View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5000_high_14 (Length: 203)

Name: NF5000_high_14
Description: NF5000
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5000_high_14
NF5000_high_14
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (17-182)||(36207274-36207439)
chr2 (9-181)||(38937659-38937832)
chr2 (37-179)||(9708619-9708762)
chr2 (37-179)||(15830590-15830733)
chr2 (111-179)||(7278070-7278139)
chr2 (150-182)||(3106830-3106862)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (17-182)||(6915069-6915235)
chr5 (37-179)||(17648024-17648167)
chr5 (41-179)||(5574269-5574408)
chr5 (37-98)||(20731477-20731538)
chr5 (23-97)||(5577095-5577169)
chr5 (23-97)||(19292950-19293024)
chr5 (53-130)||(20731087-20731163)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (17-182)||(25630477-25630643)
chr8 (14-182)||(12502389-12502558)
chr8 (37-179)||(15565262-15565405)
chr8 (37-179)||(26124-26267)
chr8 (39-179)||(20832018-20832159)
chr8 (37-179)||(44308412-44308551)
chr8 (23-97)||(15730801-15730875)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (37-182)||(48083245-48083393)
chr4 (50-182)||(42259966-42260099)
chr4 (39-161)||(12800507-12800630)
chr4 (37-179)||(6336708-6336851)
chr4 (37-179)||(1613752-1613895)
chr4 (39-179)||(56443432-56443573)
chr4 (37-179)||(55082740-55082883)
chr4 (23-97)||(17215246-17215320)
chr4 (23-97)||(39334126-39334200)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (37-184)||(35234040-35234188)
chr3 (37-179)||(35235147-35235290)
chr3 (39-180)||(54493020-54493162)
chr3 (37-179)||(54602863-54603006)
chr3 (40-161)||(55482038-55482160)
chr3 (61-179)||(40066251-40066370)
chr3 (39-179)||(32751426-32751567)
chr3 (37-179)||(1092317-1092460)
chr3 (37-179)||(20819526-20819669)
chr3 (37-179)||(54627763-54627905)
chr3 (37-175)||(24782812-24782960)
chr3 (39-98)||(55481568-55481627)
chr3 (23-97)||(40791666-40791740)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (37-179)||(29487590-29487733)
chr1 (37-182)||(42775020-42775165)
chr1 (37-179)||(1799440-1799583)
chr1 (37-182)||(25377032-25377178)
chr1 (43-179)||(39365144-39365281)
chr1 (37-179)||(44431490-44431633)
chr1 (37-182)||(16797896-16798043)
chr1 (37-179)||(16835103-16835246)
chr1 (37-179)||(21247185-21247328)
chr1 (37-179)||(46295163-46295306)
chr1 (20-97)||(18806936-18807013)
chr1 (37-98)||(16797361-16797424)
chr1 (153-182)||(48731384-48731413)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (23-142)||(425040-425159)
scaffold0002 (23-142)||(407629-407749)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (37-179)||(26831835-26831978)
chr7 (61-179)||(26928379-26928498)
chr7 (39-182)||(42261054-42261197)
chr7 (37-179)||(14103556-14103699)
chr7 (37-179)||(14413573-14413716)
chr7 (37-182)||(15752523-15752665)
chr7 (44-179)||(36897698-36897832)
chr7 (23-97)||(34956157-34956231)
chr7 (23-97)||(29417845-29417919)
chr7 (55-97)||(17774602-17774644)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (37-182)||(1563646-1563788)
chr6 (23-97)||(23075047-23075121)
chr6 (37-103)||(11099672-11099738)
[»] scaffold0340 (1 HSPs)
scaffold0340 (61-176)||(1613-1728)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (17-97)||(13018-13098)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (119-179)||(42198-42259)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 36207439 - 36207274
Alignment:
Q  17 caaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36207439 caaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattaattttccatgtgacaggtgtggt 36207340  T
Q  117 tgtactttgctatgctgactttcatatcattagctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36207339 tgtactttgctatgctgactttcatatcattagctctaatacatggttaatgtttgttcgtttcag 36207274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 38937832 - 38937659
Alignment:
Q  9 tggagtagcaaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgaca 108  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||  ||||||  ||||||||||||| ||| |||||    
T  38937832 tggagtaacagaggcatatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcgtgtatgctatgcattagtttttcatctgaca 38937733  T
Q  109 ggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttca 181  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38937732 ggtgtagttgtactttattatgctgactttcacatcatcaggctctaatacatggttaatttttgatcgtttca 38937659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 9708619 - 9708762
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||    
T  9708619 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtgattctactttactatgctgact 9708718  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9708719 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 9708762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 15830590 - 15830733
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15830590 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctcacaagtgtggttgtactttactatgttgact 15830689  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15830690 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgattgttt 15830733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 111 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 7278139 - 7278070
Alignment:
Q  111 tgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  7278139 tgtgggtgtactttgctatgctgactatcatatcattatgctctaatacgcggttaatgtttgatcgttt 7278070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 182
Target Start/End: Original strand, 3106830 - 3106862
Alignment:
Q  150 ctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3106830 ctctaatacatggttaatgtttggtcgtttcag 3106862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Original strand, 6915069 - 6915235
Alignment:
Q  17 caaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggt 116  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6915069 caaagccatatattttgacgtcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggt 6915168  T
Q  117 tgtactttgctatgctgactttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6915169 tgtactttgttatgttgactttcatatcattaggctctaatacatgattaatgtttgatcgtttcag 6915235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 17648024 - 17648167
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  17648024 tcttggttatgtcaatcatatattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgact 17648123  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17648124 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgttt 17648167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 41 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 5574408 - 5574269
