View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5020-Insertion-11 (Length: 581)

Name: NF5020-Insertion-11
Description: NF5020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5020-Insertion-11
NF5020-Insertion-11
[»] chr1 (33 HSPs)
chr1 (8-581)||(8920407-8920980)
chr1 (7-581)||(8931811-8932385)
chr1 (18-581)||(8955744-8956307)
chr1 (7-581)||(8941727-8942301)
chr1 (20-579)||(9318118-9318674)
chr1 (20-579)||(9349945-9350501)
chr1 (20-579)||(9319628-9320184)
chr1 (71-573)||(9254862-9255361)
chr1 (278-579)||(9453652-9453953)
chr1 (278-561)||(9432683-9432966)
chr1 (278-561)||(9399613-9399896)
chr1 (287-579)||(9486017-9486309)
chr1 (311-563)||(9384239-9384491)
chr1 (311-563)||(9233903-9234155)
chr1 (314-425)||(9104973-9105084)
chr1 (20-174)||(9348779-9348933)
chr1 (314-425)||(9096791-9096902)
chr1 (314-540)||(8999680-8999906)
chr1 (45-170)||(9486426-9486551)
chr1 (47-170)||(9399382-9399505)
chr1 (45-170)||(9433074-9433199)
chr1 (45-170)||(9454061-9454186)
chr1 (314-446)||(9142832-9142964)
chr1 (315-579)||(8873896-8874160)
chr1 (314-441)||(8964529-8964656)
chr1 (311-540)||(9488564-9488793)
chr1 (306-441)||(9056570-9056705)
chr1 (70-144)||(9082799-9082873)
chr1 (314-425)||(9082521-9082632)
chr1 (377-420)||(9464035-9464078)
chr1 (70-168)||(9097046-9097144)
chr1 (365-423)||(10974314-10974372)
chr1 (499-540)||(9464320-9464361)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-579)||(9159320-9159874)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (71-579)||(15927024-15927529)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (499-561)||(27692622-27692684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 8920407 - 8920980
Alignment:
Q  8 actccatcaccttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920407 actccatcaccttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtaca 8920506  T
Q  108 ttgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920507 ttgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacatttttcttttcctcattggtagcttctcccaatat 8920606  T
Q  208 ttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920607 ttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgttt 8920706  T
Q  308 gctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920707 gctatttccatcaagagcattccaaagctatatacatcggccttataggagactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattg 8920806  T
Q  408 ttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920807 ttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaag 8920906  T
Q  508 tatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacgtg 581  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920907 tatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacgtg 8920980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 581
Target Start/End: Original strand, 8931811 - 8932385
Alignment:
Q  7 aactccatcaccttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtac 106  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8931811 aactccattatcttgaataatttcagttggatatggagaaggctttggaggaatttcaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtcc 8931910  T
Q  107 attgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaata 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||    
T  8931911 attgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccacagagcaattatgaacatcttcttcacatttttcttttcctcatcggtagcttctccagata 8932010  T
Q  207 tttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtt 306  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8932011 tatctatctccctttcttccatcaattcattgtaaatccaatagggaaagaaaatttggcttgaatcatctgcatttgagttcaaatttcttctcctgtt 8932110  T
Q  307 tgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaatt 406  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8932111 tgctatttccattaagagcattccaaagctatacacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaattctggtgccatgtaaccaatt 8932210  T
Q  407 gttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8932211 gttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccaaagtctgatactttggcgatgaagtcctggtcaagaa 8932310  T
Q  507 gtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacgtg 581  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8932311 gtatgttatgaggcttgatatcgaaatgtaaaatttgcatgtcacaaccttgatgcaaataagcaattccacgtg 8932385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 581
Target Start/End: Original strand, 8955744 - 8956307
Alignment:
Q  18 cttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8955744 cttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaatttcaatatcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtccattgaaggacg 8955843  T
Q  118 atcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||     
T  8955844 atcaatagggttcaattgtatacaccacagagcaattatgaacatcttcttcacatttttcttttcctcatcggtagcttctccagatatatctatctct 8955943  T
Q  218 ctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttcca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8955944 ctttcttcaatcaattcattgtaaatccaatagggaaagaaaatttggcttgaatcatctgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttcca 8956043  T
