View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5005-Insertion-1 (Length: 1099)

Name: NF5005-Insertion-1
Description: NF5005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5005-Insertion-1
NF5005-Insertion-1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (9-1044)||(1785631-1786693)
chr6 (774-898)||(1790956-1791083)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 1786693 - 1785631
Alignment:
Q  9 tactcaatgtgtttaagatgttaataaagattgaccttgatgtcacgatgaacaatgcagcctccttcatatgtgtgcaaaaaccaaacacctctagcac 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786693 tactcaatttgtttaagatgttaataaagattgaccttgatgtcacgatgaacaatgcagcctccttcatatgtgtgcaaaaaccaaacacctctagcac 1786594  T
Q  109 tatcaattgcaatttctagcctctttatccatgaaagcaccttgttcttgcctaatgtatacatattcatttggtaaatcttcaaagatcatagtgaaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786593 tatcaattgcaatttctagcctctttatccatgaaagcaccttgttcttgcctaatgtatacatattcatttggtaaatcttcaaagatcatagtgaaaa 1786494  T
Q  209 gaaaagagtaaacaaaatttcaaactctcatgccacaataagtacttnnnnnnn-ttaattaccaaatagccattctgaaagacttccatttggacatag 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786493 gaaaagagtaaacaaaatttcaaactctcatgccacaataagtacttaaaaaaaattaattaccaaatagccattctgaaagacttccatttggacatag 1786394  T
Q  308 ttcatagataagaagacattcatctccatcaacacaacagccaagtaaagaaacaagattttggtgcttgacatgagatagacttgtaacttctctcata 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1786393 ttcatagataagaagacattcatctccatcaacacaacagccaagcaaagaaacaagattttggtgcttgacatgagatagacttgtaacttctctcaca 1786294  T
Q  408 aaagtttctatatttccatcatcattgattatgtgcttcactgcaacttgctgattatttttcattgtacctttatagaccttacctaacatcaaataaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786293 aaagtttctatatttccatcatcattgattatgtgcttcactgcaacttgctgattatttttcattgtacctttatagaccttacctaacatcaaataaa 1786194  T
Q  508 attcaaataagannnnnnnnn--gttaaccctccggtttctaggagaaa-------taacaatctgatgttcggtctagaggtaagtaaggtctgcaaat 598  Q
    ||||||||||||           |||||||| | |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786193 attcaaataagacttctttttttgttaaccc-ctggtttctaggagaaaggagtcataacaatctgatgttcggtctagaggtaagtaaggtctgcaaat 1786095  T
Q  599 aaatgaatatcttcacttggtttgataaggagaagagttaagatttaatataccaaaccagaatttcaagtagtttaaagcagttgaatcatgacctaga 698  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1786094 aaatgaatatcttcacttggtttggtaaggagaagacttaagatttaatataccaaaccagaatttcaagcagtttaaagcagttgaatcatgacctaga 1785995  T
Q  699 aatcttgctgaatcgacgcgatctgataatttagtttttaacatagagaaaaagaagctcacctgaagttcctttcccaatgatattcatttcattgaga 798  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1785994 aatcttaccgaatcgacgcgatccgataatttagtttttaacatagagaaaaagaagctcacctgaagttcctttcccaatgatattcatttcattgaga 1785895  T
Q  799 ttgttggtggcagcatacacatccttgataggaatttttggacaagaaattttctttaac-aatttccaaatgtcac-------taaaaaagtagcacat 890  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||| ||  |   ||||    
T  1785894 ttgttggtggcagcatacacttccttgatagaaatttttggacaagaaattttctttaacaaatttccaaatgtcactgaagaataataattttatacat 1785795  T
Q  891 aagcataatattatagcctttatatatgatatggtatctaatatgagtttt--aaataattttggtcttacctttattttgtagtga-gctaatctga-- 985  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      
T  1785794 aagcataatattatagcctttatatatgatatggtatctaatatgagtttttaaaataattttggtcttacctttattttgtagtgaggctaatctgaag 1785695  T
Q  986 gatct-agat-aatgatgtatgcagtgat-aatgatatc-aaatag-ccctactgttgctgctc 1044  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  1785694 aatctaagataaatgatgtatgcagtgataaatgatatcaaaatagcccctactgttgctgctc 1785631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 774 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 1791083 - 1790956
Alignment:
Q  774 cccaatgatattcatttcattgagattgttggtggcagcatacacatccttgataggaatttttggacaagaaa-ttttctttaacaa-tttccaaatgt 871  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||    
T  1791083 cccaatgatattaatttcattcagatggttagtcgcagcatacacttccttgataggaatttttggacaagaaatttttgtttaataagtttccaaatgt 1790984  T
Q  872 cact-aaaaaagtagcacataagcataa 898  Q
    |||| | |||||||| ||||||||||||    
T  1790983 cactgagaaaagtagtacataagcataa 1790956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University