Alignment:
Q  41 ggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttca 140  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5574408 ggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgactttca 5574309  T
Q  141 tatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5574308 tatcgttagactctaatacatgattaatgtttgaacgttt 5574269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 98
Target Start/End: Original strand, 20731477 - 20731538
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttt 98  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20731477 tcttagttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttt 20731538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 5577095 - 5577169
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  5577095 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattagttt 5577169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 19292950 - 19293024
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19292950 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattagttt 19293024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 130
Target Start/End: Original strand, 20731087 - 20731163
Alignment:
Q  53 catatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatg 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||  || | |||||||||||||||||||||    
T  20731087 catatatcatttatgtgcttcattatgcatgtcatgtattatttttccatccgaga-gtgtggttgtactttgctatg 20731163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 25630643 - 25630477
Alignment:
Q  17 caaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggt 116  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||     
T  25630643 caaagccatatattttgacatcttgtttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgaaaggtgtggc 25630544  T
Q  117 tgtactttgctatgctgactttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25630543 tctactttgctatgctgactttcatatcattaggctctaatacatggttaatgtttgatcgcttcag 25630477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 12502558 - 12502389
Alignment:
Q  14 tagcaaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgt 113  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  12502558 tagcaaagcgatatattttgacttcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgctttattatgtatgttatgcattagttttccatctgacatgtgt 12502459  T
Q  114 ggttgtactttgctatgctgactttcatatcatt-agctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12502458 ggttgtactttgttatgctgacgttcatatcattaagctctaatatatggttaatgtttgatcgtttcag 12502389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 15565262 - 15565405
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  15565262 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgact 15565361  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15565362 ttcatatcgttagactctaatacatggttaacgtttgatcgttt 15565405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 26267 - 26124
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  26267 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagcgtggttgtactttactatgctgact 26168  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  26167 ttcatatcgttagactataatacatggttaatgtttgatcgttt 26124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 20832159 - 20832018
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20832159 ttggttatgtcaatcatgcattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgacttt 20832060  T
Q  139 catatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||| |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  20832059 catatcgttagactctaatacatttttaatgttttatcgttt 20832018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 44308551 - 44308412
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||| |||||    
T  44308551 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctaac----gtggttgtactttactatgttgact 44308456  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44308455 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 44308412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 15730875 - 15730801
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||    
T  15730875 catatattttgacatcttggttatgtcaattatatgtcatttatgtgtttcgtcatgtatgccatgcattagttt 15730801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 5e-58; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 48083393 - 48083245
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgt--catgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  48083393 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtgactgtattttgctatgctga 48083294  T
Q  135 ctttcatatcatt-agctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48083293 ctttcatatcattaagctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 48083245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 50 - 182
Target Start/End: Original strand, 42259966 - 42260099
Alignment:
Q  50 aatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcatt-a 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42259966 aatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccttctgacaggtgtgactgtactttgctatgctgactttcatatcattaa 42260065  T
Q  149 gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42260066 gttcaaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 42260099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 12800630 - 12800507
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12800630 ttggttatgtcaatcatatgttatttatgtgcttcattttgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggttgtactttgctatgttgacttt 12800531  T
Q  139 catatcatta-gctctaatacatg 161  Q
    |||||||||| |||| ||||||||    
T  12800530 catatcattaggctccaatacatg 12800507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 6336708 - 6336851
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6336708 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatggtgact 6336807  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336808 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 6336851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 1613895 - 1613752
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1613895 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctcacaagtgtggttgtactttactatgctgact 1613796  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1613795 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgttt 1613752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 56443573 - 56443432