Q  318 tcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgc 417  Q
    | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  8956044 ttaagagcattccaaagctatacacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaataattccggagccatgtaaccaattgttcctcttgc 8956143  T
Q  418 agcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatga 517  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  8956144 agccgtcaaagttacaatgctattgtcaacaggataaagttttgcaagaccaaagtctgaaaccttggcgatgaagtctttgtcaagaagaatgttatga 8956243  T
Q  518 ggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacgtg 581  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8956244 ggcttgatatcaaaatgtaaaatttgcatgtcacaaccttgatgcaaataagcaattccacgtg 8956307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 581
Target Start/End: Original strand, 8941727 - 8942301
Alignment:
Q  7 aactccatcaccttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtac 106  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  8941727 aactccattatcttgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtctttaatatctacttcaagcatttctattactttgtcc 8941826  T
Q  107 attgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaata 206  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  8941827 attgaaggacggtcattgggcttcaattgtatacaccacaaagcaactatgaacattttcttcacattttttttttcctcatccgtaacttctcccaata 8941926  T
Q  207 tttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtt 306  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8941927 tttctatctccctttcttcaaccaattcattgtaaatccaatagggaaagaaaatttggcttgaatcatctgcatttgagtttaaatttcttctcctgtt 8942026  T
Q  307 tgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaatt 406  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8942027 tgctatttccattaagagcattccaaagctatacacatcggctttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaattctggtgccatgtaaccaatt 8942126  T
Q  407 gttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaa 506  Q
    || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  8942127 gtacctctagcagcggtcatagttacaatgctattttcaataggataaagttttgcaagaccaaaatctgaaacctttgcaatgaagtcctggtcaagaa 8942226  T
Q  507 gtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacgtg 581  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8942227 gtatgttatgaggcttgatatcaaaatgtaaaatttgcatgtcacaaccttgatgcaaataagcaattccacgtg 8942301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 20 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 9318674 - 9318118
Alignment:
Q  20 tgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgat 119  Q
    ||||| |||||| |||||||   ||| || |||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  9318674 tgaatcatttcatttggatacaaagagggctttggaggcatttcaatattttcaatatttccttcaagcatctctatcactttgttcattgaaggacgat 9318575  T
Q  120 caatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccct 219  Q
    ||   || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |  |||  |||  |   ||||||||||||| |    
T  9318574 cacatggtttcaattgtatacaccataatgcaattatgaacatcttcttcacattattattttcctcgtatgtaatttcatc---tatttctatctcctt 9318478  T
Q  220 ttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatc 319  Q
     ||||||||||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||   ||||  ||  |||| ||  || ||||||||| || |  |||| |||||||||    
T  9318477 gtcttcaatcaattgattataaatccaaatgggaaagaaaatttgacttgaacgatcggcatgtggatttaaatttcttttcttacttgccatttccatc 9318378  T
Q  320 aagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcag 419  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| || |    
T  9318377 aaaagcattccaaagctatatacatcggccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatgtatccaattgttcctctagctg 9318278  T
Q  420 cagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgagg 519  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||  |  |||||||| |||||||| ||    
T  9318277 cagttaaagtgacaatgctaatgtcatttggataaagctttgccagaccaaagtctgaaactttgggaataaagttctcatcaagaaggatgttatgggg 9318178  T
Q  520 cttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  9318177 cttgatatcaaaatgcaagatttgcatgtcacatccttcatgcaaataagcaattccacg 9318118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 579
Target Start/End: Original strand, 9349945 - 9350501
Alignment:
Q  20 tgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgat 119  Q
    ||||| |||||| |||||||   ||| || |||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  9349945 tgaatcatttcatttggatacaaagagggctttggaggcatttcaatattttcaatatttccttcaagcatctctatcactttgttcattgaaggacgat 9350044  T
Q  120 caatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccct 219  Q
    ||   || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||    ||||||||||  |    |||  |||   ||||||| |||||    
T  9350045 cacatggtttcaattgtatacaccataatgctattatgaacatcttcttcacattaatattttcctcatatgagatttcatcca---tttctatttccct 9350141  T
Q  220 ttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatc 319  Q
