tgtatcatctcttatgcaaactcctattccaactcta 36098586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 362 - 502
Target Start/End: Original strand, 40492517 - 40492657
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| |||||||| ||    
T  40492517 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcacggatgtgcacaaggtgtattacaaatcctacgtgcatcttgccaatcattaagcataattt 40492616  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctca 502  Q
    |  ||||||| | |||||||| | ||||||||| |||||||    
T  40492617 tctctctctccacaacataaaatggagcatcaattacctca 40492657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 281
Target Start/End: Original strand, 30355318 - 30355556
Alignment:
Q  49 tcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttc------aaagatagttttacaattatggataa-tcatcccaaattct 141  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||       |||||||||||||||||| || |||| |||||||||| | |    
T  30355318 tcatttgcttgtctcttcacaaactcaacactaga-ttgacataatattattattatttaaagatagttttacaattttgaataaatcatcccaaactat 30355416  T
Q  142 gtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaag 241  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| | |||||||| ||||||| | ||| ||  |||||||| |||| ||||     
T  30355417 ataacatcatgatgtgcaaatgaaaaactatccaccactttattggcatcaagttcaaaatcaataggtcgtgagtatagttgatgaacccattttaaaa 30355516  T
Q  242 ctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcaca 281  Q
    || |||||||| ||| | |||  |||||| ||| ||||||    
T  30355517 ctcataacaattcaataactttgccaacaagtacctcaca 30355556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 367 - 605
Target Start/End: Original strand, 33171284 - 33171521
Alignment:
Q  367 tggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgct 466  Q
    ||||||||| | ||||| || | | ||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| | | ||||||   ||| |||||| ||||  |||| ||    
T  33171284 tggtttgattcgtttcaaatattcgtcttgtcgcggttatgcacaagttgtattataaatcctatgagcatcttgtcaaccatgaaacatagtttttact 33171383  T
Q  467 ctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtat 566  Q
    ||||| | |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||  |  ||    
T  33171384 ctctcaacaacataaagttgagtatcaattaccccattccacact-tgttgcttctttgttttcagatactccacaacacacagcaaaacaaaaccacat 33171482  T
Q  567 cgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  33171483 cttccttagataaatcatgtaaggctttgaagataatat 33171521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 362 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 5509850 - 5509637
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||   ||||    ||| |||||| | |||||| || |  ||||  |||||  |||| ||||  ||    
T  5509850 tcagctagttttatccatttcacattttcttcttgtcagagttg----caatatgtatcacaaatcctacctatatcttgccaattctgaaacatagttt 5509755  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||     
T  5509754 ttgctctctcaacaacataaacttgagaatctattacctcattccacactct--tgtttctttgttttcagatacttcacaacacacaacaaaataaaga 5509657  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaat 581  Q
    || ||| |||||||||||||    
T  5509656 cgcatcttccttagataaat 5509637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 360
Target Start/End: Original strand, 32862943 - 32863058
Alignment:
Q  245 ataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaac 344  Q
    |||||||||| ||||| || || ||||||| |||| ||| |||| || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||  ||||||| ||    
T  32862943 ataacaatcctagagcctcgccgacatgtatctcataaattggactaaatcattcagtttttttcaaaacaaaagtgattgtagcatctattatacatac 32863042  T
Q  345 tcatattcccactcta 360  Q
    || |||||| ||||||    
T  32863043 tcttattccaactcta 32863058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 26370526 - 26370404
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggata 126  Q
    ||||| |||| |||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| | |||||  |||| |||||   ||||| |||||||||||| ||||||    
T  26370526 cttagctaatttatgagcaacctcatttgcttgcctccgcacaaactcaacagtcgagttttcataatattgcctaaagagagttttacaattttggata 26370427  T
Q  127 atcatcccaaattctgtaacatc 149  Q
    || || |||||||| ||||||||    
T  26370426 atgataccaaattcggtaacatc 26370404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 27635207 - 27635086
Alignment:
Q  28 ttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataa 127  Q
    |||| |||| |||| || |||| ||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||  |||| || ||   ||||| |||||||||||| |||||||    
T  27635207 ttagctaatttatgagcaaccttatttgcttgtctccgtacaaactcaacagtcgagttttcataataatgcctaaagagagttttacaattttggataa 27635108  T
Q  128 tcatcccaaattctgtaacatc 149  Q
    | || |||||||| ||||||||    
T  27635107 tgataccaaattcggtaacatc 27635086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 22849583 - 22849489
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattat 121  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   ||||| ||||||||||||||    
T  22849583 cttagctaaactatgggcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagttttcataaaattgactaaagagagttttacaattat 22849489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 10944214 - 10944125
Alignment:
Q  102 aaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatc 191  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||  | | | || |||||||||||| |||| | ||||||||    
T  10944214 aaagagagttttacaattttggataatgataccaaattcggtaacatcatgtcgagaagataaaaaactatccaccactctcttcgcatc 10944125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 10950083 - 10949994
Alignment:
Q  102 aaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatc 191  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||  | | | || |||||||||||| |||| | ||||||||    
T  10950083 aaagagagttttacaattttggataatgataccaaattcggtaacatcatgtcgagaagataaaaaactatccaccactctcttcgcatc 10949994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 121
Target Start/End: Original strand, 33845691 - 33845784
Alignment:
Q  28 ttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattat 121  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||  | ||| ||||||||||||||    
T  33845691 ttagctaaactatgagcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacgagagttttcatagaattgtctagagagagttttacaattat 33845784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 38 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 29992136 - 29992088
Alignment:
Q  38 tatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagtt 86  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  29992136 tatgggcaacctcatttgcttgtctccgtacaaactcaacacaagagtt 29992088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 52585602 - 52585961
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52585602 tggaaactagctgaggatgtggccgccttagttaatctatgggctgcctcatttgcttgtctcatcacgaactcaacactagagttgacataatattgtt 52585701  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||    
T  52585702 caaagatagttttacaattataaataatcatctcaaattctgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttaacatcaagctcaaa 52585801  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattca 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | || | ||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||    
