View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4995_low_1 (Length: 873)

Name: NF4995_low_1
Description: NF4995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4995_low_1
NF4995_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-856)||(32214968-32215823)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 32215823 - 32214968
Alignment:
Q  18 cacaataaagacggaatttctaacataaaagaataataaagaaaaagnnnnnnnnaattaaattnnnnnnncataaagataatccatactacnnnnnnnn 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||       |||||||||||||||||||||            
T  32215823 cacaataaagacggaatttctaacataaaagaataataaagaaaaagttttttttaatcaaattaaaaagacataaagataatccatactactttttttt 32215724  T
Q  118 ngtaagaattattgcttacacatagcaactagatgtaccaact------------------aactgataacatgttcttctttnnnnnnngaaagaacta 199  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  32215723 t-taagaattattgcttacacatagcaactagatgtaccaactccaatagaacaaccaactaactgataacatgttcttctttaaaaaaagaaagaacta 32215625  T
Q  200 ataacatgttcttatctttaagagccggtgagaaaatatcatgcatggtttacagtctatttagattggcttatttgagttaagttgtgtaagacagttt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32215624 ataacatgttcttatctttaagagtcggtgagaaaatatcatgcatggtttacggtctatttagattggcttatttgagttaagttgtgtaagacagttt 32215525  T
Q  300 ggttgggagagtttatgaaaaacgaacttataggttatatgaaacaattgattcaagtcctcatgggtaggaaactaggaatttatcatattaatttttc 399  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32215524 gtttgggagagtttatgaaaaacgaacttataggttatatgaaacaattgattcaagtcctcatgggtaggaaactaggaatttatcatattaattttcc 32215425  T
Q  400 tcaatcctcaatttaggttaggtannnnnnnnnnatcgaattgatatcaatcatgtcactatatcaattataagaatgtagaggaccatgaacttttgct 499  Q
    |||||||||||||||||||||||           ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32215424 tcaatcctcaatttaggttaggt-ttttttttttatcgaatcgatatcaatcatgtcactatgtcaattataagaatgtggaggaccatgaacttttgct 32215326  T
Q  500 aaaaagattttgactcgattaatatcaaagtatgatggttgctccatggacttcaagattactcaattgacttaaaaa-tcaatctggacctaggactcg 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  32215325 aaaaagattttgactcgattaatatcaaaatatgatggttgctccatggacttcaagatcactcaattgactaaaaaaatcaatttggacctacgactcg 32215226  T
Q  599 attgaaagtaaaattgagatatctgttgaacaaatttctcaaagttttagatgattttctaatatagatccatcatagaccaaatgagacaaaacccaaa 698  Q
    ||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32215225 attgaaagcgaaattgagatatttgctgaacaaatttctcaaagttttagatgattttctaatatagatccatcatagaccaaatgagacaaaacccaaa 32215126  T
Q  699 taattggcccatctaaacatctatctagaagtgctgctatgcatactcctcttcttgtttggtgtgtgatctggaggtcatgctataattaagcacataa 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32215125 taattggcccatctaaacatctatctagaagtgctgctatgcatactcctcttcttgtttggtgtgtgatctggaggtcatgctataattaagcacataa 32215026  T
Q  799 tgaactcatttcctatactactataatttatttatcaaattagaagcaaagctcatgt 856  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32215025 tgaactcatttcctatactactataatttatttatcaaattagaagcaaagctcatgt 32214968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University