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    ||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  56443573 ttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgacttt 56443474  T
Q  139 catatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  56443473 catatcgttagactctaagacatgattaatgtttgatcgttt 56443432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 55082883 - 55082740
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||| || ||||||| |||| ||||| |||||    
T  55082883 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttctatctgacaagtatggttgtcctttactatgttgact 55082784  T
Q  137 ttcatatcatt-agctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  55082783 ttcatatcgttaaactctaatacatagttaatgtttgatcgttt 55082740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 17215320 - 17215246
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  17215320 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcattatgtatgccatgcattagttt 17215246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 39334126 - 39334200
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  39334126 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattggttt 39334200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 37 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 35234188 - 35234040
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  35234188 tcttggttatgccaatcatatgtcattcatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggctgtactttgctatgctgtct 35234089  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcagag 184  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35234088 tttatatcattaggcactaatacatggttaatgtttgatcgtttcagag 35234040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 35235290 - 35235147
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  35235290 tcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacatgtgtggttgtactttactatgctgact 35235191  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35235190 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 35235147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 39 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 54493162 - 54493020
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  54493162 ttggctatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtataccatgcattagtttttcatttgacaggtgtggttatactttgttatgctgacttt 54493063  T
Q  139 catatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttc 180  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  54493062 catatcattaggctctaatacatcattaatgtttgatcgtttc 54493020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 54602863 - 54603006
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  54602863 tcttggttatgccaatcatgtcttatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgact 54602962  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54602963 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgttcgatcgttt 54603006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 40 - 161
Target Start/End: Original strand, 55482038 - 55482160
Alignment:
Q  40 tggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttc 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  55482038 tggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttttcatatgacaagtgtggctgtacgttgctatgctgactttc 55482137  T
Q  140 atatcatta-gctctaatacatg 161  Q
    ||||||||| ||| |||||||||    
T  55482138 atatcattatgctataatacatg 55482160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 179
Target Start/End: Original strand, 40066251 - 40066370
Alignment:
Q  61 atttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcattag-ctctaataca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  40066251 atttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatttgacaagtgtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaataca 40066350  T
Q  160 tggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40066351 tggttaatgtttgatcgttt 40066370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 179
Target Start/End: Original strand, 32751426 - 32751567
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||   |||||||    
T  32751426 ttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtgtggttgtactttactacattgacttt 32751525  T
Q  139 catatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32751526 catatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 32751567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 1092460 - 1092317
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    |||||||||||||||| |  | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1092460 tcttggttatgtcaattaagtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctggcaagtgtggttgtactttactatgctgact 1092361  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  1092360 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatttttgatcgttt 1092317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 20819669 - 20819526
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20819669 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgact 20819570  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20819569 ttctaatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgttt 20819526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 54627763 - 54627905
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | || |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||||  |||||||||||||| |||||| |||     
T  54627763 tcttggttatgccaatcatgtattatatatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatcagacaaatgtggttgtactttactatgcagac- 54627861  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54627862 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 54627905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 175
Target Start/End: Original strand, 24782812 - 24782960
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcattt-atgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacag--------gtgtggttgtactttgct 127  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||         ||||| ||||||||| ||    
T  24782812 tcttggttatgtcaatcatgtattattttatgtgctttattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaatctgacaagtgtgattgtactttact 24782911  T
Q  128 atgctgactttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatc 175  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24782912 atgctgactctcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatc 24782960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 98
