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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5012-Insertion-1 (Length: 1120)
Name: NF5012-Insertion-1
Description: NF5012
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5012-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 3433273 - 3432271
Alignment:
| Q |
7 |
actttaactatgtacctggcgatgatagcgatgaagttgatgaaaatgaaaggatctccacaaaccttactataatgtatagacaggttgtgtctggtgg |
106 |
Q |
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| T |
3433273 |
actttaactatgtacctggcgatgatagcgatgaagttgatgaaaatgaaaggatctccacaaaccttactataatgtatagacaggttgtgtctggtgg |
3433174 |
T |
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| Q |
107 |
aaaaacctcaagacttttcttcggaaacccttaccgtgctggagatgtaccggatcccggtgctggatccgtagagattgttccacataatatagtttat |
206 |
Q |
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| T |
3433173 |
aaaaacctcaacacttttcctcggaaacccttaccgtgctggagatgcaccggatcccggtgctggatccgtagagattgttccacataatatagttcat |
3433074 |
T |
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| Q |
207 |
ctatggagtggtgatgatacgcaacctaactttgaagacatgggagatttctattcagctgcaagagatcatannnnnnnctctcaccattcaaatattg |
306 |
Q |
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| T |
3433073 |
ctatggagtggtgatgatacgcaacctaactttgaagacatgggagatttctattcagctgcaagagatcctatttttttctctcaccattcaaatattg |
3432974 |
T |
|
| Q |
307 |
ataggttttggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaaagattggttagaatcagagtttcttttctatgatgaaaataa |
406 |
Q |
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|
| T |
3432973 |
ataggttttggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaaagattggttagaatcagagtttcttttctatgatgaaaataa |
3432874 |
T |
|
| Q |
407 |
gaatcttgttaaggttaatgtcaaagactgtcttgacacnnnnnnnnttaggttatgtttaccaagatgttgatattccatggttaaatgctaaacctac |
506 |
Q |
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| T |
3432873 |
gaatcttgttaaggttaatgtcaaagactgtcttgacac-aaaaaaattaggttatgtttaccaagatgttgatattccatggttaaatgctaaacctac |
3432775 |
T |
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| Q |
507 |
accatatnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggaagttgcacaaggaaatagttttggtactggtaaagttcgtctaagtgagattaatgagaacttaactaat |
606 |
Q |
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| T |
3432774 |
accatgtaaaaaaatacaaaaaaaagtggaagttgcacaaggaaatagttttggtactggtaaagctcgtctaagtgagattaatgagaacttaactaat |
3432675 |
T |
|
| Q |
607 |
tcaaaaaacgatattaagtttccattggttttggatgatattgtgagtacaactgtgaagaggccnnnnnnntcaaggagcaaaaaggagaaggaagaag |
706 |
Q |
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| T |
3432674 |
tcaagaaacgatattaagtttccattggttttggatgatatggtgagtacaactgtgaagaggccaaaaaaatcaaggagcaaaaaggagaaggaagaag |
3432575 |
T |
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| Q |
707 |
aagaagaggttttagttattgaagggattgtgtttgatacgaaagcatgtgtaaagtttgatgtgtttattaatgataaagataaggtggttaagccatt |
806 |
Q |
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| T |
3432574 |
aagaagaggttttagttattgaagggattgtgtttgatacgaaagcatgtgtaaagtttgatgtgtttattaatgataaagataaggtggttaagccatt |
3432475 |
T |
|
| Q |
807 |
taatacagagtttgctgggagctttgtgaatgtacctcattctttgcatgaacaaacaatggagaatattaatagtagttgtaga-ttggattaac-gac |
904 |
Q |
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| T |
3432474 |
taatacagagtttgctgggagctttgtgaatgtacctcattctttgcatgaacaaacaatgaagaatattaatagtagttgtagatttggattaacggac |
