View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5015_low_13 (Length: 405)

Name: NF5015_low_13
Description: NF5015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5015_low_13
NF5015_low_13
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (24-399)||(7192310-7192685)
chr5 (31-348)||(10652779-10653096)
chr5 (46-348)||(10660665-10660967)
chr5 (24-294)||(19606499-19606769)
chr5 (47-378)||(10763683-10764014)
chr5 (46-295)||(10217384-10217631)
chr5 (30-295)||(11049290-11049555)
chr5 (48-293)||(10747650-10747895)
chr5 (32-294)||(10611023-10611285)
chr5 (24-295)||(10604057-10604328)
chr5 (30-398)||(10564338-10564706)
chr5 (30-295)||(10558231-10558496)
chr5 (47-247)||(10741380-10741580)
chr5 (46-245)||(10717623-10717822)
chr5 (31-347)||(10589008-10589324)
chr5 (175-295)||(10580447-10580567)
chr5 (30-189)||(10601166-10601325)
chr5 (66-293)||(9836963-9837190)
chr5 (200-245)||(10601324-10601369)
chr5 (197-245)||(10550271-10550319)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (46-380)||(17923951-17924285)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (45-245)||(12898896-12899096)
chr6 (61-384)||(12957420-12957743)
chr6 (46-368)||(12931606-12931928)
chr6 (46-380)||(12947971-12948305)
chr6 (46-244)||(12906517-12906715)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (46-296)||(31467794-31468044)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Original strand, 7192310 - 7192685
Alignment:
Q  24 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192310 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcagttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 7192409  T
Q  124 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192410 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacca 7192509  T
Q  224 acagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtca 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192510 acagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtca 7192609  T
Q  324 aaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctcac 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7192610 aaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggattatagcagggattgttagtgcggtatctattcttctcac 7192685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 10653096 - 10652779
Alignment:
Q  31 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 130  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10653096 cttagaatacctttctttgcaagggaactcgttcaacggaaccattccatccacattggcttcacttaaaggtcttcaatatttagacttgtcaagaaat 10652997  T
Q  131 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 230  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||    
T  10652996 cggttgtatggaccaattccaaatgttctacaaagtatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggagaagtaccgaaagaag 10652897  T
Q  231 gtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtat 330  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||| || ||||| |||    
T  10652896 gtgtctttggaaatataagtaggttagttgtgactggaaacgataaactttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgccttgccaaagatat 10652797  T
Q  331 taaacctgcaaaacacca 348  Q
     ||| |||||||||||||    
T  10652796 gaaatctgcaaaacacca 10652779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 46 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 10660967 - 10660665
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||||||     
T  10660967 tttgcaagggaactctttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaggtcttcaatatctagacttgtcaggaaatcgattgtctggaccg 10660868  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10660867 attccaaatgttctacagaatatatcagttttaaaacacttgaatgtatctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaatggaaggtgtctttggaaatg 10660768  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaaca 345  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||  |||||||||| ||||  ||||||   |||||||||    
T  10660767 taagcaggttagttgtgactggaaacaataagctttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgccctgccaaatatattaattttgcaaaaca 10660668  T
Q  346 cca 348  Q
    |||    
T  10660667 cca 10660665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 19606769 - 19606499
Alignment:
Q  24 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 123  Q
    ||||| |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| || ||||| |||| | |||||| |||||||||||| ||    
T  19606769 gcataagcttagaatatctttattttcaagggaactcctttcacggaatcataccatcctctttagcttctcttagaggtcttcgatatttagacctatc 19606670  T
Q  124 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacca 223  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||     
T  19606669 aagaaatcggttgactggatcaattcctagtgttctgcaaaatatttctgttttagaatacttgaatgtttcttttaacatgttggatggagaggttcct 19606570  T
Q  224 acagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttc 294  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  19606569 aaagaaggtgtctttggaaatgctagtgcattagcagtgaccgggaacaataagctttgtggaggtatttc 19606499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 10764014 - 10763683
Alignment:
Q  47 ttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaa 146  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||| |||| |||    
T  10764014 ttgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaa 10763915  T
Q  147 ttcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgt 246  Q
    ||||| ||||| | || |||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || || |||||||||||    
T  10763914 ttcctgatgttatgcaaaatatatctgtttaagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggcgaagtaccaacaaatggcgtatttggaaatgt 10763815  T
Q  247 aagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacac 346  Q
    |  | |  |||  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||||      
T  10763814 atcccaaatagaagtgactggaaacaagaagctttgtggaggtatttcccggctacatctaccatcatgccctgtcaagggtattaaacatgcaaaacga 10763715  T
Q  347 caaaaaatcaggatgatagcagggattgttag 378  Q
    || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  10763714 cacaagttcaggttgatagcagtgatagttag 10763683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10217631 - 10217384
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||||||| || |||||||  || |||||| ||    
T  10217631 tttgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacctttccagaaatcaattttatggatca 10217532  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    ||||| |||||  |||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  10217531 attccaaatgtcatacagaatatctctggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacatgttggaaggggaggtaccaacaaacggtgtctttggaaatg 10217432  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 295  Q
    ||| || | || |  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10217431 taa-catg-taacaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttca 10217384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 11049555 - 11049290
Alignment:
Q  30 gcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaa 129  Q
    |||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||||||| || |||||    
T  11049555 gcttcgaataccttctcttgcaagggaactccttcaatggaacaataccgtcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacctttctagaaa 11049456  T
Q  130 tcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaa 229  Q
    ||  || |||||| ||||||| |||||| |||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  11049455 tcaattttatggatcaattccaaatgttatacagaatatctttggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacctgttggaaggcgaggtaccaacaaac 11049356  T
Q  230 ggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 295  Q
    |||||||||||||||| || | |  ||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11049355 ggtgtctttggaaatgcaacccatgtagcaatgataggaaacaataagctttgtggaggtatttca 11049290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 10747895 - 10747650
Alignment:
Q  48 tgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaat 147  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||  ||||    
T  10747895 tgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcgaaggtcttcaacatttagacctttcaagaaatcgattgtctgggtcaat 10747796  T
Q  148 tcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgta 247  Q
    |||| ||||| | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  10747795 tcctgatgttatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaaaaaatggtgtatttggaaatgta 10747696  T
Q  248 agcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 293  Q
    | |||  |||   |||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10747695 accaaagtagaattgattggaaacaataagctttgtggaggtattt 10747650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Original strand, 10611023 - 10611285
Alignment:
Q  32 ttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatc 131  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  10611023 ttagaataccttcttttgcaaggtaactccttcaatggaacaataccttcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaacaaatc 10611122  T
Q  132 ggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaagg 231  Q
      |||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| || ||| | ||    
T  10611123 aattgtctggatcaattcctgatgttatgcaggatatctcatgtttagaacacttgaatgtttcttttaacatgctggaaggtgaggtcccgacaaatgg 10611222  T
Q  232 tgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttc 294  Q
    ||||||| |||||| |  |||  ||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10611223 tgtctttagaaatgcatccaaagtagcaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttc 10611285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 295
Target Start/End: Original strand, 10604057 - 10604328
Alignment:
Q  24 gcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtc 123  Q
    ||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||||  | ||    
T  10604057 gcataagcttagaataccttcgtttgcaagggaactcattcaacggaacaataccatcctcttttgcttctctcaaaggtctacaatatttagatatttc 10604156  T
Q  124 aagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtacca 223  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||    
T  10604157 aagaaatcaattgtatggaccaattcctgatgttttgcagaatatctctagcttagaacacttgaatgtttcctttaacatgttggaaggtgaggtgcca 10604256  T
Q  224 acagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 295  Q
    ||| | ||||||||| |||||| || | |  ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  10604257 acaaacggtgtctttcgaaatgcaacccaagtagcaatgatcggaaattataagctttgtggaggaatttca 10604328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 30 - 398
Target Start/End: Original strand, 10564338 - 10564706
Alignment:
Q  30 gcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaa 129  Q
    |||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||||  ||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  10564338 gcttagaatatcttatgttgcaagggaacgccttcaacagaacaataccgtcctctatggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaa 10564437  T
Q  130 tcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaa 229  Q
    ||  |||| |||| |||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  | |     
T  10564438 tcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagatgtaccattaaat 10564537  T
Q  230 ggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggta 329  Q
    ||||| ||||||||||||| | |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  10564538 ggtgtatttggaaatgtaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccagctgcatctaccaccatgccctatcaagggta 10564637  T
Q  330 ttaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctca 398  Q
      |||| |||||||||  |||| |||||| |||| |||| |||  |||||| ||| ||| ||| |||||    
T  10564638 ggaaacatgcaaaacagaaaaagatcaggttgatggcagtgataattagtgtggtttcttttcttctca 10564706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 295
Target Start/End: Original strand, 10558231 - 10558496
Alignment:
Q  30 gcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |   || |||||| ||||| |||||||   | | | |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10558231 gcttagaatacctttttttgcaaggaaattccttccatcaaatcataccttcctctttggcttatataagaggtcttcgatatttagacatgtcaagaaa 10558330  T
