View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5022-Insertion-2 (Length: 1023)
Name: NF5022-Insertion-2
Description: NF5022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5022-Insertion-2 |
 | |
|
| [»] chr1 (7 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 957; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 957; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 3017925 - 3016910
Alignment:
| Q |
8 |
tcaagaacatcaaccatagtacccaacatattcacagcatgccgcaaataggtattataagctttgttgcacacttttgaagaacactttttcccaactt |
107 |
Q |
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| T |
3017925 |
tcaagaacatcaaccatagtacccaacatattcacagcatgccgcaaataggtattataagctttgttgcacacttttgaagaacactttttcccaactt |
3017826 |
T |
|
| Q |
108 |
tcgagcaattggcgaaaccacctgaatcataatgatagtgatcacgacaattataagcaatccataatgaaatgaaataagtttcagtttcataatcaca |
207 |
Q |
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| T |
3017825 |
tcgagcaattggcgaaaccacctgaatcataatgatagtgatcacgacaattataagcaatccataatgaaatgaaataagtttcagtttcataatcaca |
3017726 |
T |
|
| Q |
208 |
atctattaaaaagaatgagattaaatttccaaacaccaaccttattgtctttctttacacaatctaagattggatagagtaagccgagagatatatcgtc |
307 |
Q |
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|
| T |
3017725 |
atctattaaaaagaatgagattaaatttccaaacaccaaccttattgtctttctttacacaatctaagattggatagagtaagccgagagatatatcgtc |
3017626 |
T |
|
| Q |
308 |
actttcctcgataacacgggccattatggcttccatggacgagaaaacaatttctggatgatattctctgaaagtttcaaacatagttgataagaagcat |
407 |
Q |
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|
| T |
3017625 |
actttcctcaataacacgggccattatggcttccatggacgagaaaacaatttctggatgatattctctgaaagtttcaaacatagctgataagaagcat |
3017526 |
T |
|
| Q |
408 |
gttcacacattttgcattcactacagacaacaacaacaattacaattactgcagcttctagtgatagattcatattaaattcaacccataaacaatgaac |
507 |
Q |
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| T |
3017525 |
gttcacacattttgcattcactacagacaacaacaacaattacaattactgcagcttctagtgatagattcatattaaattcaacccataaacaatgaac |
3017426 |
T |
|
| Q |
508 |
aatgatgatatagttcattaaaattcataaccatatggaacaccaaccccaccaatcggtcgaaagcagattcttcggtataagaatcttaagatgatat |
607 |
Q |
| |
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| T |
3017425 |
aatgatgatatagttcattaaaattcataaccatatggaacaccaaccctaccaatcggtcgaaagcagattcttcggtataagaatcttaagatgatat |
3017326 |
T |
|
| Q |
608 |
catgtatgactataaaaaattgctattcgagaaaatgcccaagtcccacatctaaacattgcttacaaagtttgggtaatcctcaccttacaagtcagtt |
707 |
Q |
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|
| T |
3017325 |
catgtatgactataaaaaattgctattcgagaaaatgcccaagtcccacatctaaacattgcttacaaagtttgggtaatcctcaccttacaagtcagtt |
3017226 |
T |
|
| Q |
708 |
ttgtggggtcaagttcaacgtaaaatctaagaaatgcaaagataaaataccgaagctataatgctaaacctgtagtcatgtatgcaacagttcttacctt |
807 |
Q |
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| T |
3017225 |
ttgtggggtcaagttcaacgtaaaatctaagaaatgcaaagataaaataccgaagctataatgctagacctgtagtcatgtatgcaacagttcttacctt |
3017126 |
T |
|
| Q |
808 |
attgtcttcaagaaaagccgaaacatctccaaaatgagggcatcacattcaagatccagcattaccacacataacctgacttttgcgactgtttcaagga |
907 |
Q |
| |
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| T |
3017125 |
attgtcttcaagaaaagccgaaacatctccaaaatgagggcatcacattcaagatccagcattaccacacataacctgacttttgcaactgtttcaagga |
3017026 |
T |
|
| Q |
908 |
ttgaaatccttgtttcataccaacggcttgacatatcatgtagattttcaaaagaagatacaattaatctcagagacctcctgnnnnnnnntgacaccat |
1007 |
Q |
| |
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|
| T |
3017025 |
ttgaaatccttgtttcataccaacggcttgacatatcatgtagattttcaaaagaagatacaattaatctca-agacctcctgaaagaaaatgacaccat |
3016927 |
T |
|
| Q |
1008 |
at-actcaacagacata |
1023 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||| |
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|
| T |
3016926 |
ataactcaacagacata |
3016910 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 3021018 - 3020776
Alignment:
| Q |
16 |
atcaaccatagtacccaacatattcacagcatgccgcaaataggtattataagctttgttgcacacttttgaagaacactttttcccaactttcgagcaa |
115 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
3021018 |
atcaaccatagtacccaacatattcacaacataccgcaaacaggtattataagccttgttgcacacttttgaagaacactttcccccaactttcgagcat |
3020919 |
T |
|
| Q |
116 |
ttggcgaaaccacctgaatcataatgatagtgatcacgacaattataagcaatccataatgaaatgaaataagtttcagtttcataatcacaatctatta |
215 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3020918 |
ttggtgaaacaacctgaatcataatgatagtgatcacgacaattataagcaatccataatgaaatgaaataagtttcagtttcataatcacaatctatta |
3020819 |
T |
|
| Q |
216 |
aaaagaatgagattaaatttccaaacaccaaccttattgtctt |
258 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
3020818 |
aaaagaatgagattaaatttccaaactccacccttattgtctt |