Target Start/End: Original strand, 55481568 - 55481627
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttt 98  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55481568 ttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtaatgcattagtttt 55481627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 40791740 - 40791666
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  40791740 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgccatgcattagttt 40791666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 112; Significance: 8e-57; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 29487733 - 29487590
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29487733 tcttggttatgcgaatcatatatcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggctgtactttgctatgctgact 29487634  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29487633 ttcatatcattagactctaatacatgattaatgtttgatcgttt 29487590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 42775165 - 42775020
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  42775165 tcttggttatgccaatcatatgtcatttctgtgctttattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggctgtactttgctatgctgac- 42775067  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  42775066 ttcatatcattaggctctaatacatggtaaatgtctgatcgtttcag 42775020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 1799440 - 1799583
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1799440 tcttgattatgccaatcatatattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgact 1799539  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1799540 ttcatatcgttagactctagtacatggttaatgtttgatcgttt 1799583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 25377178 - 25377032
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    |||||||||||  |||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  25377178 tcttggttatgcaaattctatgtgatttatgtgcttcactatgtatgtcatgcattagttttctatccgacaggtgtgactgtactttgctatgttgact 25377079  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25377078 ttcatatcattaggctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 25377032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 39365281 - 39365144
Alignment:
Q  43 ttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcata 142  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39365281 ttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcata 39365182  T
Q  143 tcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39365181 tcgttggactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 39365144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 44431633 - 44431490
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  44431633 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctaacaagtgcggttgtactttactatgttgact 44431534  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44431533 ttcatatcattagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 44431490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Original strand, 16797896 - 16798043
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgct-gac 135  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||| |||||||||||  | |||||||||||| | |||    
T  16797896 tcttggttatgtcaatcatgtgccatttatgtgcttcattatgtatgccatatattagtttttcatctgacaggtgtgactttactttgctatgttggac 16797995  T
Q  136 tttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  16797996 tttcatatcattaggctctaatatatagttaatgtttgatcgtttcag 16798043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 16835103 - 16835246
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    |||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  ||||||||||    
T  16835103 tcttgggtatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtaagacatgtattagttttccatctgacaaatgtggttgtactttattatgctgact 16835202  T
Q  137 ttcatatcatt-agctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16835203 ttcatatcgttgaactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 16835246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 21247185 - 21247328
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||| || ||| |||||||| |||||||||||    
T  21247185 tcttggttatgccaatcatatattatttatgtgcttcattatgtatcacatgtattagttttccatctgacaagtatggctgtactttactatgctgact 21247284  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  21247285 ttcatatcattataccttaatacatggttaatgtttgatcgttt 21247328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 46295163 - 46295306
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  46295163 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaaatgtggttgtactttactatgctgact 46295262  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  46295263 ttcataccgttagactataatacatggttaatgtttgatcgttt 46295306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 18807013 - 18806936
Alignment:
Q  20 aggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18807013 aggcatatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattagttt 18806936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 98
Target Start/End: Original strand, 16797361 - 16797424
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcat--tatgtatgtcatgcattagtttt 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||    
T  16797361 tcttgattatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatatgtataccatgcattagtttt 16797424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 153 - 182
Target Start/End: Original strand, 48731384 - 48731413
Alignment:
Q  153 taatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48731384 taatacatggttaatgtttgatcgtttcag 48731413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 142
Target Start/End: Original strand, 425040 - 425159
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtact 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  425040 catatattttgacatcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatggattagttttcaatctgacaggtgttgttgtact 425139  T
Q  123 ttgctatgctgactttcata 142  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  425140 ttgctatgctgactttcata 425159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 23 - 142
Target Start/End: Original strand, 407629 - 407749
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtac- 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||     