    ||| |||  ||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||   ||||   |  |||| ||  || ||||||||| || |  |||| |||||||||    
T  9350142 ttcatcagccaattgattataaatccaaatgggaaagaaaatttgacttgaacgttcggcatgtggatttaaatttcttttcttacttgcgatttccatc 9350241  T
Q  320 aagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcag 419  Q
    || |||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |||   ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |    
T  9350242 aaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaactcaggagccatatatccaattgttcctcttgctg 9350341  T
Q  420 cagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgagg 519  Q
    |||| ||||| ||||||||| | |||   |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||  |  |||||||| |||||||| ||    
T  9350342 cagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatcaagaaggatgttatgggg 9350441  T
Q  520 cttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  9350442 cttgatatcaaaatgcaaaatttgcatgtcacatccttgatgtaaataagccataccacg 9350501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 579
Target Start/End: Original strand, 9319628 - 9320184
Alignment:
Q  20 tgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgat 119  Q
    ||||| |||||| |||||||   ||| || |||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  9319628 tgaatcatttcatttggatacaaagagggctttggaggcatttcaatattttcaatatttccttcaagcatctctatcactttgttcattgaaggacgat 9319727  T
Q  120 caatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccct 219  Q
    ||   || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||    ||||||||||  |    |||  |||   ||||||| |||||    
T  9319728 cacatggtttcaattgtatacaccataatgctattatgaacatcttcttcacattaatattttcctcatatgagatttcatcca---tttctatttccct 9319824  T
Q  220 ttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatc 319  Q
    ||| |||  ||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||   ||||   |  |||| ||  || || |||||| || |  |||| |||||||||    
T  9319825 ttcatcagccaattgattataaatccaaatgggaaagaaaatttgacttgaacgttcggcatgtggatttaagtttcttttcttacttgccatttccatc 9319924  T
Q  320 aagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcag 419  Q
    || |||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| |    
T  9319925 aaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatatatccaattgttcctcttgctg 9320024  T
Q  420 cagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgagg 519  Q
    |||| ||||| ||||||||| | |||   |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||  |  |||||||| |||||||| ||    
T  9320025 cagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatcaagaaggatgttatgggg 9320124  T
Q  520 cttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  9320125 cttgatatcaaaatgcaaaatttgcatgtcacatccttgatgtaaataagccataccacg 9320184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 71 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 9255361 - 9254862
Alignment:
Q  71 tcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| | | |||||| |||||||||   || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  9255361 tcaatatctccttcaagcatctctatcactttattcattgagggacgatcacatggtttcaattgtatacaccataatgctattatgaacatcttcttca 9255262  T
Q  171 cattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctga 270  Q
    |||| |  ||||||||||  |||  |||  |||   ||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||  |||||||||||||||   |||    
T  9255261 cattattattttcctcatatgtaatttcatcca---tttctatctccttttcttcaatcaattgatcataaatccaaatgggaaagaaaatttgacttga 9255165  T
Q  271 atcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaata 370  Q
    |  ||  |||| ||  || ||||||||| || |  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || || |||   ||||||    
T  9255164 acgatcggcatgtggatttaaatttcttttcttacttgccatttcaatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttgtacgatactcctccaata 9255065  T
Q  371 tttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccga 470  Q
    |||| ||||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||| | |||  ||||||||| | ||||||||| |    
T  9255064 ttttggtagaacaattcaggagccatgtatccaattgtcccccttgctgcggttaaagtgacaatactaatctcatttggataaagctgtgcaagaccaa 9254965  T
Q  471 agtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagc 570  Q
    ||||||||||||||| | | ||||  |  || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  9254964 agtctgaaactttggggttaaagttctcatcgagaaggatgttatggggcttgatgtcaaaatgcaaaatttgcatttcgcatccttgatgtaaataagc 9254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 278 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 9453953 - 9453652
Alignment:
Q  278 gcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgt 377  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||| |  || | | | |||||||||| ||    
T  9453953 gcatgtgaattcaaatttctactcctacttgcaatttcaatcagaagcattccaaaactatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggt 9453854  T
Q  378 agaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctga 477  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  9453853 agaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgctgtcaaagcgacaatgctattgtcaataggataaagctttgcaagaccaaaatctga 9453754  T
