View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5019_high_6 (Length: 367)

Name: NF5019_high_6
Description: NF5019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5019_high_6
NF5019_high_6
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-262)||(30224173-30224439)
chr8 (1-263)||(5567368-5567635)
chr8 (1-260)||(3375456-3375709)
chr8 (1-262)||(25248955-25249215)
chr8 (13-260)||(31032038-31032285)
chr8 (1-247)||(6428700-6428950)
chr8 (13-226)||(3379149-3379366)
chr8 (1-177)||(36535873-36536035)
chr8 (144-206)||(14935576-14935638)
chr8 (209-262)||(5567676-5567729)
chr8 (13-65)||(19473676-19473728)
chr8 (13-65)||(19544601-19544653)
chr8 (13-65)||(19588043-19588095)
chr8 (263-293)||(9490210-9490240)
chr8 (114-176)||(29274787-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-262)||(7040304-7040570)
chr4 (1-262)||(23564697-23564963)
chr4 (1-247)||(18656066-18656317)
chr4 (1-262)||(23566391-23566628)
chr4 (2-262)||(52520542-52520810)
chr4 (2-262)||(52518700-52518968)
chr4 (21-179)||(54296454-54296617)
chr4 (78-206)||(3529251-3529379)
chr4 (78-206)||(23985773-23985901)
chr4 (13-206)||(52545137-52545333)
chr4 (73-262)||(3274538-3274728)
chr4 (13-94)||(56074680-56074766)
chr4 (106-206)||(24807423-24807522)
chr4 (156-206)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-262)||(29758063-29758329)
chr2 (83-247)||(20516053-20516223)
chr2 (30-117)||(8759115-8759207)
chr2 (194-260)||(8759203-8759269)
chr2 (13-107)||(18612074-18612174)
chr2 (205-255)||(31155713-31155763)
chr2 (68-105)||(17149025-17149062)
chr2 (146-198)||(18739679-18739730)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-260)||(44963108-44963372)
chr7 (1-262)||(20046517-20046787)
chr7 (2-262)||(28124610-28124878)
chr7 (2-262)||(28126437-28126705)
chr7 (2-262)||(4895525-4895792)
chr7 (83-206)||(37405559-37405682)
chr7 (2-107)||(28014296-28014406)
chr7 (174-260)||(44962228-44962314)
chr7 (2-206)||(25471794-25472003)
chr7 (66-141)||(4880267-4880343)
chr7 (2-51)||(8405666-8405715)
chr7 (73-149)||(4571066-4571144)
chr7 (94-156)||(36989570-36989632)
chr7 (217-262)||(6324013-6324058)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (1-260)||(19645322-19645586)
chr6 (1-262)||(5376818-5377087)
chr6 (1-254)||(5378681-5378942)
chr6 (1-236)||(1088675-1088915)
chr6 (65-260)||(15149129-15149331)
chr6 (83-206)||(15868391-15868514)
chr6 (83-206)||(33866098-33866221)
chr6 (83-206)||(15866579-15866702)
chr6 (83-206)||(33869245-33869368)
chr6 (97-178)||(9415095-9415176)
chr6 (192-262)||(9414962-9415032)
chr6 (78-206)||(14611083-14611210)
chr6 (135-206)||(32079909-32079980)
chr6 (205-262)||(9415050-9415107)
chr6 (2-103)||(8915570-8915676)
chr6 (11-65)||(24544764-24544818)
chr6 (79-199)||(28884359-28884480)
chr6 (2-103)||(20985831-20985937)
chr6 (146-206)||(14620510-14620570)
chr6 (78-154)||(14618975-14619050)
chr6 (222-262)||(30376225-30376265)
chr6 (2-30)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-263)||(17402804-17403074)
chr3 (1-260)||(1139958-1140210)
chr3 (1-262)||(6789563-6789829)
chr3 (73-206)||(20302625-20302760)
chr3 (106-206)||(20327167-20327269)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-256)||(17449260-17449519)
chr1 (2-262)||(16808601-16808869)
chr1 (83-206)||(9312028-9312151)
chr1 (83-206)||(3282800-3282923)
chr1 (83-206)||(3284501-3284624)
chr1 (83-206)||(9310411-9310534)
chr1 (155-263)||(48940618-48940726)
chr1 (113-206)||(37664694-37664787)
chr1 (113-206)||(37674416-37674509)
chr1 (113-206)||(37702185-37702278)
chr1 (4-159)||(48941646-48941810)
chr1 (106-199)||(902083-902175)
chr1 (21-206)||(5924828-5925006)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (13-206)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (83-206)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (83-206)||(39787168-39787291)
chr5 (65-206)||(25076206-25076348)
chr5 (65-206)||(25134175-25134317)
chr5 (15-65)||(20012959-20013009)
chr5 (106-150)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (29-206)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (2-88)||(19063-19153)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 30224439 - 30224173
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224439 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 30224340  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224339 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 30224240  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30224239 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 30224173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 5567635 - 5567368
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5567635 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 5567536  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5567535 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 5567436  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaacat 263  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||| |||||||    
T  5567435 atagttgattactaactctagtctaactactttaactaacttcacataacttccagctattttaacat 5567368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Original strand, 3375456 - 3375709
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  3375456 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcattgta-----gaaatgaatagattga-aaaagataatgaatgggt 3375549  T
Q  101 acaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3375550 acaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagt 3375649  T
Q  201 taattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375650 tgattactaacagaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 3375709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25249215 - 25248955
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25249215 gtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatcatgaa 25249116  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac---ttatcaacta 192  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||    
T  25249115 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttattatcaatta 25249016  T
Q  193 actatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25249015 actatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataacttccaactatcttaaca 25248955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 260
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032285
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | || |    
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaat 31032137  T
Q  109 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31032138 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaa----cttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattact 31032233  T
Q  209 aactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032234 aactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 31032285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6428950 - 6428700
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatga 94  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||      | |||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  6428950 gtcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagagtgaatagatttgattaaaagatgatga 6428851  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  6428850 atgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaat 6428751  T
Q  195 tatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 247  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6428750 tatagttgattactaactcttgtctaactac--taactaactccacataactt 6428700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379366
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatagt 3379248  T
Q  109 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 208  Q
     ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  3379249 tttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgattact 3379348  T
Q  209 aactctagtctaactacc 226  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3379349 aactctagtctaactacc 3379366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 36535873 - 36536035
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||               |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36535873 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatt--------------gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagt 36535958  T
Q  101 acaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    |||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535959 acaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  144 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 262
Target Start/End: Original strand, 5567676 - 5567729
Alignment:
Q  209 aactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||    
T  5567676 aactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttccagctattttaaca 5567729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473676
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19473676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544601
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19544601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588095
