View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5020-Insertion-4 (Length: 1062)

Name: NF5020-Insertion-4
Description: NF5020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5020-Insertion-4
NF5020-Insertion-4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-1020)||(39609666-39610680)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 938; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 938; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1020
Target Start/End: Original strand, 39609666 - 39610680
Alignment:
Q  7 aacagattctgtttcactgtaatatgtttagaactagcatatgcaataatgtcagttgatttttcttgaacattttattgaaaatgctaagtttgagttt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39609666 aacagattctgtttcactgtaatatgtttagaactagcatatgcaataatgtcagttgatttttcttgaacattttattgaaaatgctaagtttgagttt 39609765  T
Q  107 caatttattgttttgcagaaactaatttcatgttagtcagagatttaatggnnnnnnngcagctaaaccttaaccggccacttttatcagtaaggagagt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39609766 caatttattgttttgcagaaactaatttcatgttagtcagagatttaatggaaaaaaagcagctaaaccttaaccggccacttttatcagtaaggagagt 39609865  T
Q  207 cacatcaaaaatatcttctgaatcagacaacaaaaggaaaagtactgataatcctcttccttattacaaatcagagttaaattcaggtccagttagaaat 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39609866 cacatcaaaaatagcttctgaatcagacaacaaaaggaaaagtactgataatcctcttccttattacaaatcagagttaaattcaggtccagttagaaat 39609965  T
Q  307 gccggcactattccttttcaatgggagaaaacaccgggaaaaccgaaagatatatcagttattgaggagggaattggaagcactctttccaatcctcaaa 406  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39609966 gccggcgctattccttttcaatgggagaaaacaccgggaaaaccgaaagatatgtcagttattgaggagggaattggaagcactgtttccaatcctcaaa 39610065  T
Q  407 atactgcatgtttggataaaaaagtaataaaacatgagagtgaagaagatggaatcaaggagaaggtaaattctgattctgattcggatgacggagatga 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39610066 atactgcatgtttggataaaaaagtaataaaacatgagagtgaagaagatggaatcgaggagaaggtaaattctgattctgattcagatgacggagatga 39610165  T
Q  507 gagttttcaagatgctcgtgacacactttcgaggactgaatcattcgtcacacgctgcagtatgagtgtatatgatgatcatgaggcacaagtcaacccc 606  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39610166 gagttttcaagatgcttgtgacacactttcgaggactgaatcattcgtcacacgctgcagtatgagtgtatatgatgatcatgaggcacaagtcaacccc 39610265  T
Q  607 tatggaagtttctcaagcgatgaaaaggctcgcgatttcatgattgatcggtttttgcctgctgcaaaggcaattatatctgaaaattctcaacgtgctt 706  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39610266 tatggaagtttctcaggcgatgaaaaggctcgcgatttcatgattgatcggtttttgcctgctgcaaaggcaattatatctgaaaattctcaacgtgctt 39610365  T
Q  707 ccaagaagccggtacttatcggacaaggacaacaaaaacagccttggaaaattggaagtgctgaaaagtcatctcctcttaatcagcatagaccaaaatc 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39610366 ccaagaagccggtacttatcggacaaggacaaaaaaaacagccttggaaaattggaagtgctgaaaagtcatctcctcttaatcagcatagaccaaaatc 39610465  T
Q  807 gttgcggcataaggaaggaggcatattagaaagtgttggttcacaaaactttccaactaatactacagcttgtggactatttcctcacttttgcctttcg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39610466 gttgcggcataaggaaggaggcatattagaaagtgatggttcacaaaactttccaactaatactacagcttgtggactatttcctcacttttgcctttcg 39610565  T
Q  907 aatccaatgccaggagtaagaacggagaataaggttcaaaacaatgcaggttgtaattcaactgcttctccaattgaaact-aaaaagaggtactaattt 1005  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39610566 aatccaatgccaggagtaagaacggagaataaggttcaaaacaatgcaggctgtaattctactgcttctccaattgaaactaaaaaagaggtactaattt 39610665  T
Q  1006 gcctctatctaattt 1020  Q
    |||||||||||||||    
T  39610666 gcctctatctaattt 39610680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University