3432375 |
T |
|
| Q |
905 |
ttgctggaagattt-ggagttgatgatgatgacagtg-tgt-gttactttggttcc-aggtacgggaaaggacttgt--aaatcagaaacattatgatag |
998 |
Q |
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|
|
| T |
3432374 |
ttgctggaagatttgggagttgatgatgatgacagtgttgtggttactttggttccaaggtacgggaaaggacttgttaaaatcagaaacattatgatag |
3432275 |
T |
|
| Q |
999 |
agct |
1002 |
Q |
| |
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|||| |
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| T |
3432274 |
agct |
3432271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 35 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 3427063 - 3426588
Alignment:
| Q |
35 |
cgatgaagttgatgaaaatgaaaggatctccacaaaccttactataatgtatagacaggttgtgtctggtggaaaaacctcaagacttttcttcggaaac |
134 |
Q |
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|
| T |
3427063 |
cgatgaaaatgatgaaaatgaaagaatctccacaaaccttactataatgtatagacaacttgtctcaaatggaaaaacttcaactctattcctcggaagc |
3426964 |
T |
|
| Q |
135 |
ccttaccgtgctggagatgtaccggatcccggtgctggatccgtagagattgttccacataatatagtttatctatggagtggtgatgatacgcaaccta |
234 |
Q |
| |
|
|||||||||| || ||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
3426963 |
tcttaccgtgccggtgatcaacccgatccaggtgctggatccatagagaatgttccacatggaccagttcatagatggagtggtgataatacgcaaccta |
3426864 |
T |
|
| Q |
235 |
actttgaagacatgggagatttctattcagctgcaagagatcatannnnnnnctctcaccattcaaatattgataggttttggtctatatggaaaacact |
334 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3426863 |
actttgaaaacatgggaactttctatgcagctgctagagatcctatttttttctctcaccattcaaatattgataggttttggtctgtatggaaaacact |
3426764 |
T |
|
| Q |
335 |
tggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaaagattggttagaatcagagtttcttttctatgatgaaaataagaatcttgttaaggttaatgtcaaagac |
434 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||| |
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| T |
3426763 |
tggtgggaaaagaaaagatttcaaagacaaagattggttagaatcagagtttcttttctatgatgagaataagaatcttgtgaaggttaaggtgaaagac |
3426664 |
T |
|
| Q |
435 |
tgtcttgacacnnnnnnnnttaggttatgtttaccaagatgttgatattccatggttaaatgctaaacctacaccat |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3426663 |
agtcttgacac-aaaaaaattaggttatgtttatcaagatgttgatactccatggctaaatgctaaacctaaaccat |
3426588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 627 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 3426484 - 3426098
Alignment:
| Q |
627 |
tccattggttttggatgatattgtgagtacaactgtgaagaggccnnnnnnntcaaggagcaaaaaggagaaggaagaagaagaagaggttttagttatt |
726 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3426484 |
tccattggttttggataatgttgttagtacaattgtgaagaggccaaagaaatcaaggagcaagaaggagaaggaagaaaaggaagaggttttagtgatt |
3426385 |
T |
|
| Q |
727 |
gaagggattgtgtttgatacgaaagcatgtgtaaagtttgatgtgtttattaatgataaagat---aaggtggttaagccatttaatacagagtttgctg |
823 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| || | |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
3426384 |
gaagggattgagtttgataagagtttaggtgttaagtttgatgttttcattaatgatgaagatgataaggtgattaagccagttaatacggagtttgctg |
3426285 |
T |
|
| Q |
824 |
ggagctttgtgaatgtacctcattctttgcatgaacaaacaatggagaatattaatagtagttgta-gattggattaac-gacttgctggaagattt-gg |
920 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || | |||| | ||||||| ||| | | |||||||||| || ||| |||||||||| || |
|
|
| T |
3426284 |
