View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5006_low_1 (Length: 781)

Name: NF5006_low_1
Description: NF5006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5006_low_1
NF5006_low_1
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (38-764)||(33953402-33954133)
chr8 (32-764)||(33976003-33976726)
chr8 (15-764)||(33960708-33961448)
chr8 (131-764)||(33992922-33993557)
chr8 (250-764)||(33914224-33914735)
chr8 (363-633)||(33943072-33943342)
chr8 (258-472)||(33983300-33983518)
chr8 (48-191)||(33983680-33983829)
chr8 (503-546)||(33983246-33983289)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (255-751)||(8275516-8276012)
chr7 (63-234)||(8275222-8275395)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (250-760)||(12970-13480)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 33954133 - 33953402
Alignment:
Q  38 aaggactacgaaaagctttttagagttggagaagcatagaagggtttactaccaccttattatcatgtaaataaatcaatagaatgagtagtt---aaaa 134  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  | |   ||||    
T  33954133 aaggactacaaaaagctttttagagttggagaagcatagaaggatttactaccaccttattagaatgtaaataaatcaatagaatgagctgataaaaaaa 33954034  T
Q  135 ttaaaaattgaatttattgatcgagaatagctaatacaaatcatgtatttatac--aaagaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatatacta 232  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33954033 ttaaaaattgaatttattgattgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaaaagaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatatgcta 33953934  T
Q  233 tacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagca 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953933 tacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatcaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagca 33953834  T
Q  333 gccgtctcttcatcgcagtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattcctta 432  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  33953833 gccgtctcttcatcgcaggttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacttgcacaacttgccatgtccagattcttta 33953734  T
Q  433 gattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcgg 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953733 gattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcgg 33953634  T
Q  533 tatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagta 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953633 tatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagta 33953534  T
Q  633 acattcagcttctttagtgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttggaaatg 732  Q
    ||  | |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33953533 accctgagcttctttagtaagaagatatcacagataccaattggtaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctagatttggaaatg 33953434  T
Q  733 catctgaaattaggctgctatccttttcaaaa 764  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  33953433 catctgaaattaggatgctacccttttcaaaa 33953402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 33976726 - 33976003
Alignment:
Q  32 gaacataaggactacgaaaagctttttagagttggagaagcatagaagggtttactaccaccttattatcatgtaaataaatcaatagaatgagtagtta 131  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33976726 gaacctaaggactacgaaaagctttttagaactggagaagcata----------ctaccaccttattatcatgtaaataaatcattagaatgagtagtta 33976637  T
Q  132 aaattaaaaattgaatttattgatcgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaa-gaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatatac 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33976636 aaattaaaaattgaatatattgattgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaaagaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatatgc 33976537  T
Q  231 tatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtag 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976536 tatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatcaacatgaagaacctctatcttcatattgtgaagcatatgctggaaatcttcccatgtag 33976437  T
Q  331 cagccgtctcttcatcgcagtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattcct 430  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  33976436 cagccgtctcttcatcgcaggttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacttgcacaagttgccatgtccagattctt 33976337  T
Q  431 tagattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtc 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976336 tagattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggcttatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtc 33976237  T
Q  531 ggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattag 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976236 ggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattag 33976137  T
Q  631 taacattcagcttctttagtgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttggaaa 730  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33976136 taacattgagcttctttaatgagataatatcacagataccagtttgcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctagatttggaaa 33976037  T
Q  731 tgcatctgaaattaggctgctatccttttcaaaa 764  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  33976036 tgcatctgaaattaggatgctacccttttcaaaa 33976003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 33961448 - 33960708
Alignment:
Q  15 aaggaacaagaaagtatgaacataaggactacgaaaagctttttagagttggagaagcatagaagggtttactaccaccttattatcatgtaaataaatc 114  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||          |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  33961448 aaggaacaaaaaaaaaggaacctaaggactacgaaaaactttttagaactggagaagcata----------ctaccagcttattatcttgtaaataaatc 33961359  T
Q  115 aatagaatgagtagttaaaattaaaaattgaatttattgatcgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaa-gaaattacaaaatattacaaaa 213  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33961358 attagaatgagtagttaaaattaaaaattgaatatattgattgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaaagaaattacaaaatattacaaaa 33961259  T
Q  214 gaattttaattatatactatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctg 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33961258 gaattttaattatatgctatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatcaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctg 33961159  T