T  52585802 atcgataggtcccaagtgtaagtgatgaacccattctaaagctgacaatagtccaagagcttcgtcaacatgtacctcacatactggagtaaaccattca 52585901  T
Q  301 gtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  52585902 gtttttgccaaaacaaaagtgtctgtatcatctcttatacaaactcttattcccactcta 52585961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 33 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 53581396 - 53581068
Alignment:
Q  33 taatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatc 132  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581396 taatctatgggctgcctcatttgcttgtctccttacaaactcaaaactagagttgacataatattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatc 53581297  T
Q  133 ccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactc 232  Q
    |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||  ||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||| |    
T  53581296 ccaacttttgtaacatcctgacgtgcaaatgaaaaactatccaccacttttttgacatctagctcaaaattgatagttctcaagtgtaattgatgaaccc 53581197  T
Q  233 attctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatc 332  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53581196 attccaaagctgataacaatccaagagcttcaccaacatgtacctcacagactagagtaaaccattcagtttttgccaaaacaaaagtgcatgtatcatc 53581097  T
Q  333 cct-tatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    | | ||||||||||| |||||||||||||    
T  53581096 cttatatacaaactcctattcccactcta 53581068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 20685553 - 20685188
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagta----- 95  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||         
T  20685553 tggaaactagctgaagatgtggtctccttagctaatctatgggctgtctcatttgcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacataataataat 20685454  T
Q  96 -ttgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatg 194  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || |    
T  20685453 attgttcaaagatagttttgcaattatggataatcatcccaaattttgtaacttcctgacgcgcaaatgaaaaactatccaccactgttttggcaacaag 20685354  T
Q  195 ctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacat 294  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |     
T  20685353 ctcaaaattgattggtcccaagtgtaattgatgaatccattccaaagttgataacaatccaagagcttgaccaacatgtacctcacatactggagtaaac 20685254  T
Q  295 cattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
     |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20685253 gattcagtttttgccgaaacaaaagtgaatgtaacatcccttatacaaactgctattcccactcta 20685188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 20685139 - 20684896
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  || || ||||||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  20685139 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgttgcgactgtgcacaaaatgtattacgaaacctacgtgcatcttgccaatcatgaagcatagttt 20685040  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    |||||||||| | |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  20685039 ttgctctctccacaacataaacttgaatatcaattacctcattccacactttattgtttctttatttccatatactccataacacacagcaaaataaagt 20684940  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20684939 cgcatcttccttagataaatcttgtaatgctttgaaaataatat 20684896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 33 - 322
Target Start/End: Original strand, 39453067 - 39453355
Alignment:
Q  33 taatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatc 132  Q
    |||||||||| ||  |||||| | ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39453067 taatctatggactgactcatttgtttgtctcctcacaaagtccacattagagttgacataatattgttcaaagatagttttacaattatggatcatcatc 39453166  T
Q  133 ccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactc 232  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||  || ||||| | |||||| |    
T  39453167 ccaaattttgtaatatcttgatgtgctgatgaaaaactatccaccacttttttgacatcaagctcaaaatcgataggtctcaaatgtaattaatgaac-c 39453265  T
Q  233 attctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgc 322  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||  ||| ||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  39453266 attctaaagctgataacaatctaagagcttcgccaacatatacctcacggactagagtaaatcattcagtctttaccataacaaaagtgc 39453355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 57 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 4136477 - 4136167
Alignment:
Q  57 ttgtctcctcacaaactcaacactagag--ttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgat 154  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||  ||||| |||||    
T  4136477 ttgtctcgtcacaaactcaacactagagagttgacataatattgttcaatggtagttttacaaatatgaataatcatcctaaactct--aacattctgat 4136380  T
Q  155 gtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatcc 254  Q
     || | ||||||||||||||| ||||||||| |||  |  ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4136379 ctggagatgaaaaactatccaccacttttttggcacgaacctcgaaatcgataggtcccaaatgtaattgatgaacccattctaaagctgataacaatcc 4136280  T
Q  255 aagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgc-------caaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactca 347  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||| | ||||| ||||||||        |||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||     
T  4136279 aagagcttcgccaacatgtacctcacatactgcagtaaaccattcggtttttgctataaaaaaaataaaaattgcatgtatcatcccttatacaaactct 4136180  T
Q  348 tattcccactcta 360  Q
    ||| |||||||||    
T  4136179 tatacccactcta 4136167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 364 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 53581021 - 53580825
Alignment:
Q  364 agctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |   || || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  53581021 agctggtttgacccatttcacatttccttcttgtcgcggctgtacacaagatgtaatgcgaaacctacgtgcatcttgccaatcatgaagcatagctttt 53580922  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaag 560  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53580921 gctctctccacaacataaacttgagtatcaattacctcattccacactttgttgtttctttgtttccatatactccacaacacacaacaaaataaag 53580825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 362 - 511
Target Start/End: Original strand, 52586010 - 52586159
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  52586010 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggatgtgcacaagatgtattacaaatcctacgtgcatcttaccaatcatcaatcataactt 52586109  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacact 511  Q
    |||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  52586110 ttgctctctcgacaatataaattggagcatcaattacctcattccacact 52586159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 60 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 8726965 - 8726675
Alignment:
Q  60 tctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgca 159  Q
    ||||||||  |||||||| | |||||||||||  || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||     
T  8726965 tctcctcatcaactcaactcaagagttgacatgatactgttcaaagataattttacacttatgaataatcatcacaaactctgtaacatcctaatgtgct 8726866  T
Q  160 aatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagag 259  Q
     || ||||| |||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||  ||| | ||      ||| | |||||||||| ||||||||||| ||     
