View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5020-Insertion-3 (Length: 1083)

Name: NF5020-Insertion-3
Description: NF5020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5020-Insertion-3
NF5020-Insertion-3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-1010)||(3467772-3468779)
chr2 (589-652)||(33553790-33553853)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 916; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 916; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1010
Target Start/End: Complemental strand, 3468779 - 3467772
Alignment:
Q  8 aacaagtggaagaaaaaggagaatgagattttgcacaatgataagcgtgcatattgttggctaagtcaagaggatgtgatgcgctacctcctcaactcaa 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3468779 aacaagtgtaagaaaaaggagaatgagattttgcacaatgataagcgtgcatattgttggctaagtcaagaggatgtaatgcgctacctcctcaactcaa 3468680  T
Q  108 tcgggacattttccaatactcctgcacaatccatcgacaaactcgacattatagacacacaaaatctatattttctttaccttgatgaccctgcatcctc 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3468679 tcgggacattttccgatactcctgcacaatccatcgacaaactcgacattatagacacacaaaatctatattttctttactttgatgaccctgcatcctc 3468580  T
Q  208 tgctttagagcttctcactgcttccattgtgcaccaatcctctgttgcagtcgttgatccgcaaggcaaactcattggagaaatctcaccctttattttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3468579 tgctttagagcttctcactgcttccattgtgcaccaatcctctgttgcagtcgttgatccgcaaggcaaactcattggagaaatctcaccctttatgttg 3468480  T
Q  308 aattcttgtgatgaaattgttgtccctgcaattgcaactctctcagctggtgatctcttagcttacatcgactgcggtggtccaccggaggatttagttc 407  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468479 aactcttgtgatgaaattgatgtccctgcaattgcaactctctcagctggtgatctcttagcttacatcgactgcggtggtccaccggaggatttagttc 3468380  T
Q  408 agctggtaaaggagaggctgcatgagcagaatctcgacaacgcggctgtggagttacttggggagggatcagagctttcatcttggtcttcgttttcttc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468379 agctggtaaaggagaggctgcatgagcagaatctcgacaacgcggctgtggagttacttggggagggatcagagctttcatcttggtcttcgttttcttc 3468280  T
Q  508 gacttcatcggaggaagatatttgctcattagggaagaattggaaacttggaggatactcttcaaggattatgagaaggtcagaggctattgtttgttac 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468279 gacttcatcggaggaagatatttgctcattagggaagaattggaaacttggaggattctcttcaaggattatgagaaggtcagaggctattgtttgttac 3468180  T
Q  608 ccttggagctctttggttgctgtaatgattcaagcactttctcatcgtgtgagttatgtctgggtggtacaagaagatggtaccttgtatgggattgtta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468179 ccttggagctctttggttgctgtaatgattcaagcactttctcatcgtgtgagttatgtctgggtggtacaagaagatggtaccttgtatgggattgtta 3468080  T
Q  708 cttttcaaagtatgttgagaattttcagagaacacttgaaatcaatgtcctaacacacatgtgt-ttagtgtagcatagcactcactatgtcatcatcat 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468079 cttttcaaagtatgttgagaattttcagagaacacttgaaatcaatgtcctaacacacacatgtgttagtgtagcatagcactcactatgtcatcatcat 3467980  T
Q  807 caactaaataacaattcttaggttgctatcacatctcgaggaatcacatgtgatgtatgtaggtaaaacggatattctgcctacataagcaagatttg-t 905  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3467979 caactaaataataattcttaggttgctatcacatctcaaggaatcgcatgtgatgtatgtaggtaaaacggatattctgcctacataagcaagatttgtt 3467880  T
Q  906 ttttgttctcaaatgggtaaagaaaccaattttcttttttctattcgattatgtgcagcatttgtgcac-atatctacctgctatc-agt-atgtgactt 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3467879 ttttgttctcaaatgggtaaagaaaccaattttcttttttctattcgattatgtgcagcatttgtgcacaatatctacctgctatctagtaatgtgactt 3467780  T
Q  1003 tttgtttt 1010  Q
    ||||||||    
T  3467779 tttgtttt 3467772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 589 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 33553853 - 33553790
Alignment:
Q  589 agaggctattgtttgttacccttggagctctttggttgctgtaatgattcaagcactttctcat 652  Q
    |||||||||||||||| | ||   |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  33553853 agaggctattgtttgtcatcccaagagctctttgattgctgtgatgattcaagcaatttctcat 33553790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University