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19588095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 293
Target Start/End: Original strand, 9490210 - 9490240
Alignment:
Q  263 tggtctatagggaagtatttcgtaacttata 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490210 tggtctatagggaagtatttcgtaacttata 9490240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 176
Target Start/End: Original strand, 29274787 - 29274849
Alignment:
Q  114 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 176  Q
    |||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274787 tatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 7040570 - 7040304
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040570 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 7040471  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040470 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 7040371  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7040370 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 7040304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Original strand, 23564697 - 23564963
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564697 gtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 23564796  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564797 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 23564896  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23564897 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 23564963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18656317 - 18656066
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18656317 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 18656218  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  18656217 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 18656118  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 247  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18656117 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaacttcacataactt 18656066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Original strand, 23566391 - 23566628
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||    
T  23566391 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaagta---------------gattgataaaagataatgaatgagt 23566475  T
Q  101 acaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566476 acaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagtttacttatcaactaactatagt 23566575  T
Q  201 taattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    | ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566576 tgattactaactctagtc---------taactaactccacataactttcaactatcttaaca 23566628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 52520810 - 52520542
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  ||    |||||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  52520810 tcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattgaaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 52520711  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520710 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 52520611  T
Q  196 atagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  52520610 atagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52520542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 52518968 - 52518700
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| ||||     
T  52518968 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgat 52518869  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518868 tgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 52518769  T
Q  196 atagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  52518768 atagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 52518700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag----aaatgaatagattgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttctta 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||     |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattataaaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttccta 54296518  T
Q  116 tatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296517 tatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529379
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  178 tttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23985901 - 23985773
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985901 ttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 23985802  T
Q  178 tttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23985801 tttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatag 107  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatgag 52545235  T
Q  108 tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  52545236 tgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 73 - 262
Target Start/End: Original strand, 3274538 - 3274728
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtg-ttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaa 171  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  || |  ||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3274538 atagattgataaaagatgatgaatgattaccatgatgatgtttatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaa 3274637  T
Q  172 ctctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||    
T  3274638 ctcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaactatagttttactaccttaactaacttcatataacttccaactattttaaca 3274728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 94
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatga 94  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  106 agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatt 205  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 206
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  156 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 29758329 - 29758063
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758329 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 29758230  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758229 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 29758130  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29758129 atagttgattactaagtctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaaca 29758063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 247
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516223
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaact 173  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  174 ctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactt 247  Q
    |||| | |||||   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  20516153 ctagctaactta---actaactatagttaattactaactccagtttaattaccttaactaactgcacataactt 20516223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 117
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  30 aagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttata 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 194 - 260
Target Start/End: Original strand, 8759203 - 8759269
Alignment:
Q  194 ctatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8759203 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 8759269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 107
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaag-ataatgaatgagtacaata 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | | |  ||||||     |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  107 g 107  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 205 - 255
Target Start/End: Original strand, 31155713 - 31155763
Alignment:
Q  205 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactat 255  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  31155713 tactaactctagtttaactaccttaactaactccgcataacttccaactat 31155763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 105
Target Start/End: Original strand, 17149025 - 17149062
Alignment:
Q  68 aatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17149025 aatgaatagattgataaaagataatgatagagtacaat 17149062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739679
Alignment:
Q  146 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactata 198  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactata 18739679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 44963372 - 44963108
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44963372 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 44963273  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44963272 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 44963173  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963172 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 44963108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Original strand, 20046517 - 20046787
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaa-gataatga 94  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  20046517 gtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaagatattga 20046616  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 193  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046617 atgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaa 20046716  T