gaagctttgtgaatgtacctcattcttcccatgatcacaaaaagaagaagactaatagttgtttaagggttggattaacggatttgttggaagatttggg |
3426185 |
T |
|
| Q |
921 |
agttgatgatgatgacagtg-tgt-gttactttggttcc-aggtacgggaaaggacttgt--aaatcagaaacattatgatagagct |
1002 |
Q |
| |
|
|| ||| |||||||| || | ||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||||| || | ||||||||| |
|
|
| T |
3426184 |
agctgaggatgatgatagcgttgtggttactttggtaccaaggtatgggaaaggaattgtcaaaatcagaaatatcaagatagagct |
3426098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 1033
Target Start/End: Original strand, 11897252 - 11898232
Alignment:
| Q |
65 |
cacaaaccttactataatgtatagacaggttgtgtctggtggaaaaacctcaagacttttcttcggaaacccttaccgtgctggagatgtaccggatccc |
164 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| | |
|
|
| T |
11897252 |
cacaaaccttactataatgtatagacaggttgtgtctagaggaaaaaactcaagacttttcctcggatacccttaccgtgctggaggtgtaccgaaat-- |
11897349 |
T |
|
| Q |
165 |
ggtgctggatccgtagagattgttccacataatatagtttatctatggagtggtgatgatacgcaacctaactttgaagacatgggagatttctattcag |
264 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
11897350 |
-gtgctggatccgtagagattgttcctcataatacagttcataattggagtggtgatactaggcaacctaaccatgaaaacatgggaactttctattcag |
11897448 |
T |
|
| Q |
265 |
ctgcaagagatcatannnnnnnctctcaccattcaaatattgataggttttggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaa |
364 |
Q |
| |
|
| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11897449 |
cagcaagagatcctgtttttttctctcaccattcaaatattgataggttatggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttctatgacaa |
11897548 |
T |
|
| Q |
365 |
agattggttagaatcagagtttcttttctatgatgaaaataagaatcttgttaaggttaatgtcaaagactgtcttgacacnnnnnnnnttaggttatgt |
464 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |
|
|
| T |
11897549 |
agattggttagaatcagagtttcttttctatgatgaaaataagaatctcgttaaggttaatgtcaaagattgtcttgacacacaaaaa-ttgggctatgt |
11897647 |
T |
|
| Q |
465 |
ttaccaagatgttgatattccatggttaaatgctaaacctacaccatatnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggaagttgcacaaggaaatagttttggtact |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11897648 |
ttaccaagatgtttttattccatggttaaatgctaaacctacaccatgtaaaaaaatacaaaaaaaagtggaagttgcacaaggaaatagttttggtact |
11897747 |
T |
|
| Q |
565 |
ggtaaagttcgtctaagtgagattaatgagaacttaactaattcaaaaaacgatattaagtttccattggttttggatgatattgtgagtacaactgtga |
664 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
11897748 |
ggtaaagctcgtctaagtgagatcaatgagaacttaactaattcaaggaacgatgttaagtttccattggttttggataatattgtgagtacaattgtga |
11897847 |
T |
|
| Q |
665 |
agaggccnnnnnnntcaaggagcaaaaaggagaaggaagaagaagaagaggttttagttattgaagggattgtgtttgatacgaaagcatgtgtaaagtt |
764 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || | |||| ||||| |
|
|
| T |
11897848 |
ggaggccaaagaaatcaaggagcaaaacggagaaggaagaagaggaagaggttttagtgattgaagggattgagtttgataagagtttaggtgttaagtt |
11897947 |
T |
|
| Q |
765 |
tgatgtgtttattaatgataaaga---taaggtggttaagccatttaatacagagtttgctgggagctttgtgaatgtacctcattctttgcatgaacaa |
861 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||| |||| ||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
11897948 |
tgatgttttcattaatgatgaagatgctaaggagattaagccagttaatacggagtttgctggaagctttgtgaatgtacctcattcttcccatgatcac |
11898047 |
T |
|
| Q |
862 |
acaatggagaatattaatagtagttgta-gattggattaac-gacttgctggaagattt-ggagttgatgatgatga---cagtgtgtgttactttggtt |
955 |
Q |
| |
|
