View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5005_low_16 (Length: 252)

Name: NF5005_low_16
Description: NF5005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5005_low_16
NF5005_low_16
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-241)||(37401630-37401870)
chr5 (1-241)||(37639034-37639274)
chr5 (3-242)||(37382960-37383199)
chr5 (1-241)||(37823192-37823432)
chr5 (1-241)||(37593492-37593732)
chr5 (1-241)||(37695883-37696123)
chr5 (1-242)||(37532387-37532628)
chr5 (1-215)||(37393509-37393723)
chr5 (1-212)||(37702000-37702211)
chr5 (1-212)||(37710821-37711032)
chr5 (1-215)||(37435024-37435238)
chr5 (1-112)||(37413797-37413908)
chr5 (32-187)||(37428394-37428548)
chr5 (85-173)||(26437679-26437767)
chr5 (85-173)||(26451048-26451136)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-215)||(14552686-14552900)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (3-214)||(16843630-16843841)
chr4 (12-215)||(24218374-24218577)
chr4 (3-214)||(16846298-16846508)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 37401630 - 37401870
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  37401630 tagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgag 37401729  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401730 aatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 37401829  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgt 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37401830 ttgcaatacatgggtgactcttattactacaatgattctgt 37401870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37639274 - 37639034
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  37639274 tagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgag 37639175  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639174 aatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 37639075  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgt 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37639074 ttgcaatacatgggtgactcttattactacaatgattctgt 37639034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 242
Target Start/End: Original strand, 37382960 - 37383199
Alignment:
Q  3 gaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgagaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  37382960 gaaactctacaagaattacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaa 37383059  T
Q  103 ttttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggttt 202  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37383060 tttttgatgtctctaacaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggttt 37383159  T
Q  203 gcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgtg 242  Q
    |||||||||||||   ||  ||||||| ||||||||||||    
T  37383160 gcaatacatgggtaagtccaattactataatgattctgtg 37383199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37823432 - 37823192
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  37823432 tagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgag 37823333  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  | | ||||    
T  37823332 aatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggt 37823233  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgt 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37823232 ttgcaatacatgggtgactcttattactacaatgattctgt 37823192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37593732 - 37593492
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37593732 tagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgag 37593633  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||    
T  37593632 aatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggt 37593533  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgt 241  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  37593532 ttgcaatacaagggtgtgggttattactataatgattctgt 37593492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37696123 - 37695883
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37696123 tagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgag 37696024  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||    
T  37696023 aatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggt 37695924  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgt 241  Q
    |||||||||| ||||| |  ||||||||| |||||||||||    
T  37695923 ttgcaatacaagggtgacggttattactataatgattctgt 37695883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37532628 - 37532387
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37532628 tagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgag 37532529  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   | | ||||    
T  37532528 aatttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcccttgccaatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggt 37532429  T
Q  201 ttgcaatacatgggtgtctcttattactacaatgattctgtg 242  Q
    |||||||||| |||||    ||||||||| ||||||||||||    
T  37532428 ttgcaatacaagggtgcgggttattactataatgattctgtg 37532387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37393509 - 37393723
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  37393509 tagaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgag 37393608  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||   | | ||||    
T  37393609 aatttatgatgtctctagtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggt 37393708  T
Q  201 ttgcaatacatgggt 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37393709 ttgcaatacatgggt 37393723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 37702211 - 37702000
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37702211 tagaaactttaccagagttacaggtgctgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgag 37702112  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| |    
T  37702111 aatttttgatgcctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgtaaatgacaaaaaaactgat 37702012  T
Q  201 ttgcaatacatg 212  Q
     |||||||||||    
T  37702011 ctgcaatacatg 37702000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 37711032 - 37710821
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  37711032 tagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgag 37710933  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | || |    
T  37710932 aatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatgacaaaaaaattgat 37710833  T
Q  201 ttgcaatacatg 212  Q
     |||||||||||    
T  37710832 ctgcaatacatg 37710821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37435238 - 37435024
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||||  |||| |||||| ||| ||||||| ||    
T  37435238 tagaaactctacaagagttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaag 37435139  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| |  |||     ||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||    
T  37435138 aatttttgacatcttcggtaacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggt 37435039  T
Q  201 ttgcaatacatgggt 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37435038 ttgcaatacatgggt 37435024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Original strand, 37413797 - 37413908
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| || |  ||| ||||||| ||||||||    
T  37413797 tagaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgag 37413896  T
Q  101 aattttttatgt 112  Q
    ||| ||||||||    
T  37413897 aatattttatgt 37413908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 37428548 - 37428394
Alignment:
Q  32 tttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgagaattttttatgtctctaacaacaattttagt 131  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||  |||||||| || ||||||||||||||  |  ||| ||| || | |||||||    
T  37428548 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccattccc-aagttgagaattttcgacatctataataaaatttttagt 37428450  T
Q  132 ggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 187  Q
    || |||||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428449 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 37428394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 26437767 - 26437679
Alignment:
Q  85 catttcctaagttgagaattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatg 173  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||| ||| || || ||| ||||||||    
T  26437767 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26437679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 26451136 - 26451048
Alignment:
Q  85 catttcctaagttgagaattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatg 173  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||| ||| || || ||| ||||||||    
T  26451136 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26451048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14552900 - 14552686
Alignment:
Q  1 tagaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||| || ||||| | ||  ||| ||||||||||||||||    
T  14552900 tagaaactctacaagagttacaagtgctaagtttacgatcaaatcatcttcacggagcaatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgag 14552801  T
Q  101 aattttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggt 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   | | ||||    
T  14552800 aatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggt 14552701  T
Q  201 ttgcaatacatgggt 215  Q
    |||||||||||||||    
T  14552700 ttgcaatacatgggt 14552686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Original strand, 16843630 - 16843841
Alignment:
Q  3 gaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgagaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||   ||||||||| ||||||||||||||   |||||| || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16843630 gaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaa 16843729  T
Q  103 ttttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggttt 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| |   | | ||||||    
T  16843730 tttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggttt 16843829  T
Q  203 gcaatacatggg 214  Q
    ||||||||||||    
T  16843830 gcaatacatggg 16843841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 215
Target Start/End: Original strand, 24218374 - 24218577
Alignment:
Q  12 caagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgagaattttttatg 111  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||  |||||| || ||||| ||||  ||  ||||||| ||| |||||||||   |||    
T  24218374 caagagttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatg 24218473  T
Q  112 tctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacat 211  Q
    |||||   || |||||  |||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  24218474 tctctggtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtgaatgtcaataaatctggtttgcaatacat 24218573  T
Q  212 gggt 215  Q
    ||||    
T  24218574 gggt 24218577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Original strand, 16846298 - 16846508
Alignment:
Q  3 gaaactctacaagaattacaagtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtacaatcacatgctctagtaccagccatccatttcctaagttgagaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||| || || |||||| | |||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| || |||||||    
T  16846298 gaaactctacaagagttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttccaaa-ttgagaa 16846396  T
Q  103 ttttttatgtctctaacaacaattttagtggccccttgccaacatcgtgcattaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggttt 202  Q
    ||||  |  |||   | ||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||    
T  16846397 ttttggacatcttcgataacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatgataataaaactggttt 16846496  T
Q  203 gcaatacatggg 214  Q
    ||| ||||||||    
T  16846497 gcagtacatggg 16846508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University