Q  194 ctatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  20046717 ctatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 20046787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Original strand, 28124610 - 28124878
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  28124610 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 28124709  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124710 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 28124809  T
Q  196 atagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  28124810 atagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28124878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Original strand, 28126437 - 28126705
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  28126437 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 28126536  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126537 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 28126636  T
Q  196 atagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  28126637 atagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 28126705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4895792 - 4895525
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgat-aaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |  || |    |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  4895792 tcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaatgaatatattgattaaaagatgatgaat 4895693  T
Q  97 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 196  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895692 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaacta 4895593  T
Q  197 tagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    ||||| |||||  | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  4895592 tagttgattacaattactctaatctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 4895525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Original strand, 28014296 - 28014406
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  28014296 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgaataat 28014395  T
Q  97 gagtacaatag 107  Q
    |||||||||||    
T  28014396 gagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 174 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 44962314 - 44962228
Alignment:
Q  174 ctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  44962314 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactcactcaagtctaactaccttaactaacttcacataacttccaactatgttaa 44962228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 206
Target Start/End: Original strand, 25471794 - 25472003
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag-----aaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| | || ||||||      ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  25471794 tcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgataaaagatgaataat 25471893  T
Q  97 gagtacaatagtgttct-tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct-aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    ||||||||||| ||    ||| |||||   | | || ||||||||| |||   |||||| || |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  25471894 gagtacaatagagtgaggtatttataggagtgacttggagtaactaactcc--ctaactactgaaccaacctactaactctagttaacctatcaactaac 25471991  T
Q  195 tatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||    
T  25471992 tatagttaatta 25472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 66 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880267
Alignment:
Q  66 gaaatgaat-agattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaacta 141  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaacta 4880267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 8405715 - 8405666
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagata 51  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8405715 tcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagata 8405666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatgaa--tgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 156
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  94 aatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 156  Q
    ||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 217 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 6324058 - 6324013
Alignment:
Q  217 tctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6324058 tctaactatctaaactaactccacataactttctactattttaaca 6324013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Original strand, 19645322 - 19645586
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19645322 gtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgataaaagataatgaa 19645421  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19645422 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttacttatcaactaact 19645521  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  19645522 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacatatcttctaactatcttaa 19645586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 5377087 - 5376818
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5377087 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5376988  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376987 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5376888  T
Q  195 tatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||    
T  5376887 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacatataacttccaactattttaaca 5376818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5378942 - 5378681
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5378942 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5378843  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378842 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5378743  T
Q  195 tatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaacta 254  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  5378742 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaacta 5378681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 1088675 - 1088915
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaa-gtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||  |    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  1088675 gtcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1088774  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1088775 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaact 1088874  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaact 236  Q
    |||||| || |||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  1088875 atagttgatcactaactctaatttaactactttaactaact 1088915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 65 - 260
Target Start/End: Original strand, 15149129 - 15149331
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||  |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  15149129 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagtaactaactctaactaacttct 15149228  T
Q  158 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatct 257  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15149229 aaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactatct 15149328  T
Q  258 taa 260  Q
    |||    
T  15149329 taa 15149331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9415176 - 9415095
Alignment:
Q  97 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415176 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9415032 - 9414962
Alignment:
Q  192 aactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  9415032 aactatagttgatcactaactctagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactattttaaca 9414962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611083
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 176  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  177 gtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 135 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  135 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 205 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9415107 - 9415050
Alignment:
Q  205 tactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  9415107 tactaactctagtctaacttccttaactaactccacataacttccaactattttaaca 9415050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 8915676 - 8915570
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaact-----cagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||| || ||||      ||||||||||||||| |||||||||  | |||    
T  8915676 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaataaaagatgctaaat 8915577  T
Q  97 gagtaca 103  Q
    |||||||    
T  8915576 gagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544764
Alignment:
Q  11 taagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactca 24544764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 79 - 199
Target Start/End: Original strand, 28884359 - 28884480
Alignment:
Q  79 tgataaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  28884359 tgataaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctag 28884458  T