| || | |||| | |||||| ||| | | |||||||||| || ||| || ||||||| |||| ||| |||||||| || |||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11898048 |
aaaaagaagaagactaatagctgtttaagggttggattaacggatttgttgaaagatttgggagctgaggatgatgatagcattgtg-gttactttggtt |
11898146 |
T |
|
| Q |
956 |
cc-aggtacgggaaaggacttgt--aaatcagaaacattatgatagagctgga--ggtgaa---ttggaccacttgatatatatat |
1033 |
Q |
| |
|
|| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11898147 |
ccaaggtacaggaaaggacttgttaaaatcacaaacattaagatagagcttgaaggttgaaaatttggaccacttgatatatatat |
11898232 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 178 - 812
Target Start/End: Original strand, 11912455 - 11913066
Alignment:
| Q |
178 |
tagagattgttccacataatatagtttatctatggagtggtgatgatacgcaacctaactttgaagacatgggagatttctattcagctgcaagagatca |
277 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
11912455 |
tagagaatgttccacataatacaattcatacatggagtggtgataataggcaacctaaccatgaaaacatgggaaatttctattcagcagcaagagatcc |
11912554 |
T |
|
| Q |
278 |
tannnnnnnctctcaccattcaaatattgataggttttggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaaagattggttagaa |
377 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11912555 |
tgtttttttctctcaccattcaaatattgataggttatggtctatatggaaaacacttggtgggaaaagaaaggatttcaatgacaaagattggttagaa |
11912654 |
T |
|
| Q |
378 |
tcagagtttcttttctatgatgaaaataagaatcttgttaaggttaatgtcaaagactgtcttgacacnnnnnnnnttaggttatgtttaccaagatgtt |
477 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11912655 |
tcagagtttcttttctatgatgaaaataagaatcttgttaaggttaatgtcaaagattgtcttgacacataaaaattt-ggttatgtttaccaagatgtt |
11912753 |
T |
|
| Q |
478 |
gatattccatggttaaatgctaaacctacaccatatnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggaagttgcacaaggaaatagttttggtactggtaaagttcgtc |
577 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
11912754 |
tttattccatggttaaatgctaaacctacaccatgcaaaaaaatacaaaaaaaagtggaagttgcacaaggaaatagttttggtactggtaaagctcgtc |
11912853 |
T |
|
| Q |
578 |
taagtgagattaatgagaacttaactaattcaaaaaacgatattaagtttccattggttttggatgatattgtgagtacaactgtgaagaggccnnnnnn |
677 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
11912854 |
taagtgagatcaatgagaacttaactaattcaagaaacgatgttaagtttccattggttttggataatactgtgagtacaa------------------- |
11912934 |
T |
|
| Q |
678 |
ntcaaggagcaaaaaggagaaggaagaagaagaagaggttttagttattgaagggattgtgtttgatacgaaagcatgtgtaaagtttgatgtgtttatt |
777 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11912935 |
--aaaggagcaaaaaggagaaggaagaagaggaagaggtttcagcgattaaagggattgagtttgatacgaacatacgtgtaaagtttgatgtgtttatt |
11913032 |
T |
|
| Q |
778 |
aatgataaagataaggtggttaagccatttaatac |
812 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11913033 |
aatgatgaa-ataaggtggttaagccatttaatac |
11913066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 864 - 992
Target Start/End: Original strand, 11913093 - 11913229
Alignment:
| Q |
864 |
aatggagaatattaatagtagttgtaga-ttggattaac-gacttgctggaagattt-ggagttgatgatgatgacagtg-tgt-gttactttggttcca |
958 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
11913093 |
aatgaagaatattaatagtagttgcagatttggattaacggacttgctggaagatttgggagctgacgatgatgacagtgttgtggttactttggttcca |
11913192 |
T |
|
| Q |
959 |
-ggtacgggaaaggacttgt--aaatcagaaacatta |
992 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
11913193 |
tggtaagggaaaggacttgttaaaatcacaaacatta |
11913229 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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