Q  314 gaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgcagtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaactt 413  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33961158 aaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgcaggttatcgtcttcaaattctgaagattgaaaactgagaatggcaattcaatacctgcacaactt 33961059  T
Q  414 gccatgtacagattccttagattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaaca 513  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33961058 gccatgtacagatttcttagattgcaaagattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgtcttagatttaaca 33960959  T
Q  514 gctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaaga 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33960958 gctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaaaa 33960859  T
Q  614 aagcttgtggcaattagtaacattcagcttctttagtgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaat 713  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960858 aagcttgtggcaattagtaacattgagcttctttagtgagatgatatcacagataccagttggaaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaat 33960759  T
Q  714 tcttctaggtttggaaatgcatctgaaattaggctgctatccttttcaaaa 764  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  33960758 tcttctaggtttgcaaatgcatctgaaattaggatgctacccttttcaaaa 33960708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 131 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 33993557 - 33992922
Alignment:
Q  131 aaaattaaaaattgaatttattgatcgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaa--gaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatat 228  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993557 aaaattaaaaattgaatatattgattgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaaaagaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatat 33993458  T
Q  229 actatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgt 328  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993457 gctatacaaaagtcattcaaagaagccaatttaagttaacatcaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgt 33993358  T
Q  329 agcagccgtctcttcatcgcagtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattc 428  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  33993357 agcagccgtctcttcatcgcaggttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacttgcacaacttgccatgtccagattc 33993258  T
Q  429 cttagattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaag 528  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993257 tttagattgcacaaattaccaaattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaag 33993158  T
Q  529 tcggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaatt 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993157 tcggtatagcttccaagtcagtacatgaactgaagcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaatt 33993058  T
Q  629 agtaacattcagcttctttagtgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttgga 728  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33993057 agtaacattgagcttctttaatgagataatatcacagataccagtttgcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctagatttgga 33992958  T
Q  729 aatgcatctgaaattaggctgctatccttttcaaaa 764  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  33992957 aatgcatctgaaattaggatgctacccttttcaaaa 33992922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 250 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 33914735 - 33914224
Alignment:
Q  250 gaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgca 349  Q
    |||||||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||  | | ||||| || ||||   ||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  33914735 gaagccaatttaagttgacttcaacttgaggaacctctatagtgagattggaaatcatagattggaaagattcccatgaagcagccgtctcttcatcaca 33914636  T
Q  350 gtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattccttagattgcacaaattacca 449  Q
       ||||  ||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||  || || |||||| | |||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||     
T  33914635 ---tatcacctttaaattcgcaagattgacaactgaaaatggcaattcacaacttgtacaactagacatgtatagatttcttagattacacagattgccg 33914539  T
Q  450 aattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcag 549  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  || |||||||||| ||| ||||||| |||   || |   || |||| ||||    
T  33914538 aagtcctcaggtaaacttgaaaggcttatgcagttggagatgtcaagtagtcttagatttaaaagccttccaatagaatctggcaactctaccaaatcag 33914439  T
Q  550 tacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagtaacattcagcttctttag 649  Q
    | |||||  | ||||| |  ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| | | ||||| ||||     
T  33914438 tgcatgagatcaggctcaagagttccaaattcatcaactttccaatatcttggggcagcgaagaaagcttatggcaattagtaatactgagcttttttaa 33914339  T
Q  650 tgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttggaaatgcatctgaaattaggctg 749  Q
    ||||   || ||||| |  ||| | |||||| |||||| ||| ||| | ||||||||| |||| |||||||  || |||||   ||||||||||||| ||    
T  33914338 tgaggcaatgtcacacaccccattaggcaatgccaccatatccttggaataatcaatgctcaaatcttctaaattaggaaacaaatctgaaattaggatg 33914239  T
Q  750 ctatccttttcaaaa 764  Q
    ||| |||||||||||    
T  33914238 ctacccttttcaaaa 33914224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 363 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 33943342 - 33943072
Alignment:
Q  363 aaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattccttagattgcacaaattaccaaattcctcaggta 462  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||| | |||||  ||||| | |||||| |||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  33943342 aaattctgaagattgacaacggagaatggcaattcacaacttgcacaactagtcatgtcgagatttcgtagattacacagattgccaaagtcctcgggta 33943243  T
Q  463 aacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcagtacatgaactgag 562  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||||||  || |||||||| | ||| ||||||| |||   ||||   || |||| ||||| || ||| | ||    
T  33943242 aacttgaaaggcttatgcagttggagatgtcaagtagtcttagatttgaaagccttccaatagaatctggtagctctaccaaatcagtgcaggaaatcag 33943143  T
Q  563 gcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagtaa 633  Q
