View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5020-Insertion-12 (Length: 566)
Name: NF5020-Insertion-12
Description: NF5020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5020-Insertion-12 |
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| [»] chr2 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 37517680 - 37517119
Alignment:
| Q |
7 |
aatgaaaatagcactttctgatttctggtggaagcatgttcagccggcaagagagtcgtatagtagcagtgttataaaagatcctctttttcaattaaga |
106 |
Q |
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| T |
37517680 |
aatgaaaatagcactttctgatttctggtggaagcatgttcagccggcaagagagtcgtatagtagcagtgttataaaagatcctctttttcaattaaga |
37517581 |
T |
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| Q |
107 |
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206 |
Q |
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| T |
37517580 |
tcactaacaccagcccctaaacatgaattatgtcgtgatatagtttatagaagtaaacatattgttgataattctaatttgttgatccgggaaatacatg |
37517481 |
T |
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| Q |
207 |
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306 |
Q |
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| T |
37517480 |
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37517381 |
T |
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| Q |
307 |
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404 |
Q |
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| T |
37517380 |
aaatcaatatagtctatgaagatattgattttgctgaagtgaactgtggactgacgttgattatataaaaccatatacgaaaagtgttacagatttcaag |
37517281 |
T |
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| Q |
405 |
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504 |
Q |
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| T |
37517280 |
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37517181 |
T |
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| Q |
505 |
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566 |
Q |
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| T |
37517180 |
tttcaaacgtttacattggtcacgaaaattcgatgaaagtgtgtttacttttgttactgatc |
37517119 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 14843837 - 14843289
Alignment:
| Q |
7 |
aatgaaaatagcactttctgatttctggtggaagcatgttcagccggcaagagagtcgtatagtagcagtgttataaaagatcctctttttcaattaaga |
106 |
Q |
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| T |
14843837 |
aatgaaaatagcactttctgatttctggtggaagcatgttcagccggcaagagagtcgtatagtagcagtgttataaaagatcctctttttcaattaaga |
14843738 |
T |
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| Q |
107 |
tcactaacaccagcccctaaacatgaattatgtcgtgatatagtttatagaagtaaacatattgttgataattctaatttgttgatccgggaaatacatg |
206 |
Q |
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| T |
14843737 |
tcactaacaccagcccctaaacatgaattatgtcgtgatatagtttatagaagtaaacatattgttgataattctaatttgttgatccgggaaatacatg |
14843638 |
T |
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| Q |
207 |
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306 |
Q |
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| T |
14843637 |
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14843538 |
T |
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| Q |
307 |
aaatcaatatagtctatgaagatattgattttgctgaagtgaactgtggactgacgttgattgtataaccatataagaaaagtgttacagatttcaagtg |
406 |
Q |
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| T |
14843537 |
aaatcaatatagtctatgaagatattgattttgctgaagtgaactgtggactgacgttgattatataaccatatacgaaaagtgttacagatttcaagtg |
14843438 |
T |
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| Q |
407 |
ttatgttaaatatgagtatatgactatttgctgctagaaagtgcagaaagacaaatttagctggttgtagaacatttataatttgagacacttgattgtt |
506 |
Q |
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| T |
14843437 |
ttatgttaaatatgag-----------ttactgctagaaagtgcagaaagacaaatttagctggttgtagaacatttataatttgagacacttgattgtt |
14843349 |
T |
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| Q |
507 |
tcaaacgtttacattggtcacgaaaagtcgatgaaagtgtgtttacatttgttattgatc |
566 |
Q |
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| T |
14843348 |
tcaaacgtttacattggtcacgaaaattcgatgaaagtgtgtttacatttgttattgatc |
14843289 |
T |
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