View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5017_low_19 (Length: 241)

Name: NF5017_low_19
Description: NF5017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5017_low_19
NF5017_low_19
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-224)||(21786703-21786926)
chr7 (1-224)||(21773175-21773398)
chr7 (5-223)||(21717038-21717256)
chr7 (5-223)||(21682965-21683183)
chr7 (12-223)||(21727738-21727949)
chr7 (1-226)||(21789459-21789684)
chr7 (2-225)||(21666606-21666829)
chr7 (1-225)||(21697731-21697955)
chr7 (4-226)||(15714920-15715142)
chr7 (1-226)||(21630066-21630291)
chr7 (1-226)||(21793100-21793325)
chr7 (2-225)||(21653172-21653395)
chr7 (1-226)||(21647844-21648069)
chr7 (1-226)||(21657749-21657974)
chr7 (1-226)||(21711014-21711239)
chr7 (1-211)||(21994548-21994758)
chr7 (5-220)||(21705599-21705814)
chr7 (5-220)||(21765225-21765440)
chr7 (1-85)||(21803814-21803898)
chr7 (148-223)||(21727039-21727114)
chr7 (156-226)||(21624226-21624296)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (1-220)||(26569-26788)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21786926 - 21786703
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21786926 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagtagcggctgaagtgtcgtcc 21786827  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786826 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcagcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgcttgacttaagtcttattccta 21786727  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  21786726 cagctcttagatcttgtatgttcc 21786703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21773398 - 21773175
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||    
T  21773398 catgaacgctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttatgaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaatgtagtggctgatgagtcgtcc 21773299  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||    
T  21773298 acaacaatctcaggaagagtcagttctgcagtgaacaatccttcagagaaatctatgtctcttggccttctcgtcttgcttgacttaaaatttattccta 21773199  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcc 224  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  21773198 catctcttagatcttgtatgttcc 21773175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21717256 - 21717038
Alignment:
Q  5 aaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccacaa 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21717256 aaagctgcaaaagaacaaaacccatagtcgttgttaaaatctggacacatctcatatgcaatcaggttgaggaaagtagcggctgaagtgtcgtccacaa 21717157  T
Q  105 cgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagc 204  Q
    |||||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  21717156 cgatctcaggaagagtcagttcagcagtgaaccatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgcttgacttaagtcttattcctaatgc 21717057  T
Q  205 tcttagatcttgtatgttc 223  Q
    | ||||||||| |||||||    
T  21717056 ttttagatcttttatgttc 21717038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21683183 - 21682965
Alignment:
Q  5 aaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccacaa 104  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21683183 aaagctacaaaagaacaaattccgtagtcgttgtcaaaatttggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagtagtggctgatgtgtcgtccacaa 21683084  T
Q  105 cgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagc 204  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  21683083 cgatctcaggaagagttagttctgcagtgaaccatccttcggtgaaatctatgtcttttggccttcgtgtcttgcttgacttaagtcttattcctagtgc 21682984  T
Q  205 tcttagatcttgtatgttc 223  Q
    | ||||||||| |||||||    
T  21682983 ttttagatcttttatgttc 21682965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21727949 - 21727738
Alignment:
Q  12 caaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccacaacgatctc 111  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  21727949 caaaagaacaaattccgtaatcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagtagcggctgatatgttgtccacaacgatctc 21727850  T
Q  112 aggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagctcttaga 211  Q
     |||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  21727849 gggaagagttagttctgcagtgaaccatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtctcttgcttgacttaagtcttattcctaatgcttttaga 21727750  T
Q  212 tcttgtatgttc 223  Q
    |||| |||||||    
T  21727749 tcttttatgttc 21727738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21789684 - 21789459
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  21789684 catgaaagctgcaaacgaacaaattccgtagtcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagttgcggctgaagtgtcgtcc 21789585  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||| | |||||||||| |||| ||||||| || |||   |||||||||||||||||||| |    
T  21789584 acaacgatctcaggaagagtcagtttcgcagcgaaccatcctgcagagaaatctacgtctgttggcctccgtgtcgcacttgacttaagtcttattccga 21789485  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    | |||||||||||||||||| |||||    
T  21789484 ctgctcttagatcttgtatgctcctg 21789459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21666829 - 21666606
Alignment:
