View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5006-Insertion-1 (Length: 1100)

Name: NF5006-Insertion-1
Description: NF5006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5006-Insertion-1
NF5006-Insertion-1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-1100)||(41819879-41820971)
chr2 (616-1075)||(32709031-32709488)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 951; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 951; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1100
Target Start/End: Original strand, 41819879 - 41820971
Alignment:
Q  8 gaacacgaataaattaccgggaccccaactctaatgaggtggaggacatcaatatcttttgtaaataatttagctccaaagtgcaatcctgttccaagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41819879 gaacacgaataaattaccgggaccccaactctaatgaggtggaggacatcaatatcttttgtaaataatttagctccaaagtgcaatcctgttccaagaa 41819978  T
Q  108 tgaatgcatgtgccaatccaagaaccatgcccatctgcattataactatctacctcatttacaactcaatgtattattcaaaaagcaattagcgagcggc 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41819979 tgaatgcaagtgccaatccaagaaccatgcccatctgcattataactatctacctcatttacaactcaatgtattattcaaaaagcaattagcgagcggc 41820078  T
Q  208 gtttatagtccttgttaaaaaggaccagcgattttttaaaaataatgtagaacacctgcaatactcgggtagcagttgttgaggccttttcatagtcctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820079 gtttatagtccttgttaaaaaggaccagcgattttttaaaaataatgtagaacacctgcaatactcgggtagcagttgttgaggccttttcatagtcctt 41820178  T
Q  308 gttagcaaatgcacctgcaagaatcgcctgaaaccaagatgatgttttttcggaagttattatttatgaactaatagaagccaagagagcaatgaatcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820179 gttagcaaatgcacctgcaagaatcgcctgaaaccaagatgatgttttttcggaagttattatttatgaactaatagaagccaagagagcaatgaatcat 41820278  T
Q  408 atctcacctgcccggcaacagccagaccatcagcaagaagagacactgccaaccaaacctgcaggcagacttgaaatgcagccatggatgttgatccgtg 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820279 atctcacctgcccggcaacagccagaccatcagcaagaagagacactgccaaccaaacctgcagacagacttgaaatgcagccatggatgttgatccgtg 41820378  T
Q  508 gtgtgcagctaatgatgcagacagtgtcacgcagaatgttaccgcaatgaccctcatgaataatagaaaacctgcatgaaaatgatgaaacgggaaggac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41820379 gtgtgcagctaatgatgcagacagtgtcacgcagaatgttaccgcaatgaccctcatgaataatagaaaacctgcatgaaaataatgaaacgggaaggac 41820478  T
Q  608 aataaatagaactacggatttgaacgaaaaaggagtagcatggaggaaatttctaagacaaatttgatgcaccatatttgtgtataaactttaaataaca 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820479 aatcaatagaactacggatttgaacgaaaaaggagtagcatggaggaaatttctaagacaaatttgacgcaccatatttgtgtataaactttaaataaca 41820578  T
Q  708 ttgaacaatttgtctctataatatccctagggaaaatatctctgctnnnnnnntgaatgacaaagccatttcgtatatacaagcataataaacctttacc 807  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820579 ttgaacaatttgtttctataatatccctagggaaaatatctctgctaaaaaaatgaatgacaaagccatttcgtatatacaagcataataaacctttacc 41820678  T
Q  808 atttttggcaaatcggtcgaattgcatatgtttgatgcttggaggtataagatcaacttgtttgttcaaactccacaggagtatagctgaaagcagatac 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820679 atttttggcaaatcggtcgaattgcatatgtttgatgcttggaggtataagatcaacttgtttgttcaaactccacaggagtatagctgaaagcagatac 41820778  T
Q  908 ctacatttacagttagtttgaaaatgagagatgacaaaattaaaaagaagcaaaaggaaattaagaagacagaatagctctgcataaagtattccttaaa 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  41820779 ctacatttacagttagtttgaaaatgagagatgacaaaattaaaaagaagcaaaaggaaattaag-agacaagatagctctgcataaagtattccttaaa 41820877  T
Q  1008 ttcttcttattg-actataatcagaagaattgatccacaacc-agtaaaac-tactgagatttaacatgtgca--tgctgcaccatggacacccatgc 1100  Q
     |||   ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||    
T  41820878 -tct--ctattgaactataatcag-agaattgaatcacaaccaagtaaaacatactgagatataacatgtgcaatggctgcaccattgacacccatgc 41820971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 616 - 1075
Target Start/End: Complemental strand, 32709488 - 32709031
Alignment:
Q  616 gaactacggatttgaacgaaaaaggagtagcatggaggaaatttctaagacaaatttgatgcaccatatttgtgtataaactttaaataacattgaacaa 715  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  32709488 gaactaccaatttgaacgaaaaaggagtagcacggagtaaatttctaagacaaatttgacgtgccaaatttgtgtataaacctaaaataacattgaacaa 32709389  T
Q  716 tttgtctctataa-tatccctagggaaaatatctctgctnnnnnnntgaatgacaaagccatttcgtatatacaagcataataaacctttaccatttttg 814  Q
    ||||| || |||| |||||||||| |  |||||||||||       | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32709388 tttgtttcgataaatatccctaggaagtatatctctgctaagaaatt-aatgacaaagccatttcgtatatataagcataataaacctttaccatttttg 32709290  T
Q  815 gcaaatcggtcgaattgcatatgtttgatgcttggaggtataagatcaacttgtttgttcaaactccacaggagtatagctgaaagcagatacctacatt 914  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32709289 gcaaatcggttgaattgcatatgtttgttgcttggaggtataagatcaacttgtttgttcaaactccacaggagtatagctgaaagtagatacctacatt 32709190  T
Q  915 tacagttagtttgaaaatgagagatgacaaaattaaaaagaagcaaaaggaaattaagaagacagaatagctctgcataaagtattccttaaattcttct 1014  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||   | |    
T  32709189 tacagttaatttgaaaatgagagatgaaaaaatcaaaaagaagcaaaaggaaattaag-agacaagataggtctgcataaagtattccttaaatctgtat 32709091  T
Q  1015 tattgactataatcagaagaattgatccacaacc-agtaaaac-tactgagatttaacatgtg 1075  Q
    ||   ||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  32709090 ta--aactataatcagaa-aattgaatcacaaccaagtaaaacatactgagatataacatgtg 32709031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University