Q  178 tttacttatcaactaactatag 199  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  28884459 ttaacctatcaactaactatag 28884480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985937
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  || ||     ||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagatagcaaat 20985930  T
Q  97 gagtaca 103  Q
    |||||||    
T  20985931 gagtaca 20985937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  146 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 14619050 - 14618975
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 154  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619050 ttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 222 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 30376265 - 30376225
Alignment:
Q  222 ctaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  30376265 ctacgttaactaactccacataacttccaactattttaaca 30376225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 31528985 - 31528957
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 30  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528985 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 31528957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 17402804 - 17403074
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17402804 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 17402903  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402904 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 17403003  T
Q  195 tatagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaacat 263  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  17403004 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacat 17403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 1140210 - 1139958
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1140210 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1140111  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||    
T  1140110 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc------------ctagtttacttatcaactaact 1140023  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaa 260  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1140022 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatcttaa 1139958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789563
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaa-gatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||      |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6789829 gtcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgaatagattgaaaaaagatagtgaa 6789730  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  6789729 tgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaact 6789630  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||    
T  6789629 atacatgattaccaactctagtctaactaccttaactaactacacattacttccaactattttaaca 6789563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 20302760 - 20302625
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatg--aatgagtacaat-agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctact 169  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| |||||    
T  20302760 atagatttataaaagataatggaaatg-gtacgatgagtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctact 20302663  T
Q  170 aactctagtttacttatcaact-aactatagttaatta 206  Q
    || ||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20302662 aagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 20327269 - 20327167
Alignment:
Q  106 agtgttcttatatatagaga--ttagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaact-aactatagtta 202  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| ||||||||||     
T  20327269 agtgttcttatatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagttt 20327171  T
Q  203 atta 206  Q
    ||||    
T  20327170 atta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 17449519 - 17449260
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||     || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  17449519 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattga-aaaagataatgaa 17449421  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17449420 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 17449321  T
Q  196 atagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatc 256  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  17449320 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatc 17449260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 262
Target Start/End: Original strand, 16808601 - 16808869
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  16808601 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 16808700  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808701 tgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 16808800  T
Q  196 atagttaattac--taactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaactatcttaaca 262  Q
    |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  16808801 atagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaaca 16808869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 155 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940618
Alignment:
Q  155 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataactttcaacta 254  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcttgtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 48940627  T
Q  255 tcttaacat 263  Q
    | |||||||    
T  48940626 ttttaacat 48940618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 113 - 206
Target Start/End: Original strand, 37664694 - 37664787
Alignment:
Q  113 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37664694 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 113 - 206
Target Start/End: Original strand, 37674416 - 37674509
Alignment:
Q  113 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37674416 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 113 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 37702278 - 37702185
Alignment:
Q  113 ttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37702278 ttatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  4 atagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-------gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatga 94  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||||| |  ||||||       |||||||||||||| ||| |||||||| |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 159  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902083
Alignment:
Q  106 agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatag 199  Q
    ||||||| |||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatag 902083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 206
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925006
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttat 116  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||  |||||||||||    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttcttat 5924927  T
Q  117 atatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5924928 atatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagt 58883  T
Q  109 gttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  58882 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||| ||||||||||| ||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 206
Target Start/End: Original strand, 25076206 - 25076348
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 163  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25076206 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25076305  T
Q  164 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25076306 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 206
Target Start/End: Original strand, 25134175 - 25134317
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 163  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25134175 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25134274  T
Q  164 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25134275 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 65
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013009
Alignment:
Q  15 caagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 20013009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  106 agtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 150  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39144
Alignment:
Q  29 taagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcttatatatag 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||| |||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatag 39227  T
Q  123 agattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    || |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39226 agtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 19153 - 19063
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagattgataaaaga 88  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||      |||||||||||||||||||||    
T  19153 tcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University