Q  2 atgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcca 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||   || |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  21666829 atgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcattcttaaaatctggacacatctcatatgctatcttattgaggaaaatagtggctgatgtgtcgtcca 21666730  T
Q  102 caacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctac 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21666729 caacgatctcaggaagagtcagtttcgcagcgaaccatcctgcggagaaatctaagtctctcagccatcgtgtcttgcttgacttaactcttattcctac 21666630  T
Q  202 agctcttagatcttgtatgttcct 225  Q
     ||| |||||||||||||||||||    
T  21666629 tgcttttagatcttgtatgttcct 21666606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21697955 - 21697731
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||  |||| |||||||||||    
T  21697955 catgaaagctacataagaacaaattacgtagtcgttcttaaaatcgggacacatctcatatgctatcagattgagataagtaaaggctaatgtgtcgtcc 21697856  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||   || |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21697855 acaacgatctcaggtagagtcagtgtcgcagcgaaccatccttcgcagaaatccatgtctcttgggctttgtgtcttgcttgacttaagtcttattccta 21697756  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcct 225  Q
    | ||| |||||||||||||||||||    
T  21697755 ctgcttttagatcttgtatgttcct 21697731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 15715142 - 15714920
Alignment:
Q  4 gaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccaca 103  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  15715142 gaaagctgaaaaagaacagatctcgtagtcgttatcaaaatctggacaaatctcatatgctatctggttgaggaaagtagcggctgtagtgttgtccaca 15715043  T
Q  104 acgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacag 203  Q
      ||||  ||||||||||||||  || || ||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15715042 cggatccgaggaagagtcagtttcgcagcaaaccatcctgcagagaaatctatctctgttggcctttgtgtcttgcttgacttaagtcttattcctactg 15714943  T
Q  204 ctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  15714942 ctcttagatcttgtatgctcctg 15714920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21630291 - 21630066
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    ||||||||||  ||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||   || |  |    
T  21630291 catgaaagctagaaaagaacaaatttcgtaatcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaacatatgggctgaaccgttggtc 21630192  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  21630191 acaatgatcataggaagagtcagttctgcagcgaaccatcctccgcagaaatctatgtctcttggcctttgtgtcatgcttgtcttaagtcttattccta 21630092  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21630091 cagcttttagatcttgtatgttcctg 21630066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21793325 - 21793100
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    ||||||| || |||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||  |||||  |    
T  21793325 catgaaaactacaaaagaacaaatttcgtatttgttctcaaaatctggacacatctcatatgctgtcaggttgaagaaagtagaggctgaactgtcggtc 21793226  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  21793225 acaatgatcataggaagagtcagttctgcagtgaaccatccatcggagaaatgtatgtcttttgggcttggtgtattgcttgacttaagtcttattccta 21793126  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21793125 cagcttttagatcttgtatgttcctg 21793100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21653395 - 21653172
Alignment:
Q  2 atgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcca 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21653395 atgaaagctgcaaaagaacaaattccatagtcgttctcaaaatcaggacacatctcatatgctatcaagttgaggaaagtagtggctgaagtgtcgtcca 21653296  T
Q  102 caacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctac 201  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||  | | |||||||| ||||||  |||||| ||||||| || ||   ||||||||||| ||||| |||| |    
T  21653295 caacgatctcaggaagaattagttttgcggtaagccatccttcgtagaaattaatgtcttttggcctacgtgtgaagcttgacttaaatcttactcctgc 21653196  T
Q  202 agctcttagatcttgtatgttcct 225  Q
     ||| |||||||||||||||||||    
T  21653195 tgcttttagatcttgtatgttcct 21653172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21648069 - 21647844
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||||||| |||||||    
T  21648069 catgaaagctgcaaaagaacaaattctgtagttgttcttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagataagtagtagctgatgagtcgtcc 21647970  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||||||||||||| ||||| || | |||    ||| ||||||| |||||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21647969 acaacgatctcaggtagagttagctttgcaatcaaccatccttcagagaaatccaagtctcttggacttcgagtcatgcttgacttaagtcttattccta 21647870  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    |   |||||||||||||||| |||||    
T  21647869 cttttcttagatcttgtatgctcctg 21647844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21657974 - 21657749
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||| | ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  ||||||  ||| |  |    