3020776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 802 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 3032867 - 3032695
Alignment:
| Q |
802 |
taccttattgtcttcaagaaaagccgaaacatctccaaaatgagggcatcacattcaagatccagcattaccacacataacctgacttttgcgactgttt |
901 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
3032867 |
taccttattgtcttcaagaaatgctgaaacatctccaaaatgagggcatcgcattcaagatccagcattaccacacatgacctgacttttgcaactgttt |
3032768 |
T |
|
| Q |
902 |
caaggattgaaatccttgtttcataccaacggcttgacatatcatgtagattttcaaaagaagatacaattaa |
974 |
Q |
| |
|
| |||||| || |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
3032767 |
cgaggattaaagtcctctttgagtaccatcggcttgacttatcatgtagattttcaaatgaagatacaattaa |
3032695 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 287 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3020776 - 3020639
Alignment:
| Q |
287 |
taagccgagagatatatcgtcactttcctcgataacacgggccattatggcttccatggacgagaaaacaatttctggatgatattctctgaaagtttca |
386 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
3020776 |
taagccaagagatatatcgtcactttcctcaaaaacacggatcattatggtttccatggacgagaaaacaatttctggatgatgttctctgaaagtttca |
3020677 |
T |
|
| Q |
387 |
aacatagttgataagaagcatgttcacacattttgcat |
424 |
Q |
| |
|
|||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3020676 |
aacagagctgataagaagcatgttcacatattttgcat |
3020639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 65 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3033830 - 3033474
Alignment:
| Q |
65 |
taagctttgttgcacacttttgaagaacactttttcccaactttcgagcaattggcgaaaccacctgaatcataatgatagtgatcacgacaattataag |
164 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| ||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||| |
|
|
| T |
3033830 |
taagccttgttgcacaactttcaaggactctttcccccaactttcgagcaattggcaaaacctcctgaatcatgatgacagcagccatgacaattataag |
3033731 |
T |
|
| Q |
165 |
caatccataatgaaatgaaataagtttcagtttcataatcacaatctattaaaaagaatgagattaaat--ttccaaacaccaaccttattgtctttctt |
262 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| | |||||||||| | |||||| | ||||||| |||||||| | ||| || ||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
3033730 |
aaattcataatgaaat-----atgtttcagtttaacaatcacgacctattaacaagaatgaaacgaaaaaattacaaacaccaacctcattgtctttctt |
3033636 |
T |
|
| Q |
263 |
tacacaatctaagattggatagagtaagccgagagatatatcgtcactttcctcgataacacgggccattatggcttccatggacgagaaaacaatttct |
362 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||||| || | | || |||||| | ||||||||||||||||||| | ||| |
|
|
| T |
3033635 |
tacactgtctaagattggagagagtaagtcatcagatatttcttcactttcttctagacagaggatcattatagtttccatggacgagaaaacattatct |
3033536 |
T |
|
| Q |
363 |
ggatgatattctctgaaagtttcaaacatagttgataagaagcatgttcacacattttgcat |
424 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3033535 |
ggatgatgttccctgaaagtttcaaacagagatgcttagaaccatgttcacacattttgcat |
3033474 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 539 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 3020545 - 3020414
Alignment:
| Q |
539 |
catatggaacaccaaccccaccaatcggtcgaaagcagattcttcggtataagaatcttaagatgatatcatgtatgactataaaaaattgctattcgag |
638 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||| |||| | |||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3020545 |
catatggaacactagccctaccatttggtcaaaagcagattcttcagtacaagcatcttatgatgatatcatgcatgactataaaaaattgctattcgag |
3020446 |
T |
|
| Q |
639 |
aaaatgcccaagtcccacatctaaacattgct |
670 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3020445 |
aaaatgcccaagtcccacatctaaacattgct |
3020414 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 443 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 3020596 - 3020542
Alignment:
| Q |
443 |
acaattacaattactgcagcttctagtgatagattcatattaaattcaacccata |
497 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
3020596 |
acaattacaattactgcagcttctagtgaaagattcatattaaattcaactcata |
3020542 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 803 - 975
Target Start/End: Original strand, 48969855 - 48970027
Alignment:
| Q |
803 |
accttattgtcttcaagaaaagccgaaacatctccaaaatgagggcatcacattcaagatccagcattaccacacataacctgacttttgcgactgtttc |
902 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||||| || ||||| |
|
|
| T |
48969855 |
accttatggtcttcaaaaaatgctgaaacatctccaaaatcagcgcatcacaatcaaggtccaacattaccacacatgatctgacctttgcaacagtttc |
48969954 |
T |
|
| Q |
903 |
aaggattgaaatccttgtttcataccaacggcttgacatatcatgtagattttcaaaagaagatacaattaat |
975 |
Q |
| |
|
|||| | |||| | |||||| | |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
48969955 |
gaggactattctcctattctcatacgatcggcttaacttatcatgtagattttcaaatgaagatacaattaat |
48970027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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