Q  478 aactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattcca 577  Q
    |||||| | |||||| |  | ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||| | |||||||    
T  9453753 aactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatttgcatatcacacccttgatgaagatatgaaattcca 9453654  T
Q  578 cg 579  Q
    ||    
T  9453653 cg 9453652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 278 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 9432966 - 9432683
Alignment:
Q  278 gcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgt 377  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| |  || | | | |||||||||| ||    
T  9432966 gcatgtgaattcaaatttcttcttctacttgcgatttcaatcaaaagcattccaaaactatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggt 9432867  T
Q  378 agaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctga 477  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9432866 agaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccgtcaaagtggcaatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccga 9432767  T
Q  478 aactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatg 561  Q
    |||||| | |||||| |  | ||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  9432766 aactttagggatgaaattttcgtccagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatttgcatatcacaaccctgatg 9432683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 278 - 561
Target Start/End: Original strand, 9399613 - 9399896
Alignment:
Q  278 gcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgt 377  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||| || | |   |||||||||| |     
T  9399613 gcatgtgaattcaaatttcttctcctacttgcaatttcaatcaaaagcataccaaagctatacacatcagccttatatgatattcccccaatattttgga 9399712  T
Q  378 agaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctga 477  Q
    ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9399713 agaacagttcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccatcaaagtggcaatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccga 9399812  T
Q  478 aactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatg 561  Q
    |||||| | |||||| |  | ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  9399813 aactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatttgcatatcacaaccctgatg 9399896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 287 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 9486309 - 9486017
Alignment:
Q  287 ttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaact 386  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  |  || ||||| || || | |   || ||||||| ||||||||| |    
T  9486309 ttcaaatttcttcttctacttgccatttcaatcaaaagcattccaaagctatacatgtcagccttgtatgatattcctccgatattttggtagaacaatt 9486210  T
Q  387 ctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggc 486  Q
    | || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||  ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |     
T  9486209 caggagccatgtaaccgattgttcctcttgctgctgtcaaggtggcaatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagg 9486110  T
Q  487 gatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    ||  || |  | ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  9486109 gacaaaattttcgtcaagaagaatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatttgcataccacagccttgatgaagatatgaaattccacg 9486017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 311 - 563
Target Start/End: Original strand, 9384239 - 9384491
Alignment:
Q  311 atttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttc 410  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || || |||  ||||||||||||||||||||  || || ||||||||||| |  ||||    
T  9384239 atttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcagccttgtaagacactccaccaatatttttgtagaacagttcaggagccatgtaacccaaagttc 9384338  T
Q  411 ctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtat 510  Q
    ||||||| ||||| || || |||||||||| ||  || ||||| || |||||||| || || || ||||| || |  |  || || | ||| ||||| ||    
T  9384339 ctcttgccgcagttaaggtaacaatgctatcgttcacaggatatagctttgcaagtccaaaatccgaaacctttggaacaaactcttcgtctagaagaat 9384438  T
Q  511 gttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgca 563  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9384439 attatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatatcacatccttgatgca 9384491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 311 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 9234155 - 9233903
Alignment:
Q  311 atttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttc 410  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | |||||| || || || || |||  ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |  ||||    
T  9234155 atttccatcaaaagcattccaaaactgtatacatcagctttgtacgacactccaccaatatttttgtagaacaattcaggagccatgtaacccaaagttc 9234056  T
Q  411 ctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtat 510  Q