T  21657974 catgaaagttacaaaagaacaaattccataatcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgcggaacgtatgggctgaactgttggac 21657875  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||||| | |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21657874 acaatgatcataggaagagtcagttctgcagagaaccatcctccgcagaaatctatgtctcttagcctttgtgtcatgcttgacttaagtcttattccta 21657775  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||    
T  21657774 ctgcttttagatcttgtatgttcctg 21657749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21711239 - 21711014
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  21711239 catgaaagctgcaaaagaacaaaatccatagtcgttcttaaaatctggacacatctcatacgctattaagttgaggaaagtagcagctgatgtgtcgtcc 21711140  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||||||||||||| |  ||||||| |||  | ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  21711139 acaacgatctcaggtaatgtcagttttgcaaccaatcatccttcggagaaatccatgtctcttggactttgtgtcttgctagacttaagtcttattccta 21711040  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
        ||||||||||| |||| |||||    
T  21711039 tttttcttagatcttttatgctcctg 21711014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 21994758 - 21994548
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  21994758 catgaaagttgcaaaagaacaaattccatagtcgttctcaaaatctggacacatctcgtatgctatcaggttaaggatagtagcggctgatctatcgtcc 21994659  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  || | |||| ||||||| | ||| ||||||  |  |||  |||| |||  | |||||||||||| ||||||||    
T  21994658 acaacgatctcaggaagagtcaatttcgcagtgaaccatccttcagcgaattctatgctttgtggatttcgtgtcgcggttgacttaagtcgtattccta 21994559  T
Q  201 cagctcttaga 211  Q
    | |||||||||    
T  21994558 ctgctcttaga 21994548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21705814 - 21705599
Alignment:
Q  5 aaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccacaa 104  Q
    |||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||    || || ||||     
T  21705814 aaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagtaaagtagaggctgcaaggttgttcacat 21705715  T
Q  105 cgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagc 204  Q
     |||  |||||| |||||||| ||| |  ||| ||||| | | |||||||| |||| ||||||| |  ||   ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  21705714 agattacaggaatagtcagttttgcagtaaaccatcctgcagtgaaatctacgtctgttggcctccctgttgcgcttgccttaagtcttattcctactgc 21705615  T
Q  205 tcttagatcttgtatg 220  Q
    ||||||||||| ||||    
T  21705614 tcttagatcttctatg 21705599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21765440 - 21765225
Alignment:
Q  5 aaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtccacaa 104  Q
    |||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||    || || ||||     
T  21765440 aaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagtaaattagaggctgcaaggttgttcacat 21765341  T
Q  105 cgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagc 204  Q
     |||  |||||| |||||||| ||| |  ||| ||||| | | |||||||| |||| ||||||| |  ||   ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  21765340 agattacaggaatagtcagttttgcagtaaaccatcctgcagtgaaatctacgtctgttggcctccttgttgcgcttgtcttaagtcttattcctactgc 21765241  T
Q  205 tcttagatcttgtatg 220  Q
    ||||||||||| ||||    
T  21765240 tcttagatcttctatg 21765225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Original strand, 21803814 - 21803898
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcg 85  Q
    |||||||||| || ||||||||| | | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21803814 catgaaagctacataagaacaaaactcatagtcgttcttaaaatctggacacatctcatatgcaatcaggttaaggaaagtagcg 21803898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 148 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21727114 - 21727039
Alignment:
Q  148 gaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagctcttagatcttgtatgttc 223  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||    
T  21727114 gaaatttatgtctcttggccttcgtatcttgcttgacttaagtcttattcctagtgcttttagatcttttatgttc 21727039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21624296 - 21624226
Alignment:
Q  156 tgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattcctacagctcttagatcttgtatgttcctg 226  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  21624296 tgtctcttggacttcgtgtcttgcttgatccaagtcttattcctccagttcttagattttgtatgttcctg 21624226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26788 - 26569
Alignment:
Q  1 catgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttaaggaaagtagcggctgatgtgtcgtcc 100  Q
    ||||| |||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||    || || |    
T  26788 catgagagctacataagaacaaatctgatagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgccaccaggttgaggaaaatagcggctgtaaagttgttc 26689  T
Q  101 acaacgatctcaggaagagtcagttctgcggcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgcgtcttgcttgacttaagtcttattccta 200  Q
    ||   ||||  ||||| ||||||||  || |  ||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| || | ||   ||||| |||||| ||||||||||    
T  26688 actgggatcctaggaatagtcagtttcgcagaaaaccatcctgcagagaaatctatgtctgttggctttggtgtaaagcttgccttaagacttattccta 26589  T
Q  201 cagctcttagatcttgtatg 220  Q
    | ||||||||||||| ||||    
T  26588 ctgctcttagatcttctatg 26569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University