Q  130 tcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaa 229  Q
    ||  |||| |||| ||||||||||  |||| || ||||| ||   ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||| ||||    
T  10558331 tcaattgtctggatcaattcctaacattctgcaaaatatttctcgtttagaacacttgaacgtttcatttaacatgttggatggagaggttccaaaagaa 10558430  T
Q  230 ggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 295  Q
    ||||||||| ||||||  |||| |||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10558431 ggtgtctttagaaatgctagcaggttagcggtgttcgggaacaataagctttgtggaggtatttca 10558496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 10741580 - 10741380
Alignment:
Q  47 ttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaa 146  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||| |||| |||    
T  10741580 ttgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaa 10741481  T
Q  147 ttcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgt 246  Q
    ||||| ||||| |  ||| ||| || | ||| ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  10741480 ttcctgatgttatgaagagtatctctggtttggaatacttgaatgtttcttttaacttattggaaggagaggtaccaacaaatggtgtatttggaaatgt 10741381  T
Q  247 a 247  Q
    |    
T  10741380 a 10741380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 46 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10717822 - 10717623
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    |||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||   | |   |||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||    
T  10717822 tttggaagggaactccatcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcaaggctttaagatatttagacctttcaagaaatcaattgtacggacca 10717723  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||| ||||| | ||||| || |  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  10717722 attcctgatgttatgcagaaaatctatggtttagaacacttgaatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtttttgcaaatg 10717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 10589324 - 10589008
Alignment:
Q  31 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 130  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||   |||  |||||| ||||| | | | ||||| || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10589324 cttagaataccttcatttgcaaggaaaccttttcctcggaacaatacctttcactttggcatctctcaaaggtcttcaatatttagacatgtcaagaaat 10589225  T
Q  131 cggttgtatggaccaattccta-atgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaa 229  Q
    | ||||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||||     |  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||    
T  10589224 cagttgtctggatcaattcctacaagtt-tgcagaatattgttttcctagaatacttcaatgtatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatgaaa 10589126  T
Q  230 ggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggta 329  Q
    |||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||  ||| |  ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||    
T  10589125 ggtgtctttcaaaatgcaagcaggttagcaatgattggaaacaataagctttgtggaggagttttagagctgcatctaccgccatgccctatcaaagtta 10589026  T
Q  330 ttaaacctgcaaaacacc 347  Q
    | |||||| |||||||||    
T  10589025 taaaacctacaaaacacc 10589008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 295
Target Start/End: Original strand, 10580447 - 10580567
Alignment:
Q  175 tttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaat 274  Q
    ||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||   ||||  | |  |||||||||    
T  10580447 tttagaatacttagatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtctttggaaatgcaaccagagtagcaataattggaaacaat 10580546  T
Q  275 aaactttgtggaggtatttca 295  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  10580547 aaactttgtggtggtatttca 10580567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Original strand, 10601166 - 10601325
Alignment:
Q  30 gcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaa 129  Q
    |||||||||||||   ||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | || ||| |||| |||||||||||  | ||||||||    
T  10601166 gcttagaataccttcatttgcaagagaattctttcaacggaacaataccatcctctttggctgctctcaaaggtctacaatatttagatatttcaagaaa 10601265  T
Q  130 tcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaa 189  Q
    ||  ||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| | ||||||| |||||||    
T  10601266 tcaattgtatggaccaattcctggtgttatggagaatatatctggtttagaatacttgaa 10601325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9837190 - 9836963
Alignment:
Q  66 acggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaa 165  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||| || || |||  |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| |||||||| | | ||| || ||    
T  9837190 acggaaccataccttccactttggcatctctcaaagttcttcaatatttagacatgtctagaaatcagttgtctggatcaattcctgaaggtctccaaaa 9837091  T
Q  166 tatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgacc 265  Q
    |||     |  ||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||   | |||||||||  ||||| ||||   ||| | |||||     
T  9837090 tattgttttcctagaatacttcaatgcatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatcaatggtgtctttaaaaatgcaagcggtttatcagtgact 9836991  T
Q  266 ggaaacaataaactttgtggaggtattt 293  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||    
T  9836990 ggaaacaacaagctctgtggaggaattt 9836963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 245
Target Start/End: Original strand, 10601324 - 10601369
Alignment:
Q  200 aacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  10601324 aacatgttggaaggagaggtgccaacaaacggtgtctttggaaatg 10601369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 245
Target Start/End: Original strand, 10550271 - 10550319
Alignment:
Q  197 ttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  10550271 ttcaacatgctggaaggagaggtaccaactaaaggtgtctttcgaaatg 10550319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 17924285 - 17923951