    ||||||| ||||| || |  |||||||||| ||  || || ||||| |||||||| || || || ||||| || |  | ||| || | ||| ||||| ||    
T  9234055 ctcttgccgcagttaacggaacaatgctatcgttcacagggtaaagctttgcaagtccaaaatccgaaacctttggaacgaaatcttcgtctagaagaat 9233956  T
Q  511 gttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgca 563  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9233955 attatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatatcacaaccttgatgca 9233903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 314 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9105084 - 9104973
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  9105084 tccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagccttataggaaactcccccaatatttttgtagaacaattctggagccatatatccaattgtacctc 9104985  T
Q  414 ttgcagcagtca 425  Q
    ||||||||||||    
T  9104984 ttgcagcagtca 9104973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 9348933 - 9348779
Alignment:
Q  20 tgaataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgat 119  Q
    |||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||| ||||||||    
T  9348933 tgaatattttcatctggataaagagaaggctttggaggcatttcaatatcctcaatatctccttcgagcatctctattactttattcattgcaggacgat 9348834  T
Q  120 caatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacatt 174  Q
    || | || || || |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  9348833 cacttggttttaactgtatacaccataatgcaattatgaacattttcttcacatt 9348779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 314 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9096902 - 9096791
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  9096902 tccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagctttataggaaactcccccaatatttttgtagaacaattctggagccatatatccaattgtacctc 9096803  T
Q  414 ttgcagcagtca 425  Q
    ||||||||||||    
T  9096802 ttgcagcagtca 9096791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 314 - 540
Target Start/End: Original strand, 8999680 - 8999906
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||| || |||   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  8999680 tccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagccttataagacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccatatatccaatggtacctc 8999779  T
Q  414 ttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgtt 513  Q
    |||| |||||||  || ||||||||||| || || ||||| || || || |  |||||||| || ||||| |   ||||||  |  |||||||| |||||    
T  8999780 ttgccgcagtcattgtgacaatgctattctccacgggatatagcttagccaatccgaagtcagagacttttggtgtgaagttttcatcaagaaggatgtt 8999879  T
Q  514 atgaggcttgatgtcaaaatgtaaaat 540  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||    
T  8999880 gtgaggcttgatatcaaaatgtaaaat 8999906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 9486551 - 9486426
Alignment:
Q  45 aaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacacca 144  Q
    |||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9486551 aaggctttggaggtatttcaatattttcaatatctccttcaagcatctctactactttgttcattgaaggacgatcaatgggtttcaactgtatacacca 9486452  T
Q  145 tatagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
     |  |||| || |||||| |||||||    
T  9486451 aagtgcaactaggaacattttcttca 9486426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 170
Target Start/End: Original strand, 9399382 - 9399505
Alignment:
Q  47 ggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccata 146  Q
    |||||||||||||||| ||    ||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |    
T  9399382 ggttttggaggaatttcaaaactttcaatatccccttcaagcatctctactactttgttcattgaaggacgatcaatgggtttcaactgtatacaccaaa 9399481  T
Q  147 tagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
      |||| ||||||||| |||||||    
T  9399482 gtgcaactatgaacattttcttca 9399505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 9433199 - 9433074
Alignment:
Q  45 aaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacacca 144  Q
    |||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||    
T  9433199 aaggctttggaggcatttcaatattttcaatatctccttcaagcatctctactactttgttcattgaaggacgatcaacgggtttcaactgtatacacca 9433100  T
Q  145 tatagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
     |  |||| |||||| || |||||||    
T  9433099 aagtgcaactatgaatattttcttca 9433074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 9454186 - 9454061
Alignment:
Q  45 aaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacacca 144  Q
    |||| |||||||| ||||  || | ||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  9454186 aaggctttggaggcatttccatattttcaatatctccttcaagcatctctactacttttttcattgaaggacgatcaatgggtttcaactgtatacacca 9454087  T
Q  145 tatagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
    ||   ||| ||||||||| |||||||    
T  9454086 taatccaactatgaacattttcttca 9454061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 314 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 9142964 - 9142832
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| || || ||||  ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||    
