View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5015-Insertion-6 (Length: 620)

Name: NF5015-Insertion-6
Description: NF5015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5015-Insertion-6
NF5015-Insertion-6
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-620)||(14304819-14305433)
chr2 (8-620)||(14321210-14321824)
chr2 (12-609)||(14283072-14283671)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (43-620)||(25885892-25886470)
chr8 (8-620)||(44349736-44350350)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 14305433 - 14304819
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcgagattctattca-gagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305433 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 14305334  T
Q  107 tcacctttt-gttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 205  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305333 tcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 14305234  T
Q  206 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14305233 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagttatagtgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttcc 14305134  T
Q  306 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305133 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgtttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 14305034  T
Q  406 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305033 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 14304934  T
Q  506 tattcatgtgataggaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaaatttgagtccttatgcctgttcttcatttttgcccaga 605  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |    
T  14304933 tattcatgtgataagaatatccgatgtagtagccacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcccattcttcatttttgtccaaa 14304834  T
Q  606 acagggtggttttgg 620  Q
    |||||||||||||||    
T  14304833 acagggtggttttgg 14304819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 14321824 - 14321210
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcgagattctattca-gagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||    
T  14321824 tttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaggacaaagattctgactatagaa 14321725  T
Q  107 tcaccttttg-ttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14321724 tcaccttttggttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataaactttc 14321625  T
Q  206 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14321624 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtgatagtgatactaatggtacatgagaaaaagttcaaatcttcc 14321525  T
Q  306 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14321524 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtaattgcaactttgtttgctgcttcagctattgttcgattgataactgtcggtgaag 14321425  T
Q  406 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 505  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  14321424 aaaagttggagcttagtttgaaaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtgatatccgtaaaagggtcatcagg 14321325  T
Q  506 tattcatgtgataggaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaaatttgagtccttatgcctgttcttcatttttgcccaga 605  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | | |    
T  14321324 tattcacgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatcggtcaatttcgaccgatagaactttgagtccttatgcttgttcgtcatttttgtctaaa 14321225  T
Q  606 acagggtggttttgg 620  Q
    |||||||||||||||    
T  14321224 acagggtggttttgg 14321210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 14283671 - 14283072
Alignment:
Q  12 cagctcaaaaactctattcgagattctattca-gagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcac 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |  | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  14283671 cagctcaaaaactctattcaagattctattcaagttccaactctacctccttaatcacaaaaccacttctgcaaaagaacgattctgactatagaatcac 14283572  T
Q  111 cttttg-ttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttca 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283571 cttttggttcaaactagcctttttgttaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttca 14283472  T
Q  210 tggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| ||    
T  14283471 tggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacac 14283372  T
Q  310 accctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaa 409  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||  |||||  |||    
T  14283371 accctttaccacttagaatttattgggcagcaaactttgtgattgcttctttgttcactgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaa 14283272  T
Q  410 gttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtatt 509  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283271 gttggagcttaatttgagaatagatgacatattctctttggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtatt 14283172  T
Q  510 catgtgataggaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaaatttgagtccttatgcctgttcttcatttttgcccagaacag 609  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  14283171 catgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcagtttccaccgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcagttttgtccaaaacag 14283072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 25886470 - 25885892
Alignment:
Q  43 agagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcac-cttttgttcaaactagcctttttggtaacta 141  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||    
T  25886470 agagcaaacactacctcctcaatcacaaagccacttctgaaagagaaagattctgactatagagtcactctttggttcaagctaaccttgttggtaacta 25886371  T
Q  142 cccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtt 241  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25886370 cccttttggctataacttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtt 25886271  T
Q  242 tcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagca 341  Q
    ||||||| ||  |||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886270 tcaagcagtagtcaacattgtgattgtgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagca 25886171  T
Q  342 aactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatat 441  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| || | ||| |  ||| || | |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25886170 aactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaatgccagtgaggagaagttggaacttagtttgagaatagatgacatat 25886071  T
Q  442 tctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataggaatatccgatgtagtagcaac 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  25886070 tctcattggttaatcttccattatctttgttcttttttgtcatatccattagagggtcatcagggattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcgac 25885971  T
Q  542 atatccatcgatttcaatcgatagaaatttgagtccttatgcctgttcttcatttttgcccagaacagggtggttttgg 620  Q
    |||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||||||||    
T  25885970 atatacatcggttccaactgatggaaatttgagtccttatgctggttcttcatttttgtccaaaacagtttggttttgg 25885892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 44350350 - 44349736
Alignment:
Q  8 tttgcagctcaaaaactctattcgagattctattcagag-caaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaa 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| || | ||| |  | |||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |     
T  44350350 tttgcagctcacaaactctattcaagaatcaactcaaattccaacaataactcttcaatcacaaaaccacttctgaaagagaaagactctaactatagag 44350251  T
Q  107 tcac-cttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttc 205  Q
    |||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44350250 tcactctttggttcaaactacccttgttggtaactaccattttggctataacttaaactgttctaggaatattggcttttactcaaaccaataacctttc 44350151  T
Q  206 ttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  44350150 ttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagctgtagtcaacatagtaatagtgattctaatgttacacgaggaaaagttcaaatcttcc 44350051  T
Q  306 aaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaag 405  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| || | ||| |  ||| |  | |||| |    
T  44350050 aaacaccctttatccctaagaatctattggatagtaaactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaataccagtgagg 44349951  T
Q  406 aaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcagg 505  Q
    ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  44349950 aaaaaatggaacttagtttgagaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctgcgttcttttttgtcatatccattagagggtcatcagg 44349851  T
Q  506 tattcatgtgataggaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaaatttgagtccttatgcctgttcttcatttttgcccaga 605  Q
     |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||  || | |  ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |    
T  44349850 gattcttgtgataagaatatccgatgtagtagcgacatatacatcagttccgactgatggaaatttgagtccttatgctggttcttcatttttgtccaaa 44349751  T
Q  606 acagggtggttttgg 620  Q
    ||||  |||||||||    
T  44349750 acagtttggttttgg 44349736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University