T  8726865 gattaaaaagtatccaccacttttttggcatctagctcaaaatcgataggtctcaagcgaaa-----taaccctttctaaagctgataacaatccatgat 8726771  T
Q  260 cttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattccca 355  Q
    |  |||||||||||  |||||  | ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8726770 caacaccaacatgttcctcacggattggagtaaaccattcattttttgccaaaacgaaagtgcatatatcatcccttatacaaactcatattccca 8726675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 60 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 9078852 - 9078562
Alignment:
Q  60 tctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgca 159  Q
    ||||||||  |||||||| | |||||||||||  || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||     
T  9078852 tctcctcatcaactcaactcaagagttgacatgatactgttcaaagataattttacacttatgaataatcatcacaaactctgtaacatcctaatgtgct 9078753  T
Q  160 aatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagag 259  Q
     || ||||| |||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||  ||| | ||      ||| | |||||||||| ||||||||||| ||     
T  9078752 gattaaaaagtatccaccacttttttggcatctagctcaaaatcgataggtctcaagcgaaa-----taaccctttctaaagctgataacaatccatgat 9078658  T
Q  260 cttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattccca 355  Q
    |  |||||||||||  |||||  | ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9078657 caacaccaacatgttcctcacggattggagtaaaccattcattttttgccaaaacgaaagtgcatatatcatcccttatacaaactcatattccca 9078562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 8726621 - 8726382
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataac-t 460  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |   |||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| |    
T  8726621 tcagctggtttgatctatttcacatttccttatcat---ggttgtgcacgagatgtattacaaatcctacgtgcatcttgccagtcatgaagcataactt 8726525  T
Q  461 tttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaag 560  Q
    |||  |||||| | |||| |||| ||| |||||| |||||| ||| |||  ||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8726524 ttttttctctcaacaacacaaacatgaacatcaattacctcgttcaaca--ctgttgtttatttgtttctagataatccacaacacacaacaaaatagag 8726427  T
Q  561 tcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     || ||| ||||||  |||||| | ||||  |||||| |||||||    
T  8726426 ccgcatcttccttatttaaatcatttaatattttgaagataatat 8726382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 9078508 - 9078269
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataac-t 460  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |   |||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| |    
T  9078508 tcagctggtttgatctatttcacatttccttatcat---ggttgtgcacgagatgtattacaaatcctacgtgcatcttgccagtcatgaagcataactt 9078412  T
Q  461 tttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaag 560  Q
    |||  |||||| | |||| |||| ||| |||||| |||||| ||| |||  ||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9078411 ttttttctctcaacaacacaaacatgaacatcaattacctcgttcaaca--ctgttgtttatttgtttctagataatccacaacacacaacaaaatagag 9078314  T
Q  561 tcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     || ||| ||||||  |||||| | ||||  |||||| |||||||    
T  9078313 ccgcatcttccttatttaaatcatttaatattttgaagataatat 9078269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 475 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 4136028 - 4135906
Alignment:
Q  475 aacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtcctta 574  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||| | |||||||||| | ||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||    
T  4136028 aacataagcttgagcatcaatttcctcattcaacactttgttgattctttgtttccagatactacacaacacacaaccaaataaaatggcatcttcctta 4135929  T
Q  575 gataaatcttgtaatgctttgaa 597  Q
    |||||| | ||||| ||||||||    
T  4135928 gataaaccatgtaaggctttgaa 4135906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 362 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 4136118 - 4136022
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataa 458  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| || ||||| |||||  ||| ||||||  ||||||||||| |||||    
T  4136118 tcagcttgtttggtccatttcacatttccttcttgtcacggctgtggacaagatatattacaaatcttacgagcatcttgccaatcatgaaacataa 4136022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 86
Target Start/End: Original strand, 17058835 - 17058875
Alignment:
Q  46 acctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagtt 86  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17058835 acctcatttgcttgtctccgcacaaactcaacactagagtt 17058875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 86
Target Start/End: Original strand, 25537476 - 25537524
Alignment:
Q  38 tatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagtt 86  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25537476 tatgagctgcctcatttgcttgtctccgcacaaactcaacactagagtt 25537524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 83
Target Start/End: Original strand, 5561712 - 5561757
Alignment:
Q  38 tatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactaga 83  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5561712 tatgggcaacctcatttgcttgtctccgtacaaactcaacactaga 5561757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 13503379 - 13503286
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   ||||| |||||||||||||    
T  13503379 cttagctaaactatgggcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagttttcataaaattgactaaagagagttttacaatta 13503286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 6 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 26755015 - 26754687
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  26755015 actagttgaggatgtggccgccttagataatctatgggctgcctcatttgcttgtctcctcacaaactcaacactatagttgacataatattgttcaaag 26754916  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcga 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||| ||||| |||||| | ||||||||||    
T  26754915 atagttttacaattatggataatcatcccaaattatgtaacatcctgatgtgccgatgaaaaactattcaccacctttttggcatcaagttcaaaatcga 26754816  T
Q  206 taggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttt 305  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | || |||| |||    
T  26754815 taggtcccaagtgtaattgatgaacccattctaaagctgataacaatccaagagcttcgccaacatgtacctcacaaaccggagtaaaccactcagcttt 26754716  T
Q  306 tgccaaaacaaaagtgcttgtatcatccc 334  Q
    || ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26754715 tgtcaaaataaaagttcatgtatcatccc 26754687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 27 - 360
Target Start/End: Original strand, 23040057 - 23040391
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttg-tctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggat 125  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23040057 cttagttaatctatgggctgcctcatttgcttggtctccttacaaactcaacactagagttgacataatattgttcaaagatagttttacaattatggat 23040156  T
Q  126 aatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtga 225  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  23040157 aatcatcgcaaattctgtaacatcctgatgtgtagatgaaaaactgtccaccacttttttggcatcaagctcaaaatcgataggtcccaagtgtaatgga 23040256  T