T  9142964 tccatcaaaagcatcccgaaactataaacatcggccttataggacactcccccaatatttttgtagaacaactccggagccatatatccaatagtacctc 9142865  T
Q  414 ttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaa 446  Q
    |||| |||||||  || ||||||||||| ||||    
T  9142864 ttgctgcagtcattgtgacaatgctattctcaa 9142832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 315 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 8874160 - 8873896
Alignment:
Q  315 ccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctct 414  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||  |||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  8874160 ccatcaaaagcatcccaaaactataaacatcagccttataggacactccaccaatatttttataaaacaattctggagccatatatccaatggtacctct 8874061  T
Q  415 tgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgtta 514  Q
    ||| |||||||  || ||||||||||| || || ||||| || || || |  || ||||| || ||||| |   | ||||  |  |||||||| |||||     
T  8874060 tgccgcagtcattgtgacaatgctattctccacaggatatagcttagccaatccaaagtcagagactttcggagtaaagttctcatcaagaaggatgttg 8873961  T
Q  515 tgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  8873960 tgaggcttaatatcaaaatgcaaaatcttcatttcacatccatgatggagataagcaatcccacg 8873896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 441
Target Start/End: Original strand, 8964529 - 8964656
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  8964529 tccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagccttataggacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccatatatccaatggtacctc 8964628  T
Q  414 ttgcagcagtcaaagttacaatgctatt 441  Q
    |||| || ||||  || |||||||||||    
T  8964629 ttgccgctgtcattgtgacaatgctatt 8964656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 311 - 540
Target Start/End: Original strand, 9488564 - 9488793
Alignment:
Q  311 atttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttc 410  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||  ||||| || || || || |||   |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || ||||    
T  9488564 atttccattaacaacattccaaagctataaacatctgctttgtacgatactcctccaatattcttatagaacaattctggtgccatgtatcccatagttc 9488663  T
Q  411 ctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaa-ctttggcgatgaagtcatggtcaagaagta 509  Q
    |||||||||| || | ||  ||||||||||||||   |||||| |  ||||| || |  || ||||||| |||||| | ||||||    ||||||||| |    
T  9488664 ctcttgcagctgtaagagacacaatgctattgtccgttggatataactttgctagtctaaaatctgaaacctttggag-tgaagtttacgtcaagaagaa 9488762  T
Q  510 tgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaat 540  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  9488763 tgttatgaggctttatgtcaaaatgcaaaat 9488793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 441
Target Start/End: Original strand, 9056570 - 9056705
Alignment:
Q  306 ttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaat 405  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||    
T  9056570 ttgccatttccatcaaaagcataccaaaactataaacatcagccttatacgacactccaccaatatttttgtaaaacaattcaggagccatatatccaat 9056669  T
Q  406 tgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctatt 441  Q
    ||| ||| | || |||||||  || |||||||||||    
T  9056670 tgtgcctttggctgcagtcattgtgacaatgctatt 9056705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 9082873 - 9082799
Alignment:
Q  70 ttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacacca 144  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||   ||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  9082873 ttcaatatctccttcaagcatctccactactctactcatcgaaggacgatcatttggtttcaattgtatacacca 9082799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9082632 - 9082521
Alignment:
Q  314 tccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctc 413  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| ||||| || || |||   || |||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||    
T  9082632 tccatcaaaagcatcccaaaactataaacatcagccttgtacgacactccccctatatttttgtagaataactcaggagccatatatccaattgtacctc 9082533  T
Q  414 ttgcagcagtca 425  Q
    |||| |||||||    
T  9082532 ttgctgcagtca 9082521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 377 - 420
Target Start/End: Original strand, 9464035 - 9464078
Alignment:
Q  377 tagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  9464035 tagaacaactctggtgccatgtatcccatagttcctcttgcagc 9464078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 9097144 - 9097046
Alignment:
Q  70 ttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttctt 168  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | |||| |   |||||| || |||||| | || ||||||||||||||||| | |||||  |||| |||||||||    
T  9097144 ttcaatatctccgtcaagcatttcaactactttactcattgaggggcgatcatttggcttcaattgtatacaccaaagagcaaccatgatcatcttctt 9097046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 365 - 423
Target Start/End: Original strand, 10974314 - 10974372
Alignment:
Q  365 ccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagt 423  Q
