View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5018-Insertion-5 (Length: 653)

Name: NF5018-Insertion-5
Description: NF5018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5018-Insertion-5
NF5018-Insertion-5
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-653)||(4177859-4178504)
chr6 (8-503)||(4077512-4077997)
chr6 (508-653)||(4078045-4078190)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 4178504 - 4177859
Alignment:
Q  8 gaagtaaacttggtggcccattgttactttgaacatcaaaaatttctgtgggggatgttagataaaagcacaaacataaagtacaaaattgaaataatgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178504 gaagtaaacttggtggcccattgttactttgaacatcaaaaatttctgtgggggatgttagataaaagcacaaacataaagtacaaaattgaaataatgt 4178405  T
Q  108 ggcaagacatttcagctattcgaattgttgatgaagataaaaaacctggaattcttgaaattgaggtgtgtatatatttttctttttcatagttatgaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178404 ggcaagacatttcagctattcgaattgttgatgaagataaaaaacctggaattcttgaaattgaggtgtgtatatatttttctttttcatagttatgaat 4178305  T
Q  208 tgcatggtttttcctcttgattagagaaattacttgcatttgattttaattgtgattttctttttctacggttaataaaggtacccacattctatcacca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178304 tgcatggtttttcctcttgattagagaaattacttgcatttgattttaattgtgattttctttttctacagttaataaaggtacccacattctatcacca 4178205  T
Q  308 tattaattccaagtgggaatcatcacaagacttcactgatggtcatgctgccatatgcaggtatatattttttaaagtttattatatgaatttaatttgt 407  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178204 tattaattccatgtgggaatcatcacaagacttcactgatggtcatgctgccatatgcaggtatatattttttaaagtttattatatgaatttaatttgt 4178105  T
Q  408 acaccgttagcgtaaataatttatcgtcacatcataaaaaatgttagactttgatcgtaactgtttataatgtcacacacatgattgattttatttatat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178104 acaccgttagcgtaaataatttatcgtcacatcataaaaaatgttagactttgatcgtaactatttataatgtcacacacatgattgattttatttatat 4178005  T
Q  508 catgcaggagacactaccttgaatttcctcctaaagtaaactttaagaagctgttgcaatctaataagcacttattagagttgagccaaagaccttttcc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178004 catgcaggagacactaccttgaatttcctcctaaagtaaactttaagaagctgttgcaatctaataagcacttattagagttgagccaaagaccttttcc 4177905  T
Q  608 aagtttggattcttcattttttggtataccattaattacaccacca 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4177904 aagtttggattcttcattttttggtataccattaattacaccacca 4177859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 503
Target Start/End: Original strand, 4077512 - 4077997
Alignment:
Q  8 gaagtaaacttggtggcccattgttactttgaacatcaaaaatttctgtgggggatgttagataaaagcacaaacataaagtacaaaattgaaataatgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4077512 gaagtaaacttggtggcccattgttactttgaacatcaaaaatttctgtgggggatgttagataaaagcacaaacataaagtacaaaattgaaataatgt 4077611  T
Q  108 ggcaagacatttcagctattcgaattgttgatgaagataaaaaacctggaattcttgaaattgaggtgtgtatatatttttctttttcatagttatgaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4077612 ggcaagacatttcagctattcgaattgttgatgaagaaaacaaacctggaattcttgaaattgaggtgtgtatatatttttctttttcatagttatgaat 4077711  T
Q  208 tgcatggtttttcctcttgattagagaaattacttgcatttgattttaattgtgattttctttttctacggttaataaaggtacccacattctatcacca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4077712 tgcatggtttttcctcttgattag---------ttgcatttgattttaattgtgattttctttttctacagttaataaagaaacccacattctatcacca 4077802  T
Q  308 tattaattccaagtgggaatcatcacaagacttcactgatggtcatgctgccatatgcaggtatatattttttaaagtttattatatgaatttaatttgt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4077803 tattaattccaagtgggaatcatcacaagacttcactgatggtcatgctgccatatacaggtatatatctttt-aagtttattatatgaatttaatttgt 4077901  T
Q  408 acaccgttagcgtaaataatttatcgtcacatcataaaaaatgttagactttgatcgtaactgtttataatgtcacacacatgattgattttattt 503  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4077902 acaccgtcagcgtaaatagtttatcgtcacatcataaaaaatgttagactttgatcgtaactatttttaatgtcacacatatgattgattttattt 4077997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 508 - 653
Target Start/End: Original strand, 4078045 - 4078190
Alignment:
Q  508 catgcaggagacactaccttgaatttcctcctaaagtaaactttaagaagctgttgcaatctaataagcacttattagagttgagccaaagaccttttcc 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078045 catgcaggagacactatcttgaatttcctcctggagtaaactttaagaagctgttgcaatctaataagcacttattagagttgagccaaagaccttttcc 4078144  T
Q  608 aagtttggattcttcattttttggtataccattaattacaccacca 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078145 aagtttggattcttcattttttggtataccattaattacaccacca 4078190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University