    ||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||    
T  33943142 gctcaagagttccaaattctccaactttccaatttcttggggcagcaaagaaagcttatggcaattagtaa 33943072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 258 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 33983518 - 33983300
Alignment:
Q  258 tttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgca-gtt---t 353  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||  | |   ||||||||||| ||| |||   |    
T  33983518 tttaagttagcatcaacctgaggaacctctatcttcatattaggaagcataagctggaaatcttctcatcaaactatcgtctcttcattgcacgttatat 33983419  T
Q  354 atcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattccttagattgcacaaattaccaaatt 453  Q
    |||    |||||||   ||||||| | ||||||||||  ||||||  || |  ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33983418 atcactatcaaatttaaaagattggcgactgagaatgataattcacaacttaaacaacctgcaacgtacagattccttagattgcacaaattaccaaatt 33983319  T
Q  454 cctcaggtaaacttgaaag 472  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  33983318 cctcagataaatttgaaag 33983300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 33983829 - 33983680
Alignment:
Q  48 aaaagcttttta-gagttggagaagcata--gaagggtttactaccaccttattatcatgtaaataaatcaatagaatgagtagtt-----aaaattaaa 139  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||||| |   ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  |     ||||  |||    
T  33983829 aaaagctttttaagagttggagaaccatatagaaggatttactagct--ttattatcatgtaaaaaaatctatagaatgagaaaattaaaaaaaaaaaaa 33983732  T
Q  140 aattgaatttattgatcgagaatagctaatacaaatcatgtatttatacaaa 191  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33983731 aattgaatttattgattgagaatagctaatacaaatcatgtagttatacaaa 33983680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 503 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 33983289 - 33983246
Alignment:
Q  503 tagatttaacagctttccaatggaagtcggtatagcttccaagt 546  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33983289 tagatttagtagcttaccaatggaagtcggtatagcttccaagt 33983246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 255 - 751
Target Start/End: Original strand, 8275516 - 8276012
Alignment:
Q  255 caatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgcagttta 354  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  8275516 caatttaagttaacatcaacatgaggaacctctatcttcatactaggaagcgtatgatggaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgcaggttt 8275615  T
Q  355 tcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattccttagattgcacaaattaccaaattc 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8275616 tcgtcttcaaattctgaagattgacatctgaaaatggaagctcaatacttgcacaacttgccatgtatagattccttaggttgcacaaattaccaaattc 8275715  T
Q  455 ctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcagtacat 554  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8275716 ctcgggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgtcttagatttaacaactttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcagtacat 8275815  T
Q  555 gaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagtaacattcagcttctttagtgaga 654  Q
    |||| |||||||||||||||||||||    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||||||||    
T  8275816 gaaccgaggcttagaagttccaaatttgtaaactttccaatatcttggggaattgaagaaagcttgtggcaaatagtaacaccgagcatctttagtgaga 8275915  T
Q  655 tgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttggaaatgcatctgaaattaggctgct 751  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8275916 tgatatcacatatactaattggcaataccaccaaatctttgcaggaatcaatgttcaattcttcaggatttggaaatgcatctgaaattaggatgct 8276012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 63 - 234
Target Start/End: Original strand, 8275222 - 8275395
Alignment:
Q  63 ttggagaagcatagaagggtttactaccaccttattatcatgtaaataaatcaatagaatgagtag-ttaaaattaaaaattgaatttattgatcgagaa 161  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||  ||||    
T  8275222 ttggagaagcataggaggatttactagcaccttattatcatgtaaacaaatctatagaatgagtagataaaaattaaaaatttaatctattgattaagaa 8275321  T
Q  162 tagctaatacaaatcatgtatttatac-aaagaaattacaaaatattacaaaagaattttaattatatactata 234  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8275322 tagctaatacaaatcatgcatttatacaaaagaatttacaaaagattacaaaagaattttagttatatactata 8275395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 250 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 13480 - 12970
Alignment:
Q  250 gaagccaatttaagttaacatgaacatgaagaacctctatcttcatattgggaagcatatgctggaaatcttcccatgtagcagccgtctcttcatcgca 349  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  13480 gaagccaatttaagttaacatcaacatgaggaacctctatcttcatattgggaagcataggctgaaaatcttcccatgaggcagctgtctcttcatcgca 13381  T
Q  350 gtttatcgtcttcaaattctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacctgcacaacttgccatgtacagattccttagattgcacaaattacca 449  Q
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  13380 agttatcgtcttcaagttctgaagattgacaactgagaatggcaattcaatacttgcacaacttgccatgtacagatttcttagattgcaaagattacca 13281  T
Q  450 aattcctcaggtaaacttgaaaggctgatgcagtttgaaatgtcaagatgttttagatttaacagctttccaatggaagtcggtatagcttccaagtcag 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  13280 aattcctcaggtaaacttgaaaggcttatgcagtttgagatgtcaagatgtcttaaattgaaaagctttccaatggaactcggtatcgctttcaaatcag 13181  T
Q  550 tacatgaactgaggcttagaagttccaaattctccaattttccaatatcttggggaagtgaagaaagcttgtggcaattagtaacattcagcttctttag 649  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| ||||  | ||||| ||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||     
T  13180 tacaggagctgagccttagaagttctaaatatttcaattctccgatatcttggggaagttcagaaagtttgtggcaattagtaacactaagcttctctaa 13081  T
Q  650 tgagatgatatcacagataccagttggcaataccaccaaatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctaggtttggaaatgcatctgaaattaggctg 749  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |    
T  13080 tgagatgatatcacatataccagtaggaaatctcaccatatctttgcagtaatcaatgttcaattcttctagatttggaaatgcatctgaaattaggacg 12981  T
Q  750 ctatccttttc 760  Q
    ||| |||||||    
T  12980 ctacccttttc 12970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University