View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5010-Insertion-1 (Length: 762)

Name: NF5010-Insertion-1
Description: NF5010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5010-Insertion-1
NF5010-Insertion-1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-762)||(14304679-14305433)
chr2 (8-762)||(14321070-14321824)
chr2 (12-762)||(14282921-14283671)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (36-762)||(25885752-25886478)
chr8 (8-762)||(44349596-44350350)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 14305433 - 14304679
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305433 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 14305334  T
Q  108 tcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305333 tcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 14305234  T
Q  208 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14305233 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagttatagtgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttcc 14305134  T
Q  308 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305133 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgtttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 14305034  T
Q  408 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305033 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 14304934  T
Q  508 tattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcatttttgtccaaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  14304933 tattcatgtgataagaatatccgatgtagtagccacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcccattcttcatttttgtccaaa 14304834  T
Q  608 acagggtggttttggctgaatcctttactcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304833 acagggtggttttggctgaatcctttactcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaa 14304734  T
Q  708 aaatatctcaactttttcaaaacaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 762  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14304733 aaatgtctgaactttttcaaaacaattggccgaaaccagaggaaaacagtaagca 14304679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 14321824 - 14321070
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||    
T  14321824 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaggacaaagattctgactatagaa 14321725  T
Q  108 tcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14321724 tcaccttttggttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataaactttc 14321625  T
Q  208 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14321624 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtgatagtgatactaatggtacatgagaaaaagttcaaatcttcc 14321525  T
Q  308 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14321524 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtaattgcaactttgtttgctgcttcagctattgttcgattgataactgtcggtgaag 14321425  T
Q  408 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 507  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  14321424 aaaagttggagcttagtttgaaaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtgatatccgtaaaagggtcatcagg 14321325  T
Q  508 tattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcatttttgtccaaa 607  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  14321324 tattcacgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatcggtcaatttcgaccgatagaactttgagtccttatgcttgttcgtcatttttgtctaaa 14321225  T
Q  608 acagggtggttttggctgaatcctttactcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaa 707  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321224 acagggtggttttggatgaaccctttactcaataaaggttacaaaacaccccttaaactagaagatgtaccttcacttcctcttgattttagagcagaaa 14321125  T
Q  708 aaatatctcaactttttcaaaacaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 762  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321124 aaatgtctgaactttttcaaagcaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 14321070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 14283671 - 14282921
Alignment:
Q  12 cagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  14283671 cagctcaaaaactctattcaagattctattcaagttccaactctacctccttaatcacaaaaccacttctgcaaaagaacgattctgactatagaatcac 14283572  T
Q  112 ctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttca 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283571 cttttggttcaaactagcctttttgttaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttca 14283472  T
Q  212 tggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| ||    
T  14283471 tggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacac 14283372  T
Q  312 accctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaa 411  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||  |||||  |||    
T  14283371 accctttaccacttagaatttattgggcagcaaactttgtgattgcttctttgttcactgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaa 14283272  T
Q  412 gttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtatt 511  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283271 gttggagcttaatttgagaatagatgacatattctctttggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtatt 14283172  T
Q  512 catgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcatttttgtccaaaacag 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14283171 catgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcagtttccaccgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcagttttgtccaaaacag 14283072  T
Q  612 ggtggttttggctgaatcctttactcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaaaaat 711  Q
      |||| |||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14283071 tttggtattggatgaaccctttgcttaataaaggttaccaaacaccccttaaactagaagatgtacctttacttcctctcgattttagagcagaaaaaat 14282972  T
Q  712 atctcaactttttcaaaacaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 762  Q
     ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14282971 gtcagaactttttcaaaacaattggccaaaaccagaggaaaatagtaagca 14282921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 25886478 - 25885752
Alignment:
Q  36 tctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagccttttt 135  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||| ||| |||| ||    
T  25886478 tctattcaagagcaaacactacctcctcaatcacaaagccacttctgaaagagaaagattctgactatagagtcactctttggttcaagctaaccttgtt 25886379  T
Q  136 ggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcacttttt 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25886378 ggtaactacccttttggctataacttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcacctttt 25886279  T
Q  236 cggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctatt 335  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886278 cggttgtttcaagcagtagtcaacattgtgattgtgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctatt 25886179  T
Q  336 ggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaataga 435  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| || | ||| |  ||| || | |||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  25886178 ggatagcaaactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaatgccagtgaggagaagttggaacttagtttgagaataga 25886079  T
Q  436 tgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgta 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25886078 tgacatattctcattggttaatcttccattatctttgttcttttttgtcatatccattagagggtcatcagggattcatgtgataagaatatccgatgta 25885979  T
Q  536 gtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcatttttgtccaaaacagggtggttttggctgaatcctttac 635  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||  ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||      
T  25885978 gtagcgacatatacatcggttccaactgatggaaatttgagtccttatgctggttcttcatttttgtccaaaacagtttggttttggatgaaccctttga 25885879  T
Q  636 tcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaaaaatatctcaactttttcaaaacaattg 735  Q
    | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||  ||||  |||||||||    
T  25885878 ttaataaaggttacaaaactccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgaatttagagcagaaaaaatgtcagaaaattttataaacaattg 25885779  T
Q  736 gccaaaaccagaggaaaacagtaagca 762  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  25885778 gccaaaaccagaggaaaatagtaagca 25885752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 44350350 - 44349596
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||   | |||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |     
T  44350350 tttgcagctcacaaactctattcaagaatcaactcaaattccaacaataactcttcaatcacaaaaccacttctgaaagagaaagactctaactatagag 44350251  T
Q  108 tcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 207  Q
    ||||  ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44350250 tcactctttggttcaaactacccttgttggtaactaccattttggctataacttaaactgttctaggaatattggcttttactcaaaccaataacctttc 44350151  T
Q  208 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  44350150 ttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagctgtagtcaacatagtaatagtgattctaatgttacacgaggaaaagttcaaatcttcc 44350051  T
Q  308 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 407  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| || | ||| |  ||| |  | |||| |    
T  44350050 aaacaccctttatccctaagaatctattggatagtaaactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaataccagtgagg 44349951  T
Q  408 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 507  Q
    ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  44349950 aaaaaatggaacttagtttgagaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctgcgttcttttttgtcatatccattagagggtcatcagg 44349851  T
Q  508 tattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcatttttgtccaaa 607  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || | |  ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44349850 gattcttgtgataagaatatccgatgtagtagcgacatatacatcagttccgactgatggaaatttgagtccttatgctggttcttcatttttgtccaaa 44349751  T
Q  608 acagggtggttttggctgaatcctttactcaataaaggctaccaaacaccccttaaactagaagatgttccttcacttcctcttgattttagagcagaaa 707  Q
    ||||  ||||||||| |||| |||||  | ||||| || ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44349750 acagtttggttttggatgaaccctttgattaataacggttacaaaactccccttaaactagaagatattccttcacttcctcttgaatttagagcagaaa 44349651  T
Q  708 aaatatctcaactttttcaaaacaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 762  Q
    |||| ||  ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44349650 aaatgtcagaaaattttataaacaattggccaaaaccagaggaaaacagtaagca 44349596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University