Q  226 tgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttg 325  Q
    | ||| ||||| | || | ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  23040257 ttaacccattccatagatgataacaatccaagagtttcgccaacatgtacctcacagactggagtaaaccattcagtttttgccaaaataaaagtgcctg 23040356  T
Q  326 tatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  23040357 tatcatcctttatacagactcctattcccactcta 23040391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 6 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 13597055 - 13596704
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13597055 actagttgaggatatggccgccttagctaatctaggggctgcctcatttgcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 13596956  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacac-ttttttcgcatcatgctcaaaatcg 204  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |  || |||||| |||||| |||||||||||    
T  13596955 atagttttacaattatgaattatcatcccaaattctgtaaaatcctgatgtgcagaggaaaaactatctacaactttttttagcatcaagctcaaaatcg 13596856  T
Q  205 ataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagttt 304  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||| || ||| ||||| | ||||||||||    
T  13596855 ataggtcccaagtgtaactgatgaacccattctaaagctgataacagtccaagagcttcgccaacatgtacctcccagactcgagtaaaccattcagttt 13596756  T
Q  305 ttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||||||||    |||  ||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  13596755 ttgccaaaacaaaa----ttgcctcatctcttatacaaacttctattcccactcta 13596704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22911315 - 22910959
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  22911315 tggaaactagatgaagatgtggcctccttagctaatctatggcctccctcatttgcttgtctccttacaaactcaaaactagagttgacataatattgtt 22911216  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||    
T  22911215 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgacgtacagatgaaaaactatccaccacttttttgccatcaagctcaaa 22911116  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattca 300  Q
    |||||||  ||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||   |||| |    
T  22911115 atcgataaatcccaaatgtaattgatgaacccattccaaagctgataacaatctacgagcttcgccaacatgtacctcacatactggagtaagccattta 22911016  T
Q  301 gtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccact 357  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  22911015 gtttttgccaaaacaaaagtacatgtatcatcccttatacagactcctattcccact 22910959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 6 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 48859579 - 48859226
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    |||| ||||||||| || |  ||||| || ||||| | || ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  48859579 actaattgaggatgcggccaccttagctagtctatagactgccttatttgcttgtctcttcacaaactcaacactagagttgatataatattgttcatag 48859480  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcga 205  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  48859479 atagttttacaattatgaataatcatcccaaattctgcaacatcctgatgtgcagatgaaaaaatatccatcacttttttggcatcaagctcaaaatcga 48859380  T
Q  206 taggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttt 305  Q
    ||||||  |||||||| | || |||||||||||||| | ||||  || | |||||||| |||||||||  |||||| || |||||| |||||||||||||    
T  48859379 taggtctcaagtgtaattaataaactcattctaaagttgataatcat-ctagagcttcgccaacatgtgcctcacagaccggagtaaatcattcagtttt 48859281  T
Q  306 tgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48859280 tgccaaaacaaaaatgcatgtatcatcccttatacaaactcttattctcactcta 48859226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 364 - 605
Target Start/End: Original strand, 23040442 - 23040683
Alignment:
Q  364 agctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  || || ||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  23040442 agctggtttgattcatttcacatttccttcttgtcgcggatgtgcacaagatgtattacgaaacctacgtgcatcttgccaatcatgaaggataactttt 23040541  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcg 563  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |    
T  23040542 gctctctccataacatagacttgagtatcaattacctcattccacactttgttgtttctttgtttccatatactccacaacacacaacaaaataaagctg 23040641  T
Q  564 tatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23040642 catcttcattagataaatcctgtaatgctttgaaaataatat 23040683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 366 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 13596651 - 13596412
Alignment:
Q  366 ctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgc 465  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||| || |||||||  |||||||||||||||||| ||| |    
T  13596651 ctggcttgatccatttcacatttccttcttgtcgcaactgtgcacaagatgtattacaaatcctacatgcatcttgccaatcatgaagcataacattttc 13596552  T
Q  466 tctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgta 565  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |    
T  13596551 tctctcaacaacataaactggagcatcaattacctcatcccacactctgttgtttctttgtttccacatagtccacaacacacaacaaaataaagttgca 13596452  T
Q  566 tcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    || |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  13596451 tcatccttagataaatcatgtaatactttgaagataatat 13596412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 362 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 48859177 - 48858935
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||| || ||||||   ||||||||||||||||| ||    
T  48859177 tcagttggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgtggttatgcacaagatgtattacaaatcctacttgcatcatgccaatcatgaagcataattt 48859078  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    || ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| | ||| || ||| |||||||||||||   |||||||||    
T  48859077 ttcctctctcaacaacataaacttgagcatcaattacctcattccacgatctgttttttctttgttttcaaatactccacaacacacagtcaaataaagt 48858978  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataata 604  Q
     | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  48858977 tgcatcttccttagataaatcatgtaatgctttgaagataata 48858935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 23586337 - 23586081
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtc-gtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgt 99  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |  |||||| | ||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||| ||||||    
T  23586337 tggaaactagttgaggatgtggtcagccttggataatctatgggttgtctcatttgtttgtctcctcacaaactgaacattaaggttgacataatattgt 23586238  T
Q  100 tcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  23586237 tcaaagatagttttacaattatgaataatcatcccaaactttgtaacatcttgatgtgcagatgaaaaattatccaccacttttttggcatcatgctcaa 23586138  T
Q  200 aatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaag 257  Q
    ||| ||||||||  |||||||| | ||| || |||  ||||||| |||||||||||||    
T  23586137 aattgataggtctcaagtgtaattaatg-acccataataaagctgataacaatccaag 23586081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 22910907 - 22910665
