View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5012-Insertion-3 (Length: 934)

Name: NF5012-Insertion-3
Description: NF5012
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5012-Insertion-3
NF5012-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-934)||(44004492-44005432)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 44005432 - 44004492
Alignment:
Q  8 cacccaccctattacaaaggattagactacatttatgaagaccgtggtgaggtaaacaaacaaacaccaaaagattatgaaaacaaaatagtttatatga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44005432 cacccaccctattacaaaggattagactacatttatgaagaccgtggtgaggtaaacaaacaaacaccaaaagattatgaaaacaaaatagtttatatga 44005333  T
Q  108 ttagcgtttatctaactagaaatttcaaactgtatttgtaggtcttggatatgcgtatatttgaaacaggagagcatgcacttgtaagtaacttgtcaat 207  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44005332 ttagtgtttatctaactagaaatgtcaaactgtatttgtaggtcttggatatgcgtatatttgaaacaggagagcatgcacttgtaagtaacttgtcaat 44005233  T
Q  208 annnnnnnnnnnnnnt------accaaaggcagctgacagcgtgccaattatggt-------aaaattgtgaagtatttgaagtttaagttttagtattc 294  Q
    |                     ||||||||||||||||||||||||||||||  |       || |   |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  44005232 agtgtgtgtgttttaggtgtgaaccaaaggcagctgacagcgtgccaattatttttcataccaacagcatga--tatttgaagtttaagttttagtattc 44005135  T
Q  295 taacacaaaaactgtaccattgctcaattctcaggttgcatgggtaggagtccccactgctccagcttggcttcctacatacatgcttatcaaggtaatg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44005134 taacacaaaaactgtaccattgctcaattctcaggttgcatgggtaggagtccccactgctccagcttggcttcctacatacatgcttatcaaggtaatg 44005035  T
Q  395 cttaacttgttccaattaaatctgatgtaaattgtttaactttatctacatatacgtgacctattttcattttagttgctttgaaagcacccaagtccta 494  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44005034 cttaacttgttccaatgaaatctgatgtaaattgtttaactttatctacatatacgcgacctattttcattttagttgctttgaaagcacccaagtccta 44004935  T
Q  495 actcttacttttttgttgcagtcagagaagctcaattatgagaggctataacactccnnnnnnnnctagtattgtaagatgcgagattcaagaagattga 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44004934 actcttacttttttgttgcagtcagagaagctcaattatgagaggctataacactcc-ttttcttctagtattgtaagatgcgagattcaagaagattga 44004836  T
Q  595 ttcaaaataccatcagagacgcccaccataccccattttagttgagctgcgtgatcaattcgaatgactactgtcaattatttggaaaatttagttgtgc 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44004835 ttcaaaataccatcagagacgcccaccataccccattttagttgagctgcgtgatcaattcgaatgactactgtcaattatttggaaaatttagttgtgc 44004736  T
Q  695 tacccagatgatgttttcggccatgactatcattgtatttatgcttctatattttagtttttaataaatgacatagttaaagatatgatgcacatcaagg 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44004735 tacccagatgatgttttcggccatgactatcattgtatttatgcttctatattttagtttttaataaatgacatagttaaagatatgatgcacatcaagg 44004636  T
Q  795 gcaatcatcagaaaaataatgagatgtgaaaatcaactgcaaatatacttcatttgcacctgtaggtc-aataaagcactaaaacaagatg-ttttttat 892  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  44004635 gcaatcatcagaaaaataacgagatgtgaaaatcaactgcaaatacacttcatttgcacctgtaggtcaaataaagcactaaaacaaaatgtttttttat 44004536  T
Q  893 atattgtttatacaac-atgcaactta-tttccatgttagggag 934  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  44004535 atattgtttattcaacaatgcaacttattttccatgttagggag 44004492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University