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||    
T  17924285 tttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatca 17924186  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  17924185 attcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaaatg 17924086  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaaca 345  Q
     || | |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||    
T  17924085 caacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaaaca 17923986  T
Q  346 ccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 380  Q
     || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  17923985 acacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtg 17923951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Original strand, 12898896 - 12899096
Alignment:
Q  45 ttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacc 144  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||  |||| |||| |    
T  12898896 ttttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctcttaaaggtcttcaatatttagacttttcaagaaatcaattgtctggatc 12898995  T
Q  145 aattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaat 244  Q
    ||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||||    
T  12898996 aattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaaat 12899095  T
Q  245 g 245  Q
    |    
T  12899096 g 12899096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 61 - 384
Target Start/End: Original strand, 12957420 - 12957743
Alignment:
Q  61 cttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttcta 160  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | |     
T  12957420 cttcaatggaacaataccgtcctctttagcttctctcaaaggtcttcaatatttagacgtttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatg 12957519  T
Q  161 cagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctg 260  Q
    || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||| |  |||  |    
T  12957520 caaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatattggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaaatgcaagccaaatagaag 12957619  T
Q  261 tgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggat 360  Q
    |||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||| || || ||  ||||| |    
T  12957620 tgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccatctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaagcaacacaagttcaggtt 12957719  T
Q  361 gatagcagggattgttagtgcggt 384  Q
    |||||||| ||| |||||||||||    
T  12957720 gatagcagtgatagttagtgcggt 12957743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 46 - 368
Target Start/End: Original strand, 12931606 - 12931928
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||    
T  12931606 tttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatca 12931705  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  12931706 attcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaaatg 12931805  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaaca 345  Q
     || | |  |||   |||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||    
T  12931806 caacccaaatagacttgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaaaca 12931905  T
Q  346 ccaaaaaatcaggatgatagcag 368  Q
     || ||  ||||| |||||||||    
T  12931906 acacaagttcaggttgatagcag 12931928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 380
Target Start/End: Original strand, 12947971 - 12948305
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||    
T  12947971 tttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatca 12948070  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||| ||| | | || ||||| || ||||||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  12948071 attcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagagtatttgaatgtttcttttaacatgttggtaggagagataccgacaaatggtgtatttggaaatg 12948170  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaaca 345  Q
     || | |  |||  ||||  |||||||| || || ||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||| ||    
T  12948171 caacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctatgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaatggtaggaaacatgcaaagca 12948270  T
Q  346 ccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 380  Q
     |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12948271 acaaaagttcaggttgatagcagggatagttagtg 12948305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 46 - 244
Target Start/End: Original strand, 12906517 - 12906715
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||    
T  12906517 tttgcaaaggaactcctttaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatca 12906616  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaat 244  Q
    |||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |||||||||    
T  12906617 attcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaaaggtttatttggaaat 12906715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 31468044 - 31467794
Alignment:
Q  46 tttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggacca 145  Q
    |||||||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||  | |||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| |||| |  |||| |||| ||    
T  31468044 tttgcaaggaaattccttccatggagtcataccaacctctctagcttcactgaaaggccttcaacatttagacctatcacgaaaccacttgtctggatca 31467945  T
Q  146 attcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 245  Q
    |||||||| | |||||| ||||| ||  |  || || |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||     
T  31467944 attcctaaaggtctacaaaatatttctttcctacaatacttcaatgtatcttttaacatgttggaaggcgaggtaccaacggaaggtgtctttcaaaatt 31467845  T
Q  246 taagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaa 296  Q
     |||  || | || || || || |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  31467844 caagtgaggtggcggtaacaggcaacaataacctttgtggaggtgtttcaa 31467794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University