    ||||||||| |||||||||  || || |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10974314 ccaatatttctgtagaacagttcaggggccatgtatccaatcgttcctcttgcagcagt 10974372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 499 - 540
Target Start/End: Original strand, 9464320 - 9464361
Alignment:
Q  499 gtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaat 540  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  9464320 gtcaagaagaatgttatgaggctttatgtcaaaatgcaaaat 9464361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 579
Target Start/End: Original strand, 9159320 - 9159874
Alignment:
Q  22 aataatttcagttggatatggagaaggttttggaggaattttaatgtcttcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatca 121  Q
    |||||||||| ||||| |   ||||||||||||||| |||| ||| |  ||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  9159320 aataatttcatttggacagaaagaaggttttggaggcatttcaatattctcaatatttccttcgagcatctctattactttgttcattgcaggacgatca 9159419  T
Q  122 atagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttcacattt-tgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccctt 220  Q
     | || || || |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||  |||  |||  |||   | ||||||||  ||    
T  9159420 cttggttttaactgtatacaccataatgcaattatgaacattttcttcacattactgcttt-cctcatcagtaatttcatcca---tctctatctcgttt 9159515  T
Q  221 tcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctgaatcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatca 320  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||  ||||  ||  |||| ||  || |||||||||| | |  |||| ||||||||||    
T  9159516 tcttcaatcaattgattataaatccaatagggaaagaaaagttggcttgaacgatccgcatgtggatttaaatttcttcgcttacttgccatttccatca 9159615  T
Q  321 agagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaatatttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagc 420  Q
    | ||||||||||| ||||  ||||| ||||| || || |||  |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  9159616 aaagcattccaaaactataaacatcagccttgtatgatactccaccaatatttttgtagaacaactcgggagccatataaccaattgttcctcttgctgc 9159715  T
Q  421 agtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccgaagtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggc 520  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||  | |||||||||||||||||| |||    
T  9159716 agttaaatttacaatactattgtcattaggataaagctttgcaagaccaaagtcagaaaccttggggataaagttctcgtcaagaagtatgttatggggc 9159815  T
Q  521 ttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagcaattccacg 579  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9159816 ttgatatcaaaatgcaagatttgcatgtcacatccttgatgcaaataagcaattccacg 9159874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 71 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 15927529 - 15927024
Alignment:
Q  71 tcaatatctccttcaagcatttctattactctgtacattgaaggacgatcaatagggttcaattgtatacaccatatagcaattatgaacatcttcttca 170  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||  ||| |||||||||| || ||||    
T  15927529 tcaatatctccttcaagcatctctatcactctgttcattgaaggacgatcacttggttttaattgaatacaccataatgcagttatgaacattttattca 15927430  T
Q  171 cattttgcttttcctcattggtagcttctcccaatatttctatctccctttcttcaatcaattcattgtagatccaatagggaaagaaaatttggtctga 270  Q
    |||| |   |||||||||   ||  ||   |||   | ||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||| | || ||||||| ||||  |||    
T  15927429 cattatttctttcctcatcactaatttggtcca---tctctatctcccttttttcaatcaattgattataaatccaaaaagggaagaaaagttggcttga 15927333  T
Q  271 atcatttgcatttgagttcaaatttcttctcctgtttgctatttccatcaagagcattccaaagctatgtacatcggccttataggaaactttaccaata 370  Q
    |  ||  |||| ||  || |||||||||||| |  |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||    
T  15927332 acgatccgcatgtggatttaaatttcttctcttacttgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttatacgaaactcctccaata 15927233  T
Q  371 tttttgtagaacaactctggtgccatgtaaccaattgttcctcttgcagcagtcaaagttacaatgctattgtcaactggataaagttttgcaagaccga 470  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||   |||||||| ||||||||||| |    
T  15927232 tttttgtagaataattcaggagccatgtatccaatcgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatactaatctcattaggataaagctttgcaagaccaa 15927133  T
Q  471 agtctgaaactttggcgatgaagtcatggtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatgcaaataagc 570  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||  |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || |||||    
T  15927132 agtcggaaactttggggataaagttctcatcaagaaggatgttatggggcttgatgtcaaaatgcaaaatttgcatgttacatccttgatgtaagtaagc 15927033  T
Q  571 aattccacg 579  Q
     || |||||    
T  15927032 cataccacg 15927024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 499 - 561
Target Start/End: Original strand, 27692622 - 27692684
Alignment:
Q  499 gtcaagaagtatgttatgaggcttgatgtcaaaatgtaaaatttgcatgtcacagccttgatg 561  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  27692622 gtcaagaagaatgttatgaggttttatatcaaagtgtatgatttgcatgtcacaaccttgatg 27692684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University