View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4995-Insertion-6 (Length: 247)

Name: NF4995-Insertion-6
Description: NF4995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4995-Insertion-6
NF4995-Insertion-6
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (8-247)||(21005956-21006195)
chr6 (8-247)||(20903240-20903479)
chr6 (8-247)||(20921846-20922079)
chr6 (159-209)||(21005850-21005900)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-247)||(41336398-41336637)
[»] scaffold0557 (2 HSPs)
scaffold0557 (8-247)||(5728-5973)
scaffold0557 (8-247)||(5079-5324)
[»] scaffold0115 (2 HSPs)
scaffold0115 (8-247)||(46932-47177)
scaffold0115 (8-198)||(47840-48039)
[»] scaffold0442 (2 HSPs)
scaffold0442 (46-247)||(9160-9367)
scaffold0442 (8-247)||(8444-8689)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21006195 - 21005956
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21006195 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 21006096  T
Q  108 gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21006095 gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcaggatagatttgacgctgcatgtt 21005996  T
Q  208 tttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21005995 ttgattgacattgtgatttggaatcatagtactcatgttg 21005956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20903479 - 20903240
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20903479 gcaaccatgttcataactggcattggagtactcatcattgtagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgag 20903380  T
Q  108 gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtt 207  Q
    | |||| |||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||| | |||||| |    
T  20903379 gatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccggtgtagatttgatgttgcatgct 20903280  T
Q  208 tttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    || ||| |||   ||||||||||||||||||||| |||||    
T  20903279 ttgattaacaccctgatttggaatcatagtactcatgttg 20903240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20922079 - 20921846
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    
T  20922079 gcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgtttctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacctgag 20921980  T
Q  108 gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtt 207  Q
    | |||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| |    
T  20921979 gatgcaagttt------acactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgct 20921886  T
Q  208 tttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    || ||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  20921885 ttgattgataccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 20921846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 21005900 - 21005850
Alignment:
Q  159 tgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||||    
T  21005900 tgttcttgttttgttgaacacttgcatggtagatttgaggctgcatgtttt 21005850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41336637 - 41336398
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41336637 gcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgag 41336538  T
Q  108 gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtt 207  Q
    | |||| |||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| |    
T  41336537 gatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgct 41336438  T
Q  208 tttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    || |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  41336437 ttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 41336398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0557
Description:

Target: scaffold0557; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Original strand, 5728 - 5973
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||     
T  5728 gcaaccatgttcataacttgcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagacttgaa 5827  T
Q  108 gttg------catgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 201  Q
      ||      ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||    
T  5828 actgaatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgacgttg 5927  T
Q  202 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    |||| ||| ||| |||  || ||||||||||||||||||| |||||    
T  5928 catgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtactcatgttg 5973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 5324 - 5079
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  5324 gcaaccatgttcgtaactggcattaaagcactcatcattgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagacttgag 5225  T
Q  108 gt------tgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 201  Q
            ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||     
T  5224 acagcacgtgcatgttttcattaacacttggagttggaaccatagtactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggtagatttgacgcta 5125  T
Q  202 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    |||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  5124 catgctttaattaacactgtgatttagaatcatagtattcatgttg 5079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 47177 - 46932
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||  |||||| ||||| || |||||||||||| |||||||    
T  47177 gcaaccatgttcataactggcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttactgttctgttgttgattaaaacttgaagtgtagacttgag 47078  T
Q  108 gttgcatgt------tagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 201  Q
      |||||||      |   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| ||    
T  47077 actgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcacgatgatgttcttgtattgttgaacacttccagggtagatttgacgttg 46978  T
Q  202 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    |||| ||| ||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  46977 catgctttgattaacaccgtgatttggaatcatggtactcatgttg 46932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 198
Target Start/End: Original strand, 47840 - 48039
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  47840 gcaaccatgttcataactggcattaaagtaatcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagcgtagacttgag 47939  T
Q  108 ---------gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacg 198  Q
               ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||    
T  47940 actgctgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccataatactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttacaagctagatttgacg 48039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0442
Description:

Target: scaffold0442; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 247
Target Start/End: Original strand, 9160 - 9367
Alignment:
Q  46 tgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgt------tagaattaacactaggagttgga 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||      |   |||||||||||||||||||    
T  9160 tgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttcttgattaacacttgaagtgtagacttgaaactgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttgga 9259  T
Q  140 accatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtac 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| | |||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||    
T  9260 accatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgaagttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtac 9359  T
Q  240 tcgtgttg 247  Q
    || |||||    
T  9360 tcatgttg 9367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 8 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8689 - 8444
Alignment:
Q  8 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |   |||||||  |||||||||||||||| | |||||| | |||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  8689 gcaaccatgttcataactggcattaatacactcatcgttgaagtattcatcatggttttgctcttttgttgttgattaacacttgaggtgtagacttgag 8590  T
Q  108 gttgcatgt------tagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 201  Q
      |||||||      |   ||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| ||    
T  8589 actgcatgtgcatgttttgatttacactaggagtttgaaccatagtactcacaatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggttgatttgacgttg 8490  T
Q  202 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttg 247  Q
    |||| ||| ||| |||  ||||||| ||||||||||| || |||||    
T  8489 catgctttaattaacaccgtgatttagaatcatagtattcatgttg 8444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University