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||  || || ||||||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  22910907 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtc-cggatgtgcacaagaagtattacgaaacctacgtgcatcttgccaatcatgaagcatagttt 22910809  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    |||||||||| |  |||||  |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  22910808 ttgctctctccactacataggcttgagtatcaattacctcattccacactttgttgtttctttgtttctatatactccacaacacacaacaaaataaagc 22910709  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  22910708 tgcatcttcattagataaatcatgtaatgctttgaaaataatat 22910665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 367 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 26754613 - 26754383
Alignment:
Q  367 tggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgct 466  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | | || ||| |||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||||||    
T  26754613 tggtttgattcatttcacgtttctttcttgtcgcgattgtgcacgagacgtgttacaaatcctacgtgcatcttgtcaatcatgaagcgtaacttttgct 26754514  T
Q  467 ctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtat 566  Q
    ||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||  |||||| ||||||||||||||||  | ||    
T  26754513 ctctccacaacataaacttgatcatcaattacctcattccacactctgttatttctttgtttctagatacgccacaatacacaacaaaataaagctgcat 26754414  T
Q  567 cgtccttagataaatcttgtaatgctttgaa 597  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26754413 cttctttagataaatcttgtaatgctttgaa 26754383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 55 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 15026447 - 15026343
Alignment:
Q  55 gcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgat 154  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  15026447 gcttgtctccttacaaagtcagcactagagttgacataatattgttcaaagatagtttaacaaatatggataatcatcccaaattatgtaacatcctgac 15026348  T
Q  155 gtgca 159  Q
    |||||    
T  15026347 gtgca 15026343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 69 - 360
Target Start/End: Original strand, 26036852 - 26037143
Alignment:
Q  69 aaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaa 168  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| |||||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||  | | ||| ||    |   ||||||||    
T  26036852 aaactcaacactgaagttaacataatattgtttgaaaatagttctacacttatggataatcatcccaaactcaatgatatcatgcgtcgaggatgaaaaa 26036951  T
Q  169 ctatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaa 268  Q
    ||||||| ||   |||||| ||||  ||||||||| ||||||||||| |  |||  |||||| || ||||| |   |||||| ||| ||| ||| |||||    
T  26036952 ctatccaccatccttttcggatcaaactcaaaatcaataggtcctaaattcaaggcatgaacccaatctaatgtcgataacattcctagaacttaaccaa 26037051  T
Q  269 catgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||| |||||||| |||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| | | |||||||||| | || |||| |||||| ||||||    
T  26037052 catgtacctcacaaattggactaaatcattcagttttcgccaacacaaaagtgttagaatcatcccttgtgcatactcctattccaactcta 26037143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 106 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 3566590 - 3566481
Alignment:
Q  106 atagttttacaattatggata---atcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||   |||||  |||| | ||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||  ||||| ||||||| |    
T  3566590 atagttttacaattatgaatagtaatcattacaaactttgtaatattatgatgtgcagatgaaaaactatctaccacttttttaacatcaagctcaaatt 3566491  T
Q  203 cgataggtcc 212  Q
    ||||||||||    
T  3566490 cgataggtcc 3566481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 21505074 - 21504981
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   ||||| |||||||||||||    
T  21505074 cttagctaaactatgggcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagttttcataaaattgactaaagagagttttacaatta 21504981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 360
Target Start/End: Original strand, 48026079 - 48026435
Alignment:
Q  6 actagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaag 105  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48026079 actagttgaagacgtggtcgccttagctaatctatgggctgcttcatttgcttgtctcctcgtaaactcaacactagagttgacataatattgttcaaag 48026178  T
Q  106 atagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaaca--cttttttcgcatcatgctcaaaatc 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||   |||||| |||||| ||||||||||    
T  48026179 atagttttacaattatgaataatcatcccaaaatttgtaacatcctgatgtgtagatgaaaaactacccaccatttttttttagcatcaagctcaaaatc 48026278  T
Q  204 gataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtt 303  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |  | | ||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| |||| | |||||||||    
T  48026279 gataggtcccaagtgtaagtgatgatcccattctaaagctgacgatagtccaagaacttcgccaacatgtacctcacagactgaagtaaaccattcagtt 48026378  T
Q  304 tttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48026379 tttgccaaaacaaaagtgcatgtatcatcccttatacaaactcctattctcactcta 48026435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Original strand, 48026484 - 48026727
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||   |||||||| | ||||||||    
T  48026484 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgccgatgtccacaagatgtattacaaatcctacgtgcatcttgtcaatcatggaccataactt 48026583  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  48026584 atgctctctcgacaacataaattggagcatcaattacctcattccacacttcgttgtttctttgtttccatatactccacaacacacaacaaaataaaga 48026683  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  48026684 tgcatcgtccttagataaatcatgtaatgctttgaagataatat 48026727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 39774995 - 39774826
Alignment:
Q  8 tagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacat-agtattgttcaaaga 106  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  | ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || | |||||| |    
T  39774995 tagttgaggatgtggccgccttagttaatctatggattgccttatttgtttgtctcctcacaaactcaacactaaagttgacataattaatattcaaaaa 39774896  T
Q  107 tag-ttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatcca 175  Q
    ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||  || || ||||||||||||    
T  39774895 tagtttttacgattatgaataatcatcccaaattttgtaacatcctaatgcacagatcaaaaactatcca 39774826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 120
Target Start/End: Original strand, 18570361 - 18570425
Alignment:
Q  56 cttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18570361 cttgtctcctcacaaactcaacactagagttgatataatattgttcaaagatatttttacaatta 18570425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 32663761 - 32663594
Alignment:
Q  24 cgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatgg 123  Q
    |||||||| |||| |||| || | |||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||  |||| || |||  ||||| |||||||||||| |||    
T  32663761 cgtcttagctaatttatgagcaatctcatttgcttgtctccgtacaaactcaacagtcgagttttcataataatgtctaaagagagttttacaattttgg 32663662  T
Q  124 ataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatc 191  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||  | | | || |||||||||||| |||| | ||||||||    
T  32663661 ataatgataccaaattcggtaacatcatgtcgagaagataaaaaactatccaccactctcttcgcatc 32663594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 180 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 15017329 - 15017250
Alignment:
Q  180 ttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagag 259  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  15017329 tttttttgcatcaaactcaaaatcaataggtcctaaatgcaagtgatgaacccattttaaagatgatatcaatccaagag 15017250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 121
Target Start/End: Original strand, 46387899 - 46387992
Alignment:
Q  28 ttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattat 121  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||    
T  46387899 ttagctaaactatgagcaacctcatttgcttgcctccatacaaactcaacacgagagttttcatagaattgtttagagagagttttacaattat 46387992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0913 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0913
Description:

Target: scaffold0913; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 3685 - 3065
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  3685 tggaaactagatgaggatgtggccgtcttagctaatctacgagatggctcatttgcttgtctcctcacaaattcaacactagagttcacataatatcgtt 3586  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgc-tcaa 199  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||  ||||| || | ||    
T  3585 caaagataattttacaattatgaataattatcccaaactctgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaattatccaccacctttttgtcatcaagcatgaa 3486  T
Q  200 aatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattc 299  Q
    ||||||||||||  || ||||  |||||||| |||||||||||  || ||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||     
T  3485 aatcgataggtctcaaatgtagttgatgaacccattctaaagccgatgacaatcctagagcttcgccaacatgtacctcacagactggagtaaaccattt 3386  T
Q  300 agtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccac--tct--------aatc-------agctggtttgatccatttc 382  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||        ||||       || ||||||||||||||||    
T  3385 agtttttgccaaaacaaaagtgtatgtatcatcccttatacaaactcttatttccacaatcttgcacataaatcttcgtttagttggtttgatccatttc 3286  T
Q  383 acatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgctctctcgataacataaa 482  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||| |        |   |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  3285 acatttccttcttgtcgcggctgcgtacaagatgtattacaaatcctataaatggtttgtcaatcatgaagcataacttttgatctctccaaaacataaa 3186  T
Q  483 cttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatc 582  Q
    |||||  ||||| ||| || |||||||||||||||||||| | ||| |||||| | | ||||||| ||  |||||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  3185 cttgacaatcaattacttc-ttccacactctgttgtttctttgttttcagatactgcgcaacaca-aatcaaataaagccacatcttccttagataaatc 3088  T
Q  583 ttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |||||||| |||||| |||||||    
T  3087 ttgtaatgttttgaagataatat 3065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0898 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0898
Description:

Target: scaffold0898; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Original strand, 1916 - 2536
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  1916 tggaaactagatgaggatgtggccgtcttagctaatctacgagatggctcatttgcttgtctcctcacaaattcaacactagagttcacataatatcgtt 2015  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgc-tcaa 199  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||  ||||| || | ||    
T  2016 caaagataattttacaattatgaataattatcccaaactctgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaattatccaccacctttttgtcatcaagcatgaa 2115  T
Q  200 aatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattc 299  Q
    ||||||||||||  || ||||  |||||||| |||||||||||  || ||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||     
T  2116 aatcgataggtctcaaatgtagttgatgaacccattctaaagccgatgacaatcctagagcttcgccaacatgtacctcacagactggagtaaaccattt 2215  T
Q  300 agtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccac--tct--------aatc-------agctggtttgatccatttc 382  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||        ||||       || ||||||||||||||||    
T  2216 agtttttgccaaaacaaaagtgtatgtatcatcccttatacaaactcttatttccacaatcttgcacataaatcttcgtttagttggtttgatccatttc 2315  T
Q  383 acatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataacttttgctctctcgataacataaa 482  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||| |        |   |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  2316 acatttccttcttgtcgcggctgcgtacaagatgtattacaaatcctataaatggtttgtcaatcatgaagcataacttttgatctctccaaaacataaa 2415  T
Q  483 cttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatc 582  Q
    |||||  ||||| ||| || |||||||||||||||||||| | ||| |||||| | | ||||||| ||  |||||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  2416 cttgacaatcaattacttc-ttccacactctgttgtttctttgttttcagatactgcgcaacaca-aatcaaataaagccacatcttccttagataaatc 2513  T
Q  583 ttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |||||||| |||||| |||||||    
T  2514 ttgtaatgttttgaagataatat 2536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 17237414 - 17237777
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |  ||||  | ||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17237414 tggaaactagctgaggatgtggcctccttaacttatctatgtgctgcctcatttgtttgcctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 17237513  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
     ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||    
T  17237514 taaagatagttttacagttatgaataatcatcccaatttctgtaacatcatgatgtggagatgaaaaactatccaccacttttctagcgtcaagctcaaa 17237613  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtag----ctcacaaactggagtacatca 296  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||| ||||  |||||||||     |||||  ||||| ||| | ||    
T  17237614 atcgataggtcccaagtgtaagtgatgaacccattctaaagctgataacagttcaagaacttcgtcaacatgtatgtatctcaccgactggggtaaacca 17237713  T
Q  297 ttcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17237714 ttcagtttttgccaaaacaaaagtgtctgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 17237777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 32295835 - 32296189
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||   ||||| |||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  32295835 tggaaactagctgaagatgtggtatccttagctaatctatgg-ctgcctcatttgtttgtcttctcacaaactcaacactagagttgacatgatattgtt 32295933  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||| || |||||| ||| ||  ||||||    
T  32295934 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgcaacatcttgacgtgcagatgaaaaactatccaccattttttttgcaacaatctcaaa 32296033  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattca 300  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||| | ||||||    
T  32296034 atcgataggtcccaagtgtaattgatgaactcattccaaaaatgataacaatccaagagcttcgccaacatgtacctcacggactggagtaaaccattca 32296133  T
Q  301 gtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||     |||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  32296134 gtttttgccaaaataaaagtgc----ctcatccattatacaaactcctattccccctcta 32296189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Original strand, 17237826 - 17238071
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  17237826 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgtggatgtgcacaagatgtattacaaatcctacgtgcatcttgtcaatcatgaagcataactt 17237925  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttga--gcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaa 559  Q
    |||||||||| | |||||||| | ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  17237926 ttgctctctcaacaacataaaatggatcgcatcaattacctcattccacactctgttgtttctttgtttccatatactccacaacatacaacaaaataaa 17238025  T
Q  560 gtcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    || | ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  17238026 gttgcatccttcttagataaatcttgtaatgttttgaagataatat 17238071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 20174655 - 20174432
Alignment:
Q  49 tcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacat 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||    
T  20174655 tcatttgcttgtctcctcacaaactcaacactagaattgacataatattgttcaaagatagttttacaattatgaataatcatctcaaactctataacat 20174556  T
Q  149 cctgatgtgcaaat-gaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaata 247  Q
    | ||||||| | ||  ||||||||||   |||| |||| |||||| ||| ||||  |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  20174555 cttgatgtgtagataaaaaaactatc---cactattttggcatcaagctaaaaactgataggcccaaagtgtaattgatggactcattctaaagctcata 20174459  T
Q  248 acaatccaagagcttcaccaacatgta 274  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  20174458 acaatccaagagtttcaccaacatgta 20174432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Original strand, 32296238 - 32296473
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||| ||||||||  || || | ||||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  32296238 tcagctggtttgatccatttcacattttcatcttgtcgcggctatgcacaagatgtattacgaaacctatgtgcatcttgccaatcatgaagcatagttt 32296337  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    || | |       || |||||||||||  |||| |||||||||| | ||| |||| ||||| | |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||     
T  32296338 tttcac-------aatataaacttgagtctcaattacctcattctagactttgttatttct-tgtttccatatactccacaacacacagcaaaataaagc 32296429  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    || ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  32296430 cgcatcttccttagataaatcctgtaatgctttgaaaataatat 32296473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 20174425 - 20174376
Alignment:
Q  305 ttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattccc 354  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20174425 ttgccaaaacaaaagtgtatgtatcatcccttatacaaactcttattccc 20174376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 225 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 16985234 - 16985178
Alignment:
Q  225 atgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcaca 281  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||    
T  16985234 atgaacccattctaaagcatataacaatccaagagtttcacccacatgaacctcaca 16985178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 33 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44022298 - 44021980
Alignment:
Q  33 taatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatc 132  Q
    ||||||||| |||  |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44022298 taatctatgagctgtctcatttgtttgtcttctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttgcaattatggataatcatc 44022199  T
Q  133 ccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactc 232  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  44022198 ccaaattatgtaacatcctaatgtgcagatgaaaaaccatccaccacttttttggcatcaagttcaaaat-gataggtcccaagtgtaagtgatgaaccc 44022100  T
Q  233 attctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatc 332  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||      ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  44022099 attctaaagctgataacagtccaagagcttcgccaac-----cctcacaaactgaagttaaccattcagtttttgccaaaacaaaaatgtctgtatcatc 44022005  T
Q  333 ccttatacaaactcatattcccact 357  Q
    | |||||||||||| ||||||||||    
T  44022004 cattatacaaactcctattcccact 44021980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 42132179 - 42131897
Alignment:
Q  1 tggatactagttgaggatgtggtcgtcttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgtt 100  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  42132179 tggaaactagatgaagatgtggtcaccttagctaatctatgggttgcctcatttgtttgtctcctcacaaactcaacactagagttgatataatattgtt 42132080  T
Q  101 caaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||    
T  42132079 caaagatagttttacgattatggataatcatcccaaattatgtaacatcctgatgtgcagatgaaaaactatccaccacttttttggcaccaagctcaaa 42131980  T
Q  201 atcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaa 283  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  42131979 atcgataggtcacaagtgtaattgatgaacccattcgaaagttgataacaatccaagagtttcgccaacatgtacctcacaaa 42131897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 27 - 357
Target Start/End: Original strand, 30939605 - 30939935
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggata 126  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||  ||| |||| |||||||||||  | ||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||    
T  30939605 cttagttaatctataggttacctcattttcttatctcatcacaaactcattattagagttggtataatattgatcaaagatagttttaaaattatgaata 30939704  T
Q  127 atcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaaatgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgat 226  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | | || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  30939705 atcatcccaaattttgtaacatcttgatgtgcagatgaaaaattgttcatcacttttttggcatcaagctcaaaatcgataggtctcaagtgtaattgat 30939804  T
Q  227 gaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgt 326  Q
    ||||  |||||||| |  ||||||||  ||||||||   |||||| || |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  30939805 gaacctattctaaaacggataacaataaaagagctttgtcaacatatacctcacagacttgagtaaatcattcagtttttgccaaaacgaaagtgcatgt 30939904  T
Q  327 atcatcccttatacaaactcatattcccact 357  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30939905 atcatcccttatacaaactcttattcccact 30939935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 362 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 32922808 - 32922565
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||| ||||  ||    
T  32922808 tcagttggtttgatccatttcacatttcctacttgtcgcggttgtgcacatgatgtattacaaatcttacatgcatcttaccaatcatgaaacatagatt 32922709  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagt 561  Q
    || ||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| | ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  32922708 ttactctctccacaacatatacttaagcatcaactacctcatttcatactctattgtttctttgttttcaaatactccacaacacacaacaaaataaagg 32922609  T
Q  562 cgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |  ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  32922608 cacatcttccttagataaatcgtgtaatgctttgaagataatat 32922565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 364 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 42131816 - 42131577
Alignment:
Q  364 agctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactttt 463  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| || ||||||||    ||||||||||||||||  ||||    
T  42131816 agctggtttgatctatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaagatgtattgcaaaacctacgtgcatg---ccaatcatgaagcatagttttt 42131720  T
Q  464 gctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaacacacaacaaaataaagtcg 563  Q
    |||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |     
T  42131719 gctctctccacaacataaaattgagtatcaattacctcattccacactttgttgtttctttgtttccacatattccacaacacacatcaaaataaagccc 42131620  T
Q  564 tatc-gtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
     |||  | |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  42131619 catcttttcttagataaatcatgtaatactttgaaaataatat 42131577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 57 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 43896525 - 43896222
Alignment:
Q  57 ttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgt 156  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | | || |||  ||||||    
T  43896525 ttgtctcctcacaaactcaatacggaagttgatataatattgttcaaagatagttttacaattatgaataatcattccaaactttatagcattatgatgt 43896426  T
Q  157 gcaaatgaaaaactatccaacacttttttc---gcatcatgctca-aaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaat 252  Q
    |||  |||||||  || || || ||||||    ||||||   ||| |||  |||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||     
T  43896425 gcagttgaaaaatcattcatcatttttttttttgcatcaatttcagaaaaagatatgtcccaagtgtaattgataaactcattctaaagctaatatcaag 43896326  T
Q  253 ccaagagcttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattc 352  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||||||     
T  43896325 ccaagagtttcaccaacatgtatctcgcatactggagtaaattattcagtttttgtcaaaacaaaagtttatgtataatcccttatacaacctcatattt 43896226  T
Q  353 ccac 356  Q
    ||||    
T  43896225 ccac 43896222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 164 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 32923053 - 32922857
Alignment:
Q  164 aaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagcttc 263  Q
    |||||||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||| || |||    
T  32923053 aaaaactatctattacttttttggcatcaagctcaaaatcgataggttcaaaatgtaattgatgaatcaattctaaagctgataacaatccaaaagtttc 32922954  T
Q  264 accaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  32922953 gccaacatgtacatcacaaactggagtaaaccattcagtttttgccaaaacaaaagtgcctacatcatcccttatacaaactcttattcccagtcta 32922857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 446 - 605
Target Start/End: Original strand, 24428082 - 24428239
Alignment:
Q  446 tcatgaagcataacttttgctctctcgataacataaacttgagcatcaactacctcattccacactctgttgtttctctatttccagataatccacaaca 545  Q
    |||||||||||| |||||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||| |||||| ||||||  |    
T  24428082 tcatgaagcatagcttttattctctccacaacataaactttagcatcaactacctcattccacactttattgtttctttgttttcagatactccaca--a 24428179  T
Q  546 cacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  24428180 cacaacaaaataaagccgcatcttccttagataaatcatgtaatgctttgaaaataatat 24428239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 362 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 44021928 - 44021807
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    |||| |||||||||||||    
T  44021928 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgcagcggttgtgcacaagatgtattacaaatcctacgtgcatct----aatcgtgaagcataactt 44021833  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttga 487  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||    
T  44021832 ttgctctctcgacactataaacttga 44021807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 39221011 - 39220712
Alignment:
Q  61 ctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatcatcccaaattctgtaacatcctgatgtgcaa 160  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| |  || |||||||  || ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| | ||| ||||| ||   ||  |    
T  39221011 ctccttacaaactcaacattggagttaatgtaatattgtttgaaaataattttacaattatgaatagtcatcccaaactttgtgacatcgtgcgttgaga 39220912  T
Q  161 atgaaaaactatccaacacttttttcgcatcatgctcaaaatcgataggtcctaagtgtaagtgatgaactcattctaaagctaataacaatccaagagc 260  Q
    |||| ||| |||||| |   ||||| ||||||  ||||||||| ||||||| ||| |  |||| |||||| || ||||  ||| |||||||||  | |||    
T  39220911 atgacaaattatccatcgtctttttagcatcaaactcaaaatcaataggtcttaaattcaagtcatgaacccaatctaccgctgataacaatcatatagc 39220812  T
Q  261 ttcaccaacatgtagctcacaaactggagtacatcattcagtttttgccaaaacaaaagtgcttgtatcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    || ||||||||| | |||||||| |||| || | ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| |||||| ||||||    
T  39220811 ttaaccaacatgcacctcacaaattggactaaaccattcagttttcgctaaaacaaaagtgcatgtatcatccattatgcatactcctattccaactcta 39220712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 32924127 - 32924064
Alignment:
Q  67 acaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattatggataatca 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32924127 acaaactcaacactagagttgacatgatattgttcaaagatagttttacaattaaggataatca 32924064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 362 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 43896170 - 43896038
Alignment:
Q  362 tcagctggtttgatccatttcacatttccttcttgtcgcggttgtgcacaaaatgtattaaaaatccaacgtgcatctgaccaatcatgaagcataactt 461  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| | |||||||| | |||| || |||||||   |||||||||||  || |||    
T  43896170 tcagctgctttgatccatttaacatttctttcttgtcgcggctatgcacgagatgtattacatatcctacatgcatcttgtcaatcatgaagtgtagctt 43896071  T
Q  462 ttgctctctcgataacataaacttgagcatcaa 494  Q
    |||  ||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  43896070 ttgtgctctcaacaacataaactttagcatcaa 43896038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 545 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 32109955 - 32109895
Alignment:
Q  545 acacaacaaaataaagtcgtatcgtccttagataaatcttgtaatgctttgaacataatat 605  Q
    |||||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32109955 acacaacaaattaaagttgcatcttccttggataaatcttgtaatgctttgaagataatat 32109895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 42131887 - 42131854
Alignment:
Q  327 atcatcccttatacaaactcatattcccactcta 360  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42131887 atcatcccttatacaaactcatgttcccactcta 42131854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 11090 - 10997
Alignment:
Q  28 ttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaattat 121  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||  | ||| ||||||||||||||    
T  11090 ttagctaaactatgagcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacgagagttttcatagaattgtctagagagagttttacaattat 10997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Original strand, 203184 - 203277
Alignment:
Q  27 cttaggtaatctatgggctacctcattggcttgtctcctcacaaactcaacactagagttgacatagtattgttcaaagatagttttacaatta 120  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   ||||| |||||||||||||    
T  203184 cttagctaaactatgggcaacctcatttgcttgcctccgtacaaactcaacacaagagttttcataaaattgactaaagagagttttacaatta 203277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University