T  407629 catatattttgacatcttggttattccaatcatatgtcatttatgttcttcattttgtatgtcatgcattagttttcaatctgacatgtgttgttgtact 407728  T
Q  122 tttgctatgctgactttcata 142  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  407729 tttgctatgctaactttcata 407749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 4e-40; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 26831978 - 26831835
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||||    
T  26831978 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtgtggctgtactttactatgttgact 26831879  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26831878 ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 26831835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 26928498 - 26928379
Alignment:
Q  61 atttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcattag-ctctaataca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  26928498 atttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaataca 26928399  T
Q  160 tggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26928398 tggttaatgtttgatcgttt 26928379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 42261197 - 42261054
Alignment:
Q  39 ttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgacttt 138  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  42261197 ttggttataccaaacatatgtcatttatgtgctttattatgtatgtcatgcattatttttctatctgacatgtgtggttgtac-ttgctatactgaattt 42261099  T
Q  139 catatcatt-agctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42261098 catttgattaagctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 42261054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 14103556 - 14103699
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||| || || ||||||||| |||||||||||    
T  14103556 tcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtatgattgtactttactatgctgact 14103655  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14103656 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgttt 14103699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 179
Target Start/End: Original strand, 14413573 - 14413716
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||| || || ||||||||| |||||||||||    
T  14413573 tcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtatgattgtactttactatgctgact 14413672  T
Q  137 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14413673 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgttt 14413716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 15752665 - 15752523
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||    |||||| ||||||||||||||||    
T  15752665 tcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgacag----ggttgttctttgctatgctgact 15752570  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    || ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  15752569 tttatatcattaggctctaatggatggttaatgtttgatcggttcag 15752523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 44 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 36897832 - 36897698
Alignment:
Q  44 tatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatat 143  Q
    |||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36897832 tatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatct--caagtgtggttgtactttactatgctgactttcatat 36897735  T
Q  144 cattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36897734 cgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgttt 36897698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 34956157 - 34956231
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  34956157 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattagttt 34956231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 29417845 - 29417919
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29417845 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgccatgcattagttt 29417919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 17774644 - 17774602
Alignment:
Q  55 tatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17774644 tatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgtcatgcattagttt 17774602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Original strand, 1563646 - 1563788
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 136  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||    |||||| ||||||||||||||||    
T  1563646 tcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgacag----ggttgttctttgctatgctgact 1563741  T
Q  137 ttcatatcatta-gctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcag 182  Q
    || ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  1563742 tttatatcattaggctctaatggatggttaatgtttgatcggttcag 1563788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 23075047 - 23075121
Alignment:
Q  23 catatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  23075047 catatattttgacatcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcatgtatgccatgcattagttt 23075121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 103
Target Start/End: Original strand, 11099672 - 11099738
Alignment:
Q  37 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatg 103  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  11099672 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatg 11099738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 77; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 61 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 1728 - 1613
Alignment:
Q  61 atttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcattag-ctctaataca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  1728 atttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgac-ttcatatcgttagactctaataca 1630  T
Q  160 tggttaatgtttgatcg 176  Q
    |||||||||||||||||    
T  1629 tggttaatgtttgatcg 1613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Original strand, 13018 - 13098
Alignment:
Q  17 caaaggcatatatgttgacatcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 97  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13018 caaagccatatattttgacatcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 13098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 119 - 179
Target Start/End: Original strand, 42198 - 42259
Alignment:
Q  119 tactttgctatgctgactttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 